дДНК ямной культуры

[FenriR]

надо было мне как в предыдущем посту написать "вокруг Днепра")
Стр. 233-234 пдф-документа
А так да, сильно западнее Днепра - U

Скорее большинство H сконцентрировались в одном месте (случайность?)

с такими небольшими выборками простая случайность, конечно, очень вероятна.
но факт в том, что U по Днепру нет.

[Srkz]

Кстати, вспомнилась еще статья по ростовским скифам, которой любил берсула потрясать:

T, U5, H... что-то знакомое

[FenriR]

T, U5, H... что-то знакомое

лично я думаю, что все ие-степняки Евразии (да и не только ие, наверное) сильно связаны с ямниками.

[Srkz]

Если бы не ENA, удмурты были бы вполне себе ямниками.

Самая большая разница Ямники/ЛЛК по IBD получилась у удмуртов, калашей, пуштунов и лезгинов.

Как справедливо подсказал FenriR, у удмуртов и митопул очень похож на ямный (если убрать "восточные" варианты и не заморачиваться, что все это макрогаплогруппы огромного возраста):
%, N=101
T   23,8
J   2
H   21,8
U*   2
U2   9,9
U4   4
U5   8,9
R   6,9

B   1
C   3
Z   5
D   11,9

PS уточненная top-20 разницы ямники/ЛЛК по сумме IBD-сегментов:
Udmurt   25,24
Mari   18,83
Uttar-Pradesh-HC   18
Mansi   17,67
Kalash   17,51
Estonian   16,83
Ket   16,76
Tatar-Volga   16,22
Uygur   15,79
Selkup   15,77
Burusho   15,72
Russian-North-Kargopol   14,63
Karelian   14,49
Komi   14,27
Nenets   13,89
Moksha   13,69
Kol   13,43
Russian-West   13,36
Balt   13,34
Chuvash   13,29

[FenriR]

Списался с David Anthony - одним из самых известных современных археологов, специализирующихся на культурах Евразийской степи и  соавтором обсуждаемой статьи о ямниках Haak et al. 2015

С его разрешения, публикую переписку.

Его ответ на вопрос о происхождении "южного элемента" у образцов ямной культуры:

On the "Caucasian" element in Yamnaya: Sasha Khokhlov in Samara and Sasha Kozintsev in St Petersburg, both biological anthropologists, have described a narrow-faced skull type that is often labeled 'Mediterranean', but both have documented that this type existed as a native element in the steppes at a very early era, and it was not really classic 'Mediterranean'. This type could represent a southern steppe population that already existed in the Mesolithic, linked to Mesolithic populations in the North Caucasus. The genetic element in Yamnaya that seems to come from a Caucasian population was present earlier at the Eneolithic Khvalynsk cemetery. This is not yet published. The mysterious Caucasian element is about 25% of the ancestry of Khvalysnk, but it rises to 50% of the ancestry of Yamnaya. Perhaps the additional increment of Caucasian genes came through increased marriage between Maikop and steppe people after Maikop introduced wheeled vehicles to the steppes (). We do not yet have ancient DNA from a population in the Caucasus, so we cannot identify the exact ancient source, but the MODERN people of Armenia, or using a different method, Dagestan, show the greatest genetic similarity to the ancient Caucasian element in Khvalynsk and Yamnaya genomes. I have heard that Nature will soon have another publication on ancient DNA by the Copenhagen team of researchers that will have results from Maikop graves. But this is just rumors now.

It is not likely that Tripolye was different from the other Neolithic people of SE Europe, in my opinion--although again we do not have ancient Tripolye genetic data. (They did not bury their dead, so it will be difficult to get Tripolye genetic data.) We do have Starcevo-Cris genetic data, and Tripolye was formed partly from a Starcevo-Cris population, so I would guess that Tripolye was not so different from Starcevo-Cris, and Starcevo-Cris was like the normal Early Neolithic farmers--like Linear Pottery. So it seems that Tripolye had little genetic influence on Yamnaya. I was surprised by this myself.

Если коротко: "средиземноморский" компонент в регионе, вовсе не является таковым и присутствовал уже в мезолите Северного Кавказа. По еще неопубликованным данным, образцы Хвалынской культуры обнаруживают 25% этого "кавказского компонента", у ямников его доля возрастает до 50% - возможно, это следствие майкопского влияния на степь, представители которого принесли с собой в степь технологию "колесниц" (?) Ближайшими современными аналогами являются армяне или дагестанцы. По слухам, скоро в Nature опубликуют работу датских ученых с результатами дДНК из захоронений Майкопской культуры.
Трипольцы, видимо, не оказали какого-то явного ген. влияния на ямников.

Его мнение о происхождении Майкопской культуры:

My thoughts on the origin of Maikop: Ultimately, the origins of Maikop are linked to the expansion of inter-regional trade during the Uruk period, because in material terms, Maikop is  a culture defined by the presence of southern imports and technologies. But who were the Maikop people, genetically? We have very different opinions from different sources, and up to now, no published ancient DNA. I have read that Maikop skulls are very different from steppe skulls but I do not know the details: which graves? Do they contain elite objects? or are they the graves of ordinary people? I would not be surprised if Maikop contains at least two different genotypes, one local North Caucasian and one (elite) from farther south, or if Rezepkin is correct, even from TRB Europe, although I doubt the TRB hypothesis because it is based principally on Maikop ceramics and grave architecture, and both could be derived from non-European sources. Ivanova thinks Maikop was from western Iran, and she argues against the Uruk-source hypothesis. I think we have to wait and see what we get from DNA. It would be very neat and clean if Maikop genetics proved to be the source for the mysterious Caucasian component in Yamnaya--it would correlate well with archaeological evidence for contact between steppe people and Maikop through the northern 'steppe-Maikop' group of sites including Konstaninovka on the Don, where Maikop ceramics are 10% of the pottery and there are Maikop-type clay objects interpreted as fireplace installations. Maikop metallurgy clearly influenced Yamnaya metallurgy, as Sergei Korenevskii has shown. But if our first DNA from Maikop is quite different from Yamnaya, if it is from just one or two graves I would still wait to see if there is a second genetic component in Maikop that would correlate better.

Майкоп принято связывать с межрегинальной торговлей Урукского периода, однако, консенсус по происхождению этой культуры отсутствует: высказываются самые разные версии. Возможно, что обнаружат как минимум 2 генотипа: один местный - северо-кавказский, другой - более южный, связанный с представителями элиты. В любом случае, металлургия Майкопа явно повлияла на таковую у ямников.

ЗЫ под "датскими учеными", возможно, имеется в виду команда Эске Виллерслева, об ожидаемой работе которого недавно говорил Александр Козинцев.
Если еще не видели, основные тезисы, показавшиеся мне интересными:
-  команда Виллерслева пришла, практически, к тем же выводам, что и в Haak et al.
- подтвердилась близкая связь ямников и афанасьевцев
- подтвердилась теория миграции синташтинцев из Европы
- подтвердились антропологические выводы А. Козинцева об окуневцах, как о "кузенах" америндских популяций.

[Srkz]

Felix недавно сравнивал реконструкцию взаимных влияний по ДНК с решением системы уравнений. Думаю, что для правильной интерпретации нужно именно решить такую систему вместо отдельных равенств. Если представить ямников, как сумму компонентов WHG/ANE/ENF, то приведенный мной рейтинг с удмуртами на первом месте - это уравнение WHG+ANE - EEF (то есть у кого максимальна разница по близости с ямниками по сумме первых двух компонентов с близостью по последнему). При этом предположительно EEF=ENF+немного WHG+ (возможно чуть-чуть ANE?) Можно составить и другие уравнения. Например, по ANE+ENF - WHG (разница с Loshbour) на первом месте оказывается Восточный Кавказ и далее Центральная Азия:
Chechen   31,45
Azerbaijani   31,32
Nogay   29,46
Ossetian   29,37
Kumyk   29,32
Brahui   28,74
Lezgin   28,45
Armenian   28,16
Abkhazian   27,9
Balochi   26,19
Yemenite   26,04
Burusho   25,89
Turkish   24,39
Uttar-Pradesh-HC   24,27
Kalash   24,13
Balkarian   24,02
Pathan   23,82
Georgian   22,78
Tadjik   22,78
Makrani   22,64
Uzbek   22,62
Вот и выходит при расчете таким методом, что "южный компонент" - это Дагестан. Однако можно ведь посмотреть и разницу с оленеостровцем, это будет (ENF + (кусочки WHG и ANE)), поскольку оленеостровец это смесь ANE и WHG:
BR2   51,35
Cornish   19,77
NE1   19,36
Yemenite   17,94
Armenian   17,79
Abkhazian   17,23
Italian-South   16,04
Turkish   15,82
Balkarian   15,69
Hungarian   13,74
Kosovar   13,42
Gagauz   13,36
Georgian   13,14
Estonian   12,78
Uygur   12,64
Azerbaijani   12,33
Nogay   11,78
Adygei   11,42
German   11,25
Croatian   11,23
Tatar-Crimean   11,15
Здесь наиболее ярко выраженный центр (ИМХО) это Восточная Анатолия и Западное Закавказье, но в целом заметно более размазано. Вот мы и получили армян. Однако и Балканы вполне себе близко, почему надо исключать влияние оттуда?

В общем, для правильного ответа надо решить всю систему, каждое отдельное уравнение ответом не является. Ямники совсем не обязаны быть суммой "удмурты+армяне+дагестанцы", это может быть сумма совсем других влияний, которая просто хорошо аппроксимируется этими современными народами. А еще ведь надо учесть влияние самих ямников на эти народы...

[FenriR]

Ямники совсем не обязаны быть суммой "удмурты+армяне+дагестанцы", это может быть сумма совсем других влияний, которая просто хорошо аппроксимируется этими современными народами.

ну, как с "Оракулом" примерно.
Энтони, ведь, не зря выделяет, что апроксимации проводятся по современным ("MODERN people") народам.
Ждем больше дДНК.

[Srkz]

ну, как с "Оракулом" примерно.

Угу. Почему бы сумме векторов "балканские EEF" и "прикаспийские ANE" не проявиться как "армяне"? Это как один из вариантов, не настаиваю на именно такой модели. Ну и хотелось бы все же увидеть результаты западных ямников вместо гаданий по самарцам

[FenriR]

ну, как с "Оракулом" примерно.

Угу. Почему бы сумме векторов "балканские EEF" и "прикаспийские ANE" не проявиться как "армяне"? Это как один из вариантов, не настаиваю на именно такой модели. Ну и хотелось бы все же увидеть результаты западных ямников вместо гаданий по самарцам

но у ямников, ведь, какой-то другой "предковый компонент", отличный от неолитического в Европе?
В любом случае, современные народы - очень условные приближения к древним группам, о чем, собственно, постоянно напоминают исследователи.
Да и все это довольно "вероятностные вещи": даже если Майкоп окажется очень близок Ямной, то 100% гарантии, что именно он является источником "южного компонента" у степняков, не будет - всегда останется, "генетическая" альтернатива, что этот компонент у ямников - особо хитрая смесь других, не связанных напрямую с майкопскими популяциями, вероятность эта будет уменьшаться с каждым новым сэмплом релавантной дДНК, но вряд ли станет нулевой.

[Srkz]

Угу. Почему бы сумме векторов "балканские EEF" и "прикаспийские ANE" не проявиться как "армяне"? Это как один из вариантов, не настаиваю на именно такой модели. Ну и хотелось бы все же увидеть результаты западных ямников вместо гаданий по самарцам

но у ямников, ведь, какой-то другой "предковый компонент", отличный от неолитического в Европе?

А откуда видно, что он другой? Может, различие вызвано влиянием третьего (четвертого, пятого и т.д.) компонента. Или у ямников есть как "другой", так и "европейский" южные компоненты (выглядит правдоподобно).

PS сделал еще сравнение ямников с усть-ишимцем, как вторым наиболее выраженным outgroup наряду с ЛЛК:
BR2   31,34
Ukrainian-West-and-Center   26,25
Swedish   23,22
Estonian   21,59
Russian-South   20,97
Balt   20,69
Croatian   20,17
Polish   19,87
Russian-West   19,65
German   19,27
Cornish   18,57
Greek_Azov   18,55
Irish-and-Scottish   18
Norwegian   17,99
French   17,57
English   17,52
Russian-North-Kargopol   17,36
Hungarian   17,29
Finnish-West   17,26
Karelian   14,88
Даже не знаю, как это назвать, "современность, связанная с ямниками, минус восточный вариант палеоохотников-собирателей"?

[FenriR]

Угу. Почему бы сумме векторов "балканские EEF" и "прикаспийские ANE" не проявиться как "армяне"? Это как один из вариантов, не настаиваю на именно такой модели. Ну и хотелось бы все же увидеть результаты западных ямников вместо гаданий по самарцам

но у ямников, ведь, какой-то другой "предковый компонент", отличный от неолитического в Европе?

А откуда видно, что он другой? Может, различие вызвано влиянием третьего (четвертого, пятого и т.д.) компонента. Или у ямников есть как "другой", так и "европейский" южные компоненты (выглядит правдоподобно).

видно, наверное, по разным буквам на "южных позициях" у европейских неолитчиков и ямников)
Может и влияние, думается, что и неолитический и "переднеазиатский" компоненты схожи в своей основе, в чем причина их различия: в смещении, вызванном миграциями других групп или естественного дрейфа, а может того и другого - кто знает?)

PS у ямников и "южные" мито смещены на восток, в сторону Ирана - Средней Азии.

[Srkz]

видно, наверное, по разным буквам на "южных позициях" у европейских неолитчиков и ямников)
Может и влияние, думается, что и неолитический и "переднеазиатский" компоненты схожи в своей основе, в чем причина их различия: в смещении, вызванном миграциями других групп или естественного дрейфа, а может того и другого - кто знает?)

Сначала надо обосновать, что у ямников есть лишь один "южный" компонент, тогда он действительно будет отличаться от EEF и "трипольцы" автоматически отпадут.

PS у ямников и "южные" мито смещены на восток, в сторону Ирана - Средней Азии.

Ну влияние оттуда вполне логично

[FenriR]

Сначала надо обосновать, что у ямников есть лишь один "южный" компонент, тогда он действительно будет отличаться от EEF и "трипольцы" автоматически отпадут.

так у шнуровиков же, отчетливо виден неолитический компонент LBK (/Starcevo), окажись у ямников компонент конкретно неолита Европы в каких-то значимых количествах, он был бы показан:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2015/02/10/013433.DC1/013433-1.pdf

Ну влияние оттуда вполне логично

влияние Триполья еще более логично, но его не видно, в отличии от центральноазиатского, если только не считать трипольцев отличными от других земледельцев Европы (того же Старцево), для чего, как будто бы, не оснований.

[zastrug]

FenriR, а Энтони не в курсе изучалось ли дДНК Днепро-донецкой , среднестоговской и срубной культур?

[FenriR]

FenriR, а Энтони не в курсе изучалось ли дДНК Днепро-донецкой , среднестоговской и срубной культур?

спрошу.