АвторТема: дДНК ямной культуры  (Прочитано 164847 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1275 : 12 Март 2015, 16:57:56 »
Интересное дерево по IBD-сегментам с палеогеномами и PCA-плот построил Wojewoda с Forumbiodiversity



Замечательная карта, на которой хорошо заметны векторы проекции палеогеномов на современные популяции.
Вектор генома неолитической культуры LBK уходит на ближний Восток (к популяциям Палестины, Иордании,  и как мне представляется, к бедуинам)
Геномы представителей культур Halberstadt, Bell Beaker и так далее связаны с закавказскими популяциями.
Вектора геномов представителей культур ямного круга, культур шнуровой керамики, восточных  охотников-собирателей  из Самары и Карелии - с калашами, пуштунами, бурушо, брагуями, таджиками и узбеками.

В этой связи вспоминаю свой эксперимент 2013 года.

Напомню, что в 2013 году Диэнек Понтикос внес предложение использовать при Rolloff-анализе генофонда белорусов  в качестве референсов литовцев и пуштунов. Следуя этому совету, я решил предпринять вторую попытку формального анализа адмикса в двух имеющихся у меня выборках белорусов  (эталонный выборка белорусов из статьи  Behar et al. 2011), и выборка белорусов, собранная в моем проекте.
Ниже приведены результаты эксперимента  с двумя этими группам (и в отличие результатов моей предыдущей попытки, результаты данного эксперимента менее “зашумленные”):


valid snps: 746877
group 0 Lithuanian
group 1 Pathan
number admixed: 13 number of references: 2
numsnps: 746877  numindivs: 55
starting main loop. numsnps: 158101


Summary of fit:


Formula: wcorr ~ (C + A * exp(-m * dist/100))


Parameters:
   Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
C 2.332e-04  3.029e-04   0.770  0.44165   
A 3.306e-02  1.227e-02   2.695  0.00728 **
m 1.169e+02  3.851e+01   3.037  0.00252 **
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1


Residual standard error: 0.006508 on 493 degrees of freedom


Number of iterations to convergence: 0
Achieved convergence tolerance: 9.103e-06


mean (generations):  116.9416

В принципе, если вместо древних палеогеномов с недостаточным числом снипов, мы будем использовать в качестве ближайшего аналога современные популяции - геномы литовцев в качестве аппроксимации геномов древних охотников-собирателей Европы, а геномы пуштунов - в качестве аппроксимации геномов охотников-собирателей из Карелии и Самары, а также шнуровиков и ямников - тогда результаты моего эксперимента 2013 года уже не кажутся странными.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1276 : 12 Март 2015, 20:50:32 »
LBK и Ямник?
Потом всех посравниваем (хотя не очень вижу смысл таких далеких сравнений)
Будет интересно посмотреть Кавказские популяции кому ближе будут
Вот разница трех LBK и двух ямников (поэтому самая гладкая карта)

Грузины на стороне LBK, армяне и абхазы посередине, остальные кавказцы на стороне ямников. Самые "ямные" - лезгины.

Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1674
  • Страна: 00
  • Рейтинг +123/-111
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1277 : 12 Март 2015, 22:50:31 »
Economy Culture Location Date Sample DNA Skin Hair Eyes Source
Hunter-gatherer    Palaeolithic    Mal'ta, Siberia, Russia    24,000 BP    MA-1    SLC24A5 A    dark    dark brown    brown    Raghavan 2013
Hunter-gatherer    Mesolithic    Loschbour, Heffingen, Luxembourg    6220-5990 BC    LSB 1    SLC24A5 A (2) HERC2 D (2) darker than Neolithic    dark brown / black    blue    Lazaridis 2013
Hunter-gatherer    Mesolithic    La Braña-Arintero, Leon, Spain    5940-5690 BC    La Braña 1    SLC24A5 A SLC45A2 A   dark    dark    blue    Olalde 2014
Hunter-gatherer    Mesolithic    Stora Förvar cave, Stora Karlsö Island, Sweden    7500 - 7250 cal. BP    SfF11    SLC45A2 D    medium?          Skoglund 2014, table S6.
Hunter-gatherer    Pitted Ware    Ajvide, Eksta, Gotland, Sweden    2800-2000 BC    Ajv 58    SLC24A5 A SLC45A2 A   darker       blue    Skoglund 2014

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1278 : 13 Март 2015, 06:09:00 »
Разница испанского неолитчика (Troc5 - I0412) и трех LBK. Эрзянское пятно пока отнесем на шум у испанца :) Также у испанца несколько сильнее Северная Африка и баски, зато современные испанцы имеют больше общего с LBK. Наибольшая разница в пользу LBK у итальянцев и балканцев, Кавказ и Ближний Восток тоже вполне прилично в их пользу.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1279 : 13 Март 2015, 11:41:17 »
Попытки Поляко вывести "ямный компонент":
http://imageshack.com/a/img901/6617/nj1xEI.png
http://imageshack.com/a/img538/3686/oM7dTv.png

Оффлайн Arsen

  • Сообщений: 832
  • Страна: 00
  • Рейтинг +120/-55
  • Y-ДНК: R1b - L23
  • мтДНК: H13a1a1
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1280 : 13 Март 2015, 11:55:19 »
А каково значение градации от 0 до 1 в графике? Просто сравнительная шкала, либо пропорциональное отражение доли "ямных" генов?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1281 : 13 Март 2015, 12:18:31 »
А каково значение градации от 0 до 1 в графике? Просто сравнительная шкала, либо пропорциональное отражение доли "ямных" генов?
Доля "ямного" компонента (0,4 = 40% и т.д.). Видимо, это не отображение вклада именно самарских ямников, а всех схожих с ними групп.

Оффлайн Arsen

  • Сообщений: 832
  • Страна: 00
  • Рейтинг +120/-55
  • Y-ДНК: R1b - L23
  • мтДНК: H13a1a1
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1282 : 13 Март 2015, 13:02:04 »
Благодарю, в данном случае, если грубо, то все что "восточно-европейское" по ФТДНА - от ямников получается.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1283 : 13 Март 2015, 13:13:23 »
Все, он выложил нормальную таблицу: http://eurogenes.blogspot.ru/2015/03/yamnaya-related-ancestry-proportions-in.html
Видимо, в компонент pre-Yamnaya попали как EEF, так и "охотничьи" группы (но не WHG)
Upd У самого автора чуть другое мнение:
Цитировать
Pre-Yamnaya seems to be a mixture of Near Eastern Neolithic and WHG. But again, I don't think it's all that relevant here.
« Последнее редактирование: 13 Март 2015, 13:48:58 от Srkz »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2017
  • Страна: 00
  • Рейтинг +531/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1284 : 13 Март 2015, 13:20:40 »
Все, он выложил нормальную таблицу: http://eurogenes.blogspot.ru/2015/03/yamnaya-related-ancestry-proportions-in.html
Видимо, в компонент pre-Yamnaya попали как EEF, так и "охотничьи" группы (но не WHG)
Если бы не ENA, удмурты были бы вполне себе ямниками.


ЗЫ удивила детализация по таджикам в таблице, не думал, что проработаны их региональные группы.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1285 : 13 Март 2015, 13:44:42 »
Если бы не ENA, удмурты были бы вполне себе ямниками.
Самая большая разница Ямники/ЛЛК по IBD получилась у удмуртов, калашей, пуштунов и лезгинов.

Цитировать
ЗЫ удивила детализация по таджикам в таблице, не думал, что проработаны их региональные группы.
Недавно выложили на сайте Эстонского Биоцентра дополнительные выборки (а Поляко, кажется, еще чуть раньше их достал).

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1286 : 13 Март 2015, 13:51:53 »
Попытки Поляко вывести "ямный компонент":
http://imageshack.com/a/img901/6617/nj1xEI.png
http://imageshack.com/a/img538/3686/oM7dTv.png
думаю было две миграции с юга на север в сторону Волги
первая со стороны Дербента(близость к Лезгинам), вторая со стороны Туркмении(близость к Турменам и Памирцам)
Лезгины ->Каспийская раса
Туркмены-Памирцы ->Закаспийская подраса
Алексеев относил Памирцев к Закаспийской подрасе

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1287 : 13 Март 2015, 13:53:56 »
думаю было две миграции с юга на север в сторону Волги
первая со стороны Дербента(близость к Лезгинам), вторая со стороны Туркмении(близость к Турменам и Памирцам)
Лезгины ->Каспийская раса
Туркмены-Памирцы ->Закаспийская подраса
Алексеев относил Памирцев к Закаспийской подрасе
Они представляют один и тот же компонент, это общая близость.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1288 : 13 Март 2015, 15:57:00 »
А Восточная Европа заселялась после отступления ледника выходцами из Мамонтовой степи и позже из лесной зоны Евразии.
Небольшое уточнение:
Заселение Восточной Европы проходило (после выходцев из Мамонтовой степи и до прихода выходцев из земледельческих регионов), по мере наступления лесной зоны на север, обитателями этих, наступающих,  лесов.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2802/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1289 : 13 Март 2015, 16:18:27 »
Небольшое уточнение:
Заселение Восточной Европы проходило (после выходцев из Мамонтовой степи и до прихода выходцев из земледельческих регионов), по мере наступления лесной зоны на север, обитателями этих, наступающих,  лесов.
В случае Восточной Европой заселение лесов проходило  в широтном, а не в меридианальном направлении.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.