Имхо Месоамерика стадиально аналог раннешумерского периода. До больших централизованных империй они просто не дожили. Ацтеки только начинали.
На Ближнем Востоке III тыс. до н.э., я полагаю, языковая картина тоже была достаточно пёстрой. Унификацию обеспечили несколько последовательно сменявших друг друга империй - аккадская, ассирийская, персидская, эллинистические царства, римская, халифат...
Будь у месоамериканцев ещё пара тысяч лет, вполне вероятно, что кроме юто-ацтеков там мало бы кто остался.