АвторТема: Вирус гриппа  (Прочитано 2433 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Вирус гриппа
« : 30 Апрель 2009, 00:07:53 »
Построил небольшую сеть по 213 сиквенсам гемагглютинина вируса гриппа (Influenza A), в основном серотип H1N1. Забавно, что таксоны неплохо сгруппировались по годам, за редкими исключениями когда слишком длинная ветвь попадала немного не в свой огород. Поэтому пожалуйста обращайте внимание на длину линков. Еще нужно учитывать что красоту сети изрядно портит рекомбинация, поэтому серьезно к этому дереву относиться не стоит. Хотя сам вирус серьезный :)

Для каждого таксона приведена информация:

H1N1 серотип
(sw) свинка или (dk) уточка
2006 год консервации материала
Hungary происхождение
FJ798777 аксешн


Чуть ниже и левее корня ищите испанку (1918, South_Carolina). Истинный корень по-видимому ближе к этому узлу, надо было подобрать подходящий аутгруп. Я добавил с десяток советских вариантов, ими мы болели в детстве, см. годы :) А в левом нижнем углу несколько свеженьких сиксенсов 2009 года из Техаса и Калифорнии. Их выложили в Генбанк несколько дней назад. Это и есть "мексиканский" грипп.






PS. В некоторых местах на очень длинном линке (порядка 300-500 мутаций = вес 3000-5000) подвешивается ветвь другого серотипа. Я намеренно не включал их в аутгруп потому что внутри самого семейства H1 выявляются линки не меньшей длины чем те, что сопряжены со сменой серотипа. В какой мере это объясняется рекомбинацией не могу сказать. Надо спросить вирусологов.
« Последнее редактирование: 30 Апрель 2009, 00:58:03 от Valery »

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вирус гриппа
« Ответ #1 : 30 Апрель 2009, 00:39:30 »
Оставил только H1N1 и H1N2, но серьезных изменений в дереве не произошло.



Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вирус гриппа
« Ответ #2 : 01 Май 2009, 04:45:42 »
Почитал доки, в общем понятно что не так. Попробую улучшить :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100