АвторТема: Филогенетическое дерево гаплогруппы I2b и ее субкладов  (Прочитано 17890 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 9012
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1120/-7
  • Ultimate Matriarchy
Разрезал на 19 кусков по 100 (т.е. -g 100) , ми стоимость 160191. Это уазывает на наличие весов. Вадим, а в Нексусе тоже с весами? Если не затрудним, скажите какая стоимость была у ТНТ, почему 307 локусов и есть ли там веса. Я хочу понять качество DECOMPOSE в Мурке. Оно увы скверное, но хочется знать насколько :) Заранее спасибо.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Что-то с конвертером.. В РДФ признаков 307 а в нексусе 313

Все правильно, я убрал последних 6 последних признаков из rdf при переводе в нексус. Эти признаки у всех гаплотипов были одинаковые.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Разрезал на 19 кусков по 100 (т.е. -g 100) , ми стоимость 160191. Это уазывает на наличие весов. Вадим, а в Нексусе тоже с весами? Если не затрудним, скажите какая стоимость была у ТНТ, почему 307 локусов и есть ли там веса. Я хочу понять качество DECOMPOSE в Мурке. Оно увы скверное, но хочется знать насколько :) Заранее спасибо.

В TNT best score -4399, что указывает, как Вы правильно заметили, на использование весов. Расхождение в стоимости деревьев связанно с тем, что я убрал последние 6 признаков. При "препарации" ych файла я использовал метрику states_7.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 9012
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1120/-7
  • Ultimate Matriarchy
Что-то с конвертером.. В РДФ признаков 307 а в нексусе 313

Все правильно, я убрал последних 6 последних признаков из rdf при переводе в нексус. Эти признаки у всех гаплотипов были одинаковые.


Вадим, но если бы элайнменты были одинаковы с точностью до константных признаков, то разница стоимости деревьев была бы меньше. Мурка даже при использовании декомпозиции не даст стоимость хуже чем оптимум * 2, на этот счет есть теорема. Но коли 4000 * 2 < 10000 значит элайнменты таки разные. Помните те случаи с большой разницей стоимости, правда без декомпозиции? Там были разные элайнменты, хотя Вы не признавали это :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Я это вполне допускаю. Значит, я ошибся.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Вадим, но если бы элайнменты были одинаковы с точностью до константных признаков, то разница стоимости деревьев была бы меньше.
Я убирал этот признак "001" автоматом, через Find/Replace All. Число удаленных фрагментов совпал с общим количеством гаплотипов, и массив данных получился равномерный. Иначе бы TNT ругался. Впрочем, Вы можете сравнить разницу между Nexus (там убраны последние признаки) и бинарной матрицей RDF.

Но Вы не ответили на мой вопрос - удалось ли получить нечто графически приемлимое?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 9012
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1120/-7
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Но Вы не ответили на мой вопрос - удалось ли получить нечто графически приемлимое?

я остановил через пару минут когда сосчиталась небольшая часть деревьев. Мне было принципиальным увидеть что оно работает.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Цитировать
Но Вы не ответили на мой вопрос - удалось ли получить нечто графически приемлимое?

я остановил через пару минут когда сосчиталась небольшая часть деревьев. Мне было принципиальным увидеть что оно работает.

Хм, Валерий, а Вы не поделитесь параметрами запуска?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 9012
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1120/-7
  • Ultimate Matriarchy
Например так.


-j CONSTSPLITS|EQSPLITS|PARTITIONING|POSTPROC|ROOTING|CONTRACTNT2|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MPSTAT|NWAGE|OBSCHECK|WPHEUR|DECOMPOSE -e 0 -x 0 -b 45 -f "NOFU" -m 0.1 -g 200

качество наверное будет хуже некуда, декомпозиция у меня скверная

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Удалось вытащить из гигантского древофайла, созданного Mouglley кусок графики с изображением "ветви" субклада I2b (с корневым узлом). Как видно, I2b образует правую ветвь общей ветви I2a и I2b(которая видна здесь).Файл, на котором видна топология ветви I2b, можна посмотреть здесь. Поскольку файл большой (около 2Mb), придется ждать некоторое время, пока он загрузиться.
« Последнее редактирование: 15 Ноябрь 2009, 15:40:00 от Vadim Verenich »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7120
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
графики с изображением "ветви" субклада R1b
???

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
графики с изображением "ветви" субклада R1b
???
Описка вышла. Спасибо за замечание, поправил очепятку. Вчера я заканчивал статью об ирландцах, и поэтому на автомате вместо I2b влепил R1b. :)

Оффлайн zastrug

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11203
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Вадим, а как это дерево можно увеличить? ???

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10406
  • Страна: ee
  • Рейтинг +759/-8
Нет,вряд ли. Там такое разрешение в смотрибельном виде получается, что никакого монитора не хватит.Да и опер.память должна быть для быстрой и безпроблемной конвертации не менее 17Гб. :o 

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7120
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Вот так, постепенно, и выясняются требования к компьютеру ДНК-генеалога.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.