АвторТема: дДНК теперь и в ftdna  (Прочитано 1475 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
дДНК теперь и в ftdna
« : 24 Октябрь 2014, 03:38:29 »
Т.к. ftdna разрешили бесплатный трансфер RAW-данных на чипе V3 23andme, Феликс Чандракумар решил этим воспользоваться и загрузил несколько сэмплов дДНК с покрытием на уровне ftdna, трое из них таки нашли своих совпаденцев, повторив тем самым достижение на Gedmatch=)
Цитировать
FamilyTreeDNA has allowed to upload V3 files from 23andMe for free through their Autosomal Transfer. Meanwhile, I was genotyping ancient DNA samples from sequence reads uploaded by researchers. I also uploaded all files that has more SNPs than 23andMe V4 to GEDMatch. Interestingly, some ancient DNA samples like ClovisAnzick, LBK and Loschbour had matches with people living today in GEDMatch . I had blogged about this in the past month. Ancient DNA samples Altai Neanderthal, Clovis Anzick, Denisova, Hinxton-4, Linearbandkeramik, Loschbour and Palaeo Eskimo had significant V3 SNPs making it compatible with FamilyTreeDNA. I took advantage of the Autosomal Transfer and uploaded them. Out of all the uploads, 3 had matches.

Кроме того, Феликс запросил создание проекта, посвященного дДНК:
Цитировать
I had requested a Ancient DNA group project which gives an opportunity for existing admins and co-admins who are interested to manage the project and kits who match who are interested can join which helps to better understand the ancient world. I had blurred the matches because, these matches are not open to anyone in FamilyTreeDNA. Hence, to respect privacy, I had to hide it. I am eagerly waiting for this project to get approved which helps to bring all ancient DNA matches closer and analyze further.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: дДНК теперь и в ftdna
« Ответ #1 : 24 Октябрь 2014, 09:05:32 »
Получается что надо как-то серьезно дорабатывать модель совпаденцев по сантиморганам.
Отбирать более стабильные или подверженные сопряжению ...

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: дДНК теперь и в ftdna
« Ответ #2 : 24 Октябрь 2014, 12:20:55 »
интересно будет кто увидит древнего человека в троюродных братьях ))))

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК теперь и в ftdna
« Ответ #3 : 24 Октябрь 2014, 12:24:20 »
Смотрел на Gedmatch Anzick'а, там была куча явных америндов в совпаденцах.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: дДНК теперь и в ftdna
« Ответ #4 : 24 Октябрь 2014, 13:43:41 »
http://www.fc.id.au/2014/10/ancient-dna-matches-in-familytreedna.html
 При всем уважении к Феликсу, я думаю что это очень плохая идея - сравнивать современные клиентские данные с данными древних ДНК-сэмплов.
 По трем объективным причинам: 1) значительное количество этих сэмплов имеют высокую гомозиготность по своим снипам, это существенно удлиняет IBD превращая их в составные сегменты. Отсюда большое количество shared cM.
 2) дефолтные значения сравниваемых сэмплов - 7 сM и 700 снипов разрабатывались для чипов с относительно одинаковой плотностью покрытия снипов (т.е распределение снипов примерно равномерное по всем хромосомам). В случае с древней ДНК практически все аутосомные данные - это результат NG-сиквенирования, т.е принципиально другой методики, где как качество так и количество/плотность снипов заведома неизвестны. Поэтому результаты сравнения будут сильно далеки от реальности.
 3) большая часть сэмплов имеет небольшое число снипов общих с одной из двух популярных коммерческих платформ.
 Было бы интересно построить в биокондукторе графики плотности похромосомного распределения снипов в древней ДНК и сравнить их  с профилями покрытия FTDNA или 23andme v3. Если разница в форме и амплитуде будет визуально заметна, тогда вряд ли посегментное сравнение с древней ДНК будет иметь смысл
« Последнее редактирование: 24 Октябрь 2014, 14:01:20 от I2a1a »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.