АвторТема: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia  (Прочитано 13205 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #75 : 16 Ноябрь 2014, 20:20:47 »
Когда будет время, хочу добавить к сравнению более южные и восточные выборки. Может, где-то там вырисуется эпицентр. Пока на его роль больше нравится киргизско-уйгурское пятно.
Цитировать
"степной" (ногаи-восток Украины-Болгария).
-Италия-Франция :) ИМХО шум (кроме ногайцев, которым сам бог велел). Хотя...
Eurogenes K15
North_Sea 0.06
Atlantic 11.22
Baltic 0
Eastern_Euro 3.06
West_Med 4.82
West_Asian 0
East_Med 0
Red_Sea 3.36
South_Asian 30.75
Southeast_Asian 15.26
Siberian 2.01
Amerindian 2.19
Oceanian 10.97
Northeast_African 10.1
Sub-Saharan 6.22
В кластерном анализе (вардовская кластеризация) по 4 первым компонентам PCA усть-ишимец у меня получился в одном кластере с киргизами и кажется селькупами.
По первым двум компонентам в том варианте рейховского набора популяций, где нет андаманцев Onge - он попадает в один кластер с австралийскими аборигенами.
Думаю, что onge все же ближе, да к тому же во всех калькуляторах у усть-ишимца максимум "генома" приходится на сочетание южно-индийских и юго-восточноазиатских компонентов.
А вот "костенковец" оказывается ближе всего к чувашам и саамам. Что характерно - в предыдущих вариантах, в которых я не использовал костенковца, место костенковца часто занимал AG-2 (Afontova Gora).
 
 

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #76 : 16 Ноябрь 2014, 20:23:21 »
Штутгарт (LBK380), Отци и Gok2 практически всегда обнаруживают прочную связку (между собой и с сардинцами), в то время как остальные палеогеномы часто перетасовываются в зависимости от состава выборки

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 12379
  • Страна: id
  • Рейтинг +810/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #77 : 16 Ноябрь 2014, 20:43:22 »
Думаю, что onge все же ближе, да к тому же во всех калькуляторах у усть-ишимца максимум "генома" приходится на сочетание южно-индийских и юго-восточноазиатских компонентов.
ЮВА и Вост. Азия сильно отличаются по геномам?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #78 : 17 Ноябрь 2014, 00:21:02 »
Просмотрел еще раз свои кластерограммы (когда писал предыдущее сообщение, у меня не было их перед глазами). Разница между кластерными схемами PC1-2 и PC-1-2-3-4 заметна.В первом случае костенковец в одном кластере с индусами, а во-втором с с чувашами и саамами. Характерно, что восточноевразийские палеогеномы Тяньюань и Усть-Ишим входят в один кластер (их положение не сильно меняется), а MA1 нет.


https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQSU50dTJjc1h3X1E/view?usp=sharing

https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQamJFLTdHSlpHNHM/view?usp=sharing

Оффлайн AlexeiK

  • Сообщений: 2
  • Страна: ee
  • Рейтинг +0/-0
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #79 : 04 Май 2020, 21:30:58 »
Приветствую. А может кто-то прокомментировать совпадение с усть-ушинским человеком? На Gedmatch совпало 2 маленьких участка. Один в 3-ей хромосоме 5сМ, 224 SNPs, второй в 13-ой, 4,4 сМ, 263 SNPs. Total Half-Match segments (HIR)= 9,4cM. 47.667 Pct NSPs are full identical.
Что это может означать? У многих такое встречается? ) Сам полный дилетант в этих областях.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia
« Ответ #80 : 17 Февраль 2021, 22:59:28 »
Почему усть-ишимец K2a1?
Кто так решил?

G. Magoon.
Вот первоисточник на Anthrogenica.com:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?3344-DNA-yields-secrets-of-human-pioneer&p=56848&viewfull=1#post56848
Цитата: lgmayka;56848
G. Magoon just announced this on a mailing list:
---
I've just been taking a look at the chrY data for the ancient genome described here: http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7523/full/nature13810.html (data just became available today). The authors of the paper classify him as K(xLT), but that is based on an older tree. I've been looking at the results in the context of our tree and a preliminary look suggests that this will split the SNPs we have as defining "Hg-X" into two levels. In particular, his results suggest he is:
CTS11667+
Z4842/M2308+
Z12216-
Z4845/M2313-
Z12176-
Z4952/M2339-
F650/M2346-
---

On YFull's haplotree, then, this man from 45,000 years ago has some but not all of the SNPs associated with K-M2335, which is essentially pre-NO.

Усть-ишимец на YFull
https://www.yfull.com/live/tree/K-M2308/

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.