Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory

[FenriR]

Сделал проще, скачал сразу mt в формате BAM(там же можно и такой формат выбрать).

что-то я не могу найти, где именно можно выбрать BAM?

[Sylvester]

Сделал проще, скачал сразу mt в формате BAM(там же можно и такой формат выбрать).

что-то я не могу найти, где именно можно выбрать BAM?

Например если пройти по ссылке

кому интересно, по ссылке можно скачать геномный файл формата .sra для IR1

и затем внизу ткнуть например на SRR1186786 то откроется новая страничка http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR1186786, там нужно ткнуть закладку Alignment, а там в Reference выбираем хромосому(в данном случае мито) и внизу вместо fasta выбираем BAM, жмем кнопку file.
Для других хромосом аналогично проделать для SRR1186714. Сразу все хромосомы похоже нельзя выгрузить, только по одной.

[I2a1a]

Я бы не рекомендовал использовать GATK, BWA и Picard на обычном персональном компьютере.
Лучше всего использовать системы распределенного вычисления, например кластеры или гриды (для GATK у меня получались самые оптимальные варианты при резервировании 8 Гб RAM под виртуальную машину Java, 2-3 узлах с 4 процессорами каждый, при увеличении значений параметров заметной глазу оптимизации не наблюдалось).

Перед тем как использовать алгоритм BWA, нужно проиндексировать референсную фаста (например, hg19.fa).

Немало времени уходило у меня и на "склеивание" генома из архива коротких ридов (прочтений фрагментов генома) с помощью программы BWA,
 [vadim78@rocket hixton2]$ bwa index ucsc.hg19.fasta
 [bwa_index] Pack FASTA... 34.39 sec
 [bwa_index] Reverse the packed sequence... 8.77 sec
 [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
 [BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 100000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 20 iterations done. 200000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 30 iterations done. 300000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 40 iterations done. 400000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 50 iterations done. 500000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 60 iterations done. 600000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 70 iterations done. 700000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 80 iterations done. 800000000 characters processed.
 [BWTIncConstructFromPacked] 90 iterations done. 900000000 characters processed.
 ****

 [bsw2_aln] read 66667 sequences (10000050 bp)...
 [bsw2_aln] read 66667 sequences (10000050 bp)...
 [bsw2_aln] read 51047 sequences (7657050 bp)...
 [vadim78@rocket hixton2]$ java -Xmx800m -jar picard/AddOrReplaceReadGroups.jar INPUT=ERR405808.sam OUTPUT=ERR405808.bam SORT_ORDER=coordinate RGID=rgid RGLB=rglib RGPL=illumina RGPU=rgpu RGSM=sample
 [Fri Oct 17 17:59:08 EEST 2014] picard.sam.AddOrReplaceReadGroups INPUT=ERR405808.sam OUTPUT=ERR405808.bam SORT_ORDER=coordinate RGID=rgid RGLB=rglib RGPL=illumina RGPU=rgpu RGSM=sample    VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false
 [Fri Oct 17 17:59:08 EEST 2014] Executing as vadim78@rocket on Linux 2.6.32-431.17.1.el6.x86_64 amd64; OpenJDK 64-Bit Server VM 1.7.0_65-mockbuild_2014_07_16_05_06-b00; Picard version: 1.122(91602df7ed61d457c58be36a1d827501e9d4c694_1412778555) IntelDeflater
 INFO 2014-10-17 17:59:08 AddOrReplaceReadGroups Created read group ID=rgid PL=illumina LB=rglib SM=sample
 INFO 2014-10-17 17:59:18 AddOrReplaceReadGroups Processed     1,000,000 records.  Elapsed time: 00:00:10s.  Time for last 1,000,000:   10s. Last read position: chr6:58,745,496
 INFO 2014-10-17 17:59:31 AddOrReplaceReadGroups Processed     2,000,000 records.  Elapsed time: 00:00:22s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 17:59:43 AddOrReplaceReadGroups Processed     3,000,000 records.  Elapsed time: 00:00:35s.  Time for last 1,000,000:   12s. Last read position: chr8:59,012,354
 INFO 2014-10-17 17:59:56 AddOrReplaceReadGroups Processed     4,000,000 records.  Elapsed time: 00:00:47s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: chr10:131,326,703
 INFO 2014-10-17 18:00:09 AddOrReplaceReadGroups Processed     5,000,000 records.  Elapsed time: 00:01:01s.  Time for last 1,000,000:   13s.  Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:00:22 AddOrReplaceReadGroups Processed     6,000,000 records. Elapsed time: 00:01:14s.  Time for last 1,000,000:   13s.  Last read position: chr4:19,224,396
 INFO 2014-10-17 18:00:35 AddOrReplaceReadGroups Processed     7,000,000 records.  Elapsed time: 00:01:26s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:00:47 AddOrReplaceReadGroups Processed     8,000,000 records.  Elapsed time: 00:01:38s.  Time for last 1,000,000:   12s. Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:00:59 AddOrReplaceReadGroups Processed     9,000,000 records.  Elapsed time: 00:01:50s.  Time for last 1,000,000:   11s.  Last read position: chrX:131,024,256
 INFO 2014-10-17 18:01:11 AddOrReplaceReadGroups Processed    10,000,000 records.  Elapsed time: 00:02:02s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:01:24 AddOrReplaceReadGroups Processed    11,000,000 records. Elapsed time: 00:02:15s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: chr10:103,168,267
 INFO 2014-10-17 18:01:37 AddOrReplaceReadGroups Processed    12,000,000 records.  Elapsed time: 00:02:28s.  Time for last 1,000,000:   12s.  Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:01:49 AddOrReplaceReadGroups Processed    13,000,000 records.  Elapsed time: 00:02:40s.  Time for last 1,000,000:   11s. Last read position: */*
 INFO 2014-10-17 18:02:00 AddOrReplaceReadGroups Processed    14,000,000 records.  Elapsed time: 00:02:52s.  Time for last 1,000,000:   11s.  Last read position: */*
 [Fri Oct 17 18:06:07 EEST 2014] picard.sam.AddOrReplaceReadGroups done. Elapsed time: 6.98 minutes.
 Runtime.totalMemory()=732954624


 


 

[I2a1a]

Как я уже сказал Феликс удивляет скоростью обработки данных. С другой стороны, поскольку результаты обработки находятся в открытом доступе, Феликс упрощает нам работу, т.к. можно сконцентрировать свое внимание на непосредственном статистическом и адмикс-анализе образцов.
 Экономия налица, так как ранее на процедуру приведения формата генотипов к общему уходило много времени. Например, посмотрите сколько ушло у меня времени на обработку генома Hixton2 в вычислительном кластере HPC  Tartu
 
 [vadim78@rocket hixton2]$ srun -N 1 --ntasks-per-node=1 --mem=12000 --time=03:00:00 java -Xmx12g -jar /storage/software/GenomeAnalysisTK-2.8-1/GenomeAnalysisTK.jar  -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator  -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf -nt 8 -nct 4
 INFO  19:13:57,274 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:13:57,340 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:13:57,340 HelpFormatter - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v2.8-1-g932cd3a, Compiled 2013/12/06 16:47:15
 INFO  19:13:57,340 HelpFormatter - Copyright (c) 2010 The Broad Institute
 INFO  19:13:57,340 HelpFormatter - For support and documentation go to http://www.broadinstitute.org/gatk
 INFO  19:13:57,344 HelpFormatter - Program Args: -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf -nt 8 -nct 4
 INFO  19:13:57,344 HelpFormatter - Date/Time: 2014/10/17 19:13:57
 INFO  19:13:57,344 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:13:57,345 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:13:57,350 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:13:57,379 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of dbsnp_138.hg19.vcf to be VCF
 INFO  19:13:57,479 GenomeAnalysisEngine - Strictness is SILENT
 INFO  19:13:57,663 GenomeAnalysisEngine - Downsampling Settings: Method: BY_SAMPLE, Target Coverage: 250
 INFO  19:13:57,684 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:13:58,126 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:24:39,585 IntervalUtils - Processing 94206213 bp from intervals
 INFO  19:24:39,632 MicroScheduler - Running the GATK in parallel mode with 32 total threads, 4 CPU thread(s) for each of 8 data thread(s), of 20 processors available on this machine
 WARN  19:24:39,633 MicroScheduler - Number of requested GATK threads 32 is more than the number of available processors on this machine 20
 INFO  19:24:49,544 GATKRunReport - Uploaded run statistics report to AWS S3
 ##### ERROR ------------------------------------------------------------------------------------------
 ##### ERROR A USER ERROR has occurred (version 2.8-1-g932cd3a):
 ##### ERROR
 ##### ERROR This means that one or more arguments or inputs in your command are incorrect.
 ##### ERROR The error message below tells you what is the problem.
 ##### ERROR
 ##### ERROR If the problem is an invalid argument, please check the online documentation guide
 ##### ERROR (or rerun your command with --help) to view allowable command-line arguments for this tool.
 ##### ERROR
 ##### ERROR Visit our website and forum for extensive documentation and answers to
 ##### ERROR commonly asked questions http://www.broadinstitute.org/gatk
 ##### ERROR
 ##### ERROR Please do NOT post this error to the GATK forum unless you have really tried to fix it yourself.
 ##### ERROR
 ##### ERROR MESSAGE: Invalid command line: Argument nct has a bad value: The analysis VariantAnnotator currently does not support parallel execution with nct.  Please run your analysis without the nct option.
 ##### ERROR ------------------------------------------------------------------------------------------
 srun: error: stage127: task 0: Exited with exit code 1
 [vadim78@rocket hixton2]$ srun -N 1 --ntasks-per-node=1 --mem=12000 --time=03:00:00 java -Xmx12g -jar /storage/software/GenomeAnalysisTK-2.8-1/GenomeAnalysisTK.jar  -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator  -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf
 INFO  19:26:18,609 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:26:18,659 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:18,660 HelpFormatter - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v2.8-1-g932cd3a, Compiled 2013/12/06 16:47:15
 INFO  19:26:18,660 HelpFormatter - Copyright (c) 2010 The Broad Institute
 INFO  19:26:18,660 HelpFormatter - For support and documentation go to http://www.broadinstitute.org/gatk
 INFO  19:26:18,664 HelpFormatter - Program Args: -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf
 INFO  19:26:18,664 HelpFormatter - Date/Time: 2014/10/17 19:26:18
 INFO  19:26:18,664 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:18,664 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:18,678 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:26:18,720 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of dbsnp_138.hg19.vcf to be VCF
 INFO  19:26:18,813 GenomeAnalysisEngine - Strictness is SILENT
 INFO  19:26:19,007 GenomeAnalysisEngine - Downsampling Settings: Method: BY_SAMPLE, Target Coverage: 250
 INFO  19:26:19,028 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:26:19,462 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 ^Csrun: interrupt (one more within 1 sec to abort)
 srun: task 0: running
 ^Csrun: interrupt (one more within 1 sec to abort)
 srun: task 0: running
 ^Csrun: sending Ctrl-C to job 69012.0
 srun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
 ^Csrun: forcing job termination
 slurmstepd: *** STEP 69012.0 CANCELLED AT 2014-10-17T19:26:37 ***
 [vadim78@rocket hixton2]$ srun -N 1 --ntasks-per-node=1 --mem=12000 --time=03:00:00 java -Xmx12g -jar /storage/software/GenomeAnalysisTK-2.8-1/GenomeAnalysisTK.jar  -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator  -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf -nt 8
 INFO  19:26:53,504 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:26:53,577 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:53,577 HelpFormatter - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v2.8-1-g932cd3a, Compiled 2013/12/06 16:47:15
 INFO  19:26:53,577 HelpFormatter - Copyright (c) 2010 The Broad Institute
 INFO  19:26:53,577 HelpFormatter - For support and documentation go to http://www.broadinstitute.org/gatk
 INFO  19:26:53,581 HelpFormatter - Program Args: -R ucsc.hg19.fasta -T VariantAnnotator -A Coverage -L Hixon2_out.vcf --variant Hixon2_out.vcf --dbsnp dbsnp_138.hg19.vcf -o Hixon2-annot.vcf -nt 8
 INFO  19:26:53,582 HelpFormatter - Date/Time: 2014/10/17 19:26:53
 INFO  19:26:53,582 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:53,582 HelpFormatter - --------------------------------------------------------------------------------
 INFO  19:26:53,588 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of Hixon2_out.vcf to be VCF
 INFO  19:26:53,623 ArgumentTypeDescriptor - Dynamically determined type of dbsnp_138.hg19.vcf to be VCF
 INFO  19:26:53,716 GenomeAnalysisEngine - Strictness is SILENT
 INFO  19:26:53,918 GenomeAnalysisEngine - Downsampling Settings: Method: BY_SAMPLE, Target Coverage: 250
 INFO  19:26:53,939 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:26:54,369 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:26,074 IntervalUtils - Processing 94206213 bp from intervals
 INFO  19:38:26,115 MicroScheduler - Running the GATK in parallel mode with 8 total threads, 1 CPU thread(s) for each of 8 data thread(s), of 20 processors available on this machine
 INFO  19:38:26,181 GenomeAnalysisEngine - Preparing for traversal
 INFO  19:38:26,353 GenomeAnalysisEngine - Done preparing for traversal
 INFO  19:38:26,354 ProgressMeter - [INITIALIZATION COMPLETE; STARTING PROCESSING]
 INFO  19:38:26,354 ProgressMeter -        Location processed.sites  runtime per.1M.sites completed total.runtime remaining
 INFO  19:38:26,652 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:26,884 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:26,969 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:27,061 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:27,152 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:27,220 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:27,308 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file Hixon2_out.vcf
 INFO  19:38:27,468 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:27,717 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:27,812 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:27,910 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:28,016 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:28,088 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:28,274 RMDTrackBuilder - Loading Tribble index from disk for file dbsnp_138.hg19.vcf
 INFO  19:38:56,868 ProgressMeter -    chr1:1071203        2.63e+04   30.0 s       19.3 m      0.0%        29.6 h    29.6 h
 INFO  19:39:56,881 ProgressMeter -   chr1:19197952        7.42e+05   90.0 s        2.0 m      0.8%         3.2 h     3.2 h
 INFO  19:40:26,882 ProgressMeter -   chr1:30248066        1.17e+06  120.0 s      102.0 s      1.2%         2.7 h     2.6 h
 INFO  19:40:56,884 ProgressMeter -   chr1:40914970        1.60e+06    2.5 m       94.0 s      1.7%         2.5 h     2.4 h
 INFO  19:41:26,891 ProgressMeter -   chr1:52490044        2.03e+06    3.0 m       88.0 s      2.2%         2.3 h     2.3 h
 INFO  19:41:56,893 ProgressMeter -   chr1:64144877        2.47e+06    3.5 m       85.0 s      2.6%         2.2 h     2.2 h
 INFO  19:42:26,894 ProgressMeter -   chr1:77769190        2.90e+06    4.0 m       82.0 s      3.1%         2.2 h     2.1 h
 INFO  19:42:56,894 ProgressMeter -   chr1:92031958        3.33e+06    4.5 m       81.0 s      3.5%         2.1 h     2.0 h
 INFO  19:43:26,896 ProgressMeter -  chr1:106596388        3.76e+06    5.0 m       80.0 s      4.0%         2.1 h     2.0 h
 INFO  19:43:56,897 ProgressMeter -  chr1:118710454        4.18e+06    5.5 m       79.0 s      4.4%         2.1 h   118.3 m
 INFO  19:44:26,899 ProgressMeter -  chr1:156553206        4.60e+06    6.0 m       78.0 s      4.9%         2.0 h   116.8 m
 INFO  19:45:06,901 ProgressMeter -  chr1:173077345        5.18e+06    6.7 m       77.0 s      5.5%         2.0 h   114.7 m
 INFO  19:45:36,902 ProgressMeter -  chr1:185062916        5.60e+06    7.2 m       76.0 s      5.9%         2.0 h   113.3 m
 INFO  19:46:06,904 ProgressMeter -  chr1:200867542        6.03e+06    7.7 m       76.0 s      6.4%       119.7 m   112.0 m
 INFO  19:46:36,905 ProgressMeter -  chr1:211706990        6.46e+06    8.2 m       75.0 s      6.9%       119.1 m   110.9 m
 INFO  19:47:06,908 ProgressMeter -  chr1:224261400        6.88e+06    8.7 m       75.0 s      7.3%       118.6 m   109.9 m
 INFO  19:47:36,911 ProgressMeter -  chr1:235116371        7.31e+06    9.2 m       75.0 s      7.8%       118.1 m   108.9 m
 INFO  19:48:06,912 ProgressMeter -  chr1:248223142        7.73e+06    9.7 m       75.0 s      8.2%       117.8 m   108.1 m
 INFO  19:48:36,913 ProgressMeter -   chr2:10425452        8.15e+06   10.2 m       74.0 s      8.7%       117.5 m   107.3 m
 INFO  19:49:06,914 ProgressMeter -   chr2:22281000        8.58e+06   10.7 m       74.0 s      9.1%       117.1 m   106.4 m
 INFO  19:49:36,916 ProgressMeter -   chr2:33840785        9.01e+06   11.2 m       74.0 s      9.6%       116.8 m   105.6 m
 INFO  19:50:06,918 ProgressMeter -   chr2:46520145        9.43e+06   11.7 m       74.0 s     10.0%       116.5 m   104.9 m
 INFO  19:50:36,920 ProgressMeter -   chr2:59999127        9.85e+06   12.2 m       74.0 s     10.5%       116.3 m   104.1 m
 INFO  19:51:06,921 ProgressMeter -   chr2:72719006        1.03e+07   12.7 m       73.0 s     10.9%       115.9 m   103.3 m
 INFO  19:51:36,924 ProgressMeter -   chr2:86301649        1.07e+07   13.2 m       73.0 s     11.4%       115.7 m   102.5 m
 INFO  19:52:06,926 ProgressMeter -  chr2:104482467        1.11e+07   13.7 m       73.0 s     11.8%       115.6 m   102.0 m
 INFO  19:52:36,930 ProgressMeter -  chr2:118473695        1.16e+07   14.2 m       73.0 s     12.3%       115.5 m   101.3 m
 INFO  19:53:06,931 ProgressMeter -  chr2:129706593        1.20e+07   14.7 m       73.0 s     12.7%       115.3 m   100.7 m
 INFO  19:53:36,934 ProgressMeter -  chr2:143687332        1.24e+07   15.2 m       73.0 s     13.2%       115.2 m   100.0 m
 INFO  19:54:07,029 ProgressMeter -  chr2:158023681        1.28e+07   15.7 m       73.0 s     13.6%       115.0 m    99.3 m
 INFO  19:54:37,030 ProgressMeter -  chr2:171685069        1.33e+07   16.2 m       73.0 s     14.1%       114.8 m    98.7 m
 INFO  19:55:07,032 ProgressMeter -  chr2:185208855        1.37e+07   16.7 m       73.0 s     14.5%       114.7 m    98.0 m
 INFO  19:55:37,035 ProgressMeter -  chr2:200422852        1.41e+07   17.2 m       72.0 s     15.0%       114.5 m    97.3 m
 INFO  19:56:07,037 ProgressMeter -  chr2:213794102        1.46e+07   17.7 m       72.0 s     15.5%       114.3 m    96.7 m
 INFO  19:56:37,038 ProgressMeter -  chr2:225652508        1.50e+07   18.2 m       72.0 s     15.9%       114.2 m    96.0 m
 INFO  19:57:07,044 ProgressMeter -  chr2:237213578        1.54e+07   18.7 m       72.0 s     16.4%       114.1 m    95.4 m
 INFO  19:57:37,046 ProgressMeter -    chr3:4918131        1.58e+07   19.2 m       72.0 s     16.8%       114.0 m    94.9 m
 INFO  19:58:07,048 ProgressMeter -   chr3:15921841        1.63e+07   19.7 m       72.0 s     17.3%       114.0 m    94.3 m
 INFO  19:58:37,140 ProgressMeter -   chr3:29555689        1.67e+07   20.2 m       72.0 s     17.7%       113.9 m    93.7 m
 INFO  19:59:07,143 ProgressMeter -   chr3:42133031        1.71e+07   20.7 m       72.0 s     18.2%       113.7 m    93.1 m
 INFO  19:59:37,145 ProgressMeter -   chr3:53220183        1.76e+07   21.2 m       72.0 s     18.6%       113.6 m    92.4 m
 INFO  20:00:07,147 ProgressMeter -   chr3:64845145        1.80e+07   21.7 m       72.0 s     19.1%       113.5 m    91.8 m
 INFO  20:00:37,152 ProgressMeter -   chr3:78048148        1.84e+07   22.2 m       72.0 s     19.5%       113.4 m    91.2 m
 INFO  20:01:07,156 ProgressMeter -   chr3:97296917        1.88e+07   22.7 m       72.0 s     20.0%       113.3 m    90.7 m
 INFO  20:01:37,159 ProgressMeter -  chr3:111634791        1.93e+07   23.2 m       72.0 s     20.4%       113.3 m    90.1 m
 INFO  20:02:07,163 ProgressMeter -  chr3:124559024        1.97e+07   23.7 m       72.0 s     20.9%       113.2 m    89.6 m
 INFO  20:02:37,165 ProgressMeter -  chr3:136266322        2.01e+07   24.2 m       72.0 s     21.4%       113.2 m    89.0 m
 INFO  20:03:07,167 ProgressMeter -  chr3:149878466        2.06e+07   24.7 m       72.0 s     21.8%       113.1 m    88.4 m
 INFO  20:03:37,169 ProgressMeter -  chr3:164093062        2.10e+07   25.2 m       72.0 s     22.3%       113.0 m    87.8 m
 INFO  20:04:07,171 ProgressMeter -  chr3:178453530        2.14e+07   25.7 m       71.0 s     22.7%       112.9 m    87.3 m
 INFO  20:04:37,175 ProgressMeter -  chr3:191133180        2.18e+07   26.2 m       71.0 s     23.2%       112.9 m    86.7 m
 INFO  20:05:07,177 ProgressMeter -    chr4:4577780        2.23e+07   26.7 m       71.0 s     23.6%       112.9 m    86.2 m
 INFO  20:05:37,181 ProgressMeter -   chr4:15434229        2.27e+07   27.2 m       71.0 s     24.1%       112.9 m    85.7 m
 INFO  20:06:07,188 ProgressMeter -   chr4:28367745        2.31e+07   27.7 m       71.0 s     24.5%       112.8 m    85.2 m
 INFO  20:06:37,192 ProgressMeter -   chr4:42885691        2.35e+07   28.2 m       71.0 s     25.0%       112.8 m    84.6 m
 INFO  20:07:07,195 ProgressMeter -   chr4:59813827        2.39e+07   28.7 m       71.0 s     25.4%       112.8 m    84.1 m
 INFO  20:07:37,199 ProgressMeter -   chr4:76825685        2.44e+07   29.2 m       71.0 s     25.9%       112.7 m    83.6 m
 INFO  20:08:07,201 ProgressMeter -   chr4:90198904        2.48e+07   29.7 m       71.0 s     26.3%       112.7 m    83.0 m
 INFO  20:08:37,206 ProgressMeter -  chr4:105915123        2.52e+07   30.2 m       71.0 s     26.8%       112.6 m    82.5 m
 INFO  20:09:07,208 ProgressMeter -  chr4:121390661        2.57e+07   30.7 m       71.0 s     27.2%       112.6 m    81.9 m
 INFO  20:09:37,211 ProgressMeter -  chr4:137804720        2.61e+07   31.2 m       71.0 s     27.7%       112.5 m    81.4 m
 INFO  20:10:07,214 ProgressMeter -  chr4:151983823        2.65e+07   31.7 m       71.0 s     28.1%       112.5 m    80.8 m
 INFO  20:10:37,217 ProgressMeter -  chr4:166837240        2.69e+07   32.2 m       71.0 s     28.6%       112.5 m    80.3 m
 INFO  20:11:07,221 ProgressMeter -  chr4:181905934        2.74e+07   32.7 m       71.0 s     29.1%       112.4 m    79.8 m
 INFO  20:11:37,225 ProgressMeter -    chr5:2228136        2.78e+07   33.2 m       71.0 s     29.5%       112.5 m    79.3 m
 INFO  20:12:07,228 ProgressMeter -   chr5:13841341        2.82e+07   33.7 m       71.0 s     29.9%       112.4 m    78.8 m
 INFO  20:12:37,275 ProgressMeter -   chr5:29006077        2.86e+07   34.2 m       71.0 s     30.4%       112.4 m    78.3 m
 INFO  20:13:07,279 ProgressMeter -   chr5:42885484        2.91e+07   34.7 m       71.0 s     30.8%       112.4 m    77.7 m
 INFO  20:13:37,361 ProgressMeter -   chr5:60228285        2.95e+07   35.2 m       71.0 s     31.3%       112.4 m    77.2 m
 INFO  20:14:07,365 ProgressMeter -   chr5:75045519        2.99e+07   35.7 m       71.0 s     31.8%       112.4 m    76.7 m
 INFO  20:14:37,370 ProgressMeter -   chr5:89643799        3.04e+07   36.2 m       71.0 s     32.2%       112.3 m    76.1 m
 INFO  20:15:07,509 ProgressMeter -  chr5:104817302        3.08e+07   36.7 m       71.0 s     32.7%       112.3 m    75.6 m
 INFO  20:15:37,512 ProgressMeter -  chr5:118747060        3.12e+07   37.2 m       71.0 s     33.1%       112.2 m    75.1 m
 INFO  20:16:07,515 ProgressMeter -  chr5:132482582        3.16e+07   37.7 m       71.0 s     33.6%       112.2 m    74.5 m
 INFO  20:16:37,519 ProgressMeter -  chr5:143435618        3.21e+07   38.2 m       71.0 s     34.0%       112.2 m    74.0 m
 INFO  20:17:07,522 ProgressMeter -  chr5:155413022        3.25e+07   38.7 m       71.0 s     34.5%       112.1 m    73.4 m
 INFO  20:17:37,529 ProgressMeter -  chr5:168242586        3.29e+07   39.2 m       71.0 s     35.0%       112.1 m    72.9 m
 INFO  20:18:07,532 ProgressMeter -  chr5:179059545        3.34e+07   39.7 m       71.0 s     35.4%       112.1 m    72.4 m
 INFO  20:18:37,537 ProgressMeter -    chr6:9221726        3.38e+07   40.2 m       71.0 s     35.9%       112.1 m    71.9 m
 INFO  20:19:07,540 ProgressMeter -   chr6:20949992        3.42e+07   40.7 m       71.0 s     36.3%       112.1 m    71.4 m
 INFO  20:19:37,632 ProgressMeter -   chr6:37694086        3.46e+07   41.2 m       71.0 s     36.8%       112.0 m    70.9 m
 INFO  20:20:07,636 ProgressMeter -   chr6:49254330        3.51e+07   41.7 m       71.0 s     37.2%       112.0 m    70.3 m
 INFO  20:20:37,644 ProgressMeter -   chr6:67355397        3.55e+07   42.2 m       71.0 s     37.7%       112.0 m    69.8 m
 INFO  20:21:07,647 ProgressMeter -   chr6:83527394        3.59e+07   42.7 m       71.0 s     38.1%       111.9 m    69.3 m
 INFO  20:21:37,652 ProgressMeter -   chr6:98572087        3.64e+07   43.2 m       71.0 s     38.6%       111.9 m    68.7 m
 INFO  20:22:07,659 ProgressMeter -  chr6:112835902        3.68e+07   43.7 m       71.0 s     39.1%       111.8 m    68.1 m
 INFO  20:22:37,662 ProgressMeter -  chr6:128292733        3.73e+07   44.2 m       71.0 s     39.6%       111.7 m    67.5 m
 INFO  20:23:07,706 ProgressMeter -  chr6:141944430        3.77e+07   44.7 m       71.0 s     40.0%       111.6 m    66.9 m
 INFO  20:23:37,711 ProgressMeter -  chr6:155137295        3.81e+07   45.2 m       71.0 s     40.5%       111.6 m    66.4 m
 INFO  20:24:07,716 ProgressMeter -  chr6:166907348        3.86e+07   45.7 m       71.0 s     41.0%       111.5 m    65.8 m
 INFO  20:24:37,721 ProgressMeter -    chr7:7080899        3.90e+07   46.2 m       71.0 s     41.4%       111.5 m    65.3 m
 INFO  20:25:07,727 ProgressMeter -   chr7:22576258        3.95e+07   46.7 m       70.0 s     41.9%       111.4 m    64.7 m
 INFO  20:25:37,792 ProgressMeter -   chr7:35532540        3.99e+07   47.2 m       70.0 s     42.4%       111.3 m    64.1 m
 INFO  20:26:07,796 ProgressMeter -   chr7:47986272        4.04e+07   47.7 m       70.0 s     42.9%       111.2 m    63.5 m
 INFO  20:26:37,800 ProgressMeter -   chr7:67142864        4.08e+07   48.2 m       70.0 s     43.3%       111.2 m    63.0 m
 INFO  20:27:07,804 ProgressMeter -   chr7:82742255        4.13e+07   48.7 m       70.0 s     43.8%       111.1 m    62.5 m
 INFO  20:27:37,809 ProgressMeter -   chr7:98306843        4.17e+07   49.2 m       70.0 s     44.3%       111.1 m    61.9 m
 INFO  20:28:07,813 ProgressMeter -  chr7:112895946        4.22e+07   49.7 m       70.0 s     44.8%       111.0 m    61.3 m
 INFO  20:28:37,817 ProgressMeter -  chr7:128184823        4.26e+07   50.2 m       70.0 s     45.3%       110.9 m    60.7 m
 INFO  20:29:07,923 ProgressMeter -  chr7:140902901        4.31e+07   50.7 m       70.0 s     45.7%       110.8 m    60.1 m
 INFO  20:29:37,927 ProgressMeter -  chr7:155192067        4.35e+07   51.2 m       70.0 s     46.2%       110.7 m    59.5 m
 INFO  20:30:07,931 ProgressMeter -    chr8:8313219        4.40e+07   51.7 m       70.0 s     46.7%       110.7 m    59.0 m
 INFO  20:30:38,027 ProgressMeter -   chr8:21273369        4.44e+07   52.2 m       70.0 s     47.1%       110.7 m    58.5 m
 INFO  20:31:08,031 ProgressMeter -   chr8:33736387        4.49e+07   52.7 m       70.0 s     47.6%       110.6 m    57.9 m
 INFO  20:31:38,035 ProgressMeter -   chr8:49646803        4.53e+07   53.2 m       70.0 s     48.1%       110.6 m    57.4 m
 INFO  20:32:08,040 ProgressMeter -   chr8:63841578        4.58e+07   53.7 m       70.0 s     48.6%       110.5 m    56.8 m
 INFO  20:32:38,083 ProgressMeter -   chr8:79004299        4.62e+07   54.2 m       70.0 s     49.1%       110.4 m    56.2 m
 INFO  20:33:08,088 ProgressMeter -   chr8:95195994        4.67e+07   54.7 m       70.0 s     49.6%       110.3 m    55.6 m
 INFO  20:33:38,096 ProgressMeter -  chr8:108793456        4.71e+07   55.2 m       70.0 s     50.0%       110.3 m    55.1 m
 INFO  20:34:08,102 ProgressMeter -  chr8:123908584        4.76e+07   55.7 m       70.0 s     50.5%       110.2 m    54.5 m
 INFO  20:34:38,107 ProgressMeter -  chr8:135902342        4.81e+07   56.2 m       70.0 s     51.0%       110.1 m    53.9 m
 INFO  20:35:08,111 ProgressMeter -    chr9:1544977        4.85e+07   56.7 m       70.0 s     51.5%       110.1 m    53.4 m
 INFO  20:35:38,117 ProgressMeter -   chr9:15866337        4.90e+07   57.2 m       70.0 s     52.0%       110.0 m    52.9 m
 INFO  20:36:08,127 ProgressMeter -   chr9:31311864        4.94e+07   57.7 m       70.0 s     52.5%       110.0 m    52.3 m
 INFO  20:36:38,132 ProgressMeter -   chr9:75240862        4.99e+07   58.2 m       70.0 s     52.9%       109.9 m    51.8 m
 INFO  20:37:08,137 ProgressMeter -   chr9:89513176        5.03e+07   58.7 m       69.0 s     53.4%       109.9 m    51.2 m
 INFO  20:37:38,143 ProgressMeter -  chr9:101765188        5.08e+07   59.2 m       69.0 s     53.9%       109.8 m    50.6 m
 INFO  20:38:08,150 ProgressMeter -  chr9:115626577        5.12e+07   59.7 m       69.0 s     54.4%       109.7 m    50.1 m
 INFO  20:38:38,161 ProgressMeter -  chr9:127189087        5.17e+07   60.2 m       69.0 s     54.9%       109.7 m    49.5 m
 INFO  20:39:08,166 ProgressMeter -  chr9:138303000        5.21e+07   60.7 m       69.0 s     55.4%       109.6 m    48.9 m
 INFO  20:39:38,171 ProgressMeter -   chr10:8633797        5.26e+07   61.2 m       69.0 s     55.8%       109.6 m    48.4 m
 INFO  20:40:08,179 ProgressMeter -  chr10:22514774        5.31e+07   61.7 m       69.0 s     56.3%       109.5 m    47.8 m
 INFO  20:40:38,183 ProgressMeter -  chr10:35800389        5.35e+07   62.2 m       69.0 s     56.8%       109.5 m    47.3 m
 INFO  20:41:08,188 ProgressMeter -  chr10:54106759        5.39e+07   62.7 m       69.0 s     57.3%       109.5 m    46.8 m
 INFO  20:41:38,194 ProgressMeter -  chr10:69909305        5.44e+07   63.2 m       69.0 s     57.7%       109.4 m    46.3 m
 INFO  20:42:08,199 ProgressMeter -  chr10:81206745        5.48e+07   63.7 m       69.0 s     58.2%       109.4 m    45.7 m
 INFO  20:42:38,205 ProgressMeter -  chr10:95653244        5.53e+07   64.2 m       69.0 s     58.7%       109.3 m    45.1 m
 INFO  20:43:08,210 ProgressMeter - chr10:108524114        5.58e+07   64.7 m       69.0 s     59.2%       109.3 m    44.6 m
 INFO  20:43:38,215 ProgressMeter - chr10:121352713        5.62e+07   65.2 m       69.0 s     59.7%       109.2 m    44.0 m
 INFO  20:44:08,260 ProgressMeter - chr10:132835146        5.67e+07   65.7 m       69.0 s     60.2%       109.2 m    43.5 m
 INFO  20:44:38,265 ProgressMeter -   chr11:9177072        5.71e+07   66.2 m       69.0 s     60.6%       109.1 m    42.9 m
 INFO  20:45:08,271 ProgressMeter -  chr11:21905382        5.76e+07   66.7 m       69.0 s     61.1%       109.1 m    42.4 m
 INFO  20:45:38,277 ProgressMeter -  chr11:36337377        5.81e+07   67.2 m       69.0 s     61.6%       109.0 m    41.8 m
 INFO  20:46:08,282 ProgressMeter -  chr11:51572041        5.85e+07   67.7 m       69.0 s     62.1%       109.0 m    41.3 m
 INFO  20:46:38,346 ProgressMeter -  chr11:67543764        5.90e+07   68.2 m       69.0 s     62.6%       108.9 m    40.7 m
 INFO  20:47:08,351 ProgressMeter -  chr11:79346958        5.94e+07   68.7 m       69.0 s     63.1%       108.9 m    40.2 m
 INFO  20:47:38,363 ProgressMeter -  chr11:94863754        5.99e+07   69.2 m       69.0 s     63.6%       108.9 m    39.7 m
 INFO  20:48:08,368 ProgressMeter - chr11:110244906        6.03e+07   69.7 m       69.0 s     64.0%       108.8 m    39.1 m
 INFO  20:48:38,373 ProgressMeter - chr11:121381432        6.08e+07   70.2 m       69.0 s     64.5%       108.8 m    38.6 m
 INFO  20:49:08,378 ProgressMeter - chr11:132917607        6.13e+07   70.7 m       69.0 s     65.0%       108.7 m    38.0 m
 INFO  20:49:38,531 ProgressMeter -  chr12:10373453        6.17e+07   71.2 m       69.0 s     65.5%       108.7 m    37.5 m
 INFO  20:50:08,539 ProgressMeter -  chr12:25043589        6.22e+07   71.7 m       69.0 s     66.0%       108.6 m    36.9 m
 INFO  20:50:38,617 ProgressMeter -  chr12:43015076        6.26e+07   72.2 m       69.0 s     66.5%       108.6 m    36.4 m
 INFO  20:51:08,623 ProgressMeter -  chr12:56083166        6.31e+07   72.7 m       69.0 s     67.0%       108.6 m    35.9 m
 INFO  20:51:38,630 ProgressMeter -  chr12:70422414        6.35e+07   73.2 m       69.0 s     67.5%       108.5 m    35.3 m
 INFO  20:52:08,635 ProgressMeter -  chr12:86680564        6.40e+07   73.7 m       69.0 s     68.0%       108.5 m    34.8 m
 INFO  20:52:38,643 ProgressMeter - chr12:101925781        6.45e+07   74.2 m       69.0 s     68.5%       108.4 m    34.2 m
 INFO  20:53:08,651 ProgressMeter - chr12:114048418        6.50e+07   74.7 m       69.0 s     68.9%       108.3 m    33.6 m
 INFO  20:53:38,660 ProgressMeter - chr12:125630381        6.54e+07   75.2 m       68.0 s     69.4%       108.3 m    33.1 m
 INFO  20:54:08,709 ProgressMeter -  chr13:23347436        6.59e+07   75.7 m       68.0 s     69.9%       108.3 m    32.6 m
 INFO  20:54:38,715 ProgressMeter -  chr13:36290431        6.63e+07   76.2 m       68.0 s     70.4%       108.2 m    32.0 m
 INFO  20:55:08,721 ProgressMeter -  chr13:49793684        6.68e+07   76.7 m       68.0 s     70.9%       108.2 m    31.5 m
 INFO  20:55:38,726 ProgressMeter -  chr13:66206392        6.72e+07   77.2 m       68.0 s     71.4%       108.2 m    31.0 m
 INFO  20:56:08,736 ProgressMeter -  chr13:81962952        6.77e+07   77.7 m       68.0 s     71.8%       108.1 m    30.4 m
 INFO  20:56:38,741 ProgressMeter -  chr13:98404671        6.81e+07   78.2 m       68.0 s     72.3%       108.1 m    29.9 m
 INFO  20:57:08,747 ProgressMeter - chr13:111801875        6.86e+07   78.7 m       68.0 s     72.8%       108.1 m    29.4 m
 INFO  20:57:38,753 ProgressMeter -  chr14:30067747        6.91e+07   79.2 m       68.0 s     73.3%       108.0 m    28.8 m
 INFO  20:58:08,759 ProgressMeter -  chr14:45701030        6.95e+07   79.7 m       68.0 s     73.8%       108.0 m    28.3 m
 INFO  20:58:38,766 ProgressMeter -  chr14:60119998        7.00e+07   80.2 m       68.0 s     74.3%       108.0 m    27.8 m
 INFO  20:59:08,776 ProgressMeter -  chr14:73250201        7.04e+07   80.7 m       68.0 s     74.8%       107.9 m    27.2 m
 INFO  20:59:38,782 ProgressMeter -  chr14:87168991        7.09e+07   81.2 m       68.0 s     75.3%       107.9 m    26.7 m
 INFO  21:00:08,800 ProgressMeter -  chr14:98993697        7.14e+07   81.7 m       68.0 s     75.8%       107.8 m    26.1 m
 INFO  21:00:38,806 ProgressMeter -  chr15:26142120        7.18e+07   82.2 m       68.0 s     76.2%       107.8 m    25.6 m
 INFO  21:01:08,816 ProgressMeter -  chr15:41065310        7.23e+07   82.7 m       68.0 s     76.7%       107.8 m    25.1 m
 INFO  21:01:38,825 ProgressMeter -  chr15:55378645        7.27e+07   83.2 m       68.0 s     77.2%       107.7 m    24.5 m
 INFO  21:02:08,925 ProgressMeter -  chr15:68271342        7.32e+07   83.7 m       68.0 s     77.7%       107.7 m    24.0 m
 INFO  21:02:38,931 ProgressMeter -  chr15:80060732        7.37e+07   84.2 m       68.0 s     78.2%       107.7 m    23.5 m
 INFO  21:03:08,937 ProgressMeter -  chr15:92833661        7.41e+07   84.7 m       68.0 s     78.7%       107.6 m    22.9 m
 INFO  21:03:38,987 ProgressMeter -   chr16:3205390        7.46e+07   85.2 m       68.0 s     79.2%       107.6 m    22.4 m
 INFO  21:04:08,996 ProgressMeter -  chr16:14992204        7.50e+07   85.7 m       68.0 s     79.7%       107.6 m    21.9 m
 INFO  21:04:39,005 ProgressMeter -  chr16:28620723        7.55e+07   86.2 m       68.0 s     80.1%       107.6 m    21.4 m
 INFO  21:05:09,013 ProgressMeter -  chr16:52928365        7.59e+07   86.7 m       68.0 s     80.6%       107.6 m    20.9 m
 INFO  21:05:39,020 ProgressMeter -  chr16:66207681        7.64e+07   87.2 m       68.0 s     81.1%       107.5 m    20.3 m
 INFO  21:06:09,026 ProgressMeter -  chr16:79012048        7.69e+07   87.7 m       68.0 s     81.6%       107.5 m    19.8 m
 INFO  21:06:39,032 ProgressMeter -  chr16:89141395        7.73e+07   88.2 m       68.0 s     82.1%       107.5 m    19.3 m
 INFO  21:07:09,082 ProgressMeter -  chr17:10695869        7.77e+07   88.7 m       68.0 s     82.5%       107.5 m    18.8 m
 INFO  21:07:39,089 ProgressMeter -  chr17:27051040        7.82e+07   89.2 m       68.0 s     83.0%       107.5 m    18.3 m
 INFO  21:08:09,097 ProgressMeter -  chr17:40075166        7.87e+07   89.7 m       68.0 s     83.5%       107.4 m    17.7 m
 INFO  21:08:39,106 ProgressMeter -  chr17:54176436        7.91e+07   90.2 m       68.0 s     84.0%       107.4 m    17.2 m
 INFO  21:09:09,114 ProgressMeter -  chr17:67677418        7.96e+07   90.7 m       68.0 s     84.5%       107.4 m    16.7 m
 INFO  21:09:39,122 ProgressMeter -  chr17:78746484        8.00e+07   91.2 m       68.0 s     85.0%       107.4 m    16.2 m
 INFO  21:10:09,129 ProgressMeter -  chr18:10405492        8.05e+07   91.7 m       68.0 s     85.4%       107.3 m    15.6 m
 INFO  21:10:39,138 ProgressMeter -  chr18:28238825        8.09e+07   92.2 m       68.0 s     85.9%       107.3 m    15.1 m
 INFO  21:11:09,145 ProgressMeter -  chr18:42849760        8.14e+07   92.7 m       68.0 s     86.4%       107.3 m    14.6 m
 INFO  21:11:39,157 ProgressMeter -  chr18:56001691        8.19e+07   93.2 m       68.0 s     86.9%       107.2 m    14.0 m
 INFO  21:12:09,165 ProgressMeter -  chr18:70937180        8.24e+07   93.7 m       68.0 s     87.4%       107.2 m    13.5 m
 INFO  21:12:39,172 ProgressMeter -   chr19:5045004        8.28e+07   94.2 m       68.0 s     87.9%       107.2 m    13.0 m
 INFO  21:13:09,180 ProgressMeter -  chr19:17387616        8.33e+07   94.7 m       68.0 s     88.4%       107.2 m    12.5 m
 INFO  21:13:39,187 ProgressMeter -  chr19:33246632        8.37e+07   95.2 m       68.0 s     88.9%       107.1 m    11.9 m
 INFO  21:14:09,194 ProgressMeter -  chr19:45783898        8.42e+07   95.7 m       68.0 s     89.3%       107.1 m    11.4 m
 INFO  21:14:39,201 ProgressMeter -  chr19:57704079        8.46e+07   96.2 m       68.0 s     89.8%       107.1 m    10.9 m
 INFO  21:15:09,208 ProgressMeter -  chr20:10951055        8.51e+07   96.7 m       68.0 s     90.3%       107.1 m    10.4 m
 INFO  21:15:39,217 ProgressMeter -  chr20:23519266        8.56e+07   97.2 m       68.0 s     90.8%       107.0 m     9.8 m
 INFO  21:16:09,225 ProgressMeter -  chr20:38853446        8.60e+07   97.7 m       68.0 s     91.3%       107.0 m     9.3 m
 INFO  21:16:39,233 ProgressMeter -  chr20:49738438        8.65e+07   98.2 m       68.0 s     91.8%       107.0 m     8.8 m
 INFO  21:17:09,241 ProgressMeter -  chr20:60716947        8.69e+07   98.7 m       68.0 s     92.3%       107.0 m     8.3 m
 INFO  21:17:39,250 ProgressMeter -  chr21:25942189        8.74e+07   99.2 m       68.0 s     92.7%       107.0 m     7.8 m
 INFO  21:18:09,259 ProgressMeter -  chr21:38923593        8.78e+07   99.7 m       68.0 s     93.2%       107.0 m     7.3 m
 INFO  21:18:39,267 ProgressMeter -  chr22:19306333        8.83e+07  100.2 m       68.0 s     93.7%       107.0 m     6.8 m
 INFO  21:19:09,275 ProgressMeter -  chr22:32126555        8.87e+07  100.7 m       68.0 s     94.2%       106.9 m     6.2 m
 INFO  21:19:39,282 ProgressMeter -  chr22:43591207        8.92e+07  101.2 m       68.0 s     94.7%       106.9 m     5.7 m
 INFO  21:20:09,298 ProgressMeter -    chrX:6527477        8.96e+07  101.7 m       68.0 s     95.1%       106.9 m     5.2 m
 INFO  21:20:39,307 ProgressMeter -   chrX:19572532        9.01e+07  102.2 m       68.0 s     95.7%       106.8 m     4.6 m
 INFO  21:21:09,315 ProgressMeter -   chrX:34932071        9.06e+07  102.7 m       68.0 s     96.2%       106.8 m     4.1 m
 INFO  21:21:39,322 ProgressMeter -   chrX:48861263        9.11e+07  103.2 m       68.0 s     96.7%       106.8 m     3.6 m
 INFO  21:22:09,330 ProgressMeter -   chrX:68304477        9.15e+07  103.7 m       67.0 s     97.2%       106.7 m     3.0 m
 INFO  21:22:39,337 ProgressMeter -   chrX:85042653        9.20e+07  104.2 m       67.0 s     97.7%       106.7 m     2.5 m
 INFO  21:23:09,344 ProgressMeter -  chrX:104004762        9.25e+07  104.7 m       67.0 s     98.2%       106.7 m   117.0 s
 INFO  21:23:39,485 ProgressMeter -  chrX:119587972        9.30e+07  105.2 m       67.0 s     98.7%       106.6 m    84.0 s
 INFO  21:24:09,492 ProgressMeter -  chrX:135350133        9.34e+07  105.7 m       67.0 s     99.2%       106.6 m    52.0 s
 INFO  21:24:39,500 ProgressMeter -  chrX:150679494        9.39e+07  106.2 m       67.0 s     99.7%       106.6 m    21.0 s
 INFO  21:25:02,536 VariantAnnotator - Processed 94206213 loci.
 INFO  21:25:09,508 ProgressMeter - chrUn_gl000248:23452        9.42e+07 106.7 m       67.0 s    100.0%       106.7 m     0.0 s
 INFO 21:25:39,515 ProgressMeter - chrUn_gl000248:23452        9.42e+07  107.2 m       68.0 s    100.0%       107.2 m     0.0 s
 INFO  21:25:55,628 ProgressMeter -            done        9.42e+07  107.5 m       68.0 s    100.0%       107.5 m     0.0 s
 INFO  21:25:55,629 ProgressMeter - Total runtime 6449.28 secs, 107.49 min, 1.79 hours
 INFO  21:26:02,347 GATKRunReport - Uploaded run statistics report to AWS S3

[Semargl]

Еще вот что сказали: IR1 вероятно будет или N1 (old N1a) или N2 старые (N1c+N1b).

Значения снипов уровня N1a для IR1
Y6503+, Y6511+, Y6559+, Y6560+, Y6561+, Y6562+, Y6564+, Y6566+, Y6470+, Y6482+, Y6494+, Y6515+, Y6518+, Y6521+, Y6523+, Y6525+, Y6536+, Y6537+, Y6541+, Y6542+, Y6543+, Y6544+, Y6546+, Y6548+, Y6549+, Y6553+, Y6557+, Y6569+, Y6570+, Y6571+, Y6572+, Y6576+, Y6577+, Y6586+, Y6587+, Y6589+
P189-, Y6466-, Y6498-, Y6504-, Y6505-, Y6508-, Y6509-, Y6512-, Y6565-, Y6468-, Y6471-, Y6473-, Y6476-, Y6478-, Y6481-, Y6486-, Y6488-, Y6514-, Y6522-, Y6528-, Y6533-, Y6539-, Y6540-, Y6550-, Y6551-, Y6556-, Y6558-, Y6573-, Y6580-, Y6581-, Y6583-

то есть IR1 делит субклад N1a на два.

[Nimissin]

Слёзно попросила уважаемого Семаргла заглянуть в геном На предмет, а кто же мальчик?
Вот что рассказали: IR1 M231+ P189- M2282- M2257-
IR1 действительно N.

Значения снипов уровня N1a для IR1
Y6503+, Y6511+, Y6559+, Y6560+, Y6561+, Y6562+, Y6564+, Y6566+, Y6470+, Y6482+, Y6494+, Y6515+, Y6518+, Y6521+, Y6523+, Y6525+, Y6536+, Y6537+, Y6541+, Y6542+, Y6543+, Y6544+, Y6546+, Y6548+, Y6549+, Y6553+, Y6557+, Y6569+, Y6570+, Y6571+, Y6572+, Y6576+, Y6577+, Y6586+, Y6587+, Y6589+
P189-, Y6466-, Y6498-, Y6504-, Y6505-, Y6508-, Y6509-, Y6512-, Y6565-, Y6468-, Y6471-, Y6473-, Y6476-, Y6478-, Y6481-, Y6486-, Y6488-, Y6514-, Y6522-, Y6528-, Y6533-, Y6539-, Y6540-, Y6550-, Y6551-, Y6556-, Y6558-, Y6573-, Y6580-, Y6581-, Y6583-

то есть IR1 делит субклад N1a на два.

Получается, что благодаря древнему образцу удалось выяснить, какие из мутаций серии Y, приведенных выше, появились раньше, а какие - позже.

[Стрелец]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .
лингво-исторически это геродотовые  одноглазые аримаспы с эпикантусом(продолжение складки верхнего века)..
Uralic: FB *rim[pV]se 'eyelash, eyelid'-веко

13. Впрочем, Аристей, сын Каистробия из Проконнеса, в своей эпической поэме сообщает, как он, одержимый Фебом, прибыл к исседонам. По его рассказам, за исседонами обитают аримаспы – одноглазые люди; за аримаспами – стерегущие золото грифы, а еще выше за ними – гипербореи на границе с морем. Все эти народы, кроме гипербореев, постоянно воюют с соседями (причем первыми начали войну аримаспы). Аримаспы изгнали исседонов из их страны, затем исседоны вытеснили скифов, а киммерийцы, обитавшие у Южного моря под напором скифов покинули свою родину[12]

а "одноглазые" потому что сведения о аримаспах  к грекам попали через  кельтское посредство где  семантическое чередование одноглазый/косоглазый .
Proto-IE: *kaik-
Old Indian: kekara- `squint-eyed'-косоглазый
Germanic: *xaix-a- adj->Gothic: *haih-s (a) `one-eyed'-одноглазый
Latin: caecus, -a `blind, unsichtbar, dunkel, ziellos'; cacilia f. `Blindschleiche'
Celtic: OIr caech `einäugig'-одноглазый ; Cymr coeg `vacuus, deficiens', coegdall `einäugig', OCorn cuic `luocus vel monophthalmus';
          MIr leth-chaech `schielend'-косоглазый

[Semargl]

Получается, что благодаря древнему образцу удалось выяснить, какие из мутаций серии Y, приведенных выше, появились раньше, а какие - позже.

Аналогично дела обстоят и с образцами I2a. Они делат уровень I2a1 на два подуровня.

[Murzalar]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .
лингво-исторически это геродотовые  одноглазые аримаспы с эпикантусом(продолжение складки верхнего века)..
Uralic: FB *rim[pV]se 'eyelash, eyelid'-веко

13. Впрочем, Аристей, сын Каистробия из Проконнеса, в своей эпической поэме сообщает, как он, одержимый Фебом, прибыл к исседонам. По его рассказам, за исседонами обитают аримаспы – одноглазые люди; за аримаспами – стерегущие золото грифы, а еще выше за ними – гипербореи на границе с морем. Все эти народы, кроме гипербореев, постоянно воюют с соседями (причем первыми начали войну аримаспы). Аримаспы изгнали исседонов из их страны, затем исседоны вытеснили скифов, а киммерийцы, обитавшие у Южного моря под напором скифов покинули свою родину[12]

а "одноглазые" потому что сведения о аримаспах  к грекам попали через  кельтское посредство где  семантическое чередование одноглазый/косоглазый .
Proto-IE: *kaik-
Old Indian: kekara- `squint-eyed'-косоглазый
Germanic: *xaix-a- adj->Gothic: *haih-s (a) `one-eyed'-одноглазый
Latin: caecus, -a `blind, unsichtbar, dunkel, ziellos'; cacilia f. `Blindschleiche'
Celtic: OIr caech `einäugig'-одноглазый ; Cymr coeg `vacuus, deficiens', coegdall `einäugig', OCorn cuic `luocus vel monophthalmus';
          MIr leth-chaech `schielend'-косоглазый

А что разве есть антропологические данные или реконструкции что бы делать какие то выводы.

[I2a1a]

Владимир, а можно ли данные по  I2a1?

[Стрелец]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .
лингво-исторически это геродотовые  одноглазые аримаспы с эпикантусом(продолжение складки верхнего века)..
Uralic: FB *rim[pV]se 'eyelash, eyelid'-веко

13. Впрочем, Аристей, сын Каистробия из Проконнеса, в своей эпической поэме сообщает, как он, одержимый Фебом, прибыл к исседонам. По его рассказам, за исседонами обитают аримаспы – одноглазые люди; за аримаспами – стерегущие золото грифы, а еще выше за ними – гипербореи на границе с морем. Все эти народы, кроме гипербореев, постоянно воюют с соседями (причем первыми начали войну аримаспы). Аримаспы изгнали исседонов из их страны, затем исседоны вытеснили скифов, а киммерийцы, обитавшие у Южного моря под напором скифов покинули свою родину[12]

а "одноглазые" потому что сведения о аримаспах  к грекам попали через  кельтское посредство где  семантическое чередование одноглазый/косоглазый .
Proto-IE: *kaik-
Old Indian: kekara- `squint-eyed'-косоглазый
Germanic: *xaix-a- adj->Gothic: *haih-s (a) `one-eyed'-одноглазый
Latin: caecus, -a `blind, unsichtbar, dunkel, ziellos'; cacilia f. `Blindschleiche'
Celtic: OIr caech `einäugig'-одноглазый ; Cymr coeg `vacuus, deficiens', coegdall `einäugig', OCorn cuic `luocus vel monophthalmus';
          MIr leth-chaech `schielend'-косоглазый

А что разве есть антропологические данные или реконструкции что бы делать какие то выводы.

вы  сомневайтесь  в уралоидности уралских народов?

[Semargl]

Владимир, а можно ли данные по  I2a1?

Вадим, образец KO1 лучше чем NE7, но противоречий между ними нет.

Проверка была проведена по снипам уровня I2a1.


KO1

P37 / P37.3 / P37.4 / PF4004 / P37.2 / P37.1+
S2626 / Z2609 / CTS410 / PF3949+
PF3959 / CTS1279 / Z2610+
S2669 / Z2651 / CTS4097 / PF4008+
PF3966 / Z2612+
Z2618 / CTS2580 / PF4003 / S2648+
PF4052 / Z2625+
PF4058 / Z2626+
CTS1007 / PF3955+
PF3581+

Y3053-
Z4815-
Z4881-
Z4882-
M2264 / Z4934-
Z4964-
CTS4426-
M2197 / CTS5124-
M2198 / CTS5209-
M2213 / CTS6587-
M2216 / CTS6782-
CTS9704-
M2164-
Z1938 / CTS5240-
Z4741-
Z4743-
Z4753-
Z4760-
Z4785-
Z4787-
Z4790-
Z4824-
Z4831-
Z4976-
M2171 / CTS2535-
M2172 / CTS2597-
M2244 / CTS8773-
M2249 / CTS9409-
M2251 / CTS9920-
Z4894-
PF4021 / CTS6825-
PF4030 / CTS8108-
PF4064-

NE7

PF3638 / Z2611+
PF3967 / Z2614+
PF4081 / Z2627+
S5140 / Z2616+
S2637 / Z2617 / CTS1778 / PF3697+
S2686 / Z2621 / CTS5827 / PF4016+
PF4032 / CTS8431 / Z2624+
PF4058 / Z2626+

PF4021 / CTS6825-

[Murzalar]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .
лингво-исторически это геродотовые  одноглазые аримаспы с эпикантусом(продолжение складки верхнего века)..
Uralic: FB *rim[pV]se 'eyelash, eyelid'-веко

13. Впрочем, Аристей, сын Каистробия из Проконнеса, в своей эпической поэме сообщает, как он, одержимый Фебом, прибыл к исседонам. По его рассказам, за исседонами обитают аримаспы – одноглазые люди; за аримаспами – стерегущие золото грифы, а еще выше за ними – гипербореи на границе с морем. Все эти народы, кроме гипербореев, постоянно воюют с соседями (причем первыми начали войну аримаспы). Аримаспы изгнали исседонов из их страны, затем исседоны вытеснили скифов, а киммерийцы, обитавшие у Южного моря под напором скифов покинули свою родину[12]

а "одноглазые" потому что сведения о аримаспах  к грекам попали через  кельтское посредство где  семантическое чередование одноглазый/косоглазый .
Proto-IE: *kaik-
Old Indian: kekara- `squint-eyed'-косоглазый
Germanic: *xaix-a- adj->Gothic: *haih-s (a) `one-eyed'-одноглазый
Latin: caecus, -a `blind, unsichtbar, dunkel, ziellos'; cacilia f. `Blindschleiche'
Celtic: OIr caech `einäugig'-одноглазый ; Cymr coeg `vacuus, deficiens', coegdall `einäugig', OCorn cuic `luocus vel monophthalmus';
          MIr leth-chaech `schielend'-косоглазый

А что разве есть антропологические данные или реконструкции что бы делать какие то выводы.

вы  сомневайтесь  в уралоидности уралских народов?

Я про соседей гольштатских кельтов.

[Стрелец]

Я про соседей гольштатских кельтов.

может и найдут со временем ,но  это имеет не очень большее значение.
гаплогруппа может быть залетной и на прямую не связанной с антропологическим типом популяции.
но что бы залететь все же нужны прослеживаемые  контакты  и они в данном случае между келто-кимерийскими гальштатцами и уралскими аримаспами имеются .

Возникновение предания об аримаспах, вероятно, связано с проникновением киммерийцев в Малую Азию в первой половине VII в. до н. э. и их нападениями на Лидию и ионийские города. Согласно данным Геродота, Аристей умер не менее чем за 240 лет до него («История». IV. 15), следовательно, он жил во времена киммерийского нашествия. По всей видимости либо рассказы об аримаспах были занесены на запад Малой Азии киммерийцами, либо одноглазый народ — плод воображения самого Аристея

Некоторые исследователи считают, что после разгрома киммерийцев Часть их переселилась на запад,
а возможно даже вошла в состав племенной знати гальштатской культуры.

кимерийские вожди
Dug-dam-mei /Lygdamis = deity Lugus  - Celtic pantheon/Lugius - Cimbri  сhief    + Celtic:*dāno-m           
Sandaksatru                  = deity Sanda                                                              + Old Indian: kṣatrá- n. `dominion, power, might'

[FenriR]

и затем внизу ткнуть например на SRR1186786 то откроется новая страничка http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR1186786, там нужно ткнуть закладку Alignment, а там в Reference выбираем хромосому(в данном случае мито) и внизу вместо fasta выбираем BAM, жмем кнопку file.
Для других хромосом аналогично проделать для SRR1186714. Сразу все хромосомы похоже нельзя выгрузить, только по одной.

ааа, ясно, но думал, что это потом не засунуть в BAM Analysis kit=)

Я бы не рекомендовал использовать GATK, BWA и Picard на обычном персональном компьютере.
Лучше всего использовать системы распределенного вычисления, например кластеры или гриды (для GATK у меня получались самые оптимальные варианты при резервировании 8 Гб RAM под виртуальную машину Java, 2-3 узлах с 4 процессорами каждый, при увеличении значений параметров заметной глазу оптимизации не наблюдалось).

а Вы пробывали программу Ugene? она, по идее, должна несколько облегчить работу, т.к. они собрали многие скрипты в одной программе, добавили свои и сделали ее кроссплатформенной (+ графический интерфейс), но мне трудно судить, т.к. я совершенно в этом не разбираюсь.