Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory

[Шад]

Слёзно попросила уважаемого Семаргла заглянуть в геном На предмет, а кто же мальчик?
Вот что рассказали: IR1 M231+ P189- M2282- M2257-
IR1 действительно N.

Присоединяюсь к просьбе:)
Я правильно понимаю, что в ближайшее время всех их можно будет увидеть на дерве YFull?

[Eugene]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .

определенно не связана.
IR1 имеет другую линию, вероятно с Алтая или восточнее.
3000 тыс. лет назад еще греки писать не умели 
IR1 скорее всего был древний иранец (всетаки культура Mezőcsát - скифская считается, тюрков еще не было).
Возможно отсюда связь греческой лингвистической линии с индо-иранской.

[FenriR]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .

определенно не связана.
IR1 имеет другую линию, вероятно с Алтая или восточнее.
3000 тыс. лет назад еще греки писать не умели 
IR1 скорее всего был древний иранец (всетаки культура Mezőcsát - скифская считается, тюрков еще не было).
Возможно отсюда связь греческой лингвистической линии с индо-иранской.

разве не предскифской?

[Centurion]

Слёзно попросила уважаемого Семаргла заглянуть в геном На предмет, а кто же мальчик?
Вот что рассказали: IR1 M231+ P189- M2282- M2257-
IR1 действительно N.

Присоединяюсь к просьбе:)
Я правильно понимаю, что в ближайшее время всех их можно будет увидеть на дерве YFull?

к сожалению на дереве их не будет.. по причине того, что они имеют много ложноотрицательных снп - после добавления их в базу они могут сильно повлиять на алгоритмы позиционирования дерева

[Eugene]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .

определенно не связана.
IR1 имеет другую линию, вероятно с Алтая или восточнее.
3000 тыс. лет назад еще греки писать не умели 
IR1 скорее всего был древний иранец (всетаки культура Mezőcsát - скифская считается, тюрков еще не было).
Возможно отсюда связь греческой лингвистической линии с индо-иранской.

разве не предскифской?

Где как написано. Может и пред-скифской. Но в любом случае либо древние ираноязычные либо родственные ираноязычным.
П.С. Не случайно же говорят Да, скифы да азиаты 

[I2a1a]

KO1	Tiszaszőlős-Domaháza, Hungary		Male	I2a	R3	5650-5780 years	Pending
KO2	Berettyóújfalu-Morotva-liget, Hungary		Female		K1	5570-5710 years	Pending
NE1	Polgár-Ferenci-hát, Hungary		Female		U5b2c	5070-5310 years	Pending
NE2	Debrecen Tócópart Erdõalja, Hungary		Female		H	5060-5290 years	Pending
NE5	Kompolt-Kigyósér, Hungary		Male	C6	J1c1	4990-5210 years	Pending
NE6	Apc-Berekalja I., Hungary		Male	C6	K1a3a3	4950-5300 years	Pending
NE7	Apc-Berekalja I., Hungary		Male	I2a	N1a1a1a	4360-4490 years	Pending
CO1	Apc-Berekalja I., Hungary		Female		H	2700-2900 years	Pending
BR1	Kompolt-Kigyósér, Hungary		Female		K1c1	1980-2190 years	Pending
BR2	Ludas-Varjú-dűlő, Hungary		Male	J2a1	K1a1a	1110-1270 years	Pending
IR1	Ludas-Varjú-dűlő, Hungary		Male	N	G2a1	830-980 years	Pending

[I2a1a]

Я бы не рекомендовал использовать GATK, BWA и Picard на обычном персональном компьютере.
Лучше всего использовать системы распределенного вычисления, например кластеры или гриды (для GATK у меня получались самые оптимальные варианты при резервировании 8 Гб RAM под виртуальную машину Java, 2-3 узлах с 4 процессорами каждый, при увеличении значений параметров заметной глазу оптимизации не наблюдалось).
 а Вы пробывали программу Ugene? она, по идее, должна несколько облегчить работу, т.к. они собрали многие скрипты в одной программе, добавили свои и сделали ее кроссплатформенной (+ графический интерфейс), но мне трудно судить, т.к. я совершенно в этом не разбираюсь.

Нет, эта программа вряд ли превосходит вышеназванные мной, т.к. variant calling в ней это скорее побочный модуль чем основная функция.

[Murzalar]

KO1	Tiszaszőlős-Domaháza, Hungary		Male	I2a	R3	5650-5780 years	Pending
KO2	Berettyóújfalu-Morotva-liget, Hungary		Female		K1	5570-5710 years	Pending
NE1	Polgár-Ferenci-hát, Hungary		Female		U5b2c	5070-5310 years	Pending
NE2	Debrecen Tócópart Erdõalja, Hungary		Female		H	5060-5290 years	Pending
NE5	Kompolt-Kigyósér, Hungary		Male	C6	J1c1	4990-5210 years	Pending
NE6	Apc-Berekalja I., Hungary		Male	C6	K1a3a3	4950-5300 years	Pending
NE7	Apc-Berekalja I., Hungary		Male	I2a	N1a1a1a	4360-4490 years	Pending
CO1	Apc-Berekalja I., Hungary		Female		H	2700-2900 years	Pending
BR1	Kompolt-Kigyósér, Hungary		Female		K1c1	1980-2190 years	Pending
BR2	Ludas-Varjú-dűlő, Hungary		Male	J2a1	K1a1a	1110-1270 years	Pending
IR1	Ludas-Varjú-dűlő, Hungary		Male	N	G2a1	830-980 years	Pending

Получается все таки 1000 лет назад?

[I2a1a]

Не знаю, надо смотреть статью c указанием точного возраста уважаемых останков N

[Eugene]

A third genomic shift occurs around the turn of the first millennium BC. The single Iron Age genome, sampled from the pre-Scythian Mezőcsát Culture (Iron Age (IR1), 830–980 cal BC), shows a distinct shift towards Eastern Eurasian genotypes, specifically in the direction of several Caucasus population samples within the reference data set.

[FenriR]

Получается все таки 1000 лет назад?

нет, у Чандракумара просто не указано, что сэмлы времен до н.э. (BC)

[Mukovnikov]

А каков антураж этого древнего N? Что там в могиле вместе с костяком лежало?

[Fire]

соседи гальштатских кельтов  из    Mezőcsát culture с гаплогруппой N  определенно были какими то залетными  финноуграми с урала .
лингво-исторически это геродотовые  одноглазые аримаспы с эпикантусом(продолжение складки верхнего века)..
Uralic: FB *rim[pV]se 'eyelash, eyelid'-веко

13. Впрочем, Аристей, сын Каистробия из Проконнеса, в своей эпической поэме сообщает, как он, одержимый Фебом, прибыл к исседонам. По его рассказам, за исседонами обитают аримаспы – одноглазые люди; за аримаспами – стерегущие золото грифы, а еще выше за ними – гипербореи на границе с морем. Все эти народы, кроме гипербореев, постоянно воюют с соседями (причем первыми начали войну аримаспы). Аримаспы изгнали исседонов из их страны, затем исседоны вытеснили скифов, а киммерийцы, обитавшие у Южного моря под напором скифов покинули свою родину[12]

а "одноглазые" потому что сведения о аримаспах  к грекам попали через  кельтское посредство где  семантическое чередование одноглазый/косоглазый .
Proto-IE: *kaik-
Old Indian: kekara- `squint-eyed'-косоглазый
Germanic: *xaix-a- adj->Gothic: *haih-s (a) `one-eyed'-одноглазый
Latin: caecus, -a `blind, unsichtbar, dunkel, ziellos'; cacilia f. `Blindschleiche'
Celtic: OIr caech `einäugig'-одноглазый ; Cymr coeg `vacuus, deficiens', coegdall `einäugig', OCorn cuic `luocus vel monophthalmus';
          MIr leth-chaech `schielend'-косоглазый

Какой Аримасп если он близко к Армянам по аутосомам?
Аримаспы были близко к Алтаю к востоку от Исседонов. Там в Венгрии были Сигины(хотябы 2500 лет назад)

[Srkz]

А каков антураж этого древнего N? Что там в могиле вместе с костяком лежало?

At the southern edge of the settlement a pre-Scythian cemetery was excavated that contained two groups of skeletons. The first, with 7 graves, was very poorly preserved, while the second (with 12 graves) was better preserved. Grave 2638 (specimen IR1, a 4-6 years old child, Supplementary Table 1) belonged to the second group 71. The skeleton of the child was lying on its back in an extended position but the burial was disturbed by recent ploughing. The only excavated grave good was one broken bronze pin, but in other graves within the cemetery both ceramic and iron objects were excavated and these confirm the attribution of the cemetery to the Early Iron Age Mezőcsát Culture.

Могила была нарушена вспашкой, из вещей найдена только бронзовая булавка. Мальчик 4-6 лет.

Какой Аримасп если он близко к Армянам по аутосомам?

Это не так

[Fire]

Какой Аримасп если он близко к Армянам по аутосомам?

Это не так

Уралоидом он небыл, всетаки между Восточными Европейцами и Кавказцами он