АвторТема: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory  (Прочитано 36522 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #30 : 22 Октябрь 2014, 15:54:41 »
IR1 M231+ P189- M2282- M2257-
IR1 действительно N.
Если он P189.2 положителен, то сегодня есть такие гаплотипы в Словакии, на севере Италии, Хорватии - то есть недалеко от венгров.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2435/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #31 : 22 Октябрь 2014, 15:59:58 »
Еще вот что сказали: IR1 вероятно будет или N1 (old N1a) или N2 старые (N1c+N1b).

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #32 : 22 Октябрь 2014, 16:10:54 »
Это был потомок местного "Рюрика"  :P :P :P

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #33 : 22 Октябрь 2014, 18:55:02 »
кому интересно, по ссылке можно скачать геномный файл формата .sra для IR1

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #34 : 22 Октябрь 2014, 19:40:26 »
кому интересно, по ссылке можно скачать геномный файл формата .sra для IR1
Может создадите отдельную тему - Типа первая N1.. в Центральной Европе... Пра-Пра-дедушка Рюрика нашелся.. Старожилов особенно с гапло. N возможно заинтересует...  :-\
IR1 не может быть предком Рюриковичей по прямой мужской линии ... это совсем другая линия.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #35 : 22 Октябрь 2014, 19:42:22 »
там не только гг, но и аутосомы, но чтобы использовать эти данные, для тех же этно-калькулятор, их нужно обработать.
оставлю здесь ссылку на гайд по преобразованию .sra-файлов дДНК в файлы формата .vcf (/BAM), может быть, кому-нибудь пригодится.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #36 : 22 Октябрь 2014, 19:43:09 »
Может создадите отдельную тему - Типа первая N1.. в Центральной Европе... Пра-Пра-дедушка Рюрика нашелся.. Старожилов особенно с гапло. N возможно заинтересует...  :-\
Просто остальные образцы новой информации несут мало, подтверждение и уточнение уже известного.
оставлю здесь ссылку на гайд по преобразованию .sra-файлов дДНК в файлы формата .vcf (/BAM), может быть, кому-нибудь пригодится.
Подожду Чандракумара

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #37 : 22 Октябрь 2014, 19:52:40 »
Подожду Чандракумара
собственно, это его гайд и есть.
Два сэмпла (NE4, NE3), с наименьшим покрытием, уже готовы.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #38 : 22 Октябрь 2014, 20:51:42 »
Два сэмпла (NE4, NE3), с наименьшим покрытием, уже готовы.
NE3 чистейший EEF:

0.065870 genotype rate

  0.00%  Nilotic-Omotic     
  0.00%  Ancestral-South-Indi
  0.01%  North-European-Balti
  0.00%  Uralic             
  0.00%  Australo-Melanesian
  0.00%  East-Siberean       
  0.00%  Ancestral-Yayoi     
 28.53%  Caucasian-Near-Easte
  0.00%  Tibeto-Burman       
  0.00%  Austronesian       
  0.00%  Central-African-Pygm
  0.00%  Central-African-Hunt
  0.00%  Nilo-Saharian       
  0.00%  North-African       
  0.00%  Gedrosia-Caucasian 
  0.00%  Cushitic           
  0.00%  Congo-Pygmean       
  0.00%  Bushmen             
  0.00%  South-Meso-Amerindia
 64.55%  South-West-European
  1.40%  North-Amerindian   
  5.51%  Arabic             
  0.00%  North-Circumpolar   
  0.00%  Kalash             
  0.00%  Papuan-Australian   
  0.00%  Baltic-Finnic       
  0.00%  Bantu

Upd результаты капельку изменились после отработки скрипта, выискивающего снипы с измененным именем по позиции

ANE K7 Поляко:

  0.060840 genotype rate

  0.00%  ANE                 
  0.00%  ASE                 
 63.39%  WHG-UHG             
  0.00%  East_Eurasian       
  0.82%  West_African       
  0.53%  East_African       
 35.26%  ENF
« Последнее редактирование: 22 Октябрь 2014, 21:32:59 от Srkz »

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #39 : 22 Октябрь 2014, 20:52:27 »
Два сэмпла (NE4, NE3), с наименьшим покрытием, уже готовы.
Что-то у меня не получается конвертнуть. Выложите пожалуйста и для NE7, если не сложно. Хочется мутации в мито своего древнего кузена N1a1a1a посмотреть.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #40 : 22 Октябрь 2014, 21:02:37 »
Два сэмпла (NE4, NE3), с наименьшим покрытием, уже готовы.
Что-то у меня не получается конвертнуть. Выложите пожалуйста и для NE7, если не сложно. Хочется мутации в мито своего древнего кузена N1a1a1a посмотреть.
тут я Вам ничем помочь не могу, ибо моя сегодняшняя Одиссея с преобразованиями бесславно закончилась на попытке конвертнуть .sra в .fastq:
data insufficient while constructing header within virtual database module - failed, видите ли=))
придется ждать, когда Феликс Чандракумар выложит данные по оставшимся сэмплам.
« Последнее редактирование: 22 Октябрь 2014, 21:11:14 от FenriR »

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #41 : 22 Октябрь 2014, 21:25:11 »
тут я Вам ничем помочь не могу, ибо моя сегодняшняя Одиссея с преобразованиями бесславно закончилась на попытке конвертнуть .sra в .fastq:
data insufficient while constructing header within virtual database module - failed, видите ли=))
У меня тоже самое. А я то думал, что я что-то не так делаю  :) Тогда придется подождать...

Оффлайн FireАвтор темы

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9561
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #42 : 22 Октябрь 2014, 21:37:06 »
Кстате на Балканах немало Y-Dna N1a, а реконструкция пра-Славянского показывает что этот язык имеет корни со Степей.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #43 : 22 Октябрь 2014, 22:57:58 »
У меня тоже самое. А я то думал, что я что-то не так делаю  :) Тогда придется подождать...
кажется, я случайно нашел способ обойти первое препятствие со SRA Toolkit - оказывается, можно попробывать скачать файл формата .fastq с самого сайта NCBI, для этого, находясь на странице документации SRA Toolkit´а, нужно навести курсор на вкладку Download, в появившемся окне выбрать FASTA/FASTQ и ввести индекс-Accession того сэмпла, что Вы ищете (этот индекс можно посмотреть на "главной" странице сэмла, например для NE7 это SRX484905), найдя его через поиск, выбрать справа FASTQ и попытаться скачать.
получится ли и будет ли работать - не знаю)

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory
« Ответ #44 : 23 Октябрь 2014, 00:43:31 »
Сделал проще, скачал сразу mt в формате BAM(там же можно и такой формат выбрать).
Потом прогнал его через BAM Analysing tool. Полученный фаста загрузил в http://dna.jameslick.com/mthap-new/
Вот результат митогруппы NE7:



Так и есть, он, как и указано в работе, N1a1a1a(терминальная мутация 16320T, неолитическая центрально-европейская ветвь). Ранее она называлась N1a1a1. У меня по сравнению с ним есть еще мутации(9300A; 6641C), из-за которых у меня митогруппа N1a1a1a1a(ранее называлась N1a1a1a, исходные зоны распространения: урал,казахстан,алтай,бурятия). Т.е. у него не совсем моя ветвь, а параллельная оказалась. Просто у меня было предположение, что в работе могли использовать старую классификацию, тогда бы с моей редкой митогруппой он точно совпал, ан нет, проверка показала, что в работе новая классификация использована и мы с ним далеки  :-\

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.