Программа TNT.

[Valery]

Да, проц как правило нужен один. Параллельная филогения впрочем есть, одна из лучших программ, TNT, многопоточная.

[wertner]

Да, проц как правило нужен один. Параллельная филогения впрочем есть, одна из лучших программ, TNT, многопоточная.

Моя прога тоже многопоточная.

А чем TNT лучше Мурки?

[Valery]

А чем TNT лучше Мурки?

Вот для примера данные по одной из лучших моих бенчмарок rsbe (в честь Ромы):

Метод - время - оптимум:

Мурка/Network, MJ eps 0 - 1 сек - 212
Мега, NNI 1 - 3 сек - 198
Мега, NNI 2 - ждал очень долго и не дождался конца
Мурка, wpheur60 - 1 мин - 195
TNT ntech - 1 сек - 194

Точное решение этой задаче дать не получается ни одной программой (ведь результат эвристик дает только верхнюю границу), но я подозреваю что оптимум достигается TNT.

Заметьте друзья мои, что rsbe - это выборка всего из 25 гаплотипов по 37 лок., но даже лучшая из программ парсимонии (TNT) не может найти точного решения. На снипах мурка может находить доказательный оптимум для N=100 и если гомоплазия мала то и N=400 очень часто берется за несколько секунд. А с микросателитами полная дрянь. Это открытая научная проблема.

[I2a1a]

Интересный формат в TNT, чем-то напоминает датаматрикс в бинарном RDF. Интересно, существуют ли совместимость.

xread
'optional title, starting and ending with quotes (ASCII 39)'
nchar ntax
Taxon0   1011110000
Taxon1   1111111000
Taxon2   1011110000
Taxon3   1111111000
;

[Valery]

Вадим, они также понимают Нексус. Для преобразования ych -> Nexus имеется конвертер Саши Лифанова. В скором времени будет готов мой собственный конвертер RDF <-> Nexus.

ЗЫ: TNT единственная программа наряду с муркой которая дозволяет вычисления по произвольной матричной метрике.

[I2a1a]

Я уже разобрался. Препарем (опции MX BINARIZE) сделал state matriх, немного отредактировал ее в родной формат .tnt и загрузил ее в прогу. Тут другая проблема, как сохранить в графическом формате филограммы, которые находит TNT. Я пробывал сохранять в .nex, tre и в метафайлы emf, однако они нигде не открываются.

[Valery]

Саша поделится просто нексус имеет массу вариантов и Сашин жрет на ура Мега но не ТНТ. Их нексусы несовместимы, мне приходится править прежде чем скармливать. Чтобы понять какой они хотят надо конвертить в ТНТ что-ниб в нексус и потом сверяться с этим типом файлов.

[I2a1a]

Спасибо, и все таки вопрос, каким образом Вы вытаскиваете графику из TNT. Через EMF? Я посмотрел формат .tre TNT, в отличие от читаемого Мегой файла с одним древом в TNTовском файле прописывыаются все древа.

Вадим, они также понимают Нексус. Для преобразования ych -> Nexus имеется конвертер Саши Лифанова. В скором времени будет готов мой собственный конвертер RDF <-> Nexus.

ЗЫ: TNT единственная программа наряду с муркой которая дозволяет вычисления по произвольной матричной метрике.

[Valery]

Я экспортировал деревья только в Нексус. Но наверняка ТНТ поддерживает экспорт деревьев newick а если так то их уже можно смотреть Мегой, Тривью и кучей других вещей.

[Valery]

Кстати пределы парсимонистского метода можно увидеть скормив Сашин Нексус TNT. Эта программа непосредственно его не поймет но повозившись немного можно добиться успеха. TNT дает лучшие to the best of our knowledge эвристические решения. Для Мурки же 150 гаплотипов уже много, качество решения падает.

[mouglley]

А не дадите ссылку на TNT?

[Valery]

Ув Mougley, как Вы знаете, все программы можно найти отсюда:

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

TNT:

http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/

[I2a1a]

Благодаря конвертеру Саши Лифанова -PhyloConv (за что еще раз огромное спасибо автору). Он где-то ссылку давал на сайте, сейчас не вспомню где.

Вадим, я что то явно упустил... как ты получил NEX из ych?

[Valery]

TNT (я использовал различные фичи в разделе Traditional search) выдала рекордную для данной выборки парсимоническую стоимость - 528, т.е стоимость дерева данной выборки в TNT - самая низкая.

Угу. В настоящее время я тружусь над улучшением собственной WPHEUR но нет никакой гарантии что она может приблизиться к тому что умеет TNT. Здесь сказывается ограниченность медианных эвристик вообще: сами медианы впервые применили для точного решения сниповых выборок с малой гомоплазией, которые нельзя решить традиционными методами (как в ТНТ, Меге, Паупе) но как эвристики они слабы. Ну может быть на неэквидистантных метриках есть преимущество в скорости, но это частности.

Мега (самая попсовая программа) же отстает от TNT значительно (и немного отстает от Мурки).

PS. Так и не разобрался, как сохранять под виндой деревья в emf. формат. Файл пустой. Огорчает отсутствие возможности печати. Сделал скриншот.

Лучше сохранять в Ньюике либо Нексусе и затем химичить в ТриВью.

[Valery]

Да... я помню где это. Конвертировать нужно из ych, или из другого формата?

из ych