Эксперименты Srkz с аутосомами

[Srkz]

Появилось исследование с похожей методикой

The Turkic peoples represent a diverse collection of ethnic groups defined by the Turkic languages. These groups have dispersed across a vast area, including Siberia, Northwest China, Central Asia, East Europe, the Caucasus, Anatolia, the Middle East, and Afghanistan. The origin and early dispersal history of the Turkic peoples is disputed, with candidates for their ancient homeland ranging from the Transcaspian steppe to Manchuria in Northeast Asia. Previous genetic studies have not identified a clear-cut unifying genetic signal for the Turkic peoples, which lends support for language replacement rather than demic diffusion as the model for the Turkic language?s expansion. We addressed the genetic origin of 373 individuals from 22 Turkic-speaking populations, representing their current geographic range, by analyzing genome-wide high-density genotype data. Most of the Turkic peoples studied, except those in Central Asia, genetically resembled their geographic neighbors, in agreement with the elite dominance model of language expansion. However, western Turkic peoples sampled across West Eurasia shared an excess of long chromosomal tracts that are identical by descent (IBD) with populations from present-day South Siberia and Mongolia (SSM), an area where historians center a series of early Turkic and non-Turkic steppe polities. The observed excess of long chromosomal tracts IBD (> 1cM) between populations from SSM and Turkic peoples across West Eurasia was statistically significant. Finally, we used the ALDER method and inferred admixture dates (~9th?17th centuries) that overlap with the Turkic migrations of the 5th?16th centuries. Thus, our results indicate historical admixture among Turkic peoples, and the recent shared ancestry with modern populations in SSM supports one of the hypothesized homelands for their nomadic Turkic and related Mongolic ancestors.

http://biorxiv.org/content/early/2014/07/30/005850
http://biorxiv.org/content/early/2014/07/30/005850.full.pdf

Пока внимательно не читал. Интересный у них показатель "средний размер сегмента", как-то я не подумал о нем. Разбивку на категории по длине делать пробовал, но потом решил, что сумма от определенного уровня нравится больше.

[andronn]

Спасибо Srkz. Вот что получилось у меня.

Belarusian 71,69
Ukrainian-East 69,82
Balt 66,6
Ukrainian-West 65,23
Polish 65,03
Karelian 63,66
Russian-South 62,23
Estonian 61,93
Russian-West 61,37
Russian-North 60,65
Komi 56,98
Croatian 56,33
German-Austrian 56,03
Swedish 54,84
Veps 54,25
Tatar_Lithuanian 53,75
Hungarian 53,24
Norwegian 52,94
Erzya 51
Chuvash 50,87
Finnish 50,71
Moksha 50,59
Bulgarian 50,36
French 49,13
Basque 47,67
Tatar-Kazan 46,93
British 46,04
Romanian 45,05
Italian 44,07
Udmurt 44,04
Tatar-Crimean 43,67
Greek 43,36
Sardinian 42,78
Balkarian 42,08
Saami 41,59
Mari 39,85
Mansi 39,62
Tadjik 39,04
Georgian 38,86
Ashkenazi 38,32
Adygei 38,04
Armenian 37,46
Abkhazian 35,5
Ossetian 35,4
Chechen 35,36
Greek_Azov 35,3
Turkish 35,08
Bashkir 34,04
Yukagir 33,24
Sephard 33,07
Nogay 32,94
Lezgin 32,54
Kumyk 32,5
Iranian 32,21
Turkmen 31,72
Shor 31,34
Kazah 28,14
Uzbek 26,02
Hakas 25,44
Selkup 23,15
Uygur 22,37
Kirgiz 20,6
Dolgan 19,76
Ket 19,19
Mongol 18,35
Altaian 18,2
Tuvinian 15,31
Evenk 14,62
Nganassan 14,04
Yakut 13,17
Buryat 12,33
Even 8,29

[FenriR]

тоже запощу для сравнения сегменты от 3сМ (раньше указал сумму 3сМ+4cM+5cM):

Код: [Выделить]

Ukrainian-East 69,92
Russian-South 69,51
Balt 66,98
Belarusian 63,25
Veps 62,81
Russian-West 62,73
German-Austrian 60,68
Polish 59,81
Finnish 59,74
Ukrainian-West 58,22
Russian-North 57,49
Estonian 56,17
Karelian 53,07
Moksha 53,06
Swedish 51,06
Hungarian 51,01
Croatian 50,16
Komi 49,85
British 48,97
Bulgarian 47,79
Norwegian 47,7
French 46,53
Erzya 45,39
Saami 44,58
Chuvash 44,4
Romanian 41,87
Mari 40,44
Tatar-Kazan 39,84
Tatar-Crimean 39,1
Udmurt 38,81
Ashkenazi 38,29
Italian 38,23
Tatar_Lithuanian 37,47
Greek 36,62
Adygei 36,48
Mansi 36,38
Bashkir 36,11
Basque 36,02
Chechen 35,82
Kumyk 35,24
Turkmen 34,68
Ossetian 34,66
Sardinian 34,33
Balkarian 34,28
Nogay 33,92
Sephard 33,11
Lezgin 32,74
Abkhazian 32,39
Armenian 30,56
Georgian 30,55
Turkish 29,65
Uygur 27,38
Yukagir 26,97
Iranian 26,21
Uzbek 26,14
Hakas 24,84
Tadjik 24,84
Shor 24,44
Kazah 23,09
Greek_Azov 22,97
Altaian 22,77
Selkup 21,78
Dolgan 21,22
Kirgiz 20,57
Ket 19,45
Tuvinian 17,62
Yakut 15,99
Mongol 15,79
Nganassan 15,01
Buryat 12,62
Evenk 11,76
Even 9,18
Han-North 5,44


[varang]

Мои 5 копеек (мои 5 % бурятской крови как-то расстворились по всей Сибири:):



Balt 62,84
Polish 61,5
Belarusian 60,87
Estonian 59,38
Erzya 58,73
Ukrainian-East 58,46
Veps 58,03
Russian-West 57,18
Karelian 56,97
Russian-North 55,64
German-Austrian 55,59
Russian-South 52,94
Tatar-Kazan 51,84
Ukrainian-West 51,23
Bulgarian 50,95
Croatian 50,55
Chuvash 50,45
Swedish 48,67
Komi 48,12
Moksha 47,67
Saami 46,65
British 46,51
Tatar-Crimean 46,12
Norwegian 45,35
Hungarian 44,89
Tatar_Lithuanian 44,83
Romanian 43,38
Bashkir 42,33
French 41,92
Greek_Azov 40,68
Udmurt 39,24
Mari 38,73
Mansi 36,52
Greek 35,94
Balkarian 35,87
Finnish 35,84
Basque 35,54
Italian 35,23
Chechen 35,12
Nogay 34,98
Lezgin 34,41
Ossetian 34,02
Sardinian 33,29
Georgian 33,18
Adygei 32,92
Iranian 32,59
Kumyk 32,45
Hakas 31,39
Uzbek 31,05
Ashkenazi 30,76
Armenian 30,22
Turkmen 29,97
Yukagir 29,78
Abkhazian 29,75
Uygur 29,24
Tadjik 29,17
Kazah 28,84
Turkish 28,62
Selkup 28,6
Dolgan 28,47
Altaian 28,34
Sephard 28,27
Tuvinian 26,29
Shor 25,76
Ket 25,44
Yakut 24,37
Kirgiz 22,99
Evenk 22,39
Buryat 21,01
Nganassan 17,78
Mongol 17,05
Han-North 12,85
Even 10,51

[Srkz]

Маленько подкрутил выборки. Обращало на себя внимание пятно у юкагиров, проявлявшееся у весьма многих, и более бледное у хакасов. При внимательном рассмотрении оказалось, что юкагирская выборка лишь примерно наполовину состоит из чистокровных юкагиров  Поскольку после исключения лишних она стала слишком маленькой, убрал ее совсем. Среди хакасов нашелся один человек, похожий в аутосомных калькуляторах на типичного украинца  . Также убрал с десяток других подозрительных образцов из разных выборок.
Среди украинцев никаких немцев не заметил (возможно, конечно, там связь через более далеких предков - ее сложно четко отследить). Двое с подозрением на дальнее родство с ашкенази, но убирать их не стал. Полтавчане получились между слобожанской и львовской выборкой, в качестве компромисса перенес трех наиболее "западных" к львовянам и переименовал ее в Ukrainian-West-and-Center.
Убрал с карты финнов и австрийцев - очень маленькие популяции (но оставил в списке). Добавил азербайджанскую выборку.
В текстовом файле после численного значения суммы сегментов будет добавляться "надежность", в зависимости от размера выборки.

В общем, изменения все мелкие, и разницы с предыдущими результатами по большому счету нет (это ответ заранее на просьбы перегенерировать  ) . Новые результаты будут помечаться как v1.1 .

[Панк]

Спасибо, Сергей!

Полтавчане получились между слобожанской и львовской выборкой, в качестве компромисса перенес трех наиболее "западных" к львовянам и переименовал ее в Ukrainian-West-and-Center.

Ожидаемо "усилились" пересечения (58,27>58,83) с "восточными", тк более "западные" ушли в "западную" выборку и соответственно "ослабились" пересечения (56,55>56,46) с "западными" в пользу надо полагать более "центральных украинцев" 
 
Подтверждается мысль о необходимости выделении выборок, например, согласно традиционному историко-этнографическому районированию 

[Srkz]

Подтверждается мысль о необходимости выделении выборок, например, согласно традиционному историко-этнографическому районированию 

Не хотелось делить на очень мелкие группы, чтобы не повышать шум. С другой стороны, объединять всех украинцев в одну - тоже явно некорректно. Пришлось пока ограничиться компромиссом.

[Панк]

Пришлось пока ограничиться компромиссом.

Надеемся на продолжение в будущем 

[FenriR]

Спасибо, Сергей!

Полтавчане получились между слобожанской и львовской выборкой, в качестве компромисса перенес трех наиболее "западных" к львовянам и переименовал ее в Ukrainian-West-and-Center.

Ожидаемо "усилились" пересечения (58,27>58,83) с "восточными", тк более "западные" ушли в "западную" выборку и соответственно "ослабились" пересечения (56,55>56,46) с "западными" в пользу надо полагать более "центральных украинцев" 

у меня наоборот: значения для западно-центральных "взлетели" за счет полтавчан (58,22->66,12), а для восточных снизились (69,92->66,64), переместив южных русских на первое место (69,51)

Код: [Выделить]

Russian-South 69,51
Balt 66,98
Ukrainian-East-and-Center 66,64
Ukrainian-West-and-Center 66,12
Belarusian 63,25
Veps 62,81
Russian-West 62,73
German-Austrian 60,68
Polish 59,81
Finnish 59,74
Russian-North 57,49
Estonian 56,17
Karelian 53,07
Moksha 53,06
Swedish 51,06
Hungarian 51,01
Croatian 50,16
Komi 49,85
British 48,97
Bulgarian 47,79
Norwegian 47,7
French 46,53
Erzya 45,39
Saami 44,58
Chuvash 44,4
Romanian 41,87
Mari 40,44
Tatar-Kazan 39,84
Tatar-Crimean 39,1
Udmurt 38,81
Ashkenazi 38,29
Italian 38,23
Tatar_Lithuanian 37,47
Greek 36,62
Adygei 36,48
Mansi 36,38
Bashkir 36,11
Basque 36,02
Chechen 35,82
Kumyk 35,24
Turkmen 34,68
Ossetian 34,66
Sardinian 34,33
Balkarian 34,28
Nogay 33,92
Sephard 33,11
Lezgin 32,74
Abkhazian 32,39
Armenian 30,56
Georgian 30,55
Turkish 29,65
Azerbaijani 27,71
Uygur 27,38
Iranian 26,21
Uzbek 26,14
Tadjik 24,84
Shor 24,44
Kazah 23,09
Greek_Azov 22,97
Altaian 22,77
Dolgan 21,22
Kirgiz 20,57
Hakas 19,49
Ket 19,45
Selkup 18,4
Tuvinian 17,62
Mongol 15,79
Nganassan 15,01
Buryat 12,62
Evenk 11,76
Even 9,18
Han-North 5,44


[Srkz]

Что именно показывает этнокарта на базе IBD-сегментов?

Яркость красного цвета прямо пропорциональна сумме сегментов от 3 сМ и выше на одного представителя соответствующей выборки (в среднем). Можно сказать, она показывает количество совпаденцев. Максимум яркости достигается при сумме 72 сМ, все, что выше, отрисовывается с такой же интенсивностью.

Однако количество совпаденцев не всегда показательно при определении степени близости или схожести с выборкой. Как я писал в заметке,

Одновременно достоинством и недостатком метода является сильное влияние «эффекта основателя», «множественного родства», «бутылочных горлышек» и т.д. За этим перечислением скрывается примерно одно и то же — когда популяция происходит от сравнительно небольшой группы людей, ее члены разделяют между собой большое количество общих сегментов. Наиболее известным примером являются евреи-ашкенази — достаточно иметь одного отдаленного предка из этого народа, чтобы получить множество генетических «кузенов». Таким образом, родство с народом, подвергшемуся такому эффекту, видно более четко. Но это же искажает общую картину — одинаковое количество генетических пересечений может означать совершенно разную степень близости в зависимости от истории популяции.

Попросту говоря, если вы наполовину мариец, а наполовину белорус, то "марийское" пятно будет намного ярче - из-за того, что у марийской выборки описанный эффект проявляется особенно сильно.

Проведение "нормализации" - дело будущего, а пока что оценить влияние эффекта можно по картам представителей "генетических полюсов" - литовца, финна, марийца, селькупа. У представителей народов, выделенных на литовской карте, будет завышаться родство с выборкой "Balt" и родственным ей. Можно просто воспринимать это, как свидетельство принадлежности к "балто-славянскому кругу популяций" (помним, что лингвистические названия тут не вполне корректны). Аналогичный подход применим и к другим "полюсам". Естественно, их влияние взаимопроникает и смешивается.

С точки зрения определения своего "центра тяжести" на географической карте более корректен предыдущий метод, основанный на калькуляторе Вадима Веренича К27, так как показывает более общие закономерности (и вообще лучше отработан). Цель эксперимента с IBD-сегментами - взглянуть на вопрос с другой стороны, попробовать новые подходы. Стереоскопическое зрение дает лучший результат  Недостатки калькуляторов на базе Admixture, которые хочется компенсировать, опять же расписаны в заметке.

[andronn]

У меня  вот

Karelian 63,66

выше чем. сев. и юж.русский, это случайность, или можно предположить, что были в роду карелы или русские стех мест?

[Srkz]

У меня  вот

Karelian 63,66

выше чем. сев. и юж.русский, это случайность, или можно предположить, что были в роду карелы или русские стех мест?

Тут же как обычно - мало что можно утверждать со 100% достоверностью  . Учитывая, что и в Admixture были сигналы в ту же сторону, можно считать вполне вероятным какое-то влияние из северо-западного региона. Но и случайность не исключена.

[FELIX]

У меня  вот

Karelian 63,66

выше чем. сев. и юж.русский, это случайность, или можно предположить, что были в роду карелы или русские стех мест?

Скорее надо говорить о финно-угорском "следе": мокша и эрзя гораздо ближе территориально.

[Srkz]

Скорее надо говорить о финно-угорском "следе": мокша и эрзя гораздо ближе.

У них общая генетическая основа с балтами и восточными славянами, финны они только в языковом смысле.

[FELIX]

Скорее надо говорить о финно-угорском "следе": мокша и эрзя гораздо ближе.

У них общая генетическая основа с балтами и восточными славянами, финны они только в языковом смысле.

А это, в свою очередь, показатель некой древней общности.