АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 23704 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +538/-6
  • Ultimate Matriarchy
На практике, в связи с несовершенством оборудования, нуклеотидов не 4 а 15 - по числу непустых подмножеств {A,G,T,C}.

Дополнительные 11 букв называются IUPAC ambiguity codes, по русски - консенсусные символы.

NB! В NGS данных содержится вся необходимая информация, какие аллели были прочитаны, но при выводе используется только один амбигьюити код - N. То есть скажем, прочитав BAM/SAM либо VCF, оттуда можно выудить, что в той или иной позиции есть T либо C, значит консенсус Y, однако синтаксис NGS-файлов запрещает более точный символ Y, требуя писать более общий N. Это следует иметь в виду - если нужны подробности, надо лезть внутрь и смотреть что там за N. Если же оборудование NGS не смогло прочитать нуклеотид, то узнать уже никак нельзя - он будет N даже в fastq, в то время как сэнгеровская fasta допускает все амбигьюити на уровне машины, тк в норме на трейсе видно несколько разноцветных пиков в одной позиции.
 

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1249
  • Страна: ua
  • Рейтинг +582/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
На дереве H9a появился научный образец  id:EG600088new
https://www.yfull.com/mtree/H9a/

Большая просьба поставить ему страну происхождения и область - Закарпатье, Мукачево
Спасибо!
88 M yes yes no 48°26'25.2"N 22°43'17.3"E 48.440321, 22.721470 no No No Yes Yes mixed

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1249
  • Страна: ua
  • Рейтинг +582/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
Еще одна просьба    :)
Можна попросить создать мито группу  H9a  для владельца  id: YF80277
И добавить туда научный образец  EG600088

Оффлайн Белгородец

  • Сообщений: 104
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: I1-Z63-PR683
  • мтДНК: U4a2g
Я сам на YFull образовал новую ветку U4a2g1. 
Это случилось из-за того, что я попал дважды на YFull.
Первый раз YFull поместил мои данные на мито-древо после анализа результатов Big Y.
А во второй раз мои данные попали на древо после того, как YFull разместил у себя на древе результаты моего FMS теста, которые я предоставил Genbank.
Мой возраст 1750 лет!
В моей ветке YFull нашел следующие мутации G143A (есть у большинства носителей U4a), T310d (обнаружена у 20 моих кузенах U4a2g, в основном, из России и Финляндии), G513GCA (этой мутации почему-то нет в моих Extra Mutations; никто не знает причины?) и T12438C (моя частная мутация, я собираюсь протестировать свою двоюродную тетю, чтобы оценить возраст этой мутации).
Мои же Extra Mutations 522.1A, 522.2C, 522.3A, 522.4C со странички ФТДНА на YFull не представлены.


Оффлайн Julia YFull

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Мы перевели эти два образца на одну персону, чтобы они больше не могли создать ветку, и удалили субклад U4a2g1. Теперь Ваши образцы находятся  в ветке U4a2g*. В extra mutations у Вас указана G513GCA!! А с мутацией G143A скорее всего будет добавлена ветка ниже U4a2g c однозвездочной степенью достоверности позже.

Оффлайн Белгородец

  • Сообщений: 104
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: I1-Z63-PR683
  • мтДНК: U4a2g
Спасибо за объединение двух образцов.

Извиняюсь, что не совсем наглядно выразил свои мысли.
Мутации G513GCA (или G513GCA!!), которая у меня есть на YFull, нет в разделе еxtra mutations моей странички на сайте ФТДНА.

Постараюсь уговорить кого-нибудь из моих многочисленных кузенов с мутацией T310d добавить свои результаты на древо YFull, чтобы мы образовали новую ветку. Интересно узнать, какой будет возраст этой ветки на древе YFull.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 446
  • Страна: ru
  • Рейтинг +312/-1
  • Y-ДНК: G-Z6653
Время от времени натыкаюсь на древние образцы, которые проходят как современники (и участвуют в расчетах TMRCA?):

https://www.yfull.com/mtree/N6/
MN706603.1, MN706605.1 — люди из пещеры Бачо Киро, которым более 40 тыс. лет

https://www.yfull.com/mtree/X4/
MH176338.1, MH176337.1 — катакомбники

https://www.yfull.com/mtree/U1b2a/
MN540509.1, MN540513.1 — средневековые

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 15914
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3533/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT40739
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Провёл изыскания по поводу образца id:I7212 древней ДНК своей гаплогруппы K1b1a1-T199C.

Он из Чехии, Устецкий край. Хотел бы в геногеографических целях попросить поставить флаг Чехии и соответствующий регион :)

« Последнее редактирование: 06 Апрель 2021, 14:39:51 от Yaroslav »

Оффлайн Julia YFull

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Время от времени натыкаюсь на древние образцы, которые проходят как современники (и участвуют в расчетах TMRCA?):

https://www.yfull.com/mtree/N6/
MN706603.1, MN706605.1 — люди из пещеры Бачо Киро, которым более 40 тыс. лет

https://www.yfull.com/mtree/X4/
MH176338.1, MH176337.1 — катакомбники

https://www.yfull.com/mtree/U1b2a/
MN540509.1, MN540513.1 — средневековые

Спасибо, пометили как древние, в расчете возраста не участвуют.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 15914
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3533/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT40739
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Хотел бы в геногеографических целях попросить поставить флаг Чехии и соответствующий регион :)

Спасибо! Появился чешский флаг и регион.

Уровнем выше в K1b1a1* есть ещё два образца дДНК:

I2637 - это Оркнейские острова, Шотландия.

RISE98 - это провинция Сконе, Швеция.

Хотел бы попросить и о них.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 446
  • Страна: ru
  • Рейтинг +312/-1
  • Y-ДНК: G-Z6653
Несколько десятков образцов  MG182446 - MG182533  являются древними

https://www.nature.com/articles/s41431-018-0319-8

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100