АвторТема: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015  (Прочитано 17559 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #45 : 27 Февраль 2015, 12:32:46 »
Отправил текст с увеличенным шрифтом для формул.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2435/-13
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #46 : 27 Февраль 2015, 12:55:32 »
Отправил текст с увеличенным шрифтом для формул.
Дмитрий, к сожалению, это почти ничего не изменило.

Всё, поняла, где и что именно не совпадает. Сейчас сделаю.
« Последнее редактирование: 27 Февраль 2015, 13:38:21 от пенелопа »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #47 : 27 Февраль 2015, 13:44:02 »
Отправил текст с увеличенным шрифтом для формул.
Дмитрий, к сожалению, это почти ничего не изменило.

Всё, поняла, где и что именно не совпадает. Сейчас сделаю.
может просто вывод в пдф нужно было сделать с разрешением 200 дпи?

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2435/-13
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #48 : 27 Февраль 2015, 13:49:04 »
может просто вывод в пдф нужно было сделать с разрешением 200 дпи?
Да у меня вообще 300. Нашла я все. Нормальная история, несовпадение вордовсих версий по части формул. Хроническое :) Статья перезалита будет.

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 633
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #49 : 27 Февраль 2015, 14:05:35 »
может просто вывод в пдф нужно было сделать с разрешением 200 дпи?
Да у меня вообще 300. Нашла я все. Нормальная история, несовпадение вордовсих версий по части формул. Хроническое :) Статья перезалита будет.

Статья заменена исправленной версией.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #50 : 27 Февраль 2015, 14:36:38 »
может просто вывод в пдф нужно было сделать с разрешением 200 дпи?
Да у меня вообще 300. Нашла я все. Нормальная история, несовпадение вордовсих версий по части формул. Хроническое :) Статья перезалита будет.

Статья заменена исправленной версией.

теперь то, что надо!

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #51 : 27 Февраль 2015, 15:19:00 »
Жаль, об оценке возраста Y-Адама(и оценками других авторов) не написали.
Когда в YFull появятся образцы A00, тогда можно будет и возраст параотца оценить..
На дереве YFull он есть. Оценка по одному ответвлению.
Кстати, интересно. Если в одной ветви допустим 20 сэмплов, а в другой - 2 например. Этот вес учитывался или усреднение по 22?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #52 : 27 Февраль 2015, 15:19:42 »
Статья хорошая. Но сразу же вопрос - скорость "мутации снипов"  1 -1.5*10-9 предполагает модель т.н. нейтральной эволюции*. Вопрос: предпринимались ли авторами попытки оценить влияние естественного отбора на константу скорости?

Второй вопрос - технического плана. Используемые в методе критерии отбра "кандидатных" вариантов в основной своей части соответствуют стандартным фильтрам обработки bam файлов и, соответственно, полям в VCF файле. Я, правда, не нашел аналога критерию REG. Представляется ли уважаемыми возможным имплементировать подобный функционал при работе с более традиционными инструментами как samtools, vcftools и GATK.

* Эта характеристика вытекает также и из представления мутагенеза как пуассоновского потока одинарных несвязанных между собой вероятностей.
« Последнее редактирование: 27 Февраль 2015, 15:29:49 от I2a1a »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #53 : 27 Февраль 2015, 16:21:02 »
Чуть позже дополню.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #54 : 27 Февраль 2015, 18:49:18 »
На Английском есть?
пока нет. переводится. а вы англичанин? :) хау ду ю ду?

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9559
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #55 : 27 Февраль 2015, 19:23:49 »
На Английском есть?
пока нет. переводится. а вы англичанин? :) хау ду ю ду?
Меня спрашивали если есть

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #56 : 27 Февраль 2015, 20:07:59 »
На Английском есть?
пока нет. переводится. а вы англичанин? :) хау ду ю ду?
Меня спрашивали если есть

Пока нет, но будет.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #57 : 27 Февраль 2015, 21:20:00 »
Жаль, об оценке возраста Y-Адама(и оценками других авторов) не написали.
Когда в YFull появятся образцы A00, тогда можно будет и возраст параотца оценить..

Сегодня, в данных эстонского биоцентра:
Цитировать
The data for Mbo samples belonging to haplogroup A00 are downloadable as bam-files:
GRC13292545.chrY.bam and GRC13292546.chrY.bam

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1151
  • Страна: 00
  • Рейтинг +151/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #58 : 27 Февраль 2015, 23:24:13 »
Спасибо за интереснейшую статью. Жаль, об оценке возраста Y-Адама(и оценками других авторов) не написали. И с некоторыми моментами по среднему возрасту поколения не совсем согласен, хотя это дискуссионный вопрос.

А ещё был какой-то выходец из Камеруна с самой древней y хромосомой, чуть ли не 300000 лет.
http://news.rambler.ru/18092352/

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #59 : 28 Февраль 2015, 00:28:59 »
Спасибо за интереснейшую статью. Жаль, об оценке возраста Y-Адама(и оценками других авторов) не написали. И с некоторыми моментами по среднему возрасту поколения не совсем согласен, хотя это дискуссионный вопрос.

А ещё был какой-то выходец из Камеруна с самой древней y хромосомой, чуть ли не 300000 лет.
http://news.rambler.ru/18092352/
Так он и есть А00.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.