L1248+

[grimsvotn]

Аутосомы сэмпла VK15 обсуждались здесь: https://forum.molgen.org/index.php/topic,13328.msg548595.html#msg548595

[Nicola_Canadian]

Ну вообще, такое может быть… (хочется верить, что это не банальная ошибка)
Y-DNA трудно определить у таких древних образцов…  А раз Маргариныч не смог, то просто отнес этот шведско-датский (по Маргаринычу) образец из Старой Ладоги к женщинам… Average Contamination указан как 0.03.

А китайцы возможно действительно смогли определить… Кто знает какие там методы и аппаратура?

[Farroukh]

Возможно, субъект был носителем редкого синдрома Свайера, когда мутация в гене SRY (а по нему нередко определяют пол) дала ложный результат как на женский организм.

Синдром Свайера (если здесь действительно он) также выявляем и аутосомно (9, 12 и 17 хр.).

[grimsvotn]

Ну вообще, такое может быть… (хочется верить, что это не банальная ошибка)

Ну да, но и цепочку снипов вплоть до L1248 тоже ведь откуда-то взяли))

[Farroukh]

Можно попробовать преобразовать его результат в формат Family Finder и прогнать через Promethease. Он точно покажет, был ли там синдром.

[Srkz]

Можно попробовать преобразовать его результат в формат Family Finder и прогнать через Promethease. Он точно покажет, был ли там синдром.

Да не синдром там, в статье написано, что пол определяли по соотношению прочтений игрека к прочтениям икс-хромосомы. И покрытие приемлемое, ошибки быть не должно. Я попробую посмотреть его.

[grimsvotn]

Жаль, что у theytree полностью отсутствует обратная связь. Так можно было бы написать, спросить о сэмпле. Вдруг действительно что-то перепутали (хотя бы ID, и там не VK15, а что-то другое, но с похожим мито).

[grimsvotn]

Ха, вот еще один VK15 из Старой Ладоги - https://www.theytree.com/sample/2e329adb9a0f64f9dee49910fe741f2f.html

И уже без игрека)))

С игреком висит там же.

Скорее всего, просто перепутали ID с похожим мито. Эта митолиния далеко не редкая в данной работе по геномам викингов. Да и в Скандинавии, насколько я понимаю.

Кроме того, оба VK15 не образовали общего субклада под J1b1a1* (как идентичные друг другу) на theytree, значит это явно что-то разное

Тогда что же это тогда за образец L1248 из Старой Ладоги (и из Ладоги ли). Интрига))
Два раза образец из Эланда (подтвержденный L1248 из данной работы) вряд ли закачали, ибо мито у него другое: https://www.theytree.com/sample/0372425fb48b8842294d0c5ba4e87abc.html

И ушел он в совершенно другую подветвь

[Srkz]

Я попробую посмотреть его.

В общем, автоконвертер там игрека не видит, только какие-то случайные чтения в небольшом количестве из разных гаплогрупп. Вручную я не умею смотреть мутации в бамах, но думаю, китайцы что-то напутали просто.

[grimsvotn]

Я попробую найти мэйл theytree, узнаю по поводу сэмпла. Наверняка ошибка с ID

[grimsvotn]

Обратную связь нашёл, если кому сгодится, то тут: https://www.theytree.com/portal/index/add2

[grimsvotn]

Кстати, весьма оперативно ответили:

Dear Anton,

VK15 on  I-L1248 is a wrong data. And now it's deleted.

Thank you.

Correct sample is VK15 - Russia_Ladoga_5680-16 on https://www.theytree.com/mttree/J1b1a1

Вот же б@#, одним словом - новогоднего подарка в лице предкового снипа из Старой Ладоги не будет

[grimsvotn]

Появился сэмпл YF113182 у корня L1248.
По лайв-версии пока так и находится на уровне starlet-субклада: https://www.yfull.com/live/tree/I-L1248*/

Написал ему, но там традиционно для ноунэймов Nebula Genomics

[grimsvotn]

Сформировал новый субклад под L1248, куда вошли некоторые ранее известные ветви:

https://www.yfull.com/live/tree/I-Y30738/

Владелец кита на связь так и не вышел

[grimsvotn]

В ветке Y20842 появился новичок c Небулы - YF124814

https://www.yfull.com/live/tree/I-Y20842/

Пока не понятно куда он попадет: останется на этом же уровне с венгром из Трансильвании (YF090097) или куда-то еще передвинется. Написал ему, но особо надежд на ответ не чаю))