мы еще не обсуждали загадочную статью про львов-людоедов Цаво из Кении, которые в 1898 году сожрали десятки пенджабцев - вольнонаемных работников строительства Кенийской ж/д (и, возможно, еще сколько-то местных африканцев)?
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(24)01240-5Из дупла в зубе льва извлекли волосы жертв и один из волосков выдал человеческую мт и полногеномную ДНК (~100Х мтДНК). Только ... мтДНК оказалась не африканская и не индийская, а ашкеназская из Центр. / Вост. Европы K2a2a1 (TMRCA порядка 1.5 тысячи лет). Установлено по 36 вариантам (Table S5):
A73G, T146C, T152C, A263G, C315CC, A512C,
G709A, A750G, A1438G, A1811G, A2706G,
A3480G, T4561C, A4769G, C7028T, G8697A,
A8860G, G9055A, A9254G, T9698C, T9716C,
A10550G, T11299C, C11348T, A11467G,
G11719A, G11914A, A12308G, G12372A,
C14167T, C14766T, T14798C, A15326G,
T16224C, T16311C, T16519C
Авторы решительно не хотят делать из этого никаких выводов, ограничиваясь рядом странных оговорок, почему им не хочется анализировать эту ДНК подробнее:
во-первых, "это только материнская линия и ХЗ, какие еще там есть линии" (а геномная ДНК на что тогда?)
во-вторых, "разнообразие мтДНК в Восточной Африке недостаточно изучено, а особенно слабо изучен генетический материал, привнесенный туда недавно, в эпоху колониализма" (а, то есть между строчек читаем, что и они считают эту мтДНК не местной по происхождению ... но только для детей еврейских матерей, смерть в 1898 году в Кении никак не вписывается ни в реальную историю колонизации региона, ни тем более в документацию по львам Цаво).
В-третьих, потомки погибших могут еще жить в этом регионе и продолжать страдать от колониализма, и копаться в их ДНК нельзя, пока не прошли тщательные консультации с местными жителями, что они одобряют и что - нет (хмм, а кто одобрил тогда публикацию 36 мутаций??).
Спрашивается тогда, не лабораторное загрязнение ли привело к попаданию еврейской ДНК в образец? Но это у них ответ - что в этой ДНК дезаминация цитозинов соответствует её древнему происхождению, см. Fig. S2A. Смотрим и остается решительно непонятно, понимали ли сами авторы, что там изображено. Подпись к иллюстрации - что это количественный анализ дезаминации. Но 4 из 6 панелек показывают совсем не дезаминацию цитозинов, а фрагментацию ДНК со вкладом распада по апуриновым основаниям (о чём в подписи ни слова?). Апуринизация и следующие за ней разрывы, безусловно, характерны для древней ДНК, но не только для неё, там от pH, температуры всё зависит, в общем ХЗ. 5-я панелька, однако, показывает (ничтожный) перевес Т у 5' концов, где по свисающим одноцепочечным фрагментам ДНК действительно шарашит дезаминация C, с типичным временем полураспада в десятки тысяч лет. У образцов из Цаво, соответственно, я ожидаю несколько десятых долей процента дезаминации, что, мне кажется, трудно надежно продемонстрировать, если у них в руках считаные тысячи последовательностей. Еще более загадочно то, что в скелете самих львов наблюдаемая дезаминация достигает 3-4%, как будто этим образцам - тысячелетия. У человеческой мтДНК уровень дезаминации гораздо меньше, и близок к шуму. Кто-нибудь среди нас имеет опыт работы с такими данными? Правдоподобно ли, что еврейская ДНК действительно лежала там 120 лет, а не попала в образец недавно? И что еще можно понять из (изначально неправильно проаннотированной) иллюстрации?
Тема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение) (Прочитано 766430 раз)