Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[MCB]

Решена проблема с датировкой древних и архаичных Y-хромосом (раньше казалось, что "молекулярные часы" мутагенеза работают в таких игрек-хромосомах медленнее - даже в 1.66 раза медленнее на уровне неандертальских геномов, но новая статья показывает, что "ускорение" мутагенеза в современных Y-хромосомах - это просто иллюзия из-за того, что часть древних и архаичных последовательностей настолько от них отличаются, что вообще не распознаются как Y при использовании стандартной референтной последовательности). Скорее всего, этот препринт из Макс-Планка уже где-то обсуждается на форуме, но я не видел ... а из-за прямого отношения к древним ДНК, считаю не лишним упомянуть его тут.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.05.602100v1

[kardes]

Палеогенетики прочитали древнейший высококачественный геном человека. 11 июля 2024 г. 16:15 Автор: Энн ГИББОНС
Самый древний человеческий геном был секвенирован — и это ДНК денисовца возрастом 200 000 лет из сибирской. Хорошо сохранившуюся ДНК удалось выделить из зуба денисовца, который жил на Алтае примерно 200 тысяч лет назад. Если вести речь только о неандертальцах и денисовцах, то на сегодняшний день опубликованы всего лишь четыре подобных генома, причем все они женские. Эти последовательности ученые определили, когда исследовали неандертальские останки возрастом около 120 тысяч лет из Денисовой пещеры (Denisova-5), около 55 тысяч лет из Чагырской пещеры (Chagyrskaya-B), около 50 тысяч лет из хорватской пещеры Виндия (Vindija-33.19). Единственный качественный денисовский геном исследователи получили больше десяти лет назад, когда проанализировали образец Denisova-3 возрастом примерно 64 тысячи лет. Кроме того, еще как минимум два неандертальских генома, древнейшему из которых около 110 тысяч лет, пока не опубликованы (один, два).Древнюю ДНК хорошей сохранности ученые смогли выделить из зуба Denisova-25, обнаруженного во время раскопок в Денисовой пещере, в которой многие годы ведут работы исследователи из Института археологии и этнографии СО РАН. По данным археологов, возраст этой находки составляет около 200 тысяч лет. Тем самым полученная последовательность представляет собой древнейший человеческий геном, прочитанный с высокой точностью.Согласно анализу Пейреня и коллег, недавно секвенированный самец происходит из особой популяции ранних денисовцев, которые многократно скрещивались с группой неандертальцев, чья популяция ранее не была обнаружена в ДНК.

[kardes]

Генетическое родство  популяций хмонг-мьен из пещерных захоронений в Гуаньсу, выявленное из древних геномов.

Аннотация-Пещерные захоронения были распространены в Южном Китае на протяжении тысяч лет. История популяции и генетический вклад групп пещерных захоронений в формирование современных южных меньшинств в значительной степени неизвестны из-за отсутствия древних геномных данных. Здесь мы представляем геномные данные 4 древних людей из пещерных захоронений от поздней династии Юань до династий Мин в Гуаньсу. Мы наблюдали близкое генетическое родство между четырьмя людьми пещерных захоронений. Однако наши образцы получили потоки генов от северо-восточных азиатов по сравнению с группами пещерных захоронений около 1600-1400 лет назад. Мы выявили сильную генетическую связь между этими древними группами пещерных захоронений и современными популяциями, говорящими на языке хмонг-мьен, в частности, географически соседней популяцией байку- яо, что указывает на стабильность популяции в горном регионе Южного Китая за последние несколько столетий.

[rozenblatt]

https://nplus1.ru/news/2024/07/15/gao-bin

 Палеогенетики прочитали геном раннесредневекового крупного китайского чиновника

Его гробницу раскопали в 2007 году

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S167385272400184X?via%3Dihub

 Gao Bin (高宾, 503-572 AD), mtDNA Z4 and Y-DNA O1a1a2b-F2444*

[Yaroslav]

Палеогенетики прочитали геном раннесредневекового крупного китайского чиновника...

...и не смогли найти в нём коррупционной составляющей.

[kardes]

Новые молекулярно-генетические анализы разрешают давний спор о предполагаемом благородном происхождении Каспара Хаузера.

• Независимые генетические анализы мтДНК в трех лабораториях дали идентичные результаты
• Образцы волос и крови, приписываемые Каспару Хаузеру, дали одинаковую мтДНК - W
• мтДНК Каспара Хаузера однозначно отличается от «баденской линии»-Н1b
• Каспар Хаузер не был наследным принцем Бадена, родившимся в 1812 году
РЕЗЮМЕ Происхождение Каспара Хаузера было предметом исследований и споров на протяжении почти 200 лет. Что касается его возможного аристократического происхождения через Баденский дом, было предположение, что его подменили в младенчестве, похитили и держали в изоляции, чтобы привести к трону побочную линию. За последние 25 лет были проведены различные генетические анализы для изучения этого возможного аристократического происхождения. Предыдущие результаты с использованием менее чувствительных методов Сэнгера и электрофореза были противоречивыми, и, кроме того, подлинность некоторых образцов была оспорена, таким образом, оставив вопрос открытым. Наши анализы с использованием современных методов массового параллельного секвенирования на основе захвата и полного генома показывают, что гаплотипы митохондриальной ДНК в различных образцах, приписываемых Каспару Хаузеру, были идентичными - W, что впервые продемонстрировало их подлинность, и явно отличались от митохондриальной линии династии Баденов-Н1b , что исключает материнское родство и, следовательно, широко распространенную «теорию принца».

[rozenblatt]

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsos.240436

Multi-proxy bioarchaeological analysis of skeletal remains shows genetic discontinuity in a Medieval Sicilian community

Aurore Monnereau, Alice Ughi, Paola Orecchioni, Richard Hagan, Helen M. Talbot, Efthymia Nikita, Derek Hamilton, Petrus Le Roux, Alessandra Molinari, Martin Carver, Oliver E. Craig, Camilla F. Speller, Michelle M. Alexander and Nathan Wales

Published: 24 July 2024

https://doi.org/10.1098/rsos.240436

Abstract

The medieval period in Sicily was turbulent, involving successive regime changes, from Byzantine (Greek Christian), Aghlabid (Sunni Muslim), Fatimid (Shīʿa Muslim), to Normans and Swabians (Latin Christian). To shed new light on the local implications of regime changes, we conducted a multidisciplinary analysis of 27 individuals buried in adjacent Muslim and Christian cemeteries at the site of Segesta, western Sicily. By combining radiocarbon dating, genome-wide sequencing, stable and radiogenic isotopic data, and archaeological records, we uncover genetic differences between the two communities but find evidence of continuity in other aspects of life. Historical and archaeological evidence shows a Muslim community was present by the 12th century during Norman governance, with the Christian settlement appearing in the 13th century under Swabian governance. A Bayesian analysis of radiocarbon dates from the burials finds the abandonment of the Muslim cemetery likely occurred after the establishment of the Christian cemetery, indicating that individuals of both faiths were present in the area in the first half of the 13th century. The biomolecular results suggest the Christians remained genetically distinct from the Muslim community at Segesta while following a substantially similar diet. This study demonstrates that medieval regime changes had major impacts beyond the political core, leading to demographic changes while economic systems persisted and new social relationships emerged.

Средневековый период на Сицилии был неспокойным и сопровождался последовательной сменой режимов - от византийского (греко-христианского), Аглабидского (мусульманского суннитского), Фатимидского (мусульманского шиитского) до норманнского и швабского (латинско-христианского). Чтобы пролить новый свет на местные последствия смены режимов, мы провели междисциплинарный анализ 27 человек, похороненных на соседних мусульманских и христианских кладбищах в Сегесте, западная Сицилия. Объединив радиоуглеродное датирование, геномное секвенирование, стабильные и радиогенные изотопные данные и археологические записи, мы выявили генетические различия между двумя общинами, но нашли свидетельства преемственности в других аспектах жизни. Исторические и археологические данные свидетельствуют о том, что мусульманская община существовала в 12 веке во времена норманнского правления, а христианское поселение появилось в 13 веке во времена швабского правления. Байесовский анализ радиоуглеродных дат из захоронений показывает, что запустение мусульманского кладбища, скорее всего, произошло после создания христианского кладбища, что свидетельствует о том, что в первой половине XIII века в этом районе проживали представители обеих конфессий. Результаты биомолекулярных исследований свидетельствуют о том, что христиане генетически отличались от мусульманской общины Сегесты, но при этом придерживались схожей диеты. Данное исследование показывает, что смена средневекового режима имела серьезные последствия за пределами политического ядра, что привело к демографическим изменениям при сохранении экономических систем и возникновении новых социальных отношений.

Переведено с помощью DeepL.com (бесплатная версия)

Код: [Выделить]

Individual Burial rite Age mtDNA Y DNA Y-haplogroup
SGBN1 Islamic 1065–1275 CE H E-CTS6185/etc*(xMZ72,Z36168,Z36171,Y23468,BY8969,MZ6,MZ87,M7143,A429,BY10030,BY9942,PF2542,BY10235,A601) E1b1b1b1a-M81
SGBN2 Islamic 1055–1265 CE L3e5 E-PF2442/etc*(xPF2469,Z36734) E1b1b1b1-M310.1
SGBN3 Islamic 1060–1270 CE H3 E-CTS7248/etc*(xZ36186,Z21392,BY9947,PF2575,MZ62,BY10180) E1b1b1b1a-M81
SGBN4 Islamic ––– K2b1
SGBN5 Islamic ––– N1b1a2 J-AM00218/etc*(xAMM451,Y34372,YP122,YP29) J2b2a-M241
SGBN6 Islamic ––– J1d4
SGBN7 Islamic ––– J1c2i T-CTS9984 T1a-M70
SGBN8 Islamic 1170–1285 CE W+194°
SGBN30 Islamic –––
SGBN9 Christian 1220–1380 CE T2b+152
SGBN10 Christian 1225–1385 CE H17 E-PF2211*(xM7149,Z42903,BY5509,BY5675,Z37871,Z37873,Y16265,BY7875,Z21287,BY4850,CTS5045,FGC14571,Y16718,Y19644,BY5026,BY6058,S3003,SK888,BY4610) E1b1b1a1b1a-V13
SGBN11 Christian
SGBN12 Christian 1180–1295 CE R1a1a2 T-CTS1482/etc*(xCTS12204,FGC23010) T1a-M70
SGBN15 Christian 1055–1270 CE
SGBN16 Christian 1055–1270 CE
SGBN17 Christian 1240–1395 CE J2a1a2a1a
SGBN18† Christian 1215–1365 CE H1c E-Z38456 E1b1b1a1b1a-V13
SGBN19† Christian 1195–1305 CE H1c E-BY6060*(xBY4643,BY5793,BY6204) E1b1b1a1b1a-V13
SGBN18_19 H1c E-Z38456 E1b1b1a1b1a-V13
SGBN20 Christian 1225–1385 CE H1c E-FGC11422*(xZ36785,BY6060,BY5224,Y12394,Z36882,S26015,Z21356,Z36778) E1b1b1a1-M78
SGBN21 Christian 1225–1385 CE H50 °
SGBN22 Christian 1160–1275 CE N1b1a2b R-S17864/etc*(xCTS7556) R1b1a1b-M269
SGBN23 Christian ––– T2b7a3 R-CTS4608/etc*(xFGC3868,A411,S5556,Z37884,Y14075,A6710,BY96194,FGC33321,S20039,FGC8590,Z25,FGC937,A294,FGC17429,S15565,FGC19763,CTS9539,Z326,S10271,Z154,FGC414,FGC18015,L221,FGC37115,CTS5981,CTS7556,A11715,Z29786,GG460,FGC42029,FGC31942) R1b1a1b-M269
SGBN24A Christian 1225–1405 CE U6a1a1 R-P312*(xL1246,L408,L671,S259,CTS7193.2,S461,Z2245,DF19,Y18213) R1b1a1b-M269
SGBN24B Christian 1055–1270 CE
SGBN25 Christian 1220–1380 CE H27 J-AM00168/etc J2a-M410
SGBN26 Christian 1240–1395 CE H1a3c1 R-CTS10834/etc*(xAM01882,YSC0000054,A319,S5520,JFS0009,S9787,L48,FGC20676,FGC12021,A2148,PF7595,S180,L562,FGC12380,S20782,Z144,A2202,A1742,A11242,FGC36640,BY39396,BY287,BY24055,A103,FGC13017,CTS6621,A7664,S1120,S883,MC14,S3033,BY2725,BY12312,Z16539,S6168,Z16306,BY635,FGC63586,BY4010,BY31354,FGC55499,FGC11320,FGC23396,FGC33396,Z2993,A7907,A8039,A8062,GG445,FGC42003,FGC31933) R1b1a1b-M269


[Tora_sama]

Много нашего Ешного брата, надеюсь увидим снипы поглубже или вообще ифулл

[пенелопа]

Венгры, прародина. https://nplus1.ru/material/2024/08/23/magna-hungaria
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.21.599526v1

[kardes]

Умерший в начале XVII века в Джеймстауне капитан Уэст оказался внуком первого барона де Ла Варр
Ранний колонист скорее всего был внебрачным сыном одной из дочерей английского аристократа.

ученые раскопали четыре погребения представителей английской элиты, личности которых удалось установить. Так, останки, вероятно, принадлежали священнику Роберту Ханту, капитану Габриэлю Арчеру, офицеру сэру Фердинандо Уэйнману и капитану Уильяму Уэсту, которые умерли в 1608–1610 годах, при этом. сэр Уэйнман и капитан Уэст приходились друг другу родственниками по материнской линии- оба мужчины были носителями митохондриальной гаплогруппы H10e. Уэйнман оказался носителем Y-хромосомной гаплогруппы I1.Ученые обнаружили, что, скорее всего, этот человек был внебрачным сыном Элизабет — дочери Уильяма Уэста-старшего, который был первым бароном де Ла Варр, и родной сестры отца Томаса Уэста — первого губернатора Виргинии.

Приписываемые епископу Теодомиро останки действительно принадлежали средневековому мужчине
Согласно преданию, этот человек обнаружил мощи апостола Иакова.

Ученые исследовали останки, которые предположительно могли принадлежать епископу Теодомиро — человеку, который в IX веке нашей эры, согласно преданию, обнаружил нетленные мощи апостола Иакова Зеведеева. Исследователи подтвердили, что раскопанные в середине прошлого столетия кости действительно принадлежали взрослому мужчине, который умер примерно в одно время с епископом.
Останки, приписываемые епископу Теодомиро Y-ДНК: R1b1a1b1a1a, мтДНК: T2b9

Принесенный в жертву ребенок из Пакиме оказался потомком близких родственников
Генетики прочитали ДНК ребенка из индейского поселения Пакиме, которого в XIV веке нашей эры принесли в жертву и похоронили у опорного столба крыши дома. Исследователи выяснили, что останки принадлежали мальчику примерно двух—пяти лет, родителями которого были близкие родственники.Исследователи пришли к выводу, что, вероятно, родители мальчика не были даже двоюродными братом и сестрой. По их данным, они приходились друг другу родственниками второй степени, то есть ребенок был потомком брата и сестры, у которых был один общий родитель, тети/дяди и племянника/племянницы или бабушки/дедушки и внука/внучки.Генетический анализ показал, что останки принадлежали мальчику, который был носителем митохондриальной гаплогруппы C1b и Y-хромосомной гаплогруппы Q1a2a2b1a — это согласуется с тем, что он был коренным американцем

[G-Man]

Archaeogenetic analysis revealed East Eurasian paternal origin to the Aba royal family of Hungary
https://doi.org/10.1101/2024.03.20.585718

Род Аба играл ключевую роль в истории средневековой Венгрии, занимая обширные территории и порождая влиятельных деятелей. Мы провели археогенетическое исследование останков, обнаруженных в некрополе в Абасаре, политическом центре клана Аба, чтобы идентифицировать членов семьи Аба и пролить свет на их генетическое происхождение. Используя данные WGS 19 человек, дополненные радиоуглеродными измерениями, мы идентифицировали 6 членов семьи Аба, имевших близкие родственные связи. Наш анализ показал, что 4 мужчины из этой семьи являются носителями гаплогруппы N1a1a1a1a4. Важно отметить, что наше филогенетическое исследование проследило эту королевскую отцовскую линию до Монголии, что наводит на мысль о ее миграции в Карпатский бассейн вместе с венграми-завоевателями. Анализ генома, включающий ADMIXTURE, PCA и qpAdm, выявил восточноевразийские паттерны в исследованных геномах, что согласуется с нашими филогенетическими результатами. Анализ IBD подтвердил родственные связи семей и пролил свет на внешние родственные связи. Он показал, что члены семьи Аба были связаны с представителями выдающихся венгерских родов Арпад, Батори и Корвин, а также с первым поколением иммигрантской элиты времен венгерского завоевания.

N-A9416

Исходники появились   https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB72247

[kardes]

Геномное и культурное разнообразие ритуальных захоронений инков Qhapaq hucha в Чили и Аргентине
Аннотация
Южноамериканские археологические данные содержат многочисленные свидетельства социально-культурного динамизма человеческих популяций в прошлом. Это также подтверждается анализом древних геномов, показывающим свидетельства потока генов по всему региону. Хотя масштаб этих сигналов еще предстоит проверить, растущее число древних геномов позволяет оценивать более мелкомасштабные гипотезы. В этом исследовании мы оценили генетическое разнообразие людей, связанных с ритуалом инков Qhapaq hucha. В рамках этой церемонии один или несколько человек были похоронены с подношениями в стиле инков и местном стиле на горных вершинах вдоль Анд, что оставило очень характерную запись. Используя палеогеномные инструменты, мы проанализировали трех людей: два недавно созданных генома с горы Эль-Пломо (Чили) и горы Эль-Торо (Аргентина) и ранее опубликованный геном из Аргентины (гора Аконкагуа). Наши результаты раскрывают сложный демографический сценарий, в котором каждый из индивидуумов демонстрирует различное генетическое родство. Кроме того, в то время как два индивидуума показали генетическое сходство с современным и древним населением из южного региона империи инков, третий индивидуум, возможно, совершил перемещение на большие расстояния. Генетическое разнообразие, которое мы наблюдали между индивидуумами из схожих культурных контекстов, подтверждает весьма разнообразные стратегии, которые инки реализовали при включении новых территорий. В более широком смысле, это исследование способствует нашему растущему пониманию динамики населения в Андах, освещая последствия и временные рамки перемещений населения в регионе.

[Tora_sama]

Юноша с хорьком их средневекового могильника Минино на Кубенском озере: археогенетическая идентификация.
https://archaeolog.ru/media/ksia/ksia_274.pdf

Археологические и палеоантропологические материалы средневековых могильников Русского Севера уже несколько десятилетий служат важнейшим источником для изучения славяно-финского взаимодействия и процессов интеграции в состав Древнерусского государства обширных территорий между волжско-северодвинским водоразделом и Белым морем. Геномный анализ образцов костной ткани из этих могильников до сих пор не производился. В качестве первых материалов для такого анализа были отобраны образцы из средневекового могильника Минино на Кубенском озере. Исследовано одно необычное погребение, где были совместно захоронены подросток предположительно мужского пола и лесной хорь (Mustela (Putorius) putorius L.). Проведен геномный анализ человека и животного. По его результатам определена принадлежность исследованного индивида мужскому полу. Филогеографический анализ полной последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК) человека показал: данная митохондриальная линия характерна для восточнославянских популяций, что предполагает его славянские, а не финно-угорские, корни и согласуется с археологическими данными. Митохондриальная последовательность животного из погребения соответствует мтДНК современных лесных хорьков, отличных от современной группы одомашненных хорьков. Проведенное исследование предоставляет свидетельство присутствия индивидов славянского происхождения на территории Русского Севера во втор. пол. XII - нач. XIII в. и открывает неизвестные стороны повседневной жизни средневекового населения.

Мито: https://www.yfull.com/mtree/H5a1a/

[kardes]

Пять столетий кровного родства, изоляции, здоровья и конфликтов в Лас-Гобас: северный средневековый иберийский некрополь
Рикардо Родригес-Варела, Рейхан Яка, .... Агустин Аскарате и Андерс Гётерстрем.. Science Advances, 28 августа 2024 г.
Аннотация
Между 8 и 11 веками нашей эры Пиренейский полуостров претерпел глубокие потрясения из-за вторжения Омейядов против вестготов, что привело к перемещению населения и длительным демографическим последствиям. Наше понимание этого периода затруднено ограниченностью письменных источников и несколько археогенетических исследований. Мы проанализировали 33 человека из Лас-Гобас, некрополя на севере Испании, охватывающего период с 7 по 11 века . Объединяя археологические и остеологичные данные с родственными, метагеномными и генеалогическими анализами, мы исследуем конфликты, здоровье и демографию эти особи. Мы раскрываем сложные семейные отношения и генетическую преемственность в пределах кровнородственной популяции, а также выявляем несколько зоонозов, указывающих на тесное взаимодействие с животными. Примечательно, что один человек был инфицирован вирусом натуральной оспы, филогенетически сгруппированным с североевропейским комплексом натуральной оспы между ~885 и 1000 гг. н. э. Наконец, мы не обнаружили значительного увеличения североафриканских или ближневосточных предков с течением времени после исламского завоевания Иберии, возможно, потому, что это сообщество оставалось относительно изолированным.
Половая идентификация и однородительские маркеры
Мы генетически определили биологический пол каждого из 33 человек, следуя методу, описанному в ( 17 ), с четкими назначениями, полученными для всех людей, как 11 женщин (XX) и 22 мужчин (XY) ( S2). Из 22 мужчин, все, кроме трех, показали гаплогруппу Y-хромосомы R1b1a1b (R-M269) или одну из ее родственных подветвей (S3), генетическую линию, которая была распространена в Европе со времен бронзового века ( 18 , 19 ). Конкретную гаплогруппу двух из трех людей не удалось определить из-за ограниченности данных, в то время как у человека 37(ldo050) был обнаружен гаплотип L1b1, который относительно редко встречается в Европе и может быть обнаружен в популяциях Ближнего Востока сегодня ( 20 ).
3 R-L21 (один с низким покрытием, предсказанный R-Z2189)
2 R-M167/SRY2627 (один с лучшим покрытием)
2 R-Z2103>Z2108 (подтверждена только одна)
1 R-M153
1 L1b1 ( из исламского периода)
С другой стороны, митохондриальные гаплогруппы продемонстрировали большее разнообразие , представляя все основные европейские линии, включая H, J, I, U, K, HV и T ( S2).

[kardes]

Средневековые геномы из Восточной Монголии имеют стабильный генетический профиль на протяжении тысячелетия
05.09.2024  Seoul National University  (данные пока не доступны)
Аннотация
Недавние археогеномные исследования в Монголии прояснили генетическое происхождение людей из эпох хунну и монголов, но оставили средневековый период между ними только косвенно исследованным. Из-за этой нехватки древних геномов динамическая история средневековой Монголии с подъемом и падением многочисленных политий по-прежнему не имеет геномной перспективы. Чтобы заполнить этот пробел в знаниях, здесь мы сообщаем о полных геномных последовательностях девяти древних людей из Восточной Монголии, которые были раскопаны из двух близлежащих кладбищ, Гурван Дов и Таван Хайлааст. Они распределены от периода хунну-сяньбэй (около 200 г. н. э.) до монгольской эпохи (около 1400 г. н. э.), образуя локальный временной трансект, охватывающий почти 1200 лет. Примечательно, что, несмотря на длительный промежуток времени, все девять человек получили большую часть своего происхождения (85-100%) из восточных евразийских линий и демонстрируют низкую гетерогенность в своем генетическом составе. Это контрастирует с общей картиной, наблюдаемой в ранее опубликованных средневековых геномах из Центральной Монголии, которые показали более высокую гетерогенность и в целом меньшую восточную евразийскую родословную, таким образом, призывая к всеобъемлющему археогенетическому исследованию средневековой Монголии, чтобы полностью охватить динамическую генетическую историю в этот период.