Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[kardes]

Population genomics of Central Asian peoples unveil ancient Trans-Eurasian genetic admixture and cultural exchanges
Available online 26 June 2024  Maxat Zhabagin , Huijun Yuan  Аннотация
Центральная Азия, горнило доисторических и исторических трансевразийских взаимодействий, сыграла решающую роль в формировании культурных обменов, динамики популяций и генетической примеси. Недавние выводы из исследований древней ДНК пролили свет на обширный оборот населения в этом регионе, охватывающий спектр групп от палеолитических охотников-собирателей до голоценовых скотоводов и кочевых скотоводческих империй исторических времен. Геномный анализ древних патогенов по всей евразийской степи еще больше углубил наше понимание происхождения патогенов, клональных экспансий и сложных процессов совместной эволюции хозяина и патогена в связи с различным воздействием патогенов и их распространением. Мы объединяем последние открытия, касающиеся древних геномов человека и патогенов Центральной Азии, проясняя их глубокое влияние на геномную мозаику современных жителей Центральной Азии. Подчеркивается заметный пробел в текущих геномных базах данных для Центральной Азии, особенно в рамках точной медицины, основанной на геномике. Мы подчеркиваем настоятельную необходимость в разработке обширных, специфичных для региона геномных ресурсов, которые обещают раскрыть генетические схемы, лежащие в основе человеческих черт и болезней, усовершенствовать полигенные модели оценки для предиктивной медицины и поддержать геномные исследовательские начинания по всей Центральной Азии.

[пенелопа]

Нашёл статью, которая судя по всему переведена с русского, но найти оригинал на русском не могу:

https://link.springer.com/article/10.1134/S1022795424700248

Есть описание на русском: https://vk.com/@idnakarmuseum-taina-ostova-sokrovisch

Этот поломчанин у нас в теме реконструкций https://forum.molgen.org/index.php/topic,2955.msg581595.html#msg581595 фигурировал, с этой гаплогруппой и с портретом:

[пенелопа]

Средневековое поселение на Шелковом пути, дДНК. https://nplus1.ru/news/2024/06/28/two-genomes-from-dahe

[пенелопа]

Чатал-Хююк. Пересказ на русском и ссылка на препринт. https://nplus1.ru/news/2024/06/25/no-patrilocality

[kardes]

Out-of-Anatolia: культурные и генетические взаимодействия во время неолитической экспансии в Эгейском море
Posted June 28, 2024.Dilek Koptekin и др. Аннотация
Изначальное месопотамское генетическое происхождение и трансформация популяционных групп при неолитизации западных анатолийцев и  южноевропейцев.
Западная Анатолия была важнейшим, но неуловимым элементом в неолитической экспансии из Плодородного полумесяца в Европу. Используя 30 новых палеогеномов из Анатолии около 8000-6000 гг. до н. э., мы описываем ранний голоценовый генетический ландшафт Западной Анатолии, предполагая непрерывность населения с конца верхнего плейстоцена. Наши результаты показывают, что неолитизация Западной Анатолии в 7-м тысячелетии до н. э. была многогранным процессом, характеризующимся ассимиляцией неолитических практик коренными группами и притоком месопатамского населения с востока, их смешанные потомки в конечном итоге заложили основы неолитической Юго-Восточной Европы. Интересно, что наблюдаемое разнообразие материальной культуры среди эгейских сообществ раннего неолита коррелирует с их географическими расстояниями, но не с их генетическими различиями.

[Farroukh]

Будем надеяться увидеть их на Yfull.

[rozenblatt]

https://uavestnik.ru/arxiv-nomerov/2024/tom-24-%E2%84%96-2/skifski-mir-evrazii-sever-yg-zapad-vostok/rekonstrukziy-etnokulturnih-prizessov-vtoroy-polovini-i-tis-do-n-e-v-zentralnoi-tuve.html

Реконструкция этнокультурных процессов второй половины I тыс. до н.э. в Центральной Туве (по данным памятников урочища Саускен)

Год: 2024тСтраницы: 263-295

УДК: 902/904/572

Номер: Том 24, № 2

Тип: научная статья

DOI: https://doi.org/10.31833/uav/2024.24.2.016

Рубрика: Скифский мир Евразии: Север, Юг, Запад, Восток

Авторы: Килуновская Марина Евгеньевна, Альборова Ирина Эдуардовна, Аникеева Ольга Викторовна, Браун Саманта, Бусова Варвара Сергеевна, Кожухова Евгения Игоревна, Мустафин Харис Харрасович, Семенов Владимир Анатольевич, Учанева Евгения Николаевна

Скачать pdf
Аннотация:

Статья представляет результаты коллективной работы, посвященной реконструкции этнокультурных процессов второй половины I тыс. дон.э. (урочище Саускен, Тува). Комплексное исследование локальных групп населения, оставивших свои погребальные памятники в долине реки Ээрбек, включает в себя результаты работы генетиков, специалистов по изучению древних технологий, антропологов и археологов. Курганы среднего и позднего этапа уюкско-саглынской культуры (V–II вв. дон.э.) раскопаны в 2011–2016гг. Тувинской археологической экспедицией ИИМК РАН. Почти все погребения в них были ограблены в древности. Проведен анализ наземных сооружений и внутренних конструкций курганов, погребального обряда и инвентаря (оружие, зеркала, аксессуары пояса, изделия из кости, украшения), что позволило сделать вывод о наличии курганов с разной культурной атрибуцией. Отдельно выполнены технико-технологический анализ бус из стекла и камня, а также жидкостная хромотография текстиля и протеомный анализ археологической кожи. Представлены результаты радиоуглеродного датирования (14C) и проведено соотнесение с другими погребальными памятниками Тувы скифского времени. Анализ краниологического материала позволил выявить популяции, которые могли быть связаны с пришлым населением, появившимся в долине р. Ээрбек в уюкское время. Отличие группы озен-ала-белигского этапа от синхронных серий с других территорий Тувы может быть результатом смешения уюкских мигрантов с проживавшим с эпохи поздней бронзы населением ээрбекской долины. В палеогенетическом исследовании 19 индивидов было уделено основное внимание исследованиям Y-хромосомной ДНК. Для многих исследованных образцов выявлены гаплогруппы Q1b1a3-L330 и R1a1a1b2-Z93 (или её подгруппы). Регионы распространения этих гаплогрупп – Средняя и Центральная Азия, Западная и Южная Сибирь. Для одного образца была определена гаплогруппа I2a1b1-M223, ареалом распространения которой являются Балканы и Юго-Восточная Европа. Полученный результат может указывать на наличие контактов между западными и восточными кочевниками в изучаемый период. На основе данных археологии, антропологии и генетики были сделаны выводы о многокомпонентности скифских культур на территории данного региона.

[kardes]

Реконструкция этнокультурных процессов второй половины I тыс. до н.э. в Центральной Туве (по данным памятников урочища Саускен)
  Курганы среднего и позднего этапа уюкско-саглынской культуры (V–II вв. дон.э.) раскопаны в 2011–2016гг. Тувинской археологической экспедицией ИИМК РАН. 

Реконструкция лица мужчины из могильника Догээ Баары II Уюкской культуры, Тува, в сравнении: 

Уюкская культура - культура раннего железного века на территории южной Сибири, являвшаяся частью восточного ареала скифского мира. Для уюкской культуры типичны курганные захоронения характерными подкурганными срубами с накатом, в глубокой квадратной яме. Культура датируется 6-2 вв. до н.э. и была распространена на территории Тувы и прилегающих ей территории Монголии. Инвентарь погребения состоит из конского снаряжения, украшений в зверином стиле и соответствующего вооружения, также в могилах были найдены кости лошадей.Население данной культуры в основном представлено европеоидами, а также европеоидами с монголоидной примесью в основном в женских сериях. К закату Уюкской культуры монголоидный компонент возрастал.Финал Уюкской культуры связан с экспансией прото-хунну из Центральной Азии на север.
У представителей уюкской культуры определены митохондриальные гаплогруппы T1a1, T2b34, H91, U2e1h, U4a1, F1b1f, D4g1b, N9a9, A8a и Y-хромосомные гаплогруппы R1a1a1b (R-Z645), R1a1a1b2, R1a1a1b2a2b (R-Z2122), Q1a2a (Q-L213; Q-L53), Q1a2a1c1 (Q-L332; Q-L329)

[kardes]

Распространение культуры Хань на восточном плато Юньнань-Гуйчжоу, выявленное на основе древних геномов.
Институт древних культурных реликвий и археологии провинции Гуйчжоу, Гуйян. Дата    2024-06-30
Аннотация
Экспансия культуры Хань на юг Китая посредством демической или культурной диффузии остается предметом споров из-за отсутствия древних геномов исторических периодов на юге Китая. Здесь мы сообщили о 99 древних человеческих геномах из стоянки Суншань с культурным влиянием Хань на восточном плато Юньнань-Гуйчжоу, датируемых династиями Сун-Цин (990-1649 гг. н.э.). Мы также секвенировали геномы 51 человека из современных популяций, говорящих на языках тай-кадай и хмонг-мьен. Мы наблюдали генетическую стабильность на участке Суншань на протяжении 700 лет, причем большинство образцов на 64% произошли от земледельцев Желтой реки, связанных с ханьцами, а остальные — от местных охотников-собирателей и групп, связанных с тай-кадай-австронезийцами. Было три этапа демического перемещения, указывающие на происхождение с современными носителями языка хмонг-мьен, и один выброс, показывающий более высокую долю предков, связанных с тай-кадай-австронезийцами. Наш результат подтверждает модель демической диффузии расширения культуры хань на юг Китая.

[пенелопа]

30 древних людей из Малой Азии. https://nplus1.ru/news/2024/07/01/neolithic-expansion-in-the-aegean
Препринт https://doi.org/10.1101/2024.06.23.599747

[Kambic]

30 древних людей из Малой Азии. https://nplus1.ru/news/2024/07/01/neolithic-expansion-in-the-aegean
Препринт https://doi.org/10.1101/2024.06.23.599747

Получается по своим генетическим профилям донеолитические популяции в западной Анатолии(Гирмелер, Пинарбаши и Актопраклик) были обычными левантийцами охотниками? А что там у них по физике однородительским линиям было?

[kardes]

История жизни и происхождение младенца позднего верхнего палеолита из Гротта делле Мура (южная Италия, 17 тыс. лет назад)
Университет Флоренции 2024-06-26 Аннотация
В конце последнего ледникового максимума (ПЛМ) общее улучшение климата определило период великой трансформации с новой экспансией человека и изменениями в материальной культуре по всей Европе. Несмотря на недавние работы по социальной и популяционной динамике, роль южных рефугиумов и биологические аспекты, связанные с ранней историей жизни людей позднего верхнего палеолита, все еще недостаточно изучены. В этом исследовании представлено междисциплинарное исследование с высоким временным разрешением младенца верхнего палеолита из Гротта делле Мура (Апулия, Италия), объединяющее палеогеномику, дентальную палеогистологию, пространственно-разрешенный геохимический анализ и прямое радиоуглеродное датирование AMS. Останки скелета младенца — Le Mura 1 — были напрямую датированы 17 079–16 990 кал. BP. Результаты отображают биологическую историю развития, ранней жизни, здоровья и смерти младенца. Они раскрывают модели мобильности во время беременности, идентифицируют несколько фенотипических признаков и потенциальное врожденное заболевание, а также указывают на высокий уровень эндогамии. Кроме того, они отмечают раннее распространение компонентов, подобных Виллабруне, вдоль итальянского полуострова, подтверждая смену населения около времени LGM, и подчеркивают общее снижение генетической изменчивости от северной до южной Италии. В целом, Le Mura 1 способствует нашему лучшему пониманию ранних стадий жизни и генетической загадки на итальянском полуострове в конце LGM.

Согласно  BAM- файлу был  I2a1a1 I-CTS595*(xCTS2879,S19554) и должен встать в изголовье ветви. Качество образца вроде позволяет загрузить его на дерево YFull YTree, у него была примерно половина положительных SNP I2a1a1a , а другая половина - отрицательных.

Согласно анализу FTDNA Y-DNA Time Tree образец младенца Grotta delle Mura1 размещён даже под I-M26
Материнская ДНК-митолиния https://www.yfull.com/mtree/U2'3'4'7'8'9*/  как у образцов охотников из сибирской стоянки Яна
 Result ( 77.8% 46 -2 +8):  U2'3'4'7'8'9a  Extra: C150T T310C T5999C C6498A A14152G G15466A G16274A T16297C
Top Hit U2'3'4'7'8'9 (87%) Expected Mutations  73G 263G 750G 1438G 1811G 2706G 4769G 7028T 8860G 11467G 11719A 12308G 12372A 14766T 15326G

[kardes]

Метагеномный взгляд на зерновую мумию  Posted July 04, 2024. ABSTRACT
Многочисленные исследования показали, что метагеномика открыла новое возможности в прочтении содержимого археологических останков - капсул времени. Зерновые мумии — ритуальные предметы, изготовленные в Древнем Египте путем формирования фигур в форме человека из зерен злаков, выращенных в смеси воды и земли. Мы провели метагеномный анализ образцов из такой мумии, датируемой второй половиной III века до н. э. Наряду с рядом явно современных загрязняющих веществ мы идентифицировали организмы, которые нельзя исключить как имеющие историческое происхождение. Помимо значительного количества бактериальных последовательностей, принадлежащих родам Bacillus, Coprococcus, Metabacillus, Niallia и Roseburia , мы также обнаружили следы растений, животных и людей. Последовательности, отнесенные к роду Triticum , показали наибольшее сходство с древними образцами T. turgidum ssp. dicoccum из Египта и южного Леванта. Последовательности, отнесенные к роду Populus, показали наибольшую идентичность с геномом P. nigra . Фрагменты, которые были идентифицированы как чешуекрылые по происхождению, показали наибольшее сходство с геномами Sphingidae. Гаплотипический анализ последовательностей Hомо. sapiens предполагает гаплогруппы L3 и E, основанные на митогеноме и Y-хромосоме соответственно, которые являются двумя распространенными линиями в Африке сегодня.


История населения и примесь народа фулани из Сахеля Опубликовано 28 июня 2024 г.
Народ фулани, одна из важнейших групп скотоводов в Африке к югу от Сахары, по-прежнему в значительной степени недостаточно представлен в исследованиях популяционной геномики. Они говорят на языке нигеро-конголезского происхождения, называемом фульфульде или пулаар, и живут в разбросанных местах по всему поясу Сахеля/Саванны, от Атлантического океана до озера Чад. Согласно историческим записям, их предки распространились от Фута-Торо в долине Среднего Сенегала до Фута-Джаллон в Гвинее, а затем на восток в пояс Сахеля за последние 1500 лет. Однако более ранняя история этой традиционно скотоводческой популяции изучена недостаточно хорошо. Чтобы раскрыть генетическую структуру и происхождение этой широко распространенной популяции, мы собрали данные о генотипах по всему геному 460 человек из 18 местных популяций фулани, а также сравнительные данные как по современным, так и по древним популяциям мира. Это представляет собой наиболее географически масштабное исследование генома фулани на сегодняшний день. Мы выявили генетический компонент, тесно связанный со всеми местными популяциями фулани, что предполагает общий предковый компонент, возможно, связанный с началом африканского скотоводства в Зеленой Сахаре. Сравнение с результатами древней ДНК также выявило наличие древнего иберомаврского компонента, связанного со всеми группами фулани, что дает новое понимание их глубокой генетической истории. Кроме того, наши генетические данные указывают на более позднюю экспансию фулани из западного в восточный Сахель, характеризующуюся клинальным паттерном и смешением с несколькими другими африканскими популяциями к северу от экватора.

[MCB]

Решена проблема с датировкой древних и архаичных Y-хромосом (раньше казалось, что "молекулярные часы" мутагенеза работают в таких игрек-хромосомах медленнее - даже в 1.66 раза медленнее на уровне неандертальских геномов, но новая статья показывает, что "ускорение" мутагенеза в современных Y-хромосомах - это просто иллюзия из-за того, что часть древних и архаичных последовательностей настолько от них отличаются, что вообще не распознаются как Y при использовании стандартной референтной последовательности). Скорее всего, этот препринт из Макс-Планка уже где-то обсуждается на форуме, но я не видел ... а из-за прямого отношения к древним ДНК, считаю не лишним упомянуть его тут.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.05.602100v1

[kardes]

Палеогенетики прочитали древнейший высококачественный геном человека. 11 июля 2024 г. 16:15 Автор: Энн ГИББОНС
Самый древний человеческий геном был секвенирован — и это ДНК денисовца возрастом 200 000 лет из сибирской. Хорошо сохранившуюся ДНК удалось выделить из зуба денисовца, который жил на Алтае примерно 200 тысяч лет назад. Если вести речь только о неандертальцах и денисовцах, то на сегодняшний день опубликованы всего лишь четыре подобных генома, причем все они женские. Эти последовательности ученые определили, когда исследовали неандертальские останки возрастом около 120 тысяч лет из Денисовой пещеры (Denisova-5), около 55 тысяч лет из Чагырской пещеры (Chagyrskaya-B), около 50 тысяч лет из хорватской пещеры Виндия (Vindija-33.19). Единственный качественный денисовский геном исследователи получили больше десяти лет назад, когда проанализировали образец Denisova-3 возрастом примерно 64 тысячи лет. Кроме того, еще как минимум два неандертальских генома, древнейшему из которых около 110 тысяч лет, пока не опубликованы (один, два).Древнюю ДНК хорошей сохранности ученые смогли выделить из зуба Denisova-25, обнаруженного во время раскопок в Денисовой пещере, в которой многие годы ведут работы исследователи из Института археологии и этнографии СО РАН. По данным археологов, возраст этой находки составляет около 200 тысяч лет. Тем самым полученная последовательность представляет собой древнейший человеческий геном, прочитанный с высокой точностью.Согласно анализу Пейреня и коллег, недавно секвенированный самец происходит из особой популяции ранних денисовцев, которые многократно скрещивались с группой неандертальцев, чья популяция ранее не была обнаружена в ДНК.