Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Fire]

На Антрогенике выложили важнейшую картинку:



Это из этой лекции:

https://www.sanu.ac.rs/en/lecture-on-slavic-migrations-and-the-origin-of-people-in-the-balkans/

Lecture on Slavic Migrations and the Origin of People in the Balkans

‘Slavic Migrations and Genomic Origin of the Balkan People’ is the title of the lecture to be delivered by Professor Carles Lalueza-Fox at the SASA Grand Hall, on Tuesday, 28 June, at noon.

A several-year-long study on the origin of the Balkan people has revealed that about a half of today’s Serbian population’s genomes is indigenous, at least up to the Bronze age, whereas the remaining half is of Slavic origin, descendant from the Slavic migrants in the 7th century. Therefore, Slavic migration to the Balkans did not bring about population replacement, but an admixture of indigenous Balkan genome and the genome of Slavic migrants. Molecular markers have suggested that the Slavic migrations to the Balkans could have originated from present-day Poland and Ukraine. This study analyses the genetic structure of the local people in the region of Serbia in the Bronze, Iron, Roman and post-Roman period, and the present-day population. This continuity in the analysis has paved the way for identifying the constancy of population in our region and the DNA proportion in today’s modern population with lineage traced back to ancient history. The sites for the research of population’s genetic changes include Viminuacium, Mediana,  Timacum Minus and several other sites in the Balkans, which provides a basis for the analysis of later Slavic migrations and facilitates modelling of the genetic structure of the modern Serbian population in the wider context of other Balkan people.

The above-mentioned study is the result of the cooperation of the Faculty of Biology of the University of Belgrade (Professor Midrag Grbić, a visiting professor, Professor Željko Tomanović, SASA corresponding member, Professor Dušan Keckarević), Institute of Archaeology (Dr Ilija Mikić, research associate, Dr Miomir Korać, principal research fellows and associates), University Pompeu Fabra, Barcelona (Professor Carles Lalueza-Fox and associates), Harvard University, Harvard Medical School (Professor David Reich and associates).

Серым обозначен R1b-M269(Unknown subtype) - это явно наши R1b-PF7563, которых сегодня много у албанцев.
Появляются в большом количестве в бронзовом веке, а в железном даже превышают численность R1b-Z2103, которые появились синхронно с нашими в бронзе, и которых сегодня тоже больше всего на Балканах у албанцев.
В последующие эпохи число и тех и других сильно сокращается, что коррелирует с последствиями подавления римлянами Великого Иллирийского восстания.

По другим гаплогруппам информации тоже - анализировать не переанализировать 

Во время Гуннов Сармато-Алан и Германцев увеличение
R1a-Z93
 I1
E-V13
G2a
 И страдают J2b-L283(Илиррийцы?)

Во время Славян появляется много
R1a-Z283
Ι2-L621
 исчезает восточная R1a-Z93
и Германская I1

Плюс во время Славян понижение E-V13, наверно выдавили Фракийцев(инсайды по Фракийцам говорят E-V13) в Албанию и Грецию

[Daemon2017]

Во время Гуннов Сармато-Алан и Германцев увеличение
R1a-Z93
 I1
E-V13
G2a
 И страдают J2b-L283(Илиррийцы?)

Во время Славян появляется много
R1a-Z283
Ι2-L621
 исчезает восточная R1a-Z93
и Германская I1

Плюс во время Славян понижение E-V13, наверно выдавили Фракийцев(инсайды по Фракийцам говорят E-V13) в Албанию и Грецию

Нельзя забывать, что на Балканах, со времен Бадена, была любовь к кремации и некоторые перемены могут быть обусловлены просто тем, что какая-то общность перешла от трупосожжений к трупоположениям. Ну и наоборот тоже

[Fire]

Во время Гуннов Сармато-Алан и Германцев увеличение
R1a-Z93
 I1
E-V13
G2a
 И страдают J2b-L283(Илиррийцы?)

Во время Славян появляется много
R1a-Z283
Ι2-L621
 исчезает восточная R1a-Z93
и Германская I1

Плюс во время Славян понижение E-V13, наверно выдавили Фракийцев(инсайды по Фракийцам говорят E-V13) в Албанию и Грецию

Нельзя забывать, что на Балканах, со времен Бадена, была любовь к кремации и некоторые перемены могут быть обусловлены просто тем, что какая-то общность перешла от трупосожжений к трупоположениям. Ну и наоборот тоже

Из полукремированых мне пока только G2a известен.

Плюс Баден в основном G2a, а в эпоху трупоположения сразу после Бадена гг G2a сократилась с приходом J2b-L283 и R1b-M269

[G-Man]

Любопытные образцы из Виминациума, столицы римской Мёзии:

R6759   Viminacium   89-212 AD   R1a-CTS3402>YP237>FGC13681>YP582>YP578

R9673   Viminacium   79-213 AD   R1a-Z92>Y4459>YP617>Y29965


Ныне это территория Сербии, правый берег Дуная.


https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9401951

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9402045

[AleksG]

Хм, там вообще 192 bam файла доступно
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB53564?show=reads
а на Yfull они будут ?

[pashka_1604]

Любопытные образцы из Виминациума, столицы римской Мёзии:

R6759   Viminacium   89-212 AD   R1a-CTS3402>YP237>FGC13681>YP582>YP578

R9673   Viminacium   79-213 AD   R1a-Z92>Y4459>YP617>Y29965


Ныне это территория Сербии, правый берег Дуная.


https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9401951

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9402045

На europedia.com заявили в соответствующем топике, что R9673, мол, сармат

https://www.eupedia.com/forum/threads/42540-Stable-population-structure-in-Europe-since-the-Iron-Age/page10?p=648329#post648329

[Andvari]

R6759   Viminacium   89-212 AD   R1a-CTS3402>YP237>FGC13681>YP582>YP578

А есть его G25? Что-то не нашел.  Ребята из работы по венграм с YP578 оказались аутосомно чистыми кавказцами.

[Semargl]

Любопытные образцы из Виминациума, столицы римской Мёзии:

R6759   Viminacium   89-212 AD   R1a-CTS3402>YP237>FGC13681>YP582>YP578

R9673   Viminacium   79-213 AD   R1a-Z92>Y4459>YP617>Y29965


Ныне это территория Сербии, правый берег Дуная.


https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9401951

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9402045

При анализе надо быть аккуратнее. Видимо все файлы/семплы перепутаны. Надо смотреть название БАМ файла.
К примеру 3665.bam вероятнее всего принадлежит к семплу R3665, а не как указано к R11541. И т.д.

Общее качество так себе. Скорее на дерево не пойдут.

[Arthwr]

При анализе надо быть аккуратнее. Видимо все файлы/семплы перепутаны. Надо смотреть название БАМ файла.
К примеру 3665.bam вероятнее всего принадлежит к семплу R3665, а не как указано к R11541. И т.д.

Общее качество так себе. Скорее на дерево не пойдут.

На Антрогенике писали, что авторы, вроде, всё исправили:

https://anthrogenica.com/showthread.php?26174-Stable-population-structure-in-Europe-since-the-Iron-Age-despite-high-mobility&p=856361&viewfull=1#post856361

An additional update from the authors, apparently it was not possible to get the problems with mixups resolved, so the data will be migrated to two new projects:
Mapped reads: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB53564
Raw reads: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB53565

The data is in the process of validation, and should be available soon (this week if nothing goes wrong with the validation).

[G-Man]

Любопытные образцы из Виминациума, столицы римской Мёзии:

R6759   Viminacium   89-212 AD   R1a-CTS3402>YP237>FGC13681>YP582>YP578

R9673   Viminacium   79-213 AD   R1a-Z92>Y4459>YP617>Y29965


Ныне это территория Сербии, правый берег Дуная.


https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9401951

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERX9402045

При анализе надо быть аккуратнее. Видимо все файлы/семплы перепутаны. Надо смотреть название БАМ файла.
К примеру 3665.bam вероятнее всего принадлежит к семплу R3665, а не как указано к R11541. И т.д.

Общее качество так себе. Скорее на дерево не пойдут.

По указанным ссылкам названия БАМ и Library Name совпадают.  Это обновленные данные – PRJEB53564 (2022-06-21).

Путаница была в старом PRJEB52852 (2022-05-16).

[Павлов Сергей]

Добрый день! А где можно увидеть гаплотипы на всех 192 римлян? Спасибо!

[rozenblatt]

http://archaeologie.pro/ru/archive/40/790/

Палеогенетическая экспертиза останков из двух наиболее крупных массовых захоронений 1238 г. в ярославском детинце

Мустафин Х.Х. (Долгопрудный, Россия), Энговатова А.В. (Москва, Россия), Альборова И.Э. (Долгопрудный, Россия), Тарасова А.А. (Москва, Россия)

В статье приводятся результаты генетических исследований останков людей, погибших и погребенных в 1238 г. на территории детинца г. Ярославль. В отличие от анализа данных археологических, антропологических и письменных источников, анализ древней ДНК позволяет непосредственно изучать состав населения этого города в момент монгольского завоевания. Судя по генетическому профилю как Y-хромосомной, так и митохондриальной ДНК, около 40% исследованной нами выборки не относятся к доминирующим гаплогруппам. Наименьшая однородность по Y-хромосоме характерна для выборки из захоронения в яме № 110, которое располагалось вблизи фортификационных сооружений. В нем же были обнаружены останки двух мужчин, относящихся к гаплогруппе R1a(Z93), маркирующей возможное «восточное» происхождение их предков. На взгляд авторов, в погребения у стен детинца могли попадать не только простые жители города и его округи, но и профессиональные воины-защитники, а также нападавшие. Без погребального инвентаря и в условиях санитарного захоронения определить, кем были мужчины «восточного» происхождения, не представляется возможным. Однако их присутствие, несомненно, влияет на генетическое разнообразие городского населения.

Код: [Выделить]

сооружение Номер индивида Возраст, лет Предиктор Y-гаплогруппы по nevgen.org Y-гаплогруппа по NGS
9
22 45-49 I2a1b (M423) I2a1b (M423)
25 25-29 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a2 (Z280)
32 40-45 R1a (Z282>M458) R1a1a1b1a1 (M458)
34 40-49 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1 (Z283)
36 25-35 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a (Z282)
p42 50+ R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a (Z282)
54 30-39 R1a (Z282>M458) R1a1a1b1a (Z282)
100 18-23 R1a (Z282>Z280) R1a1a1 (M417)
110 25-29 R1b (L23>Z2103) R1b1a1b1 (L23)
116 35-45 N1a2 CTS6380 N1a2 (F1008)
154 40-49 R1b (L23>Z2103)
110
23 35-45 R1a (Z93>Z94) R1a1a1b2a (Z94)
67 25-35 I1а (CTS1800>DF29) I (CTS1800)
70 25-29 R1a (Z282>M458) R1a1a1b1a1 (M458)
71 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a2 (Z280)
72 30-39 R1a (Z282>Z280) R1a1 (M448)
78 30-39 R1a (Z282>Z280) R1a1a1 (M448>M417)
79 30-39 R1a (Z93>Z94) R1a1a1b (M448>M417>Z645)
81 45-49 I1а (CTS1800>DF29) I1a1 (CTS1800>DF29>CTS6364)
До сих пор ни одного полного генома нет, ну сколько можно.

[Daemon2017]

22 45-49 I2a1b (M423) I2a1b (M423)

13,24,16,11,13-15,0,0,13,13,11,31,17,0-0,0,0,0,15,19,30,0-0-0-0,10,11,0-0,15,0,18,18,0-0,0,10,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,13,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,23

Nevgen дает
42% на https://www.yfull.com/tree/I-Y179535/ - до сих пор там ни одного русского
11% на https://www.yfull.com/tree/I-FT16449/ - приличное число русских
40% на неподдерживаемую ветвь

71 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a2 (Z280)

13,25,15,11,11-15,0,0,10,13,11,31,16,0-0,0,0,0,14,21,32,0-0-0-0,11,13,0-0,15,0,18,19,0-0,0,11,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,23,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,12,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,23

37% https://www.yfull.com/tree/R-YP4846/ - русские
60% неподдерживаемый субклад

[Павлов Сергей]

По  lYDNA 9-22 (Yaroslavl) PH908 - Y179535  - Боснийцы 14 века Мирковичи.

[Feroce]

71 R1a (Z282>Z280) R1a1a1b1a2 (Z280)

13,25,15,11,11-15,0,0,10,13,11,31,16,0-0,0,0,0,14,21,32,0-0-0-0,11,13,0-0,15,0,18,19,0-0,0,11,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,0-0,0,0,0,0,0,0,0,23,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,12,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,23

37% https://www.yfull.com/tree/R-YP4846/ - русские
60% неподдерживаемый субклад

А 25 и 42 прогонял по STR?