АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 470139 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 569
  • Страна: ru
  • Рейтинг +239/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2580 : 25 Ноябрь 2021, 01:58:53 »
К сожалению, в свободном доступе только абстракт.


Stratum plus. 2021. №5

Х. Х. Мустафин, И. Э. Альборова (Москва, Россия), И. В. Стасюк (Санкт-Петербург, Россия)

Средневековый генофонд Водской земли Великого Новгорода


Страницы: 397-410

Исследовалась ДНК 17 индивидов XII—XV вв. из могильников Теглицы I и II, Ратчино I на Ижорском плато, Великино в Нижнем Полужье. Определены Y-хромосомные гаплогруппы 12 мужских, митохондриальные гаплогруппы 12 мужских и женских образцов. В генетической структуре населения Ижорского плато установлено наличие трех Y-хромосомных гаплогрупп, приуроченных к определенным памятникам. Индивиды из Теглиц I относятся к гаплогруппе E1b1b1a1b (V13), из могильника Теглицы II — к R1a1a1b1a (Z282), в Великино выявлены индивиды с гаплогруппой N1a1 (M46). В Ратчино I выявлены три гаплогруппы: N1a1 (M46), N1a1a1a1a (CTS2929), E1b1b1a1b (V13). Филогенетические сети, построенные на основе STR-гаплотипов Y-хромосомы по гаплогруппе N1a (M46), показали генетическую близость средневековых коллективов, оставивших могильники Ратчино I и Великино, к современным популяциям прибалтийско-финских народов. Неожиданностью оказалась хорошая представленность гаплогруппы E1b1b1a1b (V13), имеющей преимущественно карпато-балканское распространение, у индивидов из Теглиц I и проявление ее в Ратчино I.

https://www.e-anthropology.com/Katalog/Arheologia/STM_DWL_tzo1_fDZO7b8OXbzG.aspx
Появилась конкретика, Фарруху на анализ, сама статья:
https://disk.yandex.ru/i/rD4as0yJPyN41Q
В статье есть большая таблица с стр-маркерами)
« Последнее редактирование: 25 Ноябрь 2021, 11:48:32 от Tora_sama »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14927
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 569
  • Страна: ru
  • Рейтинг +239/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2582 : 25 Ноябрь 2021, 15:20:03 »
Может кто по N и R проведет анализ?

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 24
  • Страна: ge
  • Рейтинг +7/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2583 : 04 Декабрь 2021, 12:26:49 »
Цвет глаз и волос Сапалли Тепе, Арени, Киммерийца, Саразм и Шулавери Шому.






Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-1
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2584 : 05 Декабрь 2021, 21:17:17 »
Цвет глаз и волос Сапалли Тепе, Арени, Киммерийца, Саразм и Шулавери Шому.


В чем разница между двумя вариантами предикции - P и AUC? Какой точнее и на какой следует ориентироваться?

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 510
  • Страна: cs
  • Рейтинг +164/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2585 : 05 Декабрь 2021, 22:03:05 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 24
  • Страна: ge
  • Рейтинг +7/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2586 : 06 Декабрь 2021, 15:57:25 »
Цвет глаз и волос Сапалли Тепе, Арени, Киммерийца, Саразм и Шулавери Шому.


В чем разница между двумя вариантами предикции - P и AUC? Какой точнее и на какой следует ориентироваться?

P - сама пигментация. AUC loss - повреждение, чем выше AUC loss тем больше вероятность ошибки.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2587 : 06 Декабрь 2021, 16:14:19 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 510
  • Страна: cs
  • Рейтинг +164/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2588 : 06 Декабрь 2021, 17:21:16 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.
В ytfull у этого образца почему то страна не указана.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2589 : 06 Декабрь 2021, 18:15:00 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.
В ytfull у этого образца почему то страна не указана.
Чтоб найти его происхождение, мне пришлось перелопатить вручную сопроводительные материалы к указанной статье. Автоматом такую информацию не получить с генбанка

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2590 : 17 Декабрь 2021, 06:28:15 »
https://www.mdpi.com/2079-7737/10/12/1324/htm

Genomic Analysis of 18th-Century Kazakh Individuals and Their Oral Microbiome

Anna E. White, Toni de-Dios, Pablo Carrión, Gian Luca Bonora, Laia Llovera, Elisabetta Cilli, Esther Lizano, Maral K. Khabdulina, Daniyar T. Tleugabulov, Iñigo Olalde, Tomàs Marquès-Bonet, François Balloux, Davide Pettener, Lucy van Dorp, Donata Luiselli and Carles Lalueza-Fox

Received: 30 November 2021 / Revised: 10 December 2021 / Accepted: 12 December 2021 / Published: 14 December 2021

Simple Summary

Paleogenomic research has enhanced our understanding of past human populations and migrations. Moreover, ancient DNA can also provide information on the interactions between humans and their associated pathogens. Periodontitis, currently suffered by millions of people worldwide, is a gum infection that is caused by pathogenic oral bacteria, widely referred to as the “red complex”, which can lead to tooth loss and has been linked to an increased risk of oesophageal cancer. In this study we combine human population genetics with genomic analysis of the oral microbiome of 18th-century people from the Kazakh Khanate in Kazakhstan to gain insight into their health status and explore bacterial coadaptation to recent dietary changes.

Abstract

The Asian Central Steppe, consisting of current-day Kazakhstan and Russia, has acted as a highway for major migrations throughout history. Therefore, describing the genetic composition of past populations in Central Asia holds value to understanding human mobility in this pivotal region. In this study, we analyse paleogenomic data generated from five humans from Kuygenzhar, Kazakhstan. These individuals date to the early to mid-18th century, shortly after the Kazakh Khanate was founded, a union of nomadic tribes of Mongol Golden Horde and Turkic origins. Genomic analysis identifies that these individuals are admixed with varying proportions of East Asian ancestry, indicating a recent admixture event from East Asia. The high amounts of DNA from the anaerobic Gram-negative bacteria Tannerella forsythia, a periodontal pathogen, recovered from their teeth suggest they may have suffered from periodontitis disease. Genomic analysis of this bacterium identified recently evolved virulence and glycosylation genes including the presence of antibiotic resistance genes predating the antibiotic era. This study provides an integrated analysis of individuals with a diet mostly based on meat (mainly horse and lamb), milk, and dairy products and their oral microbiome.

Геномный анализ казахских людей 18 века и их микробиома полости рта

Анна Э. Уайт, Тони де Диос, Пабло Каррион, Джан Лука Бонора, Лайя Льовера, Элизабетта Чилли, Эстер Лизано, Марал К. Хабдулина, Данияр Т. Тлеугабулов, Иньиго Олальде, Томаш Маркез-Боне, Франсуа Баллу, Давиде Петтенер, Люси ван Дорп, Доната Луиселли и Карлес Лалуэза-Фокс

Получено: 30 ноября 2021 г. / Пересмотрено: 10 декабря 2021 г. / Принято: 12 декабря 2021 г. / Опубликовано: 14 декабря 2021 г.

Простое резюме

Палеогеномные исследования расширили наше понимание прошлых человеческих популяций и миграций. Более того, древняя ДНК может также предоставить информацию о взаимодействии между людьми и связанными с ними патогенами. Пародонтит, которым в настоящее время страдают миллионы людей во всем мире, - это инфекция десен, вызываемая патогенными бактериями полости рта, широко известными как "красный комплекс", которая может привести к потере зубов и связана с повышенным риском развития рака пищевода. В данном исследовании мы объединили популяционную генетику человека с геномным анализом микробиома полости рта людей 18 века из Казахского ханства в Казахстане, чтобы получить представление о состоянии их здоровья и изучить бактериальную коадаптацию к недавним изменениям в питании.

Аннотация

Центральная степь Азии, включающая территорию современного Казахстана и России, на протяжении всей истории человечества служила магистралью для крупных миграций. Поэтому описание генетического состава прошлых популяций в Центральной Азии имеет значение для понимания мобильности человека в этом важнейшем регионе. В этом исследовании мы анализируем палеогеномные данные, полученные от пяти человек из Куйгенжара, Казахстан. Эти люди относятся к началу-середине 18 века, вскоре после основания Казахского ханства, союза кочевых племен монгольской Золотой Орды и тюркского происхождения. Геномный анализ показал, что эти люди имеют примесь восточноазиатских предков в различных пропорциях, что указывает на недавнее событие примеси из Восточной Азии. Большое количество ДНК анаэробной грамотрицательной бактерии Tannerella forsythia, возбудителя пародонтита, обнаруженной в их зубах, позволяет предположить, что они могли страдать от пародонтита. Геномный анализ этой бактерии выявил недавно эволюционировавшие гены вирулентности и гликозилирования, включая присутствие генов устойчивости к антибиотикам, появившихся еще в эпоху антибиотиков. Данное исследование представляет собой комплексный анализ людей с диетой, основанной преимущественно на мясе (в основном конина и баранина), молоке и молочных продуктах, и их микробиома полости рта.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Гаплогруппы мтДНК различались у всех четырех человек, хотя все наблюдаемые гаплогруппы можно считать обычными в выборочных популяциях современного Казахстана [77] (Таблица S4). Эти гаплогруппы позволяют предположить, что местный материнский состав предков этих людей сохранился в современном Иране и Восточной Азии [77]. Для трех мужчин с достаточным количеством данных были определены две различные гаплогруппы Y-хромосомы (Таблица S4). Индивид B2_B5 имел гаплотип G1b-L830, который наиболее распространен у современных казахов - в основном в племени Аргын - и, вероятно, происходит из региона современного Ирана, где наблюдается наибольшее разнообразие [78]. Их самый последний общий генеалогический предок, по оценкам, жил 600 лет назад [78]. B2_B6 и B2_B7, наоборот, были отнесены к гаплогруппе C2, причем первый из них имеет достаточное покрытие для отнесения к линии C2a1a3-M504. Этот гаплотип часто встречается у современных монголов и восточных казахов и является одной из основополагающих отцовских линий монголоязычных популяций [79,80]. Таким образом, однородительские маркеры указывают на определенное разнообразие в происхождении куйгенжарцев.
Анализ родства выявил родство первой степени между индивидами B2_B6 и B2_B7 (Рисунок S4). Оба считаются генетически мужчинами с митохондриальными гаплогруппами U5a1a1h и T2b2, соответственно; поэтому можно определить, что это родство отца и сына. Однако мы не можем знать, кто из них отец, а кто сын, поскольку оба они взрослые мужчины в возрасте около 25-35 лет.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9321
  • Страна: kz
  • Рейтинг +914/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2591 : 17 Декабрь 2021, 07:01:13 »
Рахмет!!!

Оффлайн vvw1717

  • Сообщений: 212
  • Страна: ru
  • Рейтинг +219/-13
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2592 : 17 Декабрь 2021, 09:52:31 »
https://www.mdpi.com/2079-7737/10/12/1324/htm
Для испанцев наверно  Казахстан 18 века тоже экзотика? Ну странно было бы найти в недавних средневековых казахских захоронениях неказахов. На плоте выделенные чёрные мелкие кружочки это же эталлонная выборка казахов? Вообщем куйгенжарцы уложились правильно, но не понятно по жёлтым ромбикам, которых разместили ближе к европейцам(чувашам /татарам) и обозначенным как Kazahstan-His SG? Их жёлтый компонент выделяют как основной для казахов? А голденхорд это всё таки кого имеют ввиду, его образец среди лютых восточноазиатов? А кипчаки разные- один казах, другой полукровка.
https://www.mdpi.com/biology/biology-10-01324/article_deploy/html/images/biology-10-01324-g001.png
Хорошо если по качеству хоть однин образец подайдёт для загрузки yfull.

Оффлайн Murzalar

  • Сообщений: 4261
  • Страна: ru
  • Рейтинг +339/-1
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2593 : 17 Декабрь 2021, 16:33:41 »
Другие народы не посмотреть?

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 929
  • Страна: am
  • Рейтинг +371/-1
  • J1-Z1842
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2594 : 02 Февраль 2022, 13:31:43 »
Дднк из Юго востока Турции. Вблизи Дийарбекира.
Неолитчики. Но J2 и один C2 видимо ошибка.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.31.478487v1

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.