АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 626252 раз)

0 Пользователей и 6 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Laszcz

  • von Wrbna, von Würben, de Vrbna, h. Wierzbna (de Verbno)
  • Сообщений: 1967
  • Страна: ru
  • Рейтинг +617/-35
  • E-V13-CTS9320-BY4526
    • laszczynski.pl
  • Y-ДНК: ЖЖЖМ R-FT30381
  • мтДНК: J1c2r
.й куда эти 10-15 палеоДНК не вписываются?
вероятно в ветхий завет.
Или в степную)

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Что-то много неопубликованных... может и другие лаборатории так  у меня вот ощущение, что по теме викингов протестировано дДНК больше, чем в статье. Просто остальные совсем-совсем не викингами оказались. Ни с какой стороны. Хотя кто-то исторически и археологически атрибутирован.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Это рептилоиды, точно. Просто, власти скрывают :-X

Оффлайн Murzalar

  • Ырыу-мурзалар . Оран-хандал(наковальня)Тамга- лук со стрелой. Дерево -черемуха. Птица-Лебедь.
  • Сообщений: 5277
  • Страна: ru
  • Рейтинг +410/-36
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
А мне дюже интересно что там за викинги с востока Швеции. Как мы z141-

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +648/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Цитировать
Pre-publication data release of high quality shotgun sequencing data from 216 ancient individuals

Median coverage: 4.9x
High coverage genomes (17-36x): 50


While the data for 212 of these 216 individuals are not previously published, the shotgun sequencing was in every case performed on ancient DNA data libraries for which there has been previously published in-solution enrichment data on 1.24 million SNPs. Many of these libraries were generated as collaboration with other ancient DNA laboratories including Ron Pinhasi (University of Vienna, Austria), Wolfgang Haak and Johannes Krause (Max Planck Institute, Germany), Lars Fehren-Schmitz (University of California, Santa Cruz, USA), and Bastien Llamas (University of Adelaide, Australia).

We are releasing the raw data including the bams as a resource to the community. However, please observe the Fort Lauderdale principles (here), which entitle the data producers to make the first presentation and publish the first genome-wide analysis of the data. The data can be used freely for studies of individual genes or other individual features of the genome, prior to any publication of a manuscript which we hope to have ready within the next year. If you plan to use some of these data in a publication, please cite the paper(s) in which the sequenced libraries were originally published (as specified in the metadata (here), along with this website as a reference for the shotgun sequence data (https://reich.hms.harvard.edu/ancient-genome-diversity-project).

Data pointers:
Complete bams may be downloaded via globus. Please email Michelle Lee, Swapan 'Shop' Mallick, David Reich to request instructions.


Reich Lab предоставляет доступ (по запросу, как я понял) к улучшенным сиквенсам ранее опубликованных образцов

список образцов


Проверил на себе открытость базы для простых смертных — написал одному из указанных контактов (выбор пал на Swapan 'Shop' Mallick), и через некоторое время на почту была прислана инструкция по скачке этих файлов через систему globus.org

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png


Качество сиквенса синташтинца


Неплохо для 4000-летнего мужчины


Терминальный снип Y874+
https://wmpics.pics/di-BIJS.png (12 прочтений)

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
Genome-wide analysis of nearly all the victims of a 6200 year old massacre - https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247332#pone-0247332-g004
https://anthrogenica.com/showthread.php?23279-Genome-wide-analysis-of-nearly-all-the-victims-of-a-6200-year-old-massacre
Снипы  https://anthrogenica.com/showthread.php?23279-Genome-wide-analysis-of-nearly-all-the-victims-of-a-6200-year-old-massacre&p=757581&viewfull=1#post757581

I10045 H13b1+200 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10046 N1a1a1a3,N1a1a1a3 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10047 U2+152C+3173A+3394C+4562G+6827C+7364G+8134C+8776A+9761T+10187C+15061G+15776G+16092C+16179T+16274A G2a2a1a(xG2a2a1a2)
I10048 U5b2c G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10049 U2+152C+3173A+3394C+4562G+6827C+7364G+8134C+8776A+9761T+13708A+15061G+15776G+16179T+16274A G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10050 T2b n./a (female)
I10052 U5b1d1 n./a (female)
I10053 H5b G2a2a1a2(xG2a2a1a2a)
I10054 H+16093C,H+16093C G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10055 K1a1 n./a (female)
I10056 K1a3a n./a (female)
I10057 H7 n./a (female)
I10058 K1b1b1 G2a2b2a1a(xG2a2b2a1a1c1a)
I10061 H5 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2a,G2a2b2a1a1a4,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10062 HV+16311C+13356C I2a1a(xI2a1a2)
I10063 H C1a2(xC1a2a1)
I10064 J1 n./a (female)
I10065 H42 n./a (female)
I10067 H4a1 n./a (female)
I10068 T1a2 G2a2b2a1a1a(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2,G2a2b2a1a1a4)
I10069 T2f n./a (female)
I10070 K1a3a,K1a3a n./a (female)
I10071 H26 n./a (female)
I10072 N1a1a1+152T+11884A I2a1a(xI2a1a2)
I10074 K1a3a n./a (female)
I10271 T2b23 I2a2
I10272 T2b+16311 n./a (female)
I10273 N1a1a1a2 n./a (female)
I10274 ..,T2b+150 C(xC1a1a1a,C1b3,C2)
I10275 T2b n./a (female)
I10291 T2b23 n./a (female)
I10292 .. n/a (<50000 SNPs)
I10293 H4a1 n./a (female)
I10294 H+16093C,H+16093C G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10295 T2b n/a (<50000 SNPs)
I10297 X2b,X2b n./a (female)
I10299 K1a4a1 n./a (female)
I10303 N1a1a1+152T+189G+338T+10143A+10707G+11884A n./a (female)
Mario Novak. 2021   (Potočani, Croatia  6200 y.a)
« Последнее редактирование: 14 Март 2021, 21:41:06 от falcon16 »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png
Какое богатство... :) Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +648/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png
Какое богатство... :) Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Да, доступ ко всему датасету. Без всяких условий

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png
Какое богатство... :) Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Есть основания надеяться на появление всего этого на YFull?
Это будет централизовано или активистам гаплогрупп нужно проявить активность и получить ссылки?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png
Какое богатство... :) Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Есть основания надеяться на появление всего этого на YFull?
Это будет централизовано или активистам гаплогрупп нужно проявить активность и получить ссылки?
Сложно сказать. Запрос я отправил. Но так как данные еще не опубликованы, а на дереве они будут видны публично, то есть шанс что откажут. Есть весьма интересные выборки современников по европейским странам, но доступ через тот же глобус, и просить бесполезно. Пытались. К примеру:
https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001001440/files 100 греков
https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001003812/files 20 хорватов
и т.д.

Оффлайн Таусо

  • Сообщений: 222
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-14
  • Y-ДНК: G2a1-Z31461
Гарвардские образцы начали появляться на дереве YFull:

https://www.yfull.com/samples-from-paper/499/

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1571
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2076/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Кажется, эту статью тут ещё не выкладывали:

https://link.springer.com/article/10.1134/S1995078020050183

    NATURAL SCIENTIFIC METHODS IN STUDYING CULTURAL HERITAGE SITES
    Published: 22 March 2021

Paleogenetic Study of Ancient Mummies at the Kurchatov Institute

    E. B. Yatsishina, E. S. Bulygina, S. V. Vasilyev, R. M. Galeev, N. V. Slobodova, S. V. Tsygankova & F. S. Sharko

Nanotechnologies in Russia volume 15, pages524–531(2020)Cite this article

    Metrics details

Abstract

An interdisciplinary study of ten ancient Egyptian mummies from the collection of the Pushkin State Museum of Fine Arts, which date back to the 1st millennium BCE–beginning of the Common Era, was carried out at the NRC Kurchatov Institute. At the initial stage, they were subjected to computerized tomo-graphy (CT), which became the basis for further research: anthropological, medical, and forensic analysis. For paleogenetic and isotopic analysis, the best-preserved bone tissue samples of mummies based on CT data were taken. The article presents the results of experimental studies that determined the mitochondrial and Y-chromosomal haplogroups of some of the studied mummies, the sex previously established by anthropologists was confirmed, the DNA of certain pathogens were found, and isotope analysis was carried out. The data obtained by natural scientific methods supplement important historical information on the genetic diversity of the population of Ancient Egypt and migration processes in this region.

В Курчатовском институте НРК было проведено междисциплинарное исследование десяти древнеегипетских мумий из коллекции Государственного музея изобразительных искусств имени А.С.Пушкина, датируемое I тысячелетием до н.э. - началом общей эры. На начальном этапе они были подвергнуты компьютерной томографии (КТ), которая стала основой для дальнейших исследований: антропологического, медицинского и криминалистического. Для палеогенетического и изотопного анализа были взяты наиболее сохранившиеся образцы костной ткани мумий по данным компьютерной томографии. В статье представлены результаты экспериментальных исследований, определивших митохондриальную и Y-хромосомную гаплогруппы некоторых изученных мумий, подтвержден пол, ранее установленный антропологами, найдена ДНК определенных патогенов, проведен изотопный анализ. Данные, полученные естественными научными методами, дополняют важную историческую информацию о генетическом разнообразии населения Древнего Египта и миграционных процессах в этом регионе.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1571
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2076/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Haplogroups:

Sample catalog number Y-DNA mtDNA
1 1241 Undetermined N
3 1290 R1b1a1b L3h1
4 5302 E1b1b1a1b2a4b5a N5

Raw data is at NCBI:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA664979

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Maternal Lineages from 10–11th Century Commoner Cemeteries of the Carpathian Basin

https://www.mdpi.com/2073-4425/12/3/460/htm?fbclid=IwAR1voI69uGp8glIbpgugtpP-ZHnzpVy2xGpBhjCeV8hv_VT6ykUcfDsXOsY

Abstract
Nomadic groups of conquering Hungarians played a predominant role in Hungarian prehistory, but genetic data are available only from the immigrant elite strata. Most of the 10–11th century remains in the Carpathian Basin belong to common people, whose origin and relation to the immigrant elite have been widely debated. Mitogenome sequences were obtained from 202 individuals with next generation sequencing combined with hybridization capture. Median joining networks were used for phylogenetic analysis. The commoner population was compared to 87 ancient Eurasian populations with sequence-based (Fst) and haplogroup-based population genetic methods. The haplogroup composition of the commoner population markedly differs from that of the elite, and, in contrast to the elite, commoners cluster with European populations. Alongside this, detectable sub-haplogroup sharing indicates admixture between the elite and the commoners. The majority of the 10–11th century commoners most likely represent local populations of the Carpathian Basin, which admixed with the eastern immigrant groups (which included conquering Hungarians).

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1460
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1513/-34
  • Y-ДНК: r1b
  • мтДНК: H
Maternal Lineages from 10–11th Century Commoner Cemeteries of the Carpathian Basin
Выводы пустые, но верные, т.к. полученные  результаты mt противоречивые. Больше всего кавказских мито найдено на севере и на востоке, что противоречит  ранее опубликованным палеоднк, т.к. мужские кавказские Y-ки  вроде преимущественно встречались на юге и на западе Венгрии.
Хотя можно реконструировать как потерю обоза с жёнами при венгерском завоевании. Своих жён бросили по дороге и взяли новых на месте, потом брошенные жёны от местных завели венгроговорящих детей, и венгрозахватчики от местных новых жён тоже завели детей и тоже дали им свой язык. ) подгон.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.