АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 829312 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6296
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4633/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2370 : 04 Ноябрь 2020, 16:39:38 »

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983
KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.
Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)
pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


       
Они оба ниже R1a-YP263.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9737
  • Страна: kz
  • Рейтинг +958/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2371 : 10 Ноябрь 2020, 01:37:38 »
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420313210?fbclid=IwAR2eD5oMoljUHyo6pGAR0IV1W8nxwfs3cCAZAsKyWvRrqSLo60p7D2QXBag

A Dynamic 6,000-Year Genetic History of Eurasia’s Eastern Steppe
 

Summary
The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region’s population history. Here, we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.


Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 321
  • Рейтинг +848/-19
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2373 : 24 Ноябрь 2020, 20:05:12 »
The mixed genetic origin of the first farmers of Europe (2020) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1?ct=

Table 1 - Archaeological and genetic information on the newly-sequenced genomes.
Individual Period (culture)   Site Country Age (cal. BP)   Mean Depth (X)   Genetic sex Haplogroups mtDNA Y
VLASA7 LM Vlasac Serbia 8764-8340 15.21 XY U5a2a I2
VLASA32 LM Vlasac Serbia 9741-9468 12.65 XY U5a2a R1b1
AKT16 EN Aktopraklık Turkey 8635-8460 12.25 XX K1a3 ⎯
Bar25 EN Barcın Turkey 8384-8205 12.65 XY N1a1a1 G2a2b2a1
Nea3 EN Nea Nikomedeia Greece 8327-8040 11.57 XX K1a2c ⎯
Nea2 EN Nea Nikomedeia Greece 8173-8023 12.51 XX K1a ⎯
LEPE48 TEN Lepenski Vir Serbia 8012-7867 10.92 XY K1a1 C1a2b
LEPE52 E-MN Lepenski Vir Serbia 7931-7693 12.37 XY H3 G2a2b2a1a1c
STAR1 EN (Starčevo) Grad-Starčevo Serbia 7589-7476 10.55 XX T2e2 ⎯
VC3-2 EN (Starčevo) Vinča-Belo Brdo Serbia 7565-7426 11.22 XY HV-16311 G2a2a1a3~
Asp6 EN (LBK) Asparn-Schletz Austria 7575-7474 12.11 XY U5a1c1 G2a2b2a3
Klein7 EN (LBK) Kleinhadersdorf Austria 7244-7000 11.30 XX W1-119
Dil16 EN (LBK) Dillingen-Steinheim Germany 7235-6998 10.60 XY J1c6 C1a2b
Ess7 EN (LBK) Essenbach-Ammerbreite Germany 7050-6900 12.34 XY U5b2c1 G2a2b2a1a1
Herx EN (LBK) Herxheim Germany 7164-6993 11.46 XX K1a4a1i ⎯
LM, Late Mesolithic; EN, Early Neolithic; TEN, Transformational/Early Neolithic; E-MN, Early-Middle Neolithic; LBK, Linearbandkeramik

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 321
  • Рейтинг +848/-19
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2374 : 06 Декабрь 2020, 20:59:46 »
Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0
Список палео-днк по странам  https://haplotree.info/maps/ancient_dna/samples.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0
« Последнее редактирование: 07 Декабрь 2020, 12:52:51 от falcon16 »

Оффлайн Serckesh

  • Тапы и Мальково Тобольской губернии. Зюбриха Липовецкого уезда Киевской губернии. Тойси Буинского уезда Симбирской губернии
  • Сообщений: 518
  • Страна: ru
  • Рейтинг +305/-0
  • FTDNA: 644559 GEDmatch: ZQ2019538 YFull: YF11431
  • Y-ДНК: R1a1a1b1a2b3a6a2b~ (R1a CTS1211 Y2613 M12335)
  • мтДНК: U4c2a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2375 : 07 Декабрь 2020, 05:40:51 »
Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

Интересно, нашел родственника с R-Y2608 в Гималаях!



Озеро Скелетов Роопкунд
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%BE%D0%BE%D0%BF%D0%BA%D1%83%D0%BD%D0%B4

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6702210/

Цитировать
Roopkund_B имеет родословную, наиболее близкую к греческой и критской группам;

Цитировать
Мы обнаружили, что Roopkund_B совместим с формированием генетической клады только с людьми с современного Крита

Цитировать
Кластер Roopkund_B вызывает большее недоумение. Возникает соблазн предположить, что люди Roopkund_B происходят от индо-греческих популяций, сформировавшихся после времен Александра Великого, которые, возможно, внесли свой вклад в некоторые современные группы, такие как калаши. Однако это маловероятно, поскольку ожидается, что такая группа будет иметь примесь с группами с более типичным южноазиатским происхождением (как это делают калаши), или ожидается, что она будет инбредной и будет иметь относительно низкое генетическое разнообразие. Однако у людей Roopkund_B нет доказательств ни того, ни другого. Комбинируя различные линии доказательств, данные предполагают, что вместо этого мы выбрали группу не связанных между собой мужчин и женщин, родившихся в восточном Средиземноморье в период политического контроля Османской империи. Судя по тому, что они придерживались преимущественно наземной, а не морской диеты, они, возможно, жили во внутренних районах, в конечном итоге отправившись в Гималаи и умирая в них. Участвовали ли они в паломничестве или были привлечены к озеру Рупкунд по другим причинам, остается загадкой. Было бы удивительно, если бы индуистское паломничество практиковалось большой группой путешественников из восточного Средиземноморья, где индуистские практики не были распространены;

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1334
  • Страна: ua
  • Рейтинг +799/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2376 : 07 Декабрь 2020, 10:45:49 »
Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

На Грецию обратили внимание? )

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1635
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2175/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2377 : 09 Декабрь 2020, 09:30:00 »
https://publication-service.com/files/chit_3.pdf

The Results of Y-DNA and Mitochondrial Haplogroup Testing of an Ancient Burial of XII-XIV Centuries in Old Vladimir Patriarch’s Garden Site near the Klyazma River

Sergey Z. Chernov1, Larisa L. Chernyaeva2, Natalia N. Goncharova3, Danil A. Kabaev2, Svetlana V. Ocheretina2, Alexander S. Semenov4,*

1 Moscow Rus Archaeology Department, Institute of Archaeology of the Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
2 LLC “Vladimir Region Center for Archaelogy of the Vladimir State University”, Vladimir, Russia
3 Faculty of Biology, Moscow State University, Moscow, Russia
4 Moscow Institute of Physics and Technology, Moscow Region, Dolgoprudny,Russia
*Corresponding author. E-mail: semyonov1980@mail.ru

ABSTRACT
The work  describes  the  results  of  the  experiment  on  Y-DNA and  mitochondrial haplogroup  defining  of an ancient  burial in Vladimir Area. The  obtained  data  help  to  define  the  Y-haplogroup and  mitochondrial haplogroup according  to genetic  markers  studied  in  the  research.  The  paper  outlines  the  experiment, technology, and the obtained result which defines  R1a-M458-L1029 Y-haplogroup and H6c1 mitochondrial haplogroup with high probability.

Результаты исследования Y-ДНК и митохондриальной гаплогруппы древнего захоронения XII-XIV вв. на территории сада старого Владимирского патриарха у реки Клязьма


В работе описаны результаты эксперимента по Y-ДНК и митохондриальной гаплогруппе, определяющей древнее захоронение во Владимирской области. Полученные данные позволяют определить Y-гаплогруппу и митохондриальную гаплогруппу по генетическим маркерам, изученным в ходе исследования.  В статье изложены эксперимент, технология и полученный результат, который с высокой вероятностью определяет Y-гаплогруппу R1a-M458-L1029 и митохондриальную гаплогруппу H6c1.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1655
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1715/-35
  • Y-ДНК: r1b
  • мтДНК: H
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2378 : 09 Декабрь 2020, 14:06:18 »
Интересно кто делал исследование ДНК Сусанина?
"В начале 2000-х годов в прессе появились несколько сообщений о находке могилы Ивана Сусанина. Археологи основывали свою гипотезу на том, что на нескольких скелетах, найденных в результатах раскопок недалеко от села Домнино, были обнаружены следы ударов холодным оружием, возможно сабли. Если Сусанин был похоронен, что еще требовалось доказать. Медики-криминалисты, изучавшие найденные останки, хотя и отметили многие сходные черты в антропометрическом строении найденных скелетов и потомков Сусанина в 8 – 15 поколениях, уклонились от однозначной идентификации наиболее вероятного скелета. Судьбу должен был решить анализ ДНК костей, однако проведенное исследование не дало никаких надежных положительных результатов.

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 321
  • Рейтинг +848/-19
« Последнее редактирование: 09 Декабрь 2020, 19:14:01 от falcon16 »

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 321
  • Рейтинг +848/-19
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2380 : 09 Декабрь 2020, 18:36:52 »
Китайцы (203229 чел.) по игрекам  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=41618&d=1607513642
GeneU  https://mahui.me/
« Последнее редактирование: 10 Декабрь 2020, 02:00:11 от falcon16 »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6296
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4633/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2381 : 11 Декабрь 2020, 10:11:55 »

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983
KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.
Загрузил на Гедматч:
UM5566972 - KRA001
KF4855931 - KRA003
ZD1242268 - KRA004   
RL3276897 - KRA005   
EK5001010 - KRA008   
JS4227067 - KRA009   
EN7971546 - KRA010
« Последнее редактирование: 11 Декабрь 2020, 11:40:22 от Semargl »

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1635
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2175/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2382 : 24 Декабрь 2020, 02:27:15 »
На youtube выложили запись научной сессии Института археологии и этнографии СО РАН. На 5:00:19 начинается доклад Пилипенко А.С., Трапезов Р.О., Черданцев С.В., Журавлев А.А., Поздняков Д.В., Пилипенко И.В., Чикишева Т.А., Томилин М.А., Пристяжнюк М.С., Молодин В.И. Генетическая история населения Сибири: результаты исследований межинститутской лаборатории палеогенетики и палеогеномики ИЦиГ СО РАН и ИАЭТ СО РАН.

https://youtu.be/6eT0W4OMaBw?t=18021

Ничего особенно нового вроде как не было.

Оффлайн Savoy

  • Сообщений: 183
  • Страна: ru
  • Рейтинг +37/-0
    • Род Савойских
  • Y-ДНК: N-Y53167
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2383 : 04 Январь 2021, 11:20:31 »
Добрый день! В какой-то работе от 2013 года упомянут дднк Poland140/PL140. Никак не найду про него информацию. Кто знает что это такое и где найдено? Гедматч говорит о близком совпадении.

Оффлайн hgv

  • Сообщений: 757
  • Страна: ua
  • Рейтинг +227/-0
  • Y-ДНК: N1a1a1a1a1a1a-L550
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2384 : 04 Январь 2021, 17:45:15 »
ІНСТИТУТ АРХЕОЛОГІЇ НАЦІОНАЛЬНОЇ АКАДЕМІЇ НАУК УКРАЇНИ

АРХЕОЛОГIЧНI ДОСЛIДЖЕННЯ В УКРАIНI 2017

КИЇВ • 2019

І. Потєхіна
ПЕРШІ РЕЗУЛЬТАТИ ВИВЧЕННЯ МтДНК І ПОВНОГО ГЕНОМУ ТРИПІЛЬЦІВ

Для  з’ясування  антропологічних  витоків, шляхів міграції та біологічних контактів ранньоземлеробських  племен  території  України важливими є археогенетичні дослідження  носіїв  трипільської  культури.  Останнім часом  у  співпраці  з  генетичними  лабораторіями США проведено вивчення черепів з  печери  Вертеба,  які  були  відкриті  М. Сохацьким  під  час  археологічних  досліджень цієї пам’ятки у 2007—2008 рр. (с. Більче Зо-лоте, Борщівський р-н, Тернопільська обл.). Попередньо ці черепи були датовані радіо-карбонним методом в Оксфордській лабораторії, їх вік лежить в межах 3900—3500 cal BC, що відповідає етапу В2—С1 Трипілля.На семи зразках з Вертеби у генетичній лабораторії університету Гранд Веллі О. Нікітін отримав  результати  аналізу  мітохондріальної (Мт) ДНК. Чотири індивіди (No 1—3, 5) виявилися  носіями  мітохондріальних  гаплогруп  Н5a,  HV0,  H  і  HV,  які  пов’язують трипільців з анатолійськими неолітичними фермерськими групами і ранньоземлеробськими популяціями Південно-Східної і центральної європи. У двох індивідів (No 6 і 7) виявлено гаплогрупи U8b1b і U8d1a2, властиві верхньопалеолітичним  мисливцям  та  збирачам європи  та  окремим  мезолітичним  і ранньонеолітичним популяціями Північного Причорномор’я, ще один чоловік з Вертеби (No 4) виявився носієм гаплогрупи Т2b, яка є маркером експансії людей з Анатолії до європи у ранньому неоліті. Ці результати  проливають  світло  на  генетичні  зв’язки трипільців  по  материнській  лінії  і  загалом узгоджуються з антропологічними даними. Однак аналіз МтДНК не дав відповіді на питання про походження і частку тих антропологічних  домішок,  які  були  виявлені  нами при  краніологічному  дослідженні  окремих черепів, тому необхідно було провести пов-ногеномне дослідження цих матеріалів.Аналіз  повного  геному  здійснено  у  генетичній  лабораторії  Д. Райха  Медичної школи  Гарвардського  університету  (США). Для індивідів з Вертеби визначено основну складову  їх  родоводу  та  частку  найбільш істотних  домішок.  Висновки  базуються  на результатах,  які  були  виведені  з  рівнів  генетичної  близькості  між  зразками,  аналізу Головних  компонент  (PCA),  результатів  їх кластеризації та графіків змішання геномів. За  різними  моделями  обчислення  співвідношення домішок дещо варіюють у різних зразках,  що  однак  не  впливає  на  загальну картину. Основною у трипільців Вертеби ви-явилася анатолійська (AN) генетична фракція — вона становить близько 83 % всього ге-ному. Решта їх генетичного спадку припадає на домішки, отримані від племен мисливців і збирачів Західної (WHG — 14 %) і Східної (EHG — 3 %) європи.На  індивідуальному  рівні  найменше «мисливських»  домішок  до  анатолійського геному  виявлено  у  людей,  які  за  краніоло-гічними ознаками належать до середземноморського типу, в той час як найбільша частка цих домішок присутня у чоловіка, який має   протоєвропеоїдний   краніологічний комплекс.  Таким  чином,  отримано  узгодження  краніологічних  і  генетичних  даних, якого  не  спостерігалося  при  співставленні антропологічного типу мешканців Вертеби з  результатами  аналізу  МтДНК.  Очевидно, це пояснюється складним механізмом сегре-гації  фенетичних,  зокрема  краніологічних, ознак у давніх популяціях і, очевидно, може вказувати на успадкування протоєвропеоїд-ного комплексу по батьківській лінії.Вивчення  повного  геному  трипільців проводилося  в  межах  широкомасштабного дослідження  генетичної  історії  населення Південно-Східної європи, до якого залучено дані по давній ДНК 225 мешканців європи періодів  до  і  після  поширення  там  земле-робства. Результати співставлення черепів з Вертеби в межах цього масиву даних підтверджують висновки аналізу МтДНК і краніологічних досліджень. Вони свідчать про те, що  населення  Поділля  фази  В2—C1  Трипілля  веде  свій  родовід  від  прямих  нащадків  анатолійських  неолітичних  фермерів, які  змішувалися  з  племенами  мисливців  і збирачів  Південно-Східної Европи,  поступово  просуваючись  у  східному  напрямку. Контакти  прийшлих  землеробських  груп  з місцевими  популяціями  не  завжди  носили мирний характер, про що свідчать численні випадки травм на черепах з Вертеби. Сліди метисації  по-різному  позначилися  на  гено-мі і фізичному вигляді трипільців, що, очевидно,  пояснюється  особливістю  шлюбних стратегій в середовищі прийшлих і місцевих груп.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.