Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Fire]

таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363

Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси   , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.

Тогда был бы и в выборке "Осетины"(наверно из Туалаггома) высокий Левант.
Возможно высокий Левант прибыл вместе с безкургаными катакомбами в 3 веке до н.э. из северного Ирана.
А Монголоидный от Кипчаков, от  Золотой Орды , Северных Кумыков и Ногайцев

[Beladi]

таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363

Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси   , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.

Я написал мое мнение насчёт Levant_N на Кавказе на том посте в Anthrogenica.  Имхо прото Северо-Западные Кавказцы и прото Картвелы изначально отличались тем, что к ним была контрибуция от Анатолийцев двух типов, у одних был слегка повышенный процент Levant_N, а у других Iran_N. 
У Северных Осетин типичный Северо-Западный профиль, похожий на Адыгский. Я посмотрел на индивидуальные самплы Северных Осетин (их всего 3), и у них есть один оутлаер с повышенным Левантийским компонентом.  У Карачаев (или у Балкарцев) кстати, похожая история на G25, у одного образца есть Таджикские предки, у одного Абхазского сампла – или Славянские или Балтийские. Всё это влияет на среднее арифметическое.
Да и согласно G25, у Абазинов больше Devils_gate(прокси на Восточно-азиатскую примесь) чем у Осетин. 

[Beladi]

Спасибо, значит это у аутлаера NO17 высокая недавняя примесь Леванта, случай из разряда-  "одна паршивая овца всё стадо портит" и поэтому вышло  "не правильные пчёлы дают не правильный мёд" . Таких аутлаеров надо исключать из расчётов.

Да, попадаются такие. Среди Кумыков один сампл без монголоидной примеси, похожий на помесь Лаза и Аварца - https://i.imgur.com/NU9NloQ.png

[krotx]

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.

Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)

Код: [Выделить]

pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


         

[Beladi]

Аланские самплы очень похожи на Нахов, за исключением DA146 который больше всех похож на Дагестанца, и DA243 чей аутосомный профиль похож на Кабардинский.
https://i.imgur.com/WlRJ2HA.png

[Semargl]

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.

Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)

Код: [Выделить]

pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


       

Они оба ниже R1a-YP263.

[asan-kaygy]

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420313210?fbclid=IwAR2eD5oMoljUHyo6pGAR0IV1W8nxwfs3cCAZAsKyWvRrqSLo60p7D2QXBag

A Dynamic 6,000-Year Genetic History of Eurasia’s Eastern Steppe
 

Summary
The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region’s population history. Here, we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.

[krotx]

https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-prehistoric-society/article/forgotten-child-of-the-wider-corded-ware-family-russian-fatyanovo-culture-in-context/6309A60F638130BF6F7FD96135AA1B37

Ссылка на полною статью

https://www.dropbox.com/s/x0o0xtxpg00dnsc/Proceedings%20of%20the%20Prehistoric%20Society%20Volume%20issue%202020%20%5Bdoi%2010.1017_ppr.2020.9%5D%20Nordqvist%2C%20Kerkko%3B%20Heyd%2C%20Volker%20--%20The%20Forgotten%20Child%20of%20the%20Wider%20Corded%20Ware%20Family-%20Russian%20Fatyanovo%20Culture%20in.pdf?dl=0

[falcon16]

The mixed genetic origin of the first farmers of Europe (2020) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1?ct=

Table 1 - Archaeological and genetic information on the newly-sequenced genomes.
Individual Period (culture)   Site Country Age (cal. BP)   Mean Depth (X)   Genetic sex Haplogroups mtDNA Y
VLASA7 LM Vlasac Serbia 8764-8340 15.21 XY U5a2a I2
VLASA32 LM Vlasac Serbia 9741-9468 12.65 XY U5a2a R1b1
AKT16 EN Aktopraklık Turkey 8635-8460 12.25 XX K1a3 ⎯
Bar25 EN Barcın Turkey 8384-8205 12.65 XY N1a1a1 G2a2b2a1
Nea3 EN Nea Nikomedeia Greece 8327-8040 11.57 XX K1a2c ⎯
Nea2 EN Nea Nikomedeia Greece 8173-8023 12.51 XX K1a ⎯
LEPE48 TEN Lepenski Vir Serbia 8012-7867 10.92 XY K1a1 C1a2b
LEPE52 E-MN Lepenski Vir Serbia 7931-7693 12.37 XY H3 G2a2b2a1a1c
STAR1 EN (Starčevo) Grad-Starčevo Serbia 7589-7476 10.55 XX T2e2 ⎯
VC3-2 EN (Starčevo) Vinča-Belo Brdo Serbia 7565-7426 11.22 XY HV-16311 G2a2a1a3~
Asp6 EN (LBK) Asparn-Schletz Austria 7575-7474 12.11 XY U5a1c1 G2a2b2a3
Klein7 EN (LBK) Kleinhadersdorf Austria 7244-7000 11.30 XX W1-119
Dil16 EN (LBK) Dillingen-Steinheim Germany 7235-6998 10.60 XY J1c6 C1a2b
Ess7 EN (LBK) Essenbach-Ammerbreite Germany 7050-6900 12.34 XY U5b2c1 G2a2b2a1a1
Herx EN (LBK) Herxheim Germany 7164-6993 11.46 XX K1a4a1i ⎯
LM, Late Mesolithic; EN, Early Neolithic; TEN, Transformational/Early Neolithic; E-MN, Early-Middle Neolithic; LBK, Linearbandkeramik

[falcon16]

Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0
Список палео-днк по странам  https://haplotree.info/maps/ancient_dna/samples.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

[Serckesh]

Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

Интересно, нашел родственника с R-Y2608 в Гималаях!



Озеро Скелетов Роопкунд
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%BE%D0%BE%D0%BF%D0%BA%D1%83%D0%BD%D0%B4

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6702210/

Roopkund_B имеет родословную, наиболее близкую к греческой и критской группам;

Мы обнаружили, что Roopkund_B совместим с формированием генетической клады только с людьми с современного Крита

Кластер Roopkund_B вызывает большее недоумение. Возникает соблазн предположить, что люди Roopkund_B происходят от индо-греческих популяций, сформировавшихся после времен Александра Великого, которые, возможно, внесли свой вклад в некоторые современные группы, такие как калаши. Однако это маловероятно, поскольку ожидается, что такая группа будет иметь примесь с группами с более типичным южноазиатским происхождением (как это делают калаши), или ожидается, что она будет инбредной и будет иметь относительно низкое генетическое разнообразие. Однако у людей Roopkund_B нет доказательств ни того, ни другого. Комбинируя различные линии доказательств, данные предполагают, что вместо этого мы выбрали группу не связанных между собой мужчин и женщин, родившихся в восточном Средиземноморье в период политического контроля Османской империи. Судя по тому, что они придерживались преимущественно наземной, а не морской диеты, они, возможно, жили во внутренних районах, в конечном итоге отправившись в Гималаи и умирая в них. Участвовали ли они в паломничестве или были привлечены к озеру Рупкунд по другим причинам, остается загадкой. Было бы удивительно, если бы индуистское паломничество практиковалось большой группой путешественников из восточного Средиземноморья, где индуистские практики не были распространены;

[Arthwr]

Палео-днк. можно отображать гапло по отдельности   https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

На Грецию обратили внимание? )

[rozenblatt]

https://publication-service.com/files/chit_3.pdf

The Results of Y-DNA and Mitochondrial Haplogroup Testing of an Ancient Burial of XII-XIV Centuries in Old Vladimir Patriarch’s Garden Site near the Klyazma River

Sergey Z. Chernov1, Larisa L. Chernyaeva2, Natalia N. Goncharova3, Danil A. Kabaev2, Svetlana V. Ocheretina2, Alexander S. Semenov4,*

1 Moscow Rus Archaeology Department, Institute of Archaeology of the Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
2 LLC “Vladimir Region Center for Archaelogy of the Vladimir State University”, Vladimir, Russia
3 Faculty of Biology, Moscow State University, Moscow, Russia
4 Moscow Institute of Physics and Technology, Moscow Region, Dolgoprudny,Russia
*Corresponding author. E-mail: semyonov1980@mail.ru

ABSTRACT
The work  describes  the  results  of  the  experiment  on  Y-DNA and  mitochondrial haplogroup  defining  of an ancient  burial in Vladimir Area. The  obtained  data  help  to  define  the  Y-haplogroup and  mitochondrial haplogroup according  to genetic  markers  studied  in  the  research.  The  paper  outlines  the  experiment, technology, and the obtained result which defines  R1a-M458-L1029 Y-haplogroup and H6c1 mitochondrial haplogroup with high probability.

Результаты исследования Y-ДНК и митохондриальной гаплогруппы древнего захоронения XII-XIV вв. на территории сада старого Владимирского патриарха у реки Клязьма


В работе описаны результаты эксперимента по Y-ДНК и митохондриальной гаплогруппе, определяющей древнее захоронение во Владимирской области. Полученные данные позволяют определить Y-гаплогруппу и митохондриальную гаплогруппу по генетическим маркерам, изученным в ходе исследования.  В статье изложены эксперимент, технология и полученный результат, который с высокой вероятностью определяет Y-гаплогруппу R1a-M458-L1029 и митохондриальную гаплогруппу H6c1.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

[Kambic]

Интересно кто делал исследование ДНК Сусанина?
"В начале 2000-х годов в прессе появились несколько сообщений о находке могилы Ивана Сусанина. Археологи основывали свою гипотезу на том, что на нескольких скелетах, найденных в результатах раскопок недалеко от села Домнино, были обнаружены следы ударов холодным оружием, возможно сабли. Если Сусанин был похоронен, что еще требовалось доказать. Медики-криминалисты, изучавшие найденные останки, хотя и отметили многие сходные черты в антропометрическом строении найденных скелетов и потомков Сусанина в 8 – 15 поколениях, уклонились от однозначной идентификации наиболее вероятного скелета. Судьбу должен был решить анализ ДНК костей, однако проведенное исследование не дало никаких надежных положительных результатов.

[falcon16]

игреки египетских фараонов 18й и вельмож  https://anthrogenica.com/showthread.php?21920-Autosomal-of-Egyptian-pharaohs&p=726498&viewfull=1#post726498

STR 18й, 19й династий  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=41619&d=1607522597