АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 381454 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1418
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1797/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2370 : 14 Октябрь 2020, 01:32:16 »
Первые берингийцы тоже были носителями N и C?

Да вроде нет, в данной то статье образцы моложе берингийцев.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 447
  • Страна: ru
  • Рейтинг +313/-1
  • Y-ДНК: G-Z6653
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2371 : 17 Октябрь 2020, 11:54:23 »
Сделал карту c могильниками номадов железного века от Дона до Зауралья (с разбиением на гаплогруппы):
https://www.google.com/maps/d/viewer?mid=1pYxyq17nlzBKHyEBeIgM6Hsjbf42DVsY

Кружок означает, что в могильнике 2 и более представителя одной гаплогруппы


27 мужчин:

R1a   19   (70%)

R1b   3

N   2

Q   1

E1b   1

I2   1


Вроде никого не забыл


Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 275
  • Рейтинг +777/-5
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2373 : 23 Октябрь 2020, 18:14:55 »
Y-Chromosome Genetic Analysis of Modern Polish Population  (2020) - https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.567309/full

The medieval Mongolian roots of Y-chromosomal lineages from South Kazakhstan (2020) - https://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-020-00897-5
« Последнее редактирование: 24 Октябрь 2020, 02:05:48 от falcon16 »

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 275
  • Рейтинг +777/-5

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1418
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1797/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2375 : 26 Октябрь 2020, 19:28:38 »
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.20.106971v1

A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons

Cody Edward Parker, Adam Ben Rohrlach, Susanne Friederich, Sarah Nagel, Matthias Meyer, Johannes Krause, Kirsten I Bos, Wolfgang Haak

doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.20.106971

Abstract

Ancient DNA (aDNA) analyses necessitate the destructive sampling of archaeological material. Currently the dense inner portion of the petrous pyramid, the location of the skull that houses the inner ear, is the most sought after skeletal element for molecular analyses of ancient humans as it has been shown to yield high amounts of endogenous DNA. Destructive sampling of the petrous pyramid, assuming its recovery, is often not recommended for highly valued specimens. To investigate alternatives, we present a survey of human aDNA preservation for each of ten skeletal elements in a skeletal collection from Medieval Germany. Through comparison of human DNA content and quality we confirm best performance of the petrous pyramid and identify seven additional sampling locations across four skeletal elements that yield adequate aDNA for most applications in human palaeogenetics. Our study provides a better perspective on DNA preservation across the human skeleton and takes a further step toward the more responsible use of ancient materials in human aDNA studies.

Основной целью препринта является выяснение в каких частях скелета лучше всего сохраняется ДНК. Как и ранее, лучше всего оказалась каменистая часть височной кости, но авторы нашли ещё 4 места где ДНК сохраняется не сильно хуже. Исследовались образцы из Саксонии-Ангальт в Германии, датирующиеся 1050-1402 годами н.э. Митохондриальные ДНК не приведены, а Y-ДНК приведена по версии ISOGG от 26 ноября 2019:

KRA001 R1a1a1b1a1a1c
KRA003 R1a1a1b1a1a1c1
KRA004 I1a2a1a1d
KRA005 E1b1b1a1b1a
KRA008 I2a1a2b1a1a
KRA009 R1a1a1b1a1a1c1
KRA010 J2b2a1a1a1a1a1a

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5583
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3070/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2376 : 26 Октябрь 2020, 19:46:14 »

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983
KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.
« Последнее редактирование: 26 Октябрь 2020, 20:01:26 от Semargl »

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 8977
  • Страна: gr
  • Рейтинг +829/-129
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2377 : 27 Октябрь 2020, 08:16:07 »
таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363
Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси ???  , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.
Тогда был бы и в выборке "Осетины"(наверно из Туалаггома) высокий Левант.
Возможно высокий Левант прибыл вместе с безкургаными катакомбами в 3 веке до н.э. из северного Ирана.
А Монголоидный от Кипчаков, от  Золотой Орды , Северных Кумыков и Ногайцев

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 9
  • Страна: ge
  • Рейтинг +5/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2378 : 27 Октябрь 2020, 15:32:51 »
таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363
Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси ???  , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.

Я написал мое мнение насчёт Levant_N на Кавказе на том посте в Anthrogenica.  Имхо прото Северо-Западные Кавказцы и прото Картвелы изначально отличались тем, что к ним была контрибуция от Анатолийцев двух типов, у одних был слегка повышенный процент Levant_N, а у других Iran_N. 
У Северных Осетин типичный Северо-Западный профиль, похожий на Адыгский. Я посмотрел на индивидуальные самплы Северных Осетин (их всего 3), и у них есть один оутлаер с повышенным Левантийским компонентом.  У Карачаев (или у Балкарцев) кстати, похожая история на G25, у одного образца есть Таджикские предки, у одного Абхазского сампла – или Славянские или Балтийские. Всё это влияет на среднее арифметическое.
Да и согласно G25, у Абазинов больше Devils_gate(прокси на Восточно-азиатскую примесь) чем у Осетин. 



« Последнее редактирование: 27 Октябрь 2020, 16:05:43 от Beladi »

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 9
  • Страна: ge
  • Рейтинг +5/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2379 : 27 Октябрь 2020, 16:14:20 »
Спасибо, значит это у аутлаера NO17 высокая недавняя примесь Леванта, случай из разряда-  "одна паршивая овца всё стадо портит" и поэтому вышло  "не правильные пчёлы дают не правильный мёд" . Таких аутлаеров надо исключать из расчётов.

Да, попадаются такие. Среди Кумыков один сампл без монголоидной примеси, похожий на помесь Лаза и Аварца - https://i.imgur.com/NU9NloQ.png

Оффлайн krotx

  • Сообщений: 30
  • Страна: ca
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R-Y33
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2380 : 27 Октябрь 2020, 23:43:37 »

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983
KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.
Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)
pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


         

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 9
  • Страна: ge
  • Рейтинг +5/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2381 : 28 Октябрь 2020, 14:49:16 »
Аланские самплы очень похожи на Нахов, за исключением DA146 который больше всех похож на Дагестанца, и DA243 чей аутосомный профиль похож на Кабардинский.
https://i.imgur.com/WlRJ2HA.png
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2020, 15:19:40 от Beladi »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5583
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3070/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2382 : 04 Ноябрь 2020, 16:39:38 »

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983
KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.
Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)
pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


       
Они оба ниже R1a-YP263.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9105
  • Страна: kz
  • Рейтинг +884/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2383 : 10 Ноябрь 2020, 01:37:38 »
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420313210?fbclid=IwAR2eD5oMoljUHyo6pGAR0IV1W8nxwfs3cCAZAsKyWvRrqSLo60p7D2QXBag

A Dynamic 6,000-Year Genetic History of Eurasia’s Eastern Steppe
 

Summary
The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region’s population history. Here, we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100