Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[asan-kaygy]

https://academic.oup.com/nargab/article/2/4/lqaa081/5920394?fbclid=IwAR1VidiB5ef104Gjp_q0m7aS85OJF6uD6NOUqvpO9aTph3tR0GwHwxbiNCo

[falcon16]

Y-Chromosome Genetic Analysis of Modern Polish Population  (2020) - https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.567309/full

The medieval Mongolian roots of Y-chromosomal lineages from South Kazakhstan (2020) - https://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-020-00897-5

[falcon16]

таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363

[rozenblatt]

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.20.106971v1

A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons

Cody Edward Parker, Adam Ben Rohrlach, Susanne Friederich, Sarah Nagel, Matthias Meyer, Johannes Krause, Kirsten I Bos, Wolfgang Haak

doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.20.106971

Abstract

Ancient DNA (aDNA) analyses necessitate the destructive sampling of archaeological material. Currently the dense inner portion of the petrous pyramid, the location of the skull that houses the inner ear, is the most sought after skeletal element for molecular analyses of ancient humans as it has been shown to yield high amounts of endogenous DNA. Destructive sampling of the petrous pyramid, assuming its recovery, is often not recommended for highly valued specimens. To investigate alternatives, we present a survey of human aDNA preservation for each of ten skeletal elements in a skeletal collection from Medieval Germany. Through comparison of human DNA content and quality we confirm best performance of the petrous pyramid and identify seven additional sampling locations across four skeletal elements that yield adequate aDNA for most applications in human palaeogenetics. Our study provides a better perspective on DNA preservation across the human skeleton and takes a further step toward the more responsible use of ancient materials in human aDNA studies.

Основной целью препринта является выяснение в каких частях скелета лучше всего сохраняется ДНК. Как и ранее, лучше всего оказалась каменистая часть височной кости, но авторы нашли ещё 4 места где ДНК сохраняется не сильно хуже. Исследовались образцы из Саксонии-Ангальт в Германии, датирующиеся 1050-1402 годами н.э. Митохондриальные ДНК не приведены, а Y-ДНК приведена по версии ISOGG от 26 ноября 2019:

KRA001 R1a1a1b1a1a1c
KRA003 R1a1a1b1a1a1c1
KRA004 I1a2a1a1d
KRA005 E1b1b1a1b1a
KRA008 I2a1a2b1a1a
KRA009 R1a1a1b1a1a1c1
KRA010 J2b2a1a1a1a1a1a

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

[Semargl]

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.

[Fire]

таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363

Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси   , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.

Тогда был бы и в выборке "Осетины"(наверно из Туалаггома) высокий Левант.
Возможно высокий Левант прибыл вместе с безкургаными катакомбами в 3 веке до н.э. из северного Ирана.
А Монголоидный от Кипчаков, от  Золотой Орды , Северных Кумыков и Ногайцев

[Beladi]

таблица с аутсомными компонентами древнего и современного Кавказа  https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=40645&d=1603703840

https://anthrogenica.com/showthread.php?22061-Piedmont-Ancestry-in-Chalcolithic-West-Asia-(It-s-not-just-Armenia)&p=713363&viewfull=1#post713363

Среди северокавказцев самые высокие пики леванта (9%) и дэвилзгейта(6%) у северных осетин и получается это относительно поздние примеси   , можно было бы списать ) на арабо-хазарские тяги за Дарьял, но не женскими же гарнизонами там рулили, по мужским линиям как то совсем слабо для этих компонентов.

Я написал мое мнение насчёт Levant_N на Кавказе на том посте в Anthrogenica.  Имхо прото Северо-Западные Кавказцы и прото Картвелы изначально отличались тем, что к ним была контрибуция от Анатолийцев двух типов, у одних был слегка повышенный процент Levant_N, а у других Iran_N. 
У Северных Осетин типичный Северо-Западный профиль, похожий на Адыгский. Я посмотрел на индивидуальные самплы Северных Осетин (их всего 3), и у них есть один оутлаер с повышенным Левантийским компонентом.  У Карачаев (или у Балкарцев) кстати, похожая история на G25, у одного образца есть Таджикские предки, у одного Абхазского сампла – или Славянские или Балтийские. Всё это влияет на среднее арифметическое.
Да и согласно G25, у Абазинов больше Devils_gate(прокси на Восточно-азиатскую примесь) чем у Осетин. 

[Beladi]

Спасибо, значит это у аутлаера NO17 высокая недавняя примесь Леванта, случай из разряда-  "одна паршивая овца всё стадо портит" и поэтому вышло  "не правильные пчёлы дают не правильный мёд" . Таких аутлаеров надо исключать из расчётов.

Да, попадаются такие. Среди Кумыков один сампл без монголоидной примеси, похожий на помесь Лаза и Аварца - https://i.imgur.com/NU9NloQ.png

[krotx]

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.

Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)

Код: [Выделить]

pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


         

[Beladi]

Аланские самплы очень похожи на Нахов, за исключением DA146 который больше всех похож на Дагестанца, и DA243 чей аутосомный профиль похож на Кабардинский.
https://i.imgur.com/WlRJ2HA.png

[Semargl]

Статья официально опубликована: https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w

Данные: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36983

KRA001 (временно YF78848) https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
Образцы очень хорошего качества и со временем надеюсь все добавим на дерево.
Много мороки с правильным сбором бамов. Практически все современные алгоритмы работают с длинными чтениями. Выравнивание старыми алгоритмами занимает больше времени.
Если нужны аутосомы, то наверное могу создать образец по типу 23&me.

Кажется  и у образца KRA003  R-L1029 (AMM272+)

Код: [Выделить]

pos marker_name haplogroup mutation anc der reads called_perc called_base state

23070194 AMM272 R1a1a1b1a1a1c1~ C->A C A 4 100 A D


       

Они оба ниже R1a-YP263.

[asan-kaygy]

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420313210?fbclid=IwAR2eD5oMoljUHyo6pGAR0IV1W8nxwfs3cCAZAsKyWvRrqSLo60p7D2QXBag

A Dynamic 6,000-Year Genetic History of Eurasia’s Eastern Steppe
 

Summary
The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region’s population history. Here, we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.

[Kambic]

https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-prehistoric-society/article/forgotten-child-of-the-wider-corded-ware-family-russian-fatyanovo-culture-in-context/6309A60F638130BF6F7FD96135AA1B37

[krotx]

https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-prehistoric-society/article/forgotten-child-of-the-wider-corded-ware-family-russian-fatyanovo-culture-in-context/6309A60F638130BF6F7FD96135AA1B37

Ссылка на полною статью

https://www.dropbox.com/s/x0o0xtxpg00dnsc/Proceedings%20of%20the%20Prehistoric%20Society%20Volume%20issue%202020%20%5Bdoi%2010.1017_ppr.2020.9%5D%20Nordqvist%2C%20Kerkko%3B%20Heyd%2C%20Volker%20--%20The%20Forgotten%20Child%20of%20the%20Wider%20Corded%20Ware%20Family-%20Russian%20Fatyanovo%20Culture%20in.pdf?dl=0

[falcon16]

The mixed genetic origin of the first farmers of Europe (2020) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1?ct=

Table 1 - Archaeological and genetic information on the newly-sequenced genomes.
Individual Period (culture)   Site Country Age (cal. BP)   Mean Depth (X)   Genetic sex Haplogroups mtDNA Y
VLASA7 LM Vlasac Serbia 8764-8340 15.21 XY U5a2a I2
VLASA32 LM Vlasac Serbia 9741-9468 12.65 XY U5a2a R1b1
AKT16 EN Aktopraklık Turkey 8635-8460 12.25 XX K1a3 ⎯
Bar25 EN Barcın Turkey 8384-8205 12.65 XY N1a1a1 G2a2b2a1
Nea3 EN Nea Nikomedeia Greece 8327-8040 11.57 XX K1a2c ⎯
Nea2 EN Nea Nikomedeia Greece 8173-8023 12.51 XX K1a ⎯
LEPE48 TEN Lepenski Vir Serbia 8012-7867 10.92 XY K1a1 C1a2b
LEPE52 E-MN Lepenski Vir Serbia 7931-7693 12.37 XY H3 G2a2b2a1a1c
STAR1 EN (Starčevo) Grad-Starčevo Serbia 7589-7476 10.55 XX T2e2 ⎯
VC3-2 EN (Starčevo) Vinča-Belo Brdo Serbia 7565-7426 11.22 XY HV-16311 G2a2a1a3~
Asp6 EN (LBK) Asparn-Schletz Austria 7575-7474 12.11 XY U5a1c1 G2a2b2a3
Klein7 EN (LBK) Kleinhadersdorf Austria 7244-7000 11.30 XX W1-119
Dil16 EN (LBK) Dillingen-Steinheim Germany 7235-6998 10.60 XY J1c6 C1a2b
Ess7 EN (LBK) Essenbach-Ammerbreite Germany 7050-6900 12.34 XY U5b2c1 G2a2b2a1a1
Herx EN (LBK) Herxheim Germany 7164-6993 11.46 XX K1a4a1i ⎯
LM, Late Mesolithic; EN, Early Neolithic; TEN, Transformational/Early Neolithic; E-MN, Early-Middle Neolithic; LBK, Linearbandkeramik