Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[zastrug]

Поддерживаю. Этот человек много раз мне помогал, и те теории, что он излагал, всегда отличались логикой и рассудительностью. Плюс он был единственный, кто на 12 (!) маркерах усомнился в результате FTDNA, выданном одному из моих китов. И оказался прав. Примеров масса.

Ну насчет "всегда" вы загнули, но во всяком случае он там был самый вменяемый среди шаманов, упоротых и верных клесовцев.

[rozenblatt]

Недавно Андрей Кривошапкин, российский археолог, читал популярную лекцию и упомянул некоторые неопубликованные результаты о взаимодействиях между неандертальцами и денисовцами в Сибири:

https://youtu.be/f1qSF_pzM8Q?t=48m6s

Между неандертальцами и денисовцами было, по меньшей мере, два события гибридизации, которые соответствуют двум различным неандертальским миграциям в Южную Сибирь: ранее с Ближнего Востока, а затем из Европы. Вскоре исследование будет опубликовано в Nature.

[rozenblatt]

http://www.pnas.org/content/early/2018/04/03/1715688115

Genomic insights into the origin and diversification of late maritime hunter-gatherers from the Chilean Patagonia

Constanza de la Fuente, María C. Ávila-Arcos, Jacqueline Galimany, Meredith L. Carpenter, Julian R. Homburger, Alejandro Blanco, Paloma Contreras, Diana Cruz Dávalos, Omar Reyes, Manuel San Roman, Andrés Moreno-Estrada, Paula F. Campos, Celeste Eng, Scott Huntsman, Esteban G. Burchard, Anna-Sapfo Malaspinas, Carlos D. Bustamante, Eske Willerslev, Elena Llop, Ricardo A. Verdugo and Mauricio Moraga

PNAS April 9, 2018. 201715688; published ahead of print April 9, 2018.

https://doi.org/10.1073/pnas.1715688115

Significance

Recent genomic studies of ancient and modern humans from the Americas have given a comprehensive view of the peopling of the continent. However, regional characterization of ancient and modern individuals is lacking, being key to unveiling fine-scale differences within the continent. We present genome-wide analyses of ancient and modern individuals from South America from Western Patagonia. We found a strong affinity between modern and ancient individuals from the region, providing evidence of continuity in the region for the last ∼1,000 years and regional genetic structure within Southern South America. In particular, the analysis of these ancient genomes helps address questions related to the maritime tradition in the region and its diversification posterior to the split from terrestrial hunter-gatherers.

Abstract

Patagonia was the last region of the Americas reached by humans who entered the continent from Siberia ∼15,000–20,000 y ago. Despite recent genomic approaches to reconstruct the continental evolutionary history, regional characterization of ancient and modern genomes remains understudied. Exploring the genomic diversity within Patagonia is not just a valuable strategy to gain a better understanding of the history and diversification of human populations in the southernmost tip of the Americas, but it would also improve the representation of Native American diversity in global databases of human variation. Here, we present genome data from four modern populations from Central Southern Chile and Patagonia (n = 61) and four ancient maritime individuals from Patagonia (∼1,000 y old). Both the modern and ancient individuals studied in this work have a greater genetic affinity with other modern Native Americans than to any non-American population, showing within South America a clear structure between major geographical regions. Native Patagonian Kawéskar and Yámana showed the highest genetic affinity with the ancient individuals, indicating genetic continuity in the region during the past 1,000 y before present, together with an important agreement between the ethnic affiliation and historical distribution of both groups. Lastly, the ancient maritime individuals were genetically equidistant to a ∼200-y-old terrestrial hunter-gatherer from Tierra del Fuego, which supports a model with an initial separation of a common ancestral group to both maritime populations from a terrestrial population, with a later diversification of the maritime groups.

Патагония была последним регионом Северной и Южной Америки, который был достигнут людьми, которые прибыли на континент из Сибири 15,000–20,000 лет назад. Несмотря на недавние геномные подходы к реконструкции эволюционной истории континента, региональная характеристика древних и современных геномов остается недостаточно изученной. Изучение геномного разнообразия в Патагонии  - это не только ценная стратегия, позволяющая лучше понять историю и диверсификацию человеческого населения на самой южной оконечности Америки, но это также улучшит представление разнообразия коренных американцев в глобальных базах данных о человеческих вариациях. Здесь мы представляем геномные данные четырех современных популяций из Центрального Южного Чили и Патагонии (n = 61) и четырех древних приморских жителей из Патагонии (~ 1000 лет назад). Как современные, так и древние особи, изученные в этой работе, имеют большую генетическую близость с другими современными коренными американцами, чем с любой неамериканской популяцией, показывая в Южной Америке четкую структуру между основными географическими регионами. Коренные патагонцы из племён Кавескар и Ямана продемонстрировали наибольшую генетическую близость с древними людьми, что свидетельствует о генетической преемственности в регионе в течение последних 1000 лет до настоящего времени, и согласуется с этнической принадлежностью и историческим распределением обеих групп. Наконец, древние приморские обитатели были генетически равноудалены от 200-летнего наземного охотника-собирателя с Огненной Земли, что поддерживает модель с первоначальным отделением группы, предковой для обоих морских популяций, от наземной популяции, с последующей диверсификацией морских групп.

[rozenblatt]

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X17305904

Elucidating recent history by tracing genetic affinity of three 16th century miners from Sweden

Maja Krzewińskaa, Anna Kjellströma, b, , , Ylva Bäckströmc, Anne Ingvarssond, Natalija Kashubaa, Ricardo Rodríguez Varelaa, Linus Girdland-Flinke, Anders Götherströma

https://doi.org/10.1016/j.jasrep.2018.03.035

Highlights
• We use ancient genomics to trace origins of three medieval individuals from Sweden.
• The alleged prisoners of war fell within genetic variation of modern and contemporary Swedes.
• The three non-locals may have originated in southern Sweden.

Abstract

Objectives

Sala Silver Mine in central Sweden was an important manufacturer of silver from at least the 16th till the early 20th century, with production peaking in the 16th, mid 17th and 19th centuries. The job opportunities offered by the mine attracted people to the area resulting in the development of a small township with an associated cemetery in the vicinity of the mining center. People affiliated to the mine were buried on the cemetery for around 150 years. Written sources reveal that common criminal convicts from Sweden-Finland and war prisoners from the numerous wars fought by Sweden during the time were exploited in the mine, and some of them were likely buried on the cemetery. The cemetery has been excavated on several occasions and the recovered human remains were divided into two different groups based on burial custom, demography and biochemical results. One group was believed to contain war prisoners; the aim of this study was to produce and interpret genomic data from these individuals to test if their genetic ancestry is consistent with the hypothesis that they were non-locals.

Materials

Teeth from seven different individuals were sampled for dentine.

Results

Three of the analyzed teeth contained sufficient amounts of endogenous human DNA for the generation of genomic sequence data to a coverage of 0.04, 0.19 and 0.83, respectively.

Discussion

The results show that despite seeming heterogeneity the three individuals grouped within the range of genetic variation of modern and contemporary Swedes, yielding no statistical support to the hypothesis that they were foreign captives. However, due to the lack of contemporary or modern Danish genomic data we cannot refute these individuals originated in Denmark which was suggested as one of possible sources of the 17th century Swedish prisoners of war.

Основные моменты
• Мы используем древнюю геномику, чтобы проследить происхождение трех средневековых людей из Швеции.
• Предполагаемые военнопленные оказываются в пределах генетической изменчивости современных и тогдашних шведов.
• Три не местных жителя, возможно, родом из Южной Швеции.
Резюме
Цели
Серебряный рудник Сала в центральной Швеции была важным производителем серебра, по крайней мере, с 16-го по начало 20-го века, а производство достигло пика в 16-м, середине 17-го и 19-го веков. Возможности трудоустройства, предлагаемые шахтой, привлекали людей в этот район, что привело к возникновению небольшого городка с соответствующим кладбищем вблизи рудника. Людей, связанных с рудником, хоронили на кладбище на протяжении 150 лет. Согласно письменным источникам на рудник ссылались преступники из Швеции и Финляндии и военнопленные с многочисленных войн, которые Швеция вела в то время, и некоторые из них, вероятно, были похоронены на кладбище. Кладбище раскапывалось несколько раз, и найденные человеческие останки были разделены на две группы, на основании погребального обряда, демографии и биохимических результатов. Считалось, что одна группа содержит военнопленных; целью данного исследования было создание и интерпретация геномных данных этих индивидуумов для проверки того, соответствует ли их геном гипотезе о том, что они не являются местными жителями.
Материалы
Для дентина были отобраны зубы семи разных особей.
Результаты
Три из проанализированных зубов содержали достаточное количество эндогенной ДНК человека для генерации данных геномной последовательности с покрытием 0,04, 0,19 и 0,83 соответственно.
Обсуждение
Результаты показывают, что, несмотря на кажущуюся неоднородность, три человека попадают в диапазон генетической вариации современных и тогдашних шведов, не давая статистической поддержки гипотезе о том, что они были иностранными пленниками. Однако из-за отсутствия тогдашних или современных датских геномных данных мы не можем опровергнуть возможность того, что эти люди были из Дании, которая была предложена в качестве одного из возможных источников шведских военнопленных XVII века.

Код: [Выделить]

Sk6866 Sk6990 Sk6994
Возраст 15–19 Средний Молодой
Пол М М М
Покрытие генома 0.04 0.19 0.83
мтДНК U5b2a T2b21b I1a1b
Y-ДНК R1b1a R1b1 I2a2a


[пенелопа]

Часть сообщений перенесла в отдельную тему по соседству.

[rozenblatt]

Что сталось с сталось с сайтом Jean Manco с упорядоченной выборкой палео-днк http://www.ancestraljourneys.org/ancientdna.shtml 
Есть ли полноценная альтернатива 

Jean Manco недавно скончалась, сайт перестал поддерживаться.

[rozenblatt]

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ajpa.23491

The genome of an ancient Rouran individual reveals an important paternal lineage in the Donghu population

Jiawei Li, Ye Zhang, Yongbin Zhao, Yongzhi Chen, A. Ochir, Sarenbilige, Hong Zhu, Hui Zhou

First published: 21 April 2018
https://doi.org/10.1002/ajpa.23491

Abstract

Objectives

Following the Xiongnu and Xianbei, the Rouran Khaganate (Rouran) was the third great nomadic tribe on the Mongolian Steppe. However, few human remains from this tribe are available for archaeologists and geneticists to study, as traces of the tombs of these nomadic people have rarely been found. In 2014, the IA‐M1 remains (TL1) at the Khermen Tal site from the Rouran period were found by a Sino‐Mongolian joint archaeological team in Mongolia, providing precious material for research into the genetic imprint of the Rouran.

Materials and methods

The mtDNA hypervariable sequence I (HVS‐I) and Y‐chromosome SNPs were analyzed, and capture of the paternal non‐recombining region of the Y chromosome (NRY) and whole‐genome shotgun sequencing of TL1 were performed. The materials from three sites representing the three ancient nationalities (Donghu, Xianbei, and Shiwei) were selected for comparison with the TL1 individual.

Results

The mitochondrial haplotype of the TL1 individual was D4b1a2a1. The Y‐chromosome haplotype was C2b1a1b/F3830 (ISOGG 2015), which was the same as that of the other two ancient male nomadic samples (ZHS5 and GG3) related to the Xianbei and Shiwei, which were also detected as F3889; this haplotype was reported to be downstream of F3830 by Wei et al. (2017).

Discussion

We conclude that F3889 downstream of F3830 is an important paternal lineage of the ancient Donghu nomads. The Donghu‐Xianbei branch is expected to have made an important paternal genetic contribution to Rouran. This component of gene flow ultimately entered the gene pool of modern Mongolic‐ and Manchu‐speaking populations.

[asan-kaygy]

Интересные результаты

[asan-kaygy]

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ajpa.23491

The genome of an ancient Rouran individual reveals an important paternal lineage in the Donghu population

Jiawei Li, Ye Zhang, Yongbin Zhao, Yongzhi Chen, A. Ochir, Sarenbilige, Hong Zhu, Hui Zhou

First published: 21 April 2018
https://doi.org/10.1002/ajpa.23491

Abstract

Objectives

Following the Xiongnu and Xianbei, the Rouran Khaganate (Rouran) was the third great nomadic tribe on the Mongolian Steppe. However, few human remains from this tribe are available for archaeologists and geneticists to study, as traces of the tombs of these nomadic people have rarely been found. In 2014, the IA‐M1 remains (TL1) at the Khermen Tal site from the Rouran period were found by a Sino‐Mongolian joint archaeological team in Mongolia, providing precious material for research into the genetic imprint of the Rouran.

Materials and methods

The mtDNA hypervariable sequence I (HVS‐I) and Y‐chromosome SNPs were analyzed, and capture of the paternal non‐recombining region of the Y chromosome (NRY) and whole‐genome shotgun sequencing of TL1 were performed. The materials from three sites representing the three ancient nationalities (Donghu, Xianbei, and Shiwei) were selected for comparison with the TL1 individual.

Results

The mitochondrial haplotype of the TL1 individual was D4b1a2a1. The Y‐chromosome haplotype was C2b1a1b/F3830 (ISOGG 2015), which was the same as that of the other two ancient male nomadic samples (ZHS5 and GG3) related to the Xianbei and Shiwei, which were also detected as F3889; this haplotype was reported to be downstream of F3830 by Wei et al. (2017).

Discussion

We conclude that F3889 downstream of F3830 is an important paternal lineage of the ancient Donghu nomads. The Donghu‐Xianbei branch is expected to have made an important paternal genetic contribution to Rouran. This component of gene flow ultimately entered the gene pool of modern Mongolic‐ and Manchu‐speaking populations.

Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.

[Nimissin]

По аутосомам  образец TL1 оказался близок к современным якутам...

Principal component analysis showed that the ancient TL1 individual
mainly clustered with the East Asia populations, being located closer to
modern Mongola (ethnic Mongols from southern parts of Hulunbuir)
and Yakut than the others (Figure 2). Admixture analysis at K59 (Supporting
Information S7), where we projected the TL1 individual based
on modern reference data, revealed that the TL1 individual was similar
to other East Asia samples predominantly exhibiting a mint green component
and a small amount of violet. In addition, cluster analysis (Figure
3a) generated by Admixture for the TL1 individual and modern Asians
(K53) shown that the Central South Asia populations were mainly
composed of blue group while green group mainly occupied East Asia
samples. The TL1 individual was most similar to Yakut people predominantly
exhibiting red group, followed by Oroqen, Daur, Hezhen, and
Mongola. Using the probabilistic model of population splits and divergence
implemented in TreeMix, we found that the TL1 individual was
very close to the Yakut and Oroqen (Figure 3b). The f3 analyses (Mbuti;
East Asia, ancient), which quantified the amount of shared genetic drift
between the Eastern Asia individuals and the ancient TL1 individual
since they diverged from an African outgroup Mbuti, showed that the
highest amount of shared drift with the TL1 individual came from Oroqen,
followed by Daur (Figure 3c).

[rozenblatt]

Хм, так они полный геном сделали? Похоже я недооценил эту статью.

[zastrug]

Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.

Тюркский каганат?

[Nimissin]

Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.

Тюркский каганат?

В статье опубликованы две датировки:
Peking University, China (cal. AD 590–655) and the University of Cologne, Germany (cal. AD 335–535).
Это радиоуглеродные датировки. Авторы указывают, что абсолютная датировка соответствует периоду Жужаньского каганата:
The absolute chronology of the tomb ranges from
the fourth to sixth centuries AD, which is a time period coinciding with
the Rouran Khan Kingdom on the Mongolian Plateau.
Кроме того, археологи, открывшие погребение, считают его жужаньским на основании раскопанных артефактов.

[asan-kaygy]

Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.

Тюркский каганат?

В статье опубликованы две датировки:
Peking University, China (cal. AD 590–655) and the University of Cologne, Germany (cal. AD 335–535).
Это радиоуглеродные датировки. Авторы указывают, что абсолютная датировка соответствует периоду Жужаньского каганата:
The absolute chronology of the tomb ranges from
the fourth to sixth centuries AD, which is a time period coinciding with
the Rouran Khan Kingdom on the Mongolian Plateau.
Кроме того, археологи, открывшие погребение, считают его жужаньским на основании раскопанных артефактов.

вторую датировку пропустил, Значит Жужани скорее всего

[пенелопа]

Про вирус тут запощу.

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period.


https://www.nature.com/articles/s41586-018-0097-z

Abstract
Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of human hepatitis. There is considerable uncertainty about the timescale of its evolution and its association with humans. Here we present 12 full or partial ancient HBV genomes that are between approximately 0.8 and 4.5 thousand years old. The ancient sequences group either within or in a sister relationship with extant human or other ape HBV clades. Generally, the genome properties follow those of modern HBV. The root of the HBV tree is projected to between 8.6 and 20.9 thousand years ago, and we estimate a substitution rate of 8.04 × 10−6–1.51 × 10−5 nucleotide substitutions per site per year. In several cases, the geographical locations of the ancient genotypes do not match present-day distributions. Genotypes that today are typical of Africa and Asia, and a subgenotype from India, are shown to have an early Eurasian presence. The geographical and temporal patterns that we observe in ancient and modern HBV genotypes are compatible with well-documented human migrations during the Bronze and Iron Ages1,2. We provide evidence for the creation of HBV genotype A via recombination, and for a long-term association of modern HBV genotypes with humans, including the discovery of a human genotype that is now extinct. These data expose a complexity of HBV evolution that is not evident when considering modern sequences alone.