АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 1195695 раз)

Daemon2017 и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1707
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2324/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1605 : 14 Апреля 2018, 03:56:35 »
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X17305904

Elucidating recent history by tracing genetic affinity of three 16th century miners from Sweden

Maja Krzewińskaa, Anna Kjellströma, b, , , Ylva Bäckströmc, Anne Ingvarssond, Natalija Kashubaa, Ricardo Rodríguez Varelaa, Linus Girdland-Flinke, Anders Götherströma

https://doi.org/10.1016/j.jasrep.2018.03.035

Highlights
• We use ancient genomics to trace origins of three medieval individuals from Sweden.
• The alleged prisoners of war fell within genetic variation of modern and contemporary Swedes.
• The three non-locals may have originated in southern Sweden.

Abstract

Objectives

Sala Silver Mine in central Sweden was an important manufacturer of silver from at least the 16th till the early 20th century, with production peaking in the 16th, mid 17th and 19th centuries. The job opportunities offered by the mine attracted people to the area resulting in the development of a small township with an associated cemetery in the vicinity of the mining center. People affiliated to the mine were buried on the cemetery for around 150 years. Written sources reveal that common criminal convicts from Sweden-Finland and war prisoners from the numerous wars fought by Sweden during the time were exploited in the mine, and some of them were likely buried on the cemetery. The cemetery has been excavated on several occasions and the recovered human remains were divided into two different groups based on burial custom, demography and biochemical results. One group was believed to contain war prisoners; the aim of this study was to produce and interpret genomic data from these individuals to test if their genetic ancestry is consistent with the hypothesis that they were non-locals.

Materials

Teeth from seven different individuals were sampled for dentine.

Results

Three of the analyzed teeth contained sufficient amounts of endogenous human DNA for the generation of genomic sequence data to a coverage of 0.04, 0.19 and 0.83, respectively.

Discussion

The results show that despite seeming heterogeneity the three individuals grouped within the range of genetic variation of modern and contemporary Swedes, yielding no statistical support to the hypothesis that they were foreign captives. However, due to the lack of contemporary or modern Danish genomic data we cannot refute these individuals originated in Denmark which was suggested as one of possible sources of the 17th century Swedish prisoners of war.

Основные моменты
• Мы используем древнюю геномику, чтобы проследить происхождение трех средневековых людей из Швеции.
• Предполагаемые военнопленные оказываются в пределах генетической изменчивости современных и тогдашних шведов.
• Три не местных жителя, возможно, родом из Южной Швеции.
Резюме
Цели
Серебряный рудник Сала в центральной Швеции была важным производителем серебра, по крайней мере, с 16-го по начало 20-го века, а производство достигло пика в 16-м, середине 17-го и 19-го веков. Возможности трудоустройства, предлагаемые шахтой, привлекали людей в этот район, что привело к возникновению небольшого городка с соответствующим кладбищем вблизи рудника. Людей, связанных с рудником, хоронили на кладбище на протяжении 150 лет. Согласно письменным источникам на рудник ссылались преступники из Швеции и Финляндии и военнопленные с многочисленных войн, которые Швеция вела в то время, и некоторые из них, вероятно, были похоронены на кладбище. Кладбище раскапывалось несколько раз, и найденные человеческие останки были разделены на две группы, на основании погребального обряда, демографии и биохимических результатов. Считалось, что одна группа содержит военнопленных; целью данного исследования было создание и интерпретация геномных данных этих индивидуумов для проверки того, соответствует ли их геном гипотезе о том, что они не являются местными жителями.
Материалы
Для дентина были отобраны зубы семи разных особей.
Результаты
Три из проанализированных зубов содержали достаточное количество эндогенной ДНК человека для генерации данных геномной последовательности с покрытием 0,04, 0,19 и 0,83 соответственно.
Обсуждение
Результаты показывают, что, несмотря на кажущуюся неоднородность, три человека попадают в диапазон генетической вариации современных и тогдашних шведов, не давая статистической поддержки гипотезе о том, что они были иностранными пленниками. Однако из-за отсутствия тогдашних или современных датских геномных данных мы не можем опровергнуть возможность того, что эти люди были из Дании, которая была предложена в качестве одного из возможных источников шведских военнопленных XVII века.

Sk6866 Sk6990 Sk6994
Возраст 15–19 Средний Молодой
Пол М М М
Покрытие генома 0.04 0.19 0.83
мтДНК U5b2a T2b21b I1a1b
Y-ДНК R1b1a R1b1 I2a2a

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6792
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3014/-15
  • мтДНК: H1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1606 : 16 Апреля 2018, 12:52:40 »
Часть сообщений перенесла в отдельную тему по соседству.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1707
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2324/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1607 : 22 Апреля 2018, 02:15:55 »
Что сталось с сталось с сайтом Jean Manco с упорядоченной выборкой палео-днк http://www.ancestraljourneys.org/ancientdna.shtml  ???
Есть ли полноценная альтернатива  ???

Jean Manco недавно скончалась, сайт перестал поддерживаться.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1707
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2324/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1608 : 24 Апреля 2018, 06:33:36 »
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ajpa.23491

The genome of an ancient Rouran individual reveals an important paternal lineage in the Donghu population

Jiawei Li, Ye Zhang, Yongbin Zhao, Yongzhi Chen, A. Ochir, Sarenbilige, Hong Zhu, Hui Zhou

First published: 21 April 2018
https://doi.org/10.1002/ajpa.23491

Abstract

Objectives

Following the Xiongnu and Xianbei, the Rouran Khaganate (Rouran) was the third great nomadic tribe on the Mongolian Steppe. However, few human remains from this tribe are available for archaeologists and geneticists to study, as traces of the tombs of these nomadic people have rarely been found. In 2014, the IA‐M1 remains (TL1) at the Khermen Tal site from the Rouran period were found by a Sino‐Mongolian joint archaeological team in Mongolia, providing precious material for research into the genetic imprint of the Rouran.

Materials and methods

The mtDNA hypervariable sequence I (HVS‐I) and Y‐chromosome SNPs were analyzed, and capture of the paternal non‐recombining region of the Y chromosome (NRY) and whole‐genome shotgun sequencing of TL1 were performed. The materials from three sites representing the three ancient nationalities (Donghu, Xianbei, and Shiwei) were selected for comparison with the TL1 individual.

Results

The mitochondrial haplotype of the TL1 individual was D4b1a2a1. The Y‐chromosome haplotype was C2b1a1b/F3830 (ISOGG 2015), which was the same as that of the other two ancient male nomadic samples (ZHS5 and GG3) related to the Xianbei and Shiwei, which were also detected as F3889; this haplotype was reported to be downstream of F3830 by Wei et al. (2017).

Discussion

We conclude that F3889 downstream of F3830 is an important paternal lineage of the ancient Donghu nomads. The Donghu‐Xianbei branch is expected to have made an important paternal genetic contribution to Rouran. This component of gene flow ultimately entered the gene pool of modern Mongolic‐ and Manchu‐speaking populations.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9835
  • Страна: kz
  • Рейтинг +975/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1609 : 24 Апреля 2018, 09:16:49 »
Интересные результаты

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9835
  • Страна: kz
  • Рейтинг +975/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1610 : 24 Апреля 2018, 11:58:51 »
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ajpa.23491

The genome of an ancient Rouran individual reveals an important paternal lineage in the Donghu population

Jiawei Li, Ye Zhang, Yongbin Zhao, Yongzhi Chen, A. Ochir, Sarenbilige, Hong Zhu, Hui Zhou

First published: 21 April 2018
https://doi.org/10.1002/ajpa.23491

Abstract

Objectives

Following the Xiongnu and Xianbei, the Rouran Khaganate (Rouran) was the third great nomadic tribe on the Mongolian Steppe. However, few human remains from this tribe are available for archaeologists and geneticists to study, as traces of the tombs of these nomadic people have rarely been found. In 2014, the IA‐M1 remains (TL1) at the Khermen Tal site from the Rouran period were found by a Sino‐Mongolian joint archaeological team in Mongolia, providing precious material for research into the genetic imprint of the Rouran.

Materials and methods

The mtDNA hypervariable sequence I (HVS‐I) and Y‐chromosome SNPs were analyzed, and capture of the paternal non‐recombining region of the Y chromosome (NRY) and whole‐genome shotgun sequencing of TL1 were performed. The materials from three sites representing the three ancient nationalities (Donghu, Xianbei, and Shiwei) were selected for comparison with the TL1 individual.

Results

The mitochondrial haplotype of the TL1 individual was D4b1a2a1. The Y‐chromosome haplotype was C2b1a1b/F3830 (ISOGG 2015), which was the same as that of the other two ancient male nomadic samples (ZHS5 and GG3) related to the Xianbei and Shiwei, which were also detected as F3889; this haplotype was reported to be downstream of F3830 by Wei et al. (2017).

Discussion

We conclude that F3889 downstream of F3830 is an important paternal lineage of the ancient Donghu nomads. The Donghu‐Xianbei branch is expected to have made an important paternal genetic contribution to Rouran. This component of gene flow ultimately entered the gene pool of modern Mongolic‐ and Manchu‐speaking populations.
Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2451
  • Рейтинг +792/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1611 : 24 Апреля 2018, 16:23:42 »
По аутосомам  образец TL1 оказался близок к современным якутам...

Principal component analysis showed that the ancient TL1 individual
mainly clustered with the East Asia populations, being located closer to
modern Mongola (ethnic Mongols from southern parts of Hulunbuir)
and Yakut than the others (Figure 2). Admixture analysis at K59 (Supporting
Information S7), where we projected the TL1 individual based
on modern reference data, revealed that the TL1 individual was similar
to other East Asia samples predominantly exhibiting a mint green component
and a small amount of violet. In addition, cluster analysis (Figure
3a) generated by Admixture for the TL1 individual and modern Asians
(K53) shown that the Central South Asia populations were mainly
composed of blue group while green group mainly occupied East Asia
samples. The TL1 individual was most similar to Yakut people predominantly
exhibiting red group, followed by Oroqen, Daur, Hezhen, and
Mongola. Using the probabilistic model of population splits and divergence
implemented in TreeMix, we found that the TL1 individual was
very close to the Yakut and Oroqen (Figure 3b). The f3 analyses (Mbuti;
East Asia, ancient), which quantified the amount of shared genetic drift
between the Eastern Asia individuals and the ancient TL1 individual
since they diverged from an African outgroup Mbuti, showed that the
highest amount of shared drift with the TL1 individual came from Oroqen,
followed by Daur (Figure 3c).

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1707
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2324/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1612 : 24 Апреля 2018, 22:00:28 »
Хм, так они полный геном сделали? Похоже я недооценил эту статью.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11532
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3220/-51
  • I2b1c(P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FTB32873)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1613 : 25 Апреля 2018, 10:48:17 »
Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.
Тюркский каганат?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2451
  • Рейтинг +792/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1614 : 25 Апреля 2018, 12:33:45 »
Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.
Тюркский каганат?
В статье опубликованы две датировки:
Peking University, China (cal. AD 590–655) and the University of Cologne, Germany (cal. AD 335–535).
Это радиоуглеродные датировки. Авторы указывают, что абсолютная датировка соответствует периоду Жужаньского каганата:
The absolute chronology of the tomb ranges from
the fourth to sixth centuries AD, which is a time period coinciding with
the Rouran Khan Kingdom on the Mongolian Plateau.
Кроме того, археологи, открывшие погребение, считают его жужаньским на основании раскопанных артефактов.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9835
  • Страна: kz
  • Рейтинг +975/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1615 : 25 Апреля 2018, 15:37:15 »
Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.
Тюркский каганат?
В статье опубликованы две датировки:
Peking University, China (cal. AD 590–655) and the University of Cologne, Germany (cal. AD 335–535).
Это радиоуглеродные датировки. Авторы указывают, что абсолютная датировка соответствует периоду Жужаньского каганата:
The absolute chronology of the tomb ranges from
the fourth to sixth centuries AD, which is a time period coinciding with
the Rouran Khan Kingdom on the Mongolian Plateau.
Кроме того, археологи, открывшие погребение, считают его жужаньским на основании раскопанных артефактов.
вторую датировку пропустил, Значит Жужани скорее всего

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6792
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3014/-15
  • мтДНК: H1b
Про вирус тут запощу.

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period.


https://www.nature.com/articles/s41586-018-0097-z

Abstract
Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of human hepatitis. There is considerable uncertainty about the timescale of its evolution and its association with humans. Here we present 12 full or partial ancient HBV genomes that are between approximately 0.8 and 4.5 thousand years old. The ancient sequences group either within or in a sister relationship with extant human or other ape HBV clades. Generally, the genome properties follow those of modern HBV. The root of the HBV tree is projected to between 8.6 and 20.9 thousand years ago, and we estimate a substitution rate of 8.04 × 10−6–1.51 × 10−5 nucleotide substitutions per site per year. In several cases, the geographical locations of the ancient genotypes do not match present-day distributions. Genotypes that today are typical of Africa and Asia, and a subgenotype from India, are shown to have an early Eurasian presence. The geographical and temporal patterns that we observe in ancient and modern HBV genotypes are compatible with well-documented human migrations during the Bronze and Iron Ages1,2. We provide evidence for the creation of HBV genotype A via recombination, and for a long-term association of modern HBV genotypes with humans, including the discovery of a human genotype that is now extinct. These data expose a complexity of HBV evolution that is not evident when considering modern sequences alone.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9835
  • Страна: kz
  • Рейтинг +975/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
три шикарных статьи в один день 9 мая. Удивительно

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9835
  • Страна: kz
  • Рейтинг +975/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Афанасьев Г. Некоторые дополнения к исторической интерпретации новых генетических исследований сармато-аланских образцов // Кавказ в системе культурных связей Евразии в древности и Средневековье. XXX "Крупновские чтения". Карачаевск. 2018. С. 284-289.

https://www.academia.edu/36600821/Афанасьев_Г._Некоторые_дополнения_к_исторической_интерпретации_новых_генетических_исследований_сармато-аланских_образцов_Кавказ_в_системе_культурных_связей_Евразии_в_древности_и_Средневековье._XXX_Крупновские_чтения_._Карачаевск._2018._С._284-289

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6792
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3014/-15
  • мтДНК: H1b
Дискуссия, наверное, будет Выделила в отдельную тему: http://forum.molgen.org/index.php/topic,10931.0.html

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.