Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[asan-kaygy]

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/02/21/science.aao3297

Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski’s horses

    Charleen Gaunitz1,*, Antoine Fages1,2,*, Kristian Hanghøj1,2, Anders Albrechtsen3, Naveed Khan1,4, Mikkel Schubert1, Andaine Seguin-Orlando1,2,5 , Ivy J. Owens6,7, Sabine Felkel8, Olivier Bignon-Lau9, Peter de Barros Damgaard1, Alissa Mittnik10, Azadeh F. Mohaseb11,12, Hossein Davoudi12,13,14, Saleh Alquraishi15, Ahmed H. Alfarhan15, Khaled A. S. Al-Rasheid15, Eric Crubézy2, Norbert Benecke16, Sandra Olsen17, Dorcas Brown18, David Anthony18, Ken Massy19, Vladimir Pitulko20, Aleksei Kasparov20, Gottfried Brem8, Michael Hofreiter21, Gulmira Mukhtarova22, Nurbol Baimukhanov23, Lembi Lõugas24, Vedat Onar25, Philipp W. Stockhammer10,19, Johannes Krause10, Bazartseren Boldgiv26, Sainbileg Undrakhbold26, Diimaajav Erdenebaatar27, Sébastien Lepetz11, Marjan Mashkour11,12,13, Arne Ludwig28 , Barbara Wallner8, Victor Merz29, Ilja Merz29, Viktor Zaibert30, Eske Willerslev1, Pablo Librado1, Alan K. Outram6,†, Ludovic Orlando1,2,†

Science  22 Feb 2018:

DOI: 10.1126/science.aao3297

Abstract

The Eneolithic Botai culture of the Central Asian steppes provides the earliest archaeological evidence for horse husbandry, ~5,500 ya, but the exact nature of early horse domestication remains controversial. We generated 42 ancient horse genomes, including 20 from Botai. Compared to 46 published ancient and modern horse genomes, our data indicate that Przewalski’s horses are the feral descendants of horses herded at Botai and not truly wild horses. All domestic horses dated from ~4,000 ya to present only show ~2.7% of Botai-related ancestry. This indicates that a massive genomic turnover underpins the expansion of the horse stock that gave rise to modern domesticates, which coincides with large-scale human population expansions during the Early Bronze Age.

Энеолитическая Ботайская культура среднеазиатских степей дает самые ранние археологические доказательства для коневодства, ~5500 лет назад, но точный характер раннего одомашнивания лошади остается спорным. Мы секвенировали 42 древних генома лошади, в том числе 20 из Ботая. По сравнению с 46 опубликованными древними и современными лошадиными геномами, наши данные свидетельствуют о том, что лошади Пржевальского являются одичавшими потомками ботайских лошадей, а не по-настоящему дикими лошадьми. Все домашние лошади, датированные от ~ 4000 лет назад до настоящего времени, показывают только 2,7% генетического вклада связанного с ботайскими лошадьми. Это указывает на то, что массовое распространение одомашненных лошадей, которые дали начало современным породам лошадей, было связано с массивным генетическим замещением, который совпал с массовыми миграциями людей в раннем бронзовом веке.


В общем Казахстан - родина лошадей Пржевальского, а вот все современные породы лошадей происходят откуда-то западнее.

Интересные выводы

[Asmat headhunter]

Ботайцы были лютым диким изолятом, поэтому и не поделились секретом доместикации Пржевальского.

[rozenblatt]

Кажись обнаружили неандертальско-денисовского гибрида: https://youtu.be/phZbVFgSjFs?t=43m16s

[rozenblatt]

http://www.pnas.org/content/early/2018/03/06/1717762115

Four millennia of Iberian biomolecular prehistory illustrate the impact of prehistoric migrations at the far end of Eurasia

Cristina Valdiosera, Torsten Günther, Juan Carlos Vera-Rodríguez, Irene Ureña, Eneko Iriarte, Ricardo Rodríguez-Varela, Luciana G. Simões, Rafael M. Martínez-Sánchez, Emma M. Svensson, Helena Malmström, Laura Rodríguez, José-María Bermúdez de Castro, Eudald Carbonell, Alfonso Alday, José Antonio Hernández Vera, Anders Götherström, José-Miguel Carretero, Juan Luis Arsuaga, Colin I. Smith and Mattias Jakobsson

PNAS 2018; published ahead of print March 12, 2018, https://doi.org/10.1073/pnas.1717762115

Significance

The gene pool of modern Europeans was shaped through prehistoric migrations that reached the Western Mediterranean last. Obtaining biomolecular data has been challenging due to poor preservation related to adverse climatic conditions in this region. Here, we study the impact of prehistoric (Neolithic–Bronze Age) migrations in Iberia by analyzing genomic and dietary data, demonstrating that farming practices were introduced by a population genetically distinct from the first farmers in central and northern Europe. After recovering from a founder bottleneck, these first farmers mixed with local hunter-gatherers. Finally, post-Neolithic migrations had a much smaller impact on the Iberian gene pool than they had in other parts of Europe. Stable isotope analysis reveals a homogenous terrestrial diet throughout this period.

Abstract

Population genomic studies of ancient human remains have shown how modern-day European population structure has been shaped by a number of prehistoric migrations. The Neolithization of Europe has been associated with large-scale migrations from Anatolia, which was followed by migrations of herders from the Pontic steppe at the onset of the Bronze Age. Southwestern Europe was one of the last parts of the continent reached by these migrations, and modern-day populations from this region show intriguing similarities to the initial Neolithic migrants. Partly due to climatic conditions that are unfavorable for DNA preservation, regional studies on the Mediterranean remain challenging. Here, we present genome-wide sequence data from 13 individuals combined with stable isotope analysis from the north and south of Iberia covering a four-millennial temporal transect (7,500–3,500 BP). Early Iberian farmers and Early Central European farmers exhibit significant genetic differences, suggesting two independent fronts of the Neolithic expansion. The first Neolithic migrants that arrived in Iberia had low levels of genetic diversity, potentially reflecting a small number of individuals; this diversity gradually increased over time from mixing with local hunter-gatherers and potential population expansion. The impact of post-Neolithic migrations on Iberia was much smaller than for the rest of the continent, showing little external influence from the Neolithic to the Bronze Age. Paleodietary reconstruction shows that these populations have a remarkable degree of dietary homogeneity across space and time, suggesting a strong reliance on terrestrial food resources despite changing culture and genetic make-up.

Генофонд современных европейцев сформировался в результате доисторических миграций, которые достигли Западного Средиземноморья в последнюю очередь. Получение биомолекулярных данных было затруднено из-за плохой сохранности, связанной с неблагоприятными климатическими условиями в этом регионе. Здесь мы изучаем влияние доисторических (Неолит–бронзовый век) миграций в Иберию, анализируя геномные и диетические данные, демонстрируя, что методы ведения сельского хозяйства были введены населением, генетически отличным от первых земледельцев в Центральной и Северной Европе. Оправившись после изначального бутылочного горлышка, эти первые земледельцы смешались с местными охотниками-собирателями. Наконец, пост-неолитические миграции оказали гораздо меньшее влияние на иберийский генофонд, чем в других частях Европы. Аналих стабильных изотопов показывает однородную наземную диету в течение всего этого периода.

Код: [Выделить]

Образец Арх. памятник Покрытие Пол мтДНК Y-ДНК Возраст Классификация
atp002& El Portalón/North 8.71 XY U5b3 H2-P96 4849-4628 Copper Age
atp005 El Portalón/North 0.08 XY J2b1a * 7165-6980 Early Neolithic
atp016& El Portalón/North 12.98 XX X2c2 - 5211-4866 Copper Age
atp019$ El Portalón/North 0.03 XX N1 - 7165-6980 Early Neolithic
atp12-1420& El Portalón/North 2.43 XY H3c I2-M223 4960-4829 Copper Age
c40331 Cueva de los Cuarenta 0.28 XY HV0a I2-Z161 5710-5587 Late Neolithic
esp005 Cueva de los lagos 2.36 XY K1a R1b-DF27 Not C14 Bronze Age
mur Cueva de los Murciélagos 3.33 XY J1c1b1 G2a2-L1259 7245-7025 Early Neolithic
pir001 El Pirulejo/South 0.21 XY K1a13 R1b-M269 Not C14 Bronze Age
por002 El Portalón/North 0.81 XY K1a2b I2-M423 5285-4894 Copper Age
por003# El Portalón/North 0.02 XY J1c1 * 5572-5319 Copper Age
por004 El Portalón/North 0.12 XY K1a I2-M436 5041-4867 Copper Age
san216 San Quílez/North 0.19 XY X2b * 5726-5603 Late Neolithic


[zastrug]

Вот правда, не понимаю, как после таких картинок можно отрицать глобальные ИЕ миграции бронзового века? Какие " анатолийские" и прочие гипотезы?

[falcon16]

Миграции с Причерноморья факт. Как и то что мигранты суть смесь собирателей Поволжья и скотоводов с Кавказа. далее новоявленные кочевники подвергаются в центральной Европе вторичной культурной обработке превратившись в бикеров.
Анатолийская незыблема      http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?s=&showtopic=9300&view=findpost&p=140106

[Asmat headhunter]

Налетели на Европу неизвестные степняки-бронзовики, генов понаставили, а языки свои не сохранили, перешли на ИЕ, баскский и т. д. 

[Yaroslav]

Миграции с Причерноморья факт. Как и то что мигранты суть смесь собирателей Поволжья и скотоводов с Кавказа.

По поводу кавказских скотоводов где можно поподробнее ознакомиться, не подскажете?

[zastrug]

Налетели на Европу неизвестные степняки-бронзовики, генов понаставили, а языки свои не сохранили, перешли на ИЕ, баскский и т. д. 

То есть ИЕ приши в Европу в неолите? И соотвественно  становятся старше на несколько тысячелетий?
Или нет...Охотники-собиратели мезолита это и есть ИЕ?

[zastrug]

далее новоявленные кочевники подвергаются в центральной Европе вторичной культурной обработке превратившись в бикеров.

Не было тогда еще кочевников. Да и не их обрабатывали, а они.

[Asmat headhunter]

То есть ИЕ приши в Европу в неолите?

А неолитический компонент в бронзу не передвигался?
И язык тех же ямников - известен ли?
Анатолийские списки Сводеша не совсем полные, так что датировки ПИЕ в целом по глоттохронологии скорее спекуляция.
Запросто может быть чуть-чуть подревнее.

[rozenblatt]

мтДНК из средневековой Румынии:

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0193578

Maternal DNA lineages at the gate of Europe in the 10th century AD

    Ioana Rusu ,    Alessandra Modi ,    Stefania Vai,    Elena Pilli,    Cristina Mircea,    Claudia Radu,    Claudia Urduzia,    Zeno Karl Pinter,    Vitalie Bodolică,    Cătălin Dobrinescu,    Montserrat Hervella,    Octavian Popescu,    Martina Lari,    David Caramelli,    Beatrice Kelemen

    Published: March 14, 2018
    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0193578

Abstract

Given the paucity of archaeogenetic data available for medieval European populations in comparison to other historical periods, the genetic landscape of this age appears as a puzzle of dispersed, small, known pieces. In particular, Southeastern Europe has been scarcely investigated to date. In this paper, we report the study of mitochondrial DNA in 10th century AD human samples from Capidava necropolis, located in Dobruja (Southeastern Romania, Southeastern Europe). This geographical region is particularly interesting because of the extensive population flux following diverse migration routes, and the complex interactions between distinct population groups during the medieval period. We successfully amplified and typed the mitochondrial control region of 10 individuals. For five of them, we also reconstructed the complete mitochondrial genomes using hybridization-based DNA capture combined with Next Generation Sequencing. We have portrayed the genetic structure of the Capidava medieval population, represented by 10 individuals displaying 8 haplotypes (U5a1c2a, V1a, R0a2’3, H1, U3a, N9a9, H5e1a1, and H13a1a3). Remarkable for this site is the presence of both Central Asiatic (N9a) and common European mtDNA haplotypes, establishing Capidava as a point of convergence between East and West. The distribution of mtDNA lineages in the necropolis highlighted the existence of two groups of two individuals with close maternal relationships as they share the same haplotypes. We also sketch, using comparative statistical and population genetic analyses, the genetic relationships between the investigated dataset and other medieval and modern Eurasian populations.

Учитывая малочисленность археогенетических данных, доступных для средневековых европейских популяций по сравнению с другими историческими периодами, генетический ландшафт этого возраста кажется головоломкой рассеянных, мелких, известных частей. В частности, Юго-Восточная Европа до сих пор практически не изучалась. В этой статье мы сообщаем об исследовании митохондриальной ДНК в останках людей 10-го века н. э. из некрополя Капидава, расположенного в Добрудже (Юго-Восточная Румыния, Юго-Восточная Европа). Этот географический регион особенно интересен из-за большого потока населения, следующего по различным миграционным маршрутам, и сложного взаимодействия между отдельными группами населения в средневековый период. Мы успешно обогатили и типировали контрольный регион  мтДНК у 10 особей. Для пяти из них мы также реконструировали полные митохондриальные геномы с использованием гибридизационного ДНК-захвата в сочетании с секвенированием следующего поколения. Мы получили картину генетической структуры средневековой популяции Капидавы, представленную 10 индивидуумами с 8 гаплотипами (U5a1c2a, V1a, R0a2'3, H1, U3a, N9a9, H5e1a1 и H13a1a3). Примечательным для этого участка является наличие как Центральноазиатских (N9a), так и общеевропейских гаплотипов мтДНК, устанавливающих Капидаву в качестве точки конвергенции между Востоком и Западом. Распределение линий мтДНК в некрополе высветило  существование двух групп из двух лиц с близкими материнскими отношениями, поскольку они имеют одни и те же гаплотипы. С помощью сравнительного статистического и популяционно-генетического анализа мы также очерчиваем генетические связи между исследуемым набором данных и другими средневековыми и современными евразийскими популяциями.

[rozenblatt]

Pleistocene North African genomes link Near Eastern and sub-Saharan African human populations

    Marieke van de Loosdrecht1, Abdeljalil Bouzouggar2,3,*,†, Louise Humphrey4, Cosimo Posth1, Nick Barton5, Ayinuer Aximu-Petri3, Birgit Nickel3, Sarah Nagel3, El Hassan Talbi6, Mohammed Abdeljalil El Hajraoui2, Saaïd Amzazi7, Jean-Jacques Hublin3, Svante Pääbo3, Stephan Schiffels1, Matthias Meyer3, Wolfgang Haak1,†, Choongwon Jeong1,*,†, Johannes Krause1,*,†

Science  15 Mar 2018

DOI: 10.1126/science.aar8380

Abstract

North Africa is a key region for understanding human history, but the genetic history of its people is largely unknown. We present genomic data from seven 15,000-year-old modern humans from Morocco, attributed to the Iberomaurusian culture. We find a genetic affinity with early Holocene Near Easterners, best represented by Levantine Natufians, suggesting a pre-agricultural connection between Africa and the Near East. We do not find evidence for gene flow from Paleolithic Europeans into Late Pleistocene North Africans. The Taforalt individuals derive one third of their ancestry from sub-Saharan Africans, best approximated by a mixture of genetic components preserved in present-day West and East Africans. Thus, we provide direct evidence for genetic interactions between modern humans across Africa and Eurasia in the Pleistocene.

Северная Африка является ключевым регионом для понимания истории человечества, но генетическая история её населения в значительной степени неизвестна. Мы представляем геномные данные семи 15 000-летних из Марокко, относящихся к иберо-мавританской культуре. Мы находим генетическую близость с раннеголоценовыми жителями Ближнего Востока, лучше всего представленными левантийскими натуфийцами, что позволяет предположить наличие донеолитических связей между Африкой и Ближним Востоком. Мы не находим доказательств потока генов от палеолитических европейцев к северным африканцам позднего плейстоцена. Индивидуумы из Тафоральта на одну треть состоят из генетического компонента представленного африканцами к югу от Сахары, которая наилучшим образом может быть представлена как смесь генетических компонентов, сохранившихся в современных западных и восточных африканцах. Таким образом, мы предоставляем прямые доказательства генетических взаимодействий между современными людьми в Африке и Евразии в плейстоцене.

Код: [Выделить]

Sample mtDNA Y-DNA
TAF009 U6a6b E1b1b1a1b1
TAF010 U6a7b E1b1b1a1
TAF011 U6a7 E1b1b1a1
TAF012 U6a7
TAF013 U6a7b E1b1b1a1
TAF014 M1b E1b1b1a1
TAF015 U6a1b E1b1b


[Yaroslav]

Pleistocene North African genomes link Near Eastern and sub-Saharan African human populations

Пресса уже оповестила.

В Марокко нашли древнейшие следы ДНК Homo sapiens в Африке

Я так понимаю, возрастной рекорд дДНК по Африке.

[falcon16]

Миграции с Причерноморья факт. Как и то что мигранты суть смесь собирателей Поволжья и скотоводов с Кавказа.

По поводу кавказских скотоводов где можно поподробнее ознакомиться, не подскажете?

У Давидски-Поляко была ссылка на этих "кавказцев" с производящей экономикой в районе Нижней Волги. ближневосточный скот на ямников не с неба свалился http://eurogenes.blogspot.ru/2017/09/two-starkly-different-neolithic.html

Шнуровики также ассимиленцы-приобщенцы более ранних и развитых культур центральной европы. горшки да боевыми топоры более примитивные подделки предыдущих аналогов.   http://www.balto-slavica.org/forum/index.php?showtopic=12584&p=300490