Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[AlexanderK]

летом выйдут данные ПалеоДнк   54 образцов из Армении начиная с Неолита!

Будут и Y и аутосомы, или только мито?

Боюсь что только мито - именно на них делали упор армянские админы когда призывали всех апгрейдиться до mtFull: Мол скоро многие узнают всю правду о своих прабабушках

[Semargl]

ПАЛЕОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ НОСИТЕЛЕЙ ПАЗЫРЫКСКОЙ КУЛЬТУРЫ ИЗ МОГИЛЬНИКА АК-АЛАХА-1 (ГОРНЫЙ АЛТАЙ)
А.С. Пилипенко, Р.О. Трапезов, Н.В. Полосьмак

<...>

P.S. Сама статья недоступна в электронном виде (видимо), о тех кого тестировали немного написано здесь (Амазонка Укока «поменяла» пол.) http://scfh.ru/news/amazonka-ukoka-pomenyala-pol-novye-dannye-paleogeneticheskikh-issledovaniy-nositeley-pazyrykskoy-kul/ http://scfh.ru/papers/drugaya-arkheologiya-pazyrykskaya-kultura-momentalny/

Жаль что статьи нет в открытом доступе. Всё-таки это одна из немногих российских групп, которые занимаются древней ДНК.

Не знаю разбирали или нет. Провел поиск по базе по имеющимся STR маркерам из этой работы. Практически уверен на 100% что эти два образца принадлежат к субкладу N1b-P43-A (вероятно VL67+). В полных совпаденцах несколько татар, туркмен-кипчак и турок. Немного подальше тоже татары, венгр и монгол.

[Kambic]

На перекрытии склепа с мумией знатной женщины находилась еще одна погребальная камера с двумя погребенными, сложенная из плах, перекрытых каменными плитами. Затылочная часть черепа погребенного мужчины была пробита ударом, явившимся, очевидно, причиной его смерти.

[rozenblatt]

Выложены тезисы докладов принятых оргкомитетом для рассмотрения и составления окончательной программы V(XXI) Всероссийского археологического съезда: http://konf.asu.ru/archeo/?page=%D1%81ollection&char=%D0%90

Из них к палеогенетике относятся следующие:

 А.А. Журавлев1,2, А.С. Пилипенко1,2,3, В.И. Молодин2,3, Д.В. Папин2,4, Д.В. Поздняков2, Р.О. Трапезов1,2

1Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН, 2Институт археологии и этнографии СО РАН, 3Новосибирский государственный университет, Новосибирск; 4Алтайский государственный университет, Барнаул

ГЕНОФОНД мтДНК И Y-ХРОМОСОМЫ АНДРОНОВСКОГО И ПОСТАНДРОНОВСКОГО НАСЕЛЕНИЯ ЮЖНОЙ СИБИРИ

Работа выполнена при поддержке гранта Министерства образования и науки РФ (постановление №220), полученного Алтайским государственным университетом (договор №14.Z50.31.0010, проект «Древнейшее заселение Сибири: формирование и динамика культур на территории Северной Азии»)

Миграция носителей андроновской культуры на территорию Южной Сибири была одним из ключевых событий, определивших характер этнокультурных процессов в регионе как непосредственно в 1-й половине II тысячелетия до н.э., так и в последующие периоды эпохи бронзы. Исследование серий древних индивидов методами палеогенетики открывает принципиально новые возможности для реконструкции популяционно-генетических последствий миграции носителей андроновской культуры на юг Сибири.

В рамках данной работы проведено масштабное исследование локальных групп населения юга Сибири андроновского и постандроновского времени. В качестве основных моделей были выбраны группы населения андроновского времени из Барнаульского Приобья (могильник Фирсово-XIV) и Барабинской лесостепи (могильник Тартас-1), а также ряд синхронных групп с других территорий (Минусинская и Кузнецкая котловины). Исследование включало анализ разнообразия вариантов митохондриальной ДНК (мтДНК) и Y-хромосомы.

Полученные генетические результаты показали, что андроновская серия из могильника Фирсово-XIV демонстрирует состав генетических вариантов, свойственный мигрантам, в неизменном или незначительно измененном виде. Об этом свидетельствует сильное доминирование западно-евразийских вариантов мтДНК и присутствие вариантов гаплогруппы R1a1 Y-хромосомы, характерных для андроновского населения.

Население андроновского времени, сформировавшее могильник Тартас-1, демонстрирует смешанный состав. В генофонде мтДНК присутствуют как варианты, которые могли быть привнесены в регион носителями андроновской культуры (гаплогруппа T и другие западно-евразийские кластеры), так и восточно-евразийские варианты, привнесенные в генофонд популяции автохтонным населением региона (гаплогурппы A, C, D и другие). Эти результаты коррелируют с наличием на могильнике Тартас-1 синкретичных комплексов, отражающих процессы культурного взаимодействия мигрантов и предшествовавшего им населения Барабы. Следует отметить, что в генофонде мтДНК группы из могильника Тартас-1 существенно доминируют именно компоненты автохтонного происхождения. Полученные к настоящему времени результаты по Y-хромосоме свидетельствуют, что вклад мигрантов в состав мужского генофонда был более существенным. Таким образом, участие женского и мужского компонентов пришлого и автохтонного населения в процессах этнокультурного взаимодействия могло существенно отличаться.

Результаты исследования генофонда мтДНК населения эпохи поздней бронзы свидетельствует об участии в их формировании как пришлых носителей андроновской культуры, так и локальных групп автохтонного доандроновского населения в различном соотношении, что коррелирует с данными археологии и физической антропологии.


А.С. Пилипенко1,2,3, С.В. Черданцев1,2, Н.В. Полосьмак2, В.И. Молодин2,3,
Р.О. Трапезов1,2, М.А. Балабанова4, А.А. Журавлев1,2, Д.В. Поздняков2

1Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН,
2Институт археологии и этнографии СО РАН,
3Новосибирский государственный университет, Новосибирск;
4Волгоградский государственный университет, Волгоград

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИСТОРИЯ РАННИХ КОЧЕВНИКОВ ЮЖНОЙ СИБИРИ И СОПРЕДЕЛЬНЫХ РЕГИОНОВ ЕВРАЗИИ (скифское и гунно-сарматское время)

Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (проект №14-50-00036)

С 1-й половины I тыс. до н.э. на обширных пространствах евразийского степного пояса происходит формирование многочисленных групп ранних кочевников. Эти группы доминировали в Центральной Евразии и сопредельных регионах на протяжении скифского и гунно-сарматского времени, а их потомки оказали существенное влияние на этнокультурные и демографические процессы в последующие периоды, вплоть до формирования генетического состава современного коренного населения многих регионов Евразии. Южная Сибирь и прилегающие территории Центральной Азии являлись одним из важных центров становления и развития ранних кочевников. Наш коллектив осуществляет масштабное исследование структуры генофонда ранних кочевников скифского и гунно-сарматского времени из различных районов Южной Сибири. Наиболее репрезентативные серии индивидов исследованы для пазырыкской культуры Горного Алтая, тагарской культуры Минусинской котловины, хунну Забайкалья. Небольшие серии индивидов исследованы для других этнокультурных групп рассматриваемых периодов. В качестве сравнительного материала мы использовали собственные данные о структуре генофонда мтДНК сарматов Нижнего Поволжья и литературные данные о генетическом составе населения скифского и гунно-сарматского времени из западных районов евразийского степного пояса. Генетическая структура популяций оценивалась по составу генофонда митохондриальной ДНК (мтДНК) и Y-хромосомы. Суммарно нами выполнено исследование более 300 образцов мтДНК и более 50 образцов Y-хромосомы.

Полученные результаты свидетельствуют, что локальные группы населения Южной Сибири скифского времени сформировались незави симо от синхронных групп ранних кочевников из западных районов степного пояса Евразии. В состав их генофонда вошли компоненты как западноевразийского, так и восточноевразийского происхождения.

Западно-евразийские компоненты, по-видимому, были привнесены в Южную Сибирь с миграционными волнами в эпоху бронзы. Важно отметить, что группы ранних кочевников скифского времени из разных районов степного пояса демонстрируют высокое сходство по структуре генофонда мтДНК. При этом структура генофонда Y-хромосомы, вероятно, отличается более существенно. Среди современных коренных популяций наибольшее сходство с населением Южной Сибири скифского времени демонстрируют некоторые тюркоязычные группы.

Хунну Забайкалья демонстрируют принципиально отличающуюся структуру генофонда мтДНК, в частности резкое доминирование восточноевразийских вариантов центральноазиатского происхождения. Генофонд хунну сближает их с группами современного монголоязычного населения исследуемого региона. Распространение влияния хунну за пределы основного ареала в некоторых регионах сопровождалось их генетическим влиянием (Тува), а в других регионах, по-видимому, носило преимущественно политический и культурный характер (Горный Алтай, Минусинская котловина).



Ф.С. Шарко1, Е.С. Булыгина2, С.В. Цыганкова2, А.Д. Резепкин3, А.В. Недолужко2

1Институт биоинженерии, ФИЦ Биотехнологии РАН,
2НИЦ «Курчатовский институт», Москва;
3Институт истории материальной культуры РАН, Санкт-Петербург

АНАЛИЗ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК, ВЫДЕЛЕННОЙ ИЗ ЧЕЛОВЕЧЕСКИХ ОСТАНКОВ ДОЛЬМЕННОГО ПАМЯТНИКА ШУШУК

Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (проект №15-36-20172 «Уточнение гипотез возникновения мегалитических сооружений на Северном Кавказе, используя современные методы геномики»). Работа выполнена с использованием оборудования ресурсного центра молекулярной и клеточной биологии НИЦ «Курчатовский институт»

Конец неолита и начало бронзового века – ключевое время в истории заселения Северного Кавказа. Хотя археологические данные предполагают несколько гипотез, объясняющих возможные варианты человеческих миграций в этот регион, исследования генетических особенностей населения постнеолитического Кавказа к настоящему времени весьма ограничены [Недолужко и др., 2014, с. 34–39; Sokolov et al., 2016, p. 138–144].

Данная работа направлена на изучение генетических источников происхождения мегалитических сооружений на Северном Кавказе: выяснение происхождения дольменов (1-я половина II тыс. до н.э.), раскопанных в могильнике Шушук (Майкопский район, Республика Адыгея) Майкопской археологической экспедицией [Резепкин, 2013, с. 119–120].

В качестве основного подхода был использован один из методов современной археологической генетики – анализ митохондриальной ДНК. Работы по выделению древней ДНК проводились в специально оборудованной чистой зоне Межинститутского сектора молекулярной палеогенетики ФИЦ Институт Цитологии и Генетики СО РАН с соблюдением всех необходимых для подобных экспериментов условий. В частности, были использованы комплекты спецодежды для чистых помещений, проводилась обработка рабочих поверхностей и приборов реагентом DNAAWAY (ThermoFisherScientific, США) и ультрафиолетом, на всех стадиях эксперимента присутствовали контрольные образцы, кроме того, анализировалась ДНК у всех сотрудников, осуществлявших работы в палеогенетической лаборатории.

Для анализа использовали 15 образцов (человеческие зубы), извлеченных из 4 дольменов могильного комплекса Шушук. Выделение ДНК из зубов проводили по стандартной методике с небольшими модификациями[Orlando et al., 2009, p. 21754–21759]. В итоге, древнюю ДНК удалось выделить из десяти образцов. Для амплификации участков D-петли митохондриальной ДНК (мтДНК) использовали праймерные системы, предложенные ранее [Sampietro et al., 2005. p. 535–548] и разработанные авторами исследования. Последовательность полученных ПЦР-фрагментов (длиной от 90 до 150 п.н.), покрывающих участок D-петли мтДНК, прочитывали, используя секвенатор ABI 3730 × l (ThermoFisherScientific, США).

Последовательности ДНК анализировали и выравнивали при помощи программы BioEdit, а программа mtDNAprofiler позволила получить список нуклеотидных отличий от референсной мтДНК (rCRS), который затем был использован для определения митохондриальных гаплотипов людей, захороненных в могильнике Шушук (применялась программа HaploGrep [Weissensteiner et al., 2016, w. 58–63]) (табл.).

Митохондриальные гаплогруппы, характерные для древних людей, обнаруженных в дольменах могильника Шушук, который относят к позднебронзовому периоду, отличаются от описанных нами ранее для представителей майкопской и новосвободненской культур [Недолужко и др., 2014, с. 34–39; Sokolov et al., 2016, p. 138–144]. В проанализированных образцах преобладает гаплотип R7a'b, что предполагает родство (по материнской линии) между людьми, принадлежащими к позднебронзовой мегалитической культуре и захороненными в дольменах могильника Шушук.

Более того, гаплотип R7 широко представлен у современного населения Индостана, в то время как выявленная нами гаплогруппа J1 встречается у коренного населения Республики Адыгея, так же как и родственная R7 гаплогруппа R1 [Chaubey et al., 2008]. Окончательный ответ о генетическом наследии Адыгеи может предоставить полногеномный анализ древних людей, захороненных в могильнике Шушук, и сравнение этих генетических данных с этногенетическими картами, построенными для современного населения Евразии.

Анализ данных глубокого севенирования (NGS) исследованных образцов не выявил патогенных бактерий и вирусов (в качестве референса взяли все полные геномы бактерий и вирусов представленные в базе NCBI на 13.12.2016). Нами были обнаружены лишь геномные последовательности микроорганизмов, населяющих почвы.

Антропологический материал из могильника Шушук:
митохонриальные гаплотипы древних людей

Код: [Выделить]

Номер образца Источник Митохондриальный гаплотип
1 Дольмен №5 J1b1a1
2 Дольмен №5, скелет №2 U5a1b1
3 Дольмен №5, скелет №5 R7a'b
4 Дольмен №6 R7a'b
5 Дольмен №6 R7a'b
6 Дольмен №6, скелет №2 R7a'b
7 Дольмен №9 M8/N
8 Дольмен №9, скелет №2 G1b
9 Дольмен №10 R7a'b
10 Дольмен №10 R7a'b

[Kambic]

There are only 10 mitogenomes in this paper that are older than or contemporaneous with the Yamnaya culture of Eastern Europe (Neolithic to Early Bronze Age). But it's pretty clear that the sampled ancient groups could not have contributed maternal ancestry to the Yamnaya people, because most of their mtDNA haplogroups and/or subclades look unusual in the context of the mtDNA diversity of Eneolithic/Bronze Age steppe groups (bolded results below). For more on the controversy surrounding the "southern" ancestry in Yamnaya, see here and here.

H2+152 5900-5600 BC
H15a1 5900-5600 BC
I1 5925-5717 BC
U8b1a1 4486-4320 BC
K3 3000-2800 BC
R1a1 3000-2800 BC
J1b1b1 3000-2800 BC
K3 3039-2864 BC
H14b2 3449-3091 BC
T1 3500-3200 BC

[Kambic]

Авторы предположили, что поскольку парсы покинули Иран до исламского нашествия, они должны были сохранить генетическую структуру иранцев до исламизации. Эту гипотезу удалось подтвердить с привлечением данных по древней иранской ДНК. Результаты по нескольким видам анализа показали значительную степень генетического сходства между парсами и неолитическим населением иранского Загроса. На древних иранцев парсы генетически больше похожи, чем на современных.
http://xn--c1acc6aafa1c.xn--p1ai/?page_id=27606

[Fire]

Авторы предположили, что поскольку парсы покинули Иран до исламского нашествия, они должны были сохранить генетическую структуру иранцев до исламизации. Эту гипотезу удалось подтвердить с привлечением данных по древней иранской ДНК. Результаты по нескольким видам анализа показали значительную степень генетического сходства между парсами и неолитическим населением иранского Загроса. На древних иранцев парсы генетически больше похожи, чем на современных.
http://xn--c1acc6aafa1c.xn--p1ai/?page_id=27606

У Зорастрийцев мало EHG(Восточно-Европейского Ох.Соб.) по сравнению с Мусульманами Иранцами
у некоторых Зорастрийцев даже отсутствует EHG и они довольно похожи на Халколитических Иранцев

[rozenblatt]

Интересно а сами Y и Mt гаплотипы в оригинале статьи почему опять не указали? Или все таки были?

Вы про зороастрийцев? В дополнительных материалах к статье есть:

Код: [Выделить]

Pakistan Parsi * N= 90
E-M123 0.056
G2-P15 0.011
H1-M52 0.022
J2a-M410 0.389
L-M20 0.033
L-M27 0.011
L-M317 0.133
R-M207 0.011
R1-M173 0.044
R1a-M17 0.078
R2-M124 0.211


Indian Parsi (pool 1) N=46
E-M123 0.022
G-U2 0.022
H1a-M2972 0.022
J2a-M410 0.304
J2b-Z1827 0.043
L-M20 0.022
L-M27 0.022
L-M317 0.152
P-M45 0.022
R1a-M417 0.087
R1a-M634 0.130
R1-M173 0.043
R2a-P267 0.109


Indian Parsi (pool 2) N=38
E-YAP 0.105
G-M201 0.026
J-12f2 0.026
J2-M12 0.079
J2-M410 0.289
K-M9 0.026
L-M20 0.237
P 0.053
R1a-M17 0.132
R1-M173 0.026

[сармат]

Код: [Выделить]

Pakistan Parsi * N= 90
E-M123 0.056
G2-P15 0.011
H1-M52 0.022
J2a-M410 0.389
L-M20 0.033
L-M27 0.011
L-M317 0.133
R-M207 0.011
R1-M173 0.044
R1a-M17 0.078
R2-M124 0.211


Indian Parsi (pool 1) N=46
E-M123 0.022
G-U2 0.022
H1a-M2972 0.022
J2a-M410 0.304
J2b-Z1827 0.043
L-M20 0.022
L-M27 0.022
L-M317 0.152
P-M45 0.022
R1a-M417 0.087
R1a-M634 0.130
R1-M173 0.043
R2a-P267 0.109


Indian Parsi (pool 2) N=38
E-YAP 0.105
G-M201 0.026
J-12f2 0.026
J2-M12 0.079
J2-M410 0.289
K-M9 0.026
L-M20 0.237
P 0.053
R1a-M17 0.132
R1-M173 0.026

Во всех трех группах парсов доминирует J2a M410. 

В особенности у парсов Пакистана.

[rozenblatt]

Ну в самой статье исследована 1) не особо древняя ДНК(15 век) и 2) только мтДНК:

Код: [Выделить]

SN1    M3
SN2    HV
SN3    M3
SN4    X
SN11    X
SN12    U7
SN13    R5
SN14    U7
SN15    M5
SN16    T
SN5    T2
SN6    U
SN7    M2
SN8    R2
SN9    R0
SN10    M3
SN17    U7
SN19    M3
SN18    M3
SN20    M5
SN21    M3
А из других статей они сравнивали с дДНК из Ирана.

[LM1979]

Какая это  древность если возраст их переселения 7 век .Таких и в Иране наскребут не мало .

[Farroukh]

Какая это  древность если возраст их переселения 7 век .

Не седьмой, а десятый век и позже.

[rozenblatt]

Ещё один денисовский зуб: http://advances.sciencemag.org/content/3/7/e1700186

A fourth Denisovan individual

Viviane Slon1,*, Bence Viola2,3,4, Gabriel Renaud1, Marie-Theres Gansauge1, Stefano Benazzi3,5, Susanna Sawyer1, Jean-Jacques Hublin3, Michael V. Shunkov4,6, Anatoly P. Derevianko4,7, Janet Kelso1, Kay Prüfer1, Matthias Meyer1 and Svante Pääbo1

Science Advances 07 Jul 2017:

DOI: 10.1126/sciadv.1700186

Abstract

The presence of Neandertals in Europe and Western Eurasia before the arrival of anatomically modern humans is well supported by archaeological and paleontological data. In contrast, fossil evidence for Denisovans, a sister group of Neandertals recently identified on the basis of DNA sequences, is limited to three specimens, all of which originate from Denisova Cave in the Altai Mountains (Siberia, Russia). We report the retrieval of DNA from a deciduous lower second molar (Denisova 2), discovered in a deep stratigraphic layer in Denisova Cave, and show that this tooth comes from a female Denisovan individual. On the basis of the number of “missing substitutions” in the mitochondrial DNA determined from the specimen, we find that Denisova 2 is substantially older than two of the other Denisovans, reinforcing the view that Denisovans were likely to have been present in the vicinity of Denisova Cave over an extended time period. We show that the level of nuclear DNA sequence diversity found among Denisovans is within the lower range of that of present-day human populations.

Open Access

[нн]

Torsten Günther et al., Genomics of Mesolithic Scandinavia reveal colonization routes and high-latitude adaptation
doi: https://doi.org/10.1101/164400

Scandinavia was one of the last geographic areas in Europe to become habitable for humans after the last glaciation. However, the origin(s) of the first colonizers and their migration routes remain unclear. We sequenced the genomes, up to 57x coverage, of seven hunter-gatherers excavated across Scandinavia and dated to 9,500-6,000 years before present. Surprisingly, among the Scandinavian Mesolithic individuals, the genetic data display an east-west genetic gradient that opposes the pattern seen in other parts of Mesolithic Europe. This result suggests that Scandinavia was initially colonized following two different routes: one from the south, the other from the northeast. The latter followed the ice-free Norwegian north Atlantic coast, along which novel and advanced pressure-blade stone-tool techniques may have spread. These two groups met and mixed in Scandinavia, creating a genetically diverse population, which shows patterns of genetic adaptation to high latitude environments. These adaptations include high frequencies of low pigmentation variants and a gene-region associated with physical performance, which shows strong continuity into modern-day northern Europeans. Finally, we were able to compute a 3D facial reconstruction of a Mesolithic woman from her high-coverage genome, giving a glimpse into an individual's physical appearance in the Mesolithic.

Individual Calibrated date (cal BP, 2 sigma) Genome coverage mt coverage Sex mt haplogroup Y haplogroup
Hum1 9452-9275$ 0.71 597 XX U5a1 -
Hum2 9452-9275$ 4.05 432 XY U5a1d I2
Steigen 5950-5764 1.24 277 XY U5a1d I2a1b
SF9 9300-8988 1.15 93 XX U4a2 -
SF11 9023-8760 0.10 45 XY U5a1 *
SF12 9033-8757 57.79 9774 XX U4a1 -
SBj 8963-8579 0.43 102 XY U4a1 I2

 

[сармат]

Individual Calibrated date (cal BP, 2 sigma) Genome coverage mt coverage Sex mt haplogroup Y haplogroup
Hum1 9452-9275$ 0.71 597 XX U5a1 -
Hum2 9452-9275$ 4.05 432 XY U5a1d I2
Steigen 5950-5764 1.24 277 XY U5a1d I2a1b
SF9 9300-8988 1.15 93 XX U4a2 -
SF11 9023-8760 0.10 45 XY U5a1 *
SF12 9033-8757 57.79 9774 XX U4a1 -
SBj 8963-8579 0.43 102 XY U4a1 I2

Интересно, одни U5a1, U4a1, U4a2.  Вроде столько много еще ни где не находили.