Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[rozenblatt]

про Иранский мезолит ничего не слышно?
(про Майкоп вообще молчу...)

Нет. Я недавно в блоге у Davidski спрашивал, мне сказали написать e-mail самому Пинхаси.

[Vernyj]

про Иранский мезолит ничего не слышно?
(про Майкоп вообще молчу...)

Нет. Я недавно в блоге у Davidski спрашивал, мне сказали написать e-mail самому Пинхаси.

Вообще, они там столько сил тратят на всяких там 400000 летних неандерталов от которых ни жарко ни холодно, а на более актуальные палеотесты нет.

Вообще, я давно считаю что пора им завести общую базу данных где бы они выкладывали результаты палеотестирования так же как и при обычном тестировании современных людей, а уже потом писать всякие научные статьи с обзором результатов. А то понимаете, представляете если бы и сейчас для каждого тестированного вначале бы писали научные статьи, а потом бы сообщали ему результаты! Так этак чрез пару лет.

[rozenblatt]

Ну вкусы у людей разные, меня вот например очень интересуют неандертальцы и денисовцы.

А вообще, я так понял Паабо не очень интересуется современными людьми. Собственно поэтому для изучения палеогенетики последних 15 000 лет создали отдельный Институт науки о человеческой истории во главе с Йоханнесом Краузе.

[Vernyj]

Ну вкусы у людей разные, меня вот например очень интересуют неандертальцы и денисовцы.

Понимаю.

Неандертальцы это тупиковая ветвь, побочная, параллельная, малоотносящаяся к нашей ветви. Меня больше интересуют кроманьонцы и вообще история сапиенсов. Надежд нет, но вот если бы протестировали австралопитека я бы больше заинтересовался, чем неандертальцем, ведь он реально может помочь в отношении понимания процессов эволюции и происхождения человека из "обезьяны", в отличии от неандертальского.
Просто, по мне так, потраченные усилия на исследования кроманьонцев более плодотворны для понимания процессов относящихся к нашим дням. По мне, геном человека 5000 летней давности на порядки интереснее чем геном неандертала 500000 летней давности.

[Fire]

Меня вот больше интересуют протестированые из времён когда уже есть писменость особенно если это время расшифрованой писмености, тоесть из времен Исторических, Античных Исторических.
Хеттов, Хаттов, Лувийцев, Этрусков, Ахейцев, Дорийцев, Эламитов, Мидян, Урартийцев, Ишкуза-Скифов, Персов, Причерноморских и Кавказских Скифов, Саков Сакасены(границы Ирана Азербайджана), Саков Систана, Саков-Скифов Амургов(Туркменистан? Узбекистан?) , Аримаспов(Алтай) Массагетов(Казахстан) Фиссагетов(Волга), Исседонов( южное Зауралье) Будинов(Северный Дон) итд

Из доисторических времён наверно в первую очередь меня интересуют Кобанская потому что они до Скифов, и Майкопская потому что они самые ранние эпохи Бронзы.

[rozenblatt]

http://onlinelibrary.wiley.com/enhanced/doi/10.1002/ajpa.22960/

Successful enrichment and recovery of whole mitochondrial genomes from ancient human dental calculus

ABSTRACT
Objectives

Archaeological dental calculus is a rich source of host-associated biomolecules. Importantly, however, dental calculus is more accurately described as a calcified microbial biofilm than a host tissue. As such, concerns regarding destructive analysis of human remains may not apply as strongly to dental calculus, opening the possibility of obtaining human health and ancestry information from dental calculus in cases where destructive analysis of conventional skeletal remains is not permitted. Here we investigate the preservation of human mitochondrial DNA (mtDNA) in archaeological dental calculus and its potential for full mitochondrial genome (mitogenome) reconstruction in maternal lineage ancestry analysis.
Materials and Methods

Extracted DNA from six individuals at the 700-year-old Norris Farms #36 cemetery in Illinois was enriched for mtDNA using in-solution capture techniques, followed by Illumina high-throughput sequencing.
Results

Full mitogenomes (7–34×) were successfully reconstructed from dental calculus for all six individuals, including three individuals who had previously tested negative for DNA preservation in bone using conventional PCR techniques. Mitochondrial haplogroup assignments were consistent with previously published findings, and additional comparative analysis of paired dental calculus and dentine from two individuals yielded equivalent haplotype results. All dental calculus samples exhibited damage patterns consistent with ancient DNA, and mitochondrial sequences were estimated to be 92–100% endogenous. DNA polymerase choice was found to impact error rates in downstream sequence analysis, but these effects can be mitigated by greater sequencing depth.
Discussion

Dental calculus is a viable alternative source of human DNA that can be used to reconstruct full mitogenomes from archaeological remains. Am J Phys Anthropol, 2016. © 2016 The Authors American Journal of Physical Anthropology Published by Wiley Periodicals, Inc.

В статье рассказывается о получении древней мтДНК из зубного камня:

Зубной камень — отвердевший зубной налёт, образующийся на поверхности зубов. Зубной камень достаточно тёмный, что объясняется тем, что в его состав входят остатки пищи, отмершие клетки, бактерии, соли фосфора, железа и кальция.

Оказалось что зубной камень - очень хороший источник дДНК, не уступающий костям и зубам. Кроме того, в отличие от костей или зубов, формально он не относится к останкам человека, поэтому анализ зубного камня можно применять в тех случаях, когда непосредственно останки человека крайне нежелательно разрушать.

В работе исследовались погребения индейцев 700-летней давности из Иллинойса, обнаруженные мтДНК: A2f1, D1, B2, A2f1, A2+(64)+@153, B2

[Mich Glitch]

Отличная новость. Слава богу, раньше ни отбеливаний зубов, ни регулярных походов к дантисту для чистки не было.     

[Шад]

Back in December The Guardian published an article saying that ancient DNA results from the Harappan site of Rakhigarhi, northern India, "may come within weeks" (see here).

I'm guessing now that it was just a slow news day feature, because we've seen nothing since, and the Korean team entrusted with doing the paleogenomics work has just come back from another dig at Rakhigarhi (see here). Best case scenario, it'll take them months to process the remains, analyze the DNA, and get something published.

On a more positive note, National Geographic is now backing the effort, I'm guessing with funds and/or equipment, which might mean more sophisticated outcomes, like hopefully a few full genomes.

My lab performed excavation in Rakhigarhi/India for Feb 19 to Mar 8 (Hong JH); Mar 4 to Mar 13 (Shin DH), 2016. The excavation is supported by National Geographic Foundation.

...

As regards our plans for the relevant human remains, they will be collected via a procedure specifically designed to minimize contamination by modern DNA. They will then be moved to and maintained at Deccan College. Subsequent anthropological analyses will proceed as follows: 1) gross anthropological study (determination of sex and age, identification of any pathological signs in bones, forensic investigation for race determination, etc.); 2) paleoparasitological study (analysis of soil sediments on hipbones, determination of any presence of parasite eggs, drawing of tentative conclusions on parasitic infection of Harappan people); 3) aDNA mitochondrial, Y-chromosomal, autosomal and stable-isotope analyses (obtainment of information on maternal and paternal lineages); 4) first-ever facial reconstruction of approximately 4,500-year-old Harappan person, a member of one of the greatest civilizations in human history (based on DNA and forensic data obtained in this study). It is anticipated that by the proposed research and the various advanced techniques entailed, a full and very detailed biological and anthropological picture of the Harappan people will be obtained.

http://eurogenes.blogspot.ru/2016/03/rakhigarhi-ancient-dna-paper-probably.html

[пенелопа]

Часть сообщений выделены в отдельные темы по соседству:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,8900.0.html
http://forum.molgen.org/index.php/topic,8905.15.html

[rozenblatt]

Нашёл такой анонс на сайте новосибирского института цитологии и генетики:

В среду, 16 марта 2016 года, в 16:00 в конференц-зале ИЦиГ состоится публичная лекция Александра Пилипенко "Гены забытых предков".

Приглашаются все желающие!

Вот запись лекции, но в этот раз он рассказывал только о неандертальцах и денисовцах, о всяких неолитчиках будет в другой раз:

https://www.youtube.com/watch?v=yRqHCVRbjJQ

[rozenblatt]

Нашёл такое сообщение в интернете:

http://ukekfest.ru/archeology/paleoantropologia-i-paleogenetika/

Участие в проекте «Палеоантропология и палеогенетика населения Евразии»

25/03/2016 10:00

Саратовский областной музей краеведения принял участие в проекте «Палеоантропология и палеогенетика населения Евразии» организованного Институтом Археологии Академии наук Республики Татарстан, Казанским федеральным университетом и Институтом эволюционной биологии Макса Планка. Для исследований были отобраны палеоантропологические материалы золотоордынского времени с некрополей Увекского городища и поселенческих памятников «округи» (могильников у с. Комаровки Екатериновского района, в урочище Мартышкино Красноармейского района и с Черемшанского могильника у г. Хвалынска Саратовской области).

Изучение будет проводиться в Германии, в Институте эволюционной биологии Макса Планка в г. Тюбинген.

Институт Макса Планка известен, например, такими проектами, как реконструкция генома нового Денисовского человека – нового подвида вымерших гоминид, реконструкция полного генома возбудителя бубонной чумы (пандемия 14 в.), реконструкция полного генома возбудителя проказы.

Методы исследований обширны — от рентгенологического анализа и радиоуглеродного датирования до изотопного анализа и многих других.
По результатам исследований мы будем обладать информацией о популяционной принадлежности каждого индивидуума, что позволит судить о географическом происхождении, миграциях и т.п. А также, возможно, мы узнаем о том, чем болели древние люди, какова природа заболеваний, их очаг и территория распространения.

Новость интересная, однако несколько странная: Институт эволюционной биологии Макса Планка находится в Лейпциге, а не Тюбингене. Судя по всему анализ будет проводиться группой Йоханнеса Краузе, профессора в университете Тюбингена, ранее работавшем в Лейпциге. Правда как всегда результатов придётся ждать несколько лет.

[rozenblatt]

Британские учёные придумали способ как быстро и дешёво определять видовую принадлежность костных останков, которые невозможно идентифицировать по морфологии. Для этого они исследуют коллаген из костей - его формула уникальна для каждого вида. Это гораздо дешевле анализа ДНК. Были проанализированы 2000 костей из Денисовой пещеры. Один из образцов дал показания похожие на человеческий коллаген. Была секвенирована мтДНК, оказавашаяся неандертальской. На кости есть следы, оставленные скорее всего гиеной.

Популярная статья на английском: http://phys.org/news/2016-03-collagen-fingerprinting-neanderthal-bone-fragments.html

Статья: http://www.nature.com/articles/srep23559

Identification of a new hominin bone from Denisova Cave, Siberia using collagen fingerprinting and mitochondrial DNA analysis

    Samantha Brown, Thomas Higham, Viviane Slon, Svante Pääbo, Matthias Meyer, Katerina Douka, Fiona Brock, Daniel Comeskey, Noemi Procopio, Michael Shunkov, Anatoly Derevianko & Michael Buckley

    Scientific Reports 6, Article number: 23559 (2016)
    doi:10.1038/srep23559
    Download Citation
        ArchaeologyMass spectrometry

Received:
    03 December 2015
Accepted:
    07 March 2016
Published online:
    29 March 2016

Abstract

DNA sequencing has revolutionised our understanding of archaic humans during the Middle and Upper Palaeolithic. Unfortunately, while many Palaeolithic sites contain large numbers of bones, the majority of these lack the diagnostic features necessary for traditional morphological identification. As a result the recovery of Pleistocene-age human remains is extremely rare. To circumvent this problem we have applied a method of collagen fingerprinting to more than 2000 fragmented bones from the site of Denisova Cave, Russia, in order to facilitate the discovery of human remains. As a result of our analysis a single hominin bone (Denisova 11) was identified, supported through in-depth peptide sequencing analysis, and found to carry mitochondrial DNA of the Neandertal type. Subsequent radiocarbon dating revealed the bone to be >50,000 years old. Here we demonstrate the huge potential collagen fingerprinting has for identifying hominin remains in highly fragmentary archaeological assemblages, improving the resources available for wider studies into human evolution.

[Шад]

"Первый европеец" из той же ветки, что и сибиряк из Усть-Ишима 45.000
Ted Kandell утверждает основываясь на проверке BAM файла, что "палео-румын" из Pestera cu Oase 41.500 ybp   K2a1-M2335 (M2308+)
https://scontent.xx.fbcdn.net/hphotos-xtf1/t31.0-8/s960x960/10634026_10154143017341802_1296034366885241460_o.jpg

Интересно, что возраст этой ветви на YFull оценивается в 41200 ybp
https://yfull.com/tree/K-M2335/
То есть прямо "остановившиеся молекулярные часы"...

А BAM качественный? 30x есть?

[Yurgan]

"Первый европеец" из той же ветки, что и сибиряк из Усть-Ишима 45.000
Ted Kandell утверждает основываясь на проверке BAM файла, что "палео-румын" из Pestera cu Oase 41.500 ybp   K2a1-M2335 (M2308+)
https://scontent.xx.fbcdn.net/hphotos-xtf1/t31.0-8/s960x960/10634026_10154143017341802_1296034366885241460_o.jpg

Интересно, что возраст этой ветви на YFull оценивается в 41200 ybp
https://yfull.com/tree/K-M2335/
То есть прямо "остановившиеся молекулярные часы"...

А BAM качественный? 30x есть?

formed 43500 ybp, TMRCA 41200 ybp
43500 ybp - возраст ветви.
41200 - время выделения известных подветвей.
Возраст снипа, следовательно, может быть и 43500 лет назад плюс минус 4000 лет

[Yaroslav]

formed 43500 ybp, TMRCA 41200 ybp
43500 ybp - возраст ветви.
41200 - время выделения известных подветвей.
Возраст снипа, следовательно, может быть и 43500 лет назад плюс минус 4000 лет

Прошу прощения, просто сам пытаюсь для себя уяснить. Здесь же ведь, если не ошибаюсь, де факто нет таких "точечных возрастов", без учёта доверительного интервала. Т.е. в реале тогда получается formed 47500-39700 ybp, TMRCA 45300-37100 ybp, насколько я понимаю?