АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 503994 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2485/-13
  • мтДНК: H1b
Часть сообщений выделена в отдельную тему: http://forum.molgen.org/index.php/topic,7970.15.html

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
новая, небольшая, работа коллектива исследователей  ямной дДНК:
http://biorxiv.org/content/early/2015/03/13/016477
Eight thousand years of natural selection in Europe
Цитировать
Abstract

The arrival of farming in Europe beginning around 8,500 years ago required adaptation to new environments, pathogens, diets, and social organizations. While evidence of natural selection can be revealed by studying patterns of genetic variation in present-day people, these pattern are only indirect echoes of past events, and provide little information about where and when selection occurred. Ancient DNA makes it possible to examine populations as they were before, during and after adaptation events, and thus to reveal the tempo and mode of selection. Here we report the first genome-wide scan for selection using ancient DNA, based on 83 human samples from Holocene Europe analyzed at over 300,000 positions. We find five genome-wide signals of selection, at loci associated with diet and pigmentation. Surprisingly in light of suggestions of selection on immune traits associated with the advent of agriculture and denser living conditions, we find no strong sweeps associated with immunological phenotypes. We also report a scan for selection for complex traits, and find two signals of selection on height: for short stature in Iberia after the arrival of agriculture, and for tall stature on the Pontic-Caspian steppe earlier than 5,000 years ago. A surprise is that in Scandinavian hunter-gatherers living around 8,000 years ago, there is a high frequency of the derived allele at the EDAR gene that is the strongest known signal of selection in East Asians and that is thought to have arisen in East Asia. These results document the power of ancient DNA to reveal features of past adaptation that could not be understood from analyses of present-day people.
PDF:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/03/13/016477.full.pdf

Снипы, показавшие явные сигналы естественного отбора:
- rs4988235
Переносимость лактозы. Подтвердилось мнение о позднем появлении этого варианта в Европе. Самый ранний носитель - представитель культуры Колоколовидных кубков, образец  I0112, живший около 4300 лет назад. Ни в раннем неолите Европы (LBK), ни у ямников этот вариант найден не был, несмотря на пастушеский образ жизни последних.

- rs1426654, rs16891982
Светлая пигментация кожи. Отсутствовали (или были крайне редкими) у WHG. Появляются в раннем неолите у земледельцев, пришедших с юго-востока.
Интересно, что у скандинавских HG, живших 7700 лет назад, обе "светлые" аллели были широко распространенны, в отличии от их западноевропейских "кузенов". Также у 4 из 7 образцов шведской Моталы были найдены, влияющие на морфологию зубов и толщину волос, варианты  rs3827760, достигающие максимальных значений у популяций восточной Азии и аборигенов Америк. Присутствие одного и того же варианта у древних охотников-собирателей Скандинавии и современных ханьцев, связывается с возможным обменом генами у предков этих двух групп.

-  rs12913832
Светлая пигментация глаз. Подверглась слабому отрицательному ("очищающему") отбору. Отчетливый градиент распространения север-юг на протяжении последних 8000 лет.

- rs174546
Метаболизм жиров. Пониженный уровень триглецеридов.

- rs7940244
Уровень свободного витамина D. Частота различна среди близкородственных североевропейских популяций, что позволяет предположить отбор, зависящий от источников витамина D у этих групп.

- Рост.
Тенденция к понижению, относительно северной Европы, в испанском неолите - отбор, скорее всего, затронул именно юг континента, а на севере остались предковые варианты, характерные для более высокого роста.
В то же время, ямники, составившие около половины предков современных северных европейцев, обладали наивысшим, генетически прогнозируемым, ростом относительно любой популяции (The Yamnaya have the greatest predicted genetic height of any population).
« Последнее редактирование: 15 Март 2015, 01:48:47 от FenriR »

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1453
  • Страна: ru
  • Рейтинг +461/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #512 : 29 Апрель 2015, 14:03:46 »
В группе R1a на фэйсбуке:
First aDNA samples from Polish-Ukrainian borderland!
Rogalin well-preserved archeological site near city Hrubieszow was discovered in year 2012.
It was early bronze age cemetery dated between 2000 and 1600 BC.
Now we have genetic research.
Warrior from Bronze Age from that Tomb was tested as an R1a man.
Soon we will have more information when Album book from Exhibition "Warrior and Princess. Archeology, forensic and art" in Hrubieszow Museum will be printed.
http://scienceinpoland.pap.pl/…/news,391767,warrior-tomb-fr…
http://dienekes.blogspot.com/…/bronze-age-warrior-from-pola…



Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #513 : 29 Апрель 2015, 14:32:29 »
Three J2 found at merovingian buriel site (roman frankish transitional period) - http://j2-m172.info/.../three-j2-found-at-merovingian.../... Три J2 найдено на месте захоронения меровингов (романо-франкский переходный период).

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2375
  • Рейтинг +743/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Древняя человеческая ДНК с большой примесью неандертальской. Сообщение из Eurogenes Blog:
http://eurogenes.blogspot.ru/

Ancient DNA from an Upper Paleolithic European with recent Neanderthal ancestry

Arguably the biggest news from this week's Biology of Genomes conference at the Cold Spring Harbor Laboratory is this:
 Team Characterizing DNA from Ancient Human with Recent Neanderthal Ancestry
 The article is free, but you might need to register at GenomeWeb to access it. This is basically what it says:
 - the male sample, Oase 1, is 37-42K years old and comes from the Pestera cu Oase site in southwestern Romania
 - it's estimated to harbor 5-11% of genome-wide Neanderthal ancestry, with as much as 50% on chromosome 12
 - the admixture is in relatively long stretches, which suggests that the mixture took place four to six generations before Oase 1 was alive
 - it's similar to present-day Eurasians, and apparently from a population that was on the way to becoming European, but probably did not contribute in any significant way to the genetic makeup of present-day Europeans
 - thus far, the capture method used by the scientists has managed to snag around 78,000 genome-wide sites (presumably SNPs), but the sequencing efforts continue, and we might see a Y-haplogroup result in the near future
 It sounds to me as if Oase 1 is similar to Kostenki14 (see here), so I'd say there's a good chance its Y-chromosome belongs to haplogroup C-M130.


Будем ждать публикацию.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Удобная карта дДНК

генофонд.ру
Цитировать
На карте представлены следующие древние популяции:

Палеолитические охотники-собиратели (красным цветом);

Охотники-собиратели голоцена (темно-желтым цветом);

Ранний неолит (светло-желтым цветом);

Средний неолит (желто-зеленым цветом);

Поздний медный век (зеленым цветом);

Поздний неолит (голубым цветом);

Поздний бронзовый век (синим цветом);

Железный век (фиолетовым цветом);

Черным обозначены местоположения образцов, которые в будущем послужат для выделения древней ДНК.

в частности: Transbaikal region, 6000 BC ; Kazakhstan, Bronze and Iron age; Armenian Plateau, Bronze and Iron age; Bulgaria, Bronze and Iron Age; Greece, 5-3 millenium BC
от себя могу добавить, что, кроме прочих, исследуются образцы неолита из Анатолии и тувинской бронзы (окуневцы - чаахольцы, предки степных скифов: известно, что там, к примеру, была обнаружена mtDNA C4, как и у большинства таримских образцов R1a начала II тыс. до н.э.)
« Последнее редактирование: 28 Май 2015, 16:45:40 от FenriR »

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.
Цитировать
Удобная карта дДНК
.

На этой "удобной карте" не помечены исследуемые палеоДНК  образцы сарматов, алан, бронзовиков Кавказа и многих других. Что и не удивительно, так как исследование проводят зарубежные специалисты - в зарубежных лабораториях.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Цитировать
Удобная карта дДНК
.

На этой "удобной карте" не помечены исследуемые палеоДНК  образцы сарматов, алан, бронзовиков Кавказа и многих других. Что и не удивительно, так как исследование проводят зарубежные специалисты - в зарубежных лабораториях.
это какие?
с указанием на местоположение могильников, чтобы нанести на карту, разумеется)

"Что и не удивительно, так как исследование проводят зарубежные специалисты - в зарубежных лабораториях." всех, кто на карте, исследуют зарубенжные ученые, в зарубежных же лабах

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.
Цитировать
Удобная карта дДНК
.

На этой "удобной карте" не помечены исследуемые палеоДНК  образцы сарматов, алан, бронзовиков Кавказа и многих других. Что и не удивительно, так как исследование проводят зарубежные специалисты - в зарубежных лабораториях.
это какие?
с указанием на местоположение могильников, чтобы нанести на карту, разумеется)
Все указания о могильниках и подробные материалы будут в статьях, после подробного исследование - снипы и т.д. Скорей всего летом.
Цитировать
всех, кто на карте, исследуют зарубежные ученые, в зарубежных же лабах
Это понятно, но хочу заметить что нас --- вечно обходили. То Восточная Сибирь, то Костинки, то отдаленные ямники и т.д. по скифам только МТ ДНК. Сейчас уже ждем реальные  - проснипированные  Y ДНК.



Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Цитировать
Удобная карта дДНК
.

На этой "удобной карте" не помечены исследуемые палеоДНК  образцы сарматов, алан, бронзовиков Кавказа и многих других. Что и не удивительно, так как исследование проводят зарубежные специалисты - в зарубежных лабораториях.
это какие?
с указанием на местоположение могильников, чтобы нанести на карту, разумеется)
Все указания о могильниках и подробные материалы будут в статьях, после подробного исследование - снипы и т.д. Скорей всего летом.
дык, наверное, поэтому на карте они и не указаны, т.к. нет информации о месте обнаружения образцов)
там не отмечена и европейская сфера исследований того же проекта Rise, видимо, ровно по этой же причине.

А есть ли еще какая-нибудь информация об исследованиях сарматов и алан - может быть, Вы уже постили на молгене (а я не видел), к примеру, не могли бы Вы поделиться ссылками?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1511
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1972/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Добрый день!

Я так понимаю у вас возникли вопросы относительно моей карты, так что позвольте разъяснить некоторые аспекты.

Во-первых карта исключительно любительская, так как я не являюсь ни генетиком, ни историком, ни археологом и профессионально данной тематикой не занимаюсь.

Карта была создана после прочтения статьи Massive migration from the steppe is a source for Indo-European languages in Europe, так как карты представленные в статье слишком мелкие. Изначально я просто отметил образцы приведённые в статье, позднее добавил некоторые другие находки.

Что касается недостатков, то я более чем осведомлён. В данный момент на карте представлены только результаты аутосомных исследований, поэтому не приведены результаты исследований древних мтДНК.

Вообще наверное такую карту надо создать на свободном сервере, вроде OpenStreetMap и добавить больше информации. К сожелению в данный момент мне сложно это делать, но в принципе я готов улучшать карту.

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.

дык, наверное, поэтому на карте они и не указаны, т.к. нет информации о месте обнаружения образцов)
там не отмечена и европейская сфера исследований того же проекта Rise, видимо, ровно по этой же причине.

А есть ли еще какая-нибудь информация об исследованиях сарматов и алан - может быть, Вы уже постили на молгене (а я не видел), к примеру, не могли бы Вы поделиться ссылками?

Мельком  в дискуссиях где то писал об этом. В фэйсбуке проскочила так же информация что образцы были взяты из Грузии, так же из Чечни -  6 месяцев назад--- 2 сармата и один бронзовик.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Мельком  в дискуссиях где то писал об этом. В фэйсбуке проскочила так же информация что образцы были взяты из Грузии, так же из Чечни 6 месяцев назад--- 2 сармата и один бронзовик.
ок,
про майкопцев слышали уже, наверное? исследуют, вроде как, в Гарварде, количеством большим, чем протестировала ямников команда Haak, больше информации нет)

Добрый день!

Я так понимаю у вас возникли вопросы относительно моей карты, так что позвольте разъяснить некоторые аспекты.
спасибо Вам за карту)

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.
А за вот этих трех меровингов с J2, Романо Франкского периода, вообще везде тишина.))
http://j2-m172.info/2015/04/three-j2-found-at-merovingian-buriel-site-roman-frankish-transitional-period/

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +421/-49
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.

ок,
про майкопцев слышали уже, наверное? исследуют, вроде как, в Гарварде, количеством большим, чем протестировала ямников команда Haak, больше информации нет)

Про майкопцев слышал, но все как то затягивается по времени. :) Образцы ведь давно брали?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.