Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[kardes]

Из докладов на Международной научной конференции XXXIV Крупновские чтения «Археологические исследования Северного Кавказа в ХIХ – начале ХХI века: традиции и инновации»
Новые результаты полногеномного исследования ДНК населения Северного Кавказа эпохи раннего железного века
Недолужко А.В., Булыгина Е.С., Слободова Н.В., Петрова Д.С., Коробов Д.С., Шарко Ф.С
(г. Москва, г. С.-Петербург)
Проводящиеся с середины 2010-х гг. исследования ДНК представителей аланской археологической культуры показали, с одной стороны, ее своеобразие по сравнению с ираноязычными кочевниками сарматского круга, а с другой – близость аланского генетического портрета современному населению Кавказа В последнее время стала доминировать концепция сложения аланской археологической культуры в ходе взаимодействия среднесарматских кочевников с местным оседлым населением Северного Кавказа, определяемым в качестве носителей культурной традиции памятников типа «Чегем-Манаскент». Последние в свою очередь сформированы потомками носителей кобанской археологической культуры при участии переходивших к оседлому образу жизни кочевников сарматского круга. В поисках истоков северокавказского генетического субстрата, на основе которого происходило сложение аланского этноса, нашим коллективом был проведен анализ палео-ДНК представителей кобанской культуры, используя маркеры митохондриальной ДНК, Y-хромосомы и ядерных геномов. Эти исследования дали возможность рассматривать данное население в качестве своеобразного «генетического моста» между более ранними кавказскими людьми эпохи бронзового века и аланским населением I тыс. н.э. Основываясь на графике, построенном на основе метода главных компонент (рис. 1), мы продемонстрировали, что некоторые носители среднесарматской культуры находятся в «генетической орбите» оседлого населения Северного Кавказа в раннем железном веке – кобанская и аланская культуры. В то же время, налицо генетическая неоднородность населения сарматского времени. В частности, образцы кочевников среднесарматской культуры I-II вв. н.э. могильника Айгурский 2 и представителей оседлого населения из захоронений II–III вв. н.э. могильника Кошкельдинский II демонстрируют значительные генетические различия. Два представителя ранних алан (F89 и F110) имеют более близкую степень сходства с носителями степных сарматских традиций

[Mikl1984]

Китайцы начали выкладывать результаты https://www.nature.com/articles/s41586-026-10437-3
Demography and life histories across the Roman frontier in Germany 400–700 ce
Пока есть mt, ждем Y https://www.theytree.com/portal/index/samples?keyword=Demography%20and%20Life%20Histories%20across%20the%20Roman%20Frontier%20in%20Southern%20Germany%20400-700%20CE

[kardes]

Current Biology A Cell Press Journal СТАТЬЯ Онлайн 14 мая 2026 г. Открытый доступ
Генетическое наследие колониальной столицы XVII века, города Сент-Мэри
Эдаоин Харни ∙ Итан Джуэтт ∙ Стивен Микелетти ∙ Джоанна Л. Маунтин ∙ Дуглас В. Оусли ∙ Дэвид Райх
Основные положения
• Новая основанная на IBD-модели структура для идентификации анонимных исторических останков
• Анализ останков 49 колонистов Сент-Мэри выявил 1,3 миллиона ныне живущих генетических родственников
• Прослеживание происхождения популяции-основателя и миграций потомков по США
• Возможное определение личности второго губернатора Мэриленда, Томаса Грина, и его семьи
Краткое содержание
Основанный в 1634 году, город Сент-Мэри был первым английским поселением в колонии Мэриленд. Несмотря на существующие письменные записи и возможность многих современных американцев проследить свою родословную до исторического города, в наших знаниях об этой ранней популяции-основателе остаются существенные пробелы. Для устранения этих пробелов мы проанализировали геномы 49 человек из Сент-Мэри-Сити XVII века, чтобы проследить их генетическое происхождение, изучить их непреходящее наследие и продемонстрировать эффективность использования подхода «идентичность по происхождению» (IBD) для связи исторических личностей с современностью. В нашем анализе мы выявили более 1,3 миллиона генетических родственников жителей Сент-Мэри-Сити среди участников исследования в базе данных Исследовательского института 23andMe. Мы обнаружили высокие показатели генетического сходства с участниками из западной Англии и Уэльса, что предполагает вероятное место происхождения многих из первых жителей колониального города. Кроме того, мы наблюдали сильные генетические связи с участниками из Кентукки, что отражает зафиксированную миграцию католиков из Мэриленда в этот регион после Войны за независимость. Путем дальнейшей интеграции генеалогической информации от современных участников исследования, которые имеют наиболее тесные генетические связи с жителями Сент-Мэри-Сити, мы предлагаем возможные варианты идентичности для трех секвенированных исторических жителей Сент-Мэри-Сити, включая Томаса Грина, второго губернатора колонии Мэриленд. Этот уникальный пример демонстрирует возможности генетики в восстановлении утраченной идентичности и реконструкции исторических связей путем отслеживания географических признаков происхождения.
Исторические записи свидетельствуют о том, что корабли «Ковчег» и « Голубь» , перевозившие первых колонистов из Сент-Мэри, отправились в Америку с острова Уайт у южного побережья Англии.Например, мы наблюдаем особенно сильную концентрацию близких родственников людей из Сент-Мэри в Кентукки. Это, вероятно, отражает задокументированную миграцию католических жителей из округа Сент-Мэри в Кентукки — в частности, в округа Нельсон и Вашингтон (ранее Мэрион) — главным образом в период с 1780 по 1820 год. Мигрировавшие люди переезжали в поисках экономической выгоды и религиозной свободы из-за сохранявшейся антикатолической предвзятости в Мэриленде в этот период.  Тот факт, что анализ IBD может обнаружить такой четкий сигнал этой хорошо задокументированной миграции, демонстрирует эффективность этого подхода. Мы представили новую методику идентификации ранее безымянных исторических личностей путем анализа генеалогических связей между участниками исследования, имеющими тесные генетические связи с одними и теми же историческими геномами. Это отличается от предыдущих попыток идентификации с использованием древней ДНК, которые обычно опирались на сильные предварительные гипотезы относительно идентичности конкретных останков. Используя этот подход, мы предлагаем идентифицировать трех человек из Сент-Мэри: захоронение 56 (Леонард Грин), захоронение 63 (Энн Кокс) и V07C (губернатор Томас Грин)

[пенелопа]

При гибридизации неандертальские гены активнее распространялись мужчинами, а сапиентные — женщинами
https://elementy.ru/novosti_nauki/434419/Pri_gibridizatsii_neandertalskie_geny_aktivnee_rasprostranyalis_muzhchinami_a_sapientnye_zhenshchinami?story=31
Картинка от ИИ

А почему причина не социально-психологическая? У неандеров была проблема с женщинами, их вообще было мало, неандеров, маленькие коллективы. У сапиенсов - по 200-500 человек и они взаимодействовали.

[kardes]

В исследовании «Древняя геномика подтверждает глубокую дивергенцию между индоевропейскими языками Восточного и Западного Средиземноморья» были взяты образцы у двух человек из некрополя Нарде:
Нарде, провинция Ровиго, Венето. Координаты: широта 45.027941657128856; долгота 11.656466525667486.
Источник образцов: Клаудио Каваццути, Серена Сабатини
Некрополь в Нарде представляет собой большое кладбище, предположительно относящееся к поселению Фраттезина-ди-Фратта-Полезине позднего бронзового века. Вокруг этого большого и сложного поселения до сих пор были обнаружены два разных захоронения. Одно расположено примерно в 500 м к юго-востоку от места раскопок и называется кладбищем Фондо-Занотто, а примерно в 500 м к северу от места раскопок находится кладбище Нарде, которое разделено на два сектора: Нарде I и II.Фондо-Занотто имеет около... Было обнаружено 150 захоронений, в то время как в Нарде I и II — более 900. Хронология захоронений в Нарде охватывает период от позднего бронзового века до начала раннего железного века. Обширное исследование захоронений в Нарде указывает на существенную разницу в состоянии здоровья и продолжительности жизни между умершими, похороненными в Нарде I, и теми, кто похоронен в Нарде II. По-видимому, условия жизни людей из Нарде II были хуже, чем у тех, кто похоронен в Нарде I. Анализ погребальных предметов, похоже, подтверждает более высокий социальный статус (в смысле большего количества погребальных предметов и артефактов, изготовленных из более ценных материалов) людей из Нарде I. Подавляющее большинство захоронений — кремационные. Из примерно 600 захоронений в Нарде I только 3 являются погребальными, в то время как из примерно 300 захоронений в Нарде II погребальными были только 18. Это очень важный фактор, который следует учитывать при оценке социального и культурного статуса этих людей. В этих могилах отсутствуют погребальные принадлежности, и, за исключением некоторых из них, которые, по-видимому, имеют особое отношение к кремационным захоронениям, датировать их с уверенностью невозможно. Предполагается, что эти люди могли принадлежать к очень низкому социальному классу или быть рабами.
Для этого проекта были отобраны образцы двух человек: из могилы 23 (CGG_2_022895/Rise 1882), взрослого мужчины в возрасте около 40-50 лет, и из могилы 59 (CGG_2_022897/Rise 1884), также взрослого мужчины, но в возрасте около 30 лет.
Генетический пол обоих людей также оказался мужским. Исходя из положения скелета, предполагается, что человек из могилы 59, вероятно, был завернут в некую ткань во время захоронения: в могиле также были обнаружены фрагмент бронзы и осколок керамики.
CGG_2_022897    J2b2a1a1a1b2 ~ J-L283 M12 > M241 > L283 > Z600 > Z597 > CTS3617 > Y936
Только у одного из них было достаточное покрытие, чтобы быть включенным в моделирование смесей IBD. Вот его симулированные координаты G25:

Код: [Выделить]

VenetoFrattaPolesineIA,0.1223858,0.1492635,0.0363851,-0.0043929,0.0398135,-0.0064506,-0.0011202,0.0013306,0.0160294,0.0326532,0.0008345,0.00 93826,-0.0179973,-0.0073721,-0.0035578,0.0007261,0.0016072,0.0046349,0.0059047,-0.0038454,0.0028802,0.0028581,-0.0018396,-0.004594,-0.0012253

[kardes]

Семейный портрет после смерти: решения о захоронении и социальная структура на стоянке Сагиль железного века (Монголия)
Стоянка Сагил железного века в Увском аймаке (Сагил-Сум), Монголия, представляет собой памятник культуры Чандман-Сагли, состоящий из нескольких больших гробниц в деревянных камерах, окруженных сателлитными могилами меньшего размера. Чтобы выяснить родственные связи, социальную структуру и обстоятельства смерти в этом необычном месте, мы провели всесторонний археогенетический анализ 25 человек. Радиоуглеродный анализ показывает, что захоронения датируются концом 5-го - началом 4-го века до нашей эры. Генетический анализ, основанный на STR аутосомной и Y-хромосомы, а также полных митохондриальных геномах, позволил нам реконструировать большую родословную из трех поколений, захороненную в двух центральных могилах. Это основное семейство определяется единственным Y-гаплотипом (Q-M346), отличающим их от генетически разнообразной популяции в могилах-спутниках. Важно отметить, что семейная структура заключается не в том, что последовательные поколения хоронят в том же семейном склепе, что и взрослые, а в том, что несколько родственных людей умерли и были похоронены в результате, возможно, одного и того же действия. Мы предполагаем, что организация этих двух центральных хранилищ была продиктована определенной социальной логикой: "усыпальница состоявшихся пар" (структура 9) и "усыпальница незамужних наследников" (структура 10), отражающая погребальный ритуал, структурированный по семейному положению и социальному рангу в родословной. Хотя предсмертные травмы у двух мужчин указывают на потенциальное насилие, они также могут свидетельствовать о сложной подготовке к похоронам. Эти результаты ставят под сомнение природу других множественных захоронений Чандмана-Сагли, предполагая, что некоторые из них могут представлять собой скорее быструю реакцию на массовые смерти, чем долговременные семейные мавзолеи, где родство и социальное положение служат основными организующими принципами погребального обряда.

[Farroukh]

Это основное семейство определяется единственным Y-гаплотипом (Q-M346), отличающим их от генетически разнообразной популяции в могилах-спутниках.

Явно недотипированный Q-L330, у которого уже есть минимум две дДНК из Увса.

[kardes]

Самнта-Клаус из Лапландии  Y-N1a1a1a1a2a1a1a1       mt-V
Биоархеологический анализ иллюстрирует жизнь саама XVI века из Китки, Куусамо, Северная Финляндия.
Введение.
В Северной Финляндии в XVII–XIX веках н.э. произошел переход от полукочевого образа жизни саамов, коренного населения Северной Фенноскандии, к земледелию, привнесенному финскими поселенцами. Этот переход привел к исчезновению языка кеми-саамов и ассимиляции носителей языка в финское население. Захоронения, предшествующие финскому заселению, встречаются редко. Самое древнее известное захоронение в этом регионе, датируемое рубежом XVI–XVII веков, происходит из Китки, Куусамо. В данном исследовании изучаются генетические, изотопные и культурные аспекты захоронения в Китки.
Результаты.

Индивид демонстрирует явное генетическое сходство с современными саамами и в пределах Финляндии имеет самую высокую степень родства по происхождению (IBD) с современными людьми, проживающими в северо-восточной части современного административного региона Лапландия. Изотопные данные указывают на то, что индивид провел детство севернее или северо-восточнее места своего захоронения, и выявляют изменения в рационе питания, связанные с перемещениями на большие расстояния в течение жизни. Примечательно, что результаты указывают на то, что в позднем детстве индивид проживал за пределами Финляндии, возможно, в Исландии. Отсутствие признаков пресноводной пищи во взрослом возрасте может свидетельствовать о том, что индивид прибыл в Китка незадолго до своей смерти.
Выводы:
Вероятно, индивид из Китка имел генетические корни в районах северо-восточной границы Финляндии, но при жизни путешествовал далеко от этого региона. Эти данные дают представление о жизни исторического саамского индивида и показывают, как биоархеология может способствовать более тонкому пониманию истории саамов.

[Дачник44]

П.С. Y-N1a1a1a1a2a1a1a1 https://www.yfull.com/tree/N-Z1933/?

[Mikl1984]

П.С. Y-N1a1a1a1a2a1a1a1 https://www.yfull.com/tree/N-Z1933/?

https://www.dnachron.com/isogg/N1a1a1a1a2a1a1a1
https://www.dnachron.com/ytree/N-Z19813

[пенелопа]

Увы, дДНК у эректусов прочитать пока не получается.

Исследователи впервые извлекли и расшифровали древние белки из зубной эмали шести представителей вида Homo erectus (человек прямоходящий), живших около 400 тысяч лет назад на территории современного Китая. Речь идет о находках из Чжоукоудяня, Хэсяня и Суньцзядона — это одни из ключевых азиатских памятников среднего плейстоцена. Анализ показал: у всех образцов повторялись две редкие аминокислотные замены в белке амелобластине, который участвует в формировании эмали. О результатах исследований рассказал научно-популярный портал The Conversation.

Одна из аминокислот — A253G — пока не обнаружена ни у одного другого древнего или современного представителя рода Homo. Вторая, M273V, оказалась куда более интригующей: раньше ее находили у денисовцев. Именно эта деталь заставила ученых предположить, что поздние азиатские популяции H. erectus могли контактировать и скрещиваться с денисовцами 

[Farroukh]

Основные (современные) саамские Y-линии:
https://www.yfull.com/tree/N-Y22091/
https://www.yfull.com/tree/N-Z1939/

Обе сходятся под N-Z1933

[kardes]

Древние геномы бронзового и железного веков в Заттигре ERP192152 2026-05-26
Абстракт
Древняя ДНК Месопотамии выявляет консолидацию разнообразной генетической структуры бронзового века в железном веке после переселения населения.
Развитие сложных городских обществ в Месопотамии коренным образом повлияло на историю человечества, однако генетическая динамика, лежащая в основе этого процесса, остается малоизученной. Мы получили образцы древней ДНК от 17 человек, представляющих бронзовый и железный века, из Бакр-Авы, одного из крупнейших древних поселений на северо-востоке Ирака, расположенного на границе между Месопотамией и Ираном. Анализ генома показывает, что северо-ближневосточное происхождение стало причиной значительного генетического сдвига между докерамическим неолитом и бронзовым веком, а местное, левантийское, загросское и кавказско-ямное происхождение впоследствии сформировало структуру населения бронзового века. Интеграция древней ДНК с анализом стабильных изотопов позволяет выявить многопоколенную динамику, определяя Загросские горы как вероятное недавнее происхождение кавказско-ямного происхождения, что дополняет археологические и текстовые реконструкции хурритского этнолингвистического присутствия в Бакр-Аве. После того как поселения были заброшены в позднем бронзовом веке, повторное заселение в железном веке включало в себя генетическую консолидацию, а не замену населения, что демонстрирует, что культурные преобразования не обязательно должны влечь за собой масштабные изменения в генетическом составе.
Исследованные образцы из курдских регионов:
образец A22037    H13a1a2    R-FT91192    2112-1800 BC предковый к украинскому элитному скифу UkrEIA_ Scith_NomEl R1b-L23 UKR133   и по аутосомам вместе женщиной  A22039 имеют северокавказские профили
образец A22041    U2d2    J-Z39478    Late Early Bronze Age предковый к зарагижскому алану CGG022004 Алан (КБР, Могильник Зарагиж) [3 век н.э.] U1a1a J2a1a1a2a2a , аутосомный профиль близок к абхазам

Древняя ДНК Месопотамии выявляет интеграцию разнородных генетических линий бронзового века в железном веке после переселения населения.

[Farroukh]

Заттигр (Transtigris) - заречье Тигра

[kardes]

Интеграция остеологии и древней ДНК: вариации черепа, гемоглобин S и отцовская линия у человека римской эпохи из Анатолии.
 Айлин Кёселер-Айла Севим Эрол     Опубликовано: 26 мая 2026 г.
Кафедра биофизики, медицинский факультет, Университет Памуккале, 20070 Денизли, Турция
 
Айлин Кёселер (Aylin Köseler) из Университета Памуккале и ее коллеги из Болгарии и Турции представили результаты комплексного анализа, в рамках которого палеопатологи исследовали кости и зубы древнего человека, а палеогенетики — его ДНК. Они остановили свое внимание на археологическом памятнике Секкёй, расположенном в провинции Мугла на юго-западе Турции. В 2023–2024 годах ученые раскопали там гробницу, сложенную из каменных плит, в которой лежали разрозненные останки как минимум пяти человек, похороненных в разное время. Однако сохранность только одного частичного скелета римского времени позволила провести и палеопатологическое, и генетическое исследования.

Генетики, во-первых, подтвердили, что останки принадлежали мужчине. Во-вторых, определили у него популярную в Западной Евразии Y-хромосомную гаплогруппу R1b, а в-третьих — выявили у него аномалию. Исследователи выяснили, что один из двух его генов кодировал аномальный гемоглобин S вместо гемоглобина A, то есть у него была одна из разновидностей наследственной гемоглобинопатии — серповидноклеточная анемия, которая распространена в регионах, где люди часто страдают от малярии. При этом у мужчины один вариант гена кодировал нормальный гемоглобин, что обычно не приводит к заболеванию анемией, но повышает устойчивость перед малярийными плазмодиями.
Y-STR анализ и определение гаплогруппы:
Анализ коротких тандемных повторов Y-хромосомы (Y-STR) проводился с использованием набора для ПЦР-амплификации AmpFlSTR ® Yfiler™ (Applied Biosystems, Фостер-Сити, Калифорния, США) с мишенью в виде стандартизированной панели локусов Y-STR. Амплификация методом ПЦР проводилась в соответствии с протоколом производителя, с модификациями, оптимизированными для деградированной древней ДНК. В частности, количество циклов ПЦР было увеличено со стандартных 28 до 32
Locus Allele
DYS456          12
DYS389I        13
DYS390          24
DYS389II       30
DYS458          17
DYS19            15
DYS385a        11
DYS385b        14
DYS393          13
DYS391          11
DYS439          12
DYS635          23
DYS392          13
GATAH4         12
DYS437          15
DYS438          12
DYS448          20
К сожалению, недостаточное число локусов не позволяет более глубоко предиктовать субклад образца, а также не исследовали митолинию и аутосомы