Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Mikl1984]

Китайцы выложили испанских евреев https://www.mdpi.com/2073-4425/17/3/358
Uncovering a Medieval Pogrom: Genetic History of a Jewish Community in Catalonia (Spain)
https://www.theytree.com/portal/index/samples?keyword=Uncovering%20a%20Medieval%20Pogrom:%20Genetic%20History%20of%20a%20Jewish%20Community%20in%20Catalonia%20(Spain)

[kardes]

Миниатюрное, но могучее стремечко: сравнение результатов анализа древней ДНК в слуховых косточках и каменистой кости.
Абстракт
Каменистая кость считается наиболее эффективным источником эндогенной ДНК в скелетных тканях как в исследованиях древней ДНК, так и в судебно-медицинской экспертизе. Недавно было показано, что древняя ДНК (аДНК) в слуховых косточках сохранилась сравнительно хорошо, как и в каменистой кости, хотя попыток различить эти три типа косточек не предпринималось. В этом исследовании мы использовали в общей сложности 114 библиотек секвенирования, полученных из слуховых косточек и каменистой кости человека из аналогичных контекстов (ок. 10 000–7 000 лет до н.э., Анатолия), включая 34 парные библиотеки, подготовленные из слуховых косточек и каменистой кости одних и тех же индивидов. Наши результаты показывают, что сохранность эндогенной человеческой аДНК в стремечке в среднем в два раза выше, чем в каменистой кости; она также, как правило, выше, чем в молоточке и наковальне. Аналогично, длина фрагментов древней ДНК была больше в стремечке, чем в каменистой части, тогда как посмертные повреждения, клональность и показатели контаминации были сопоставимы. Несмотря на то, что стремечко является самой маленькой костью в человеческом скелете, оно может быть наиболее оптимальным из всех обнаруженных источников древней ДНК.

[Mikl1984]

Китайцы выложили кучу E из 10Ķ https://www.theytree.com/tree/E-CTS1239
Приличное качество, все сразу в t2t

[kardes]

Геномное наследие нормандского завоевания в сельской Англии.
Аннотация.
Нормандское завоевание 1066 года н.э. изменило политический и культурный ландшафт Англии, однако его демографические последствия остаются малоизученными, особенно за пределами элитных и городских районов, где сосредоточены исторические свидетельства. В данном исследовании мы изучаем историю населения сельской английской общины в период завоевания, используя данные геномного анализа древней ДНК из кладбища Приорат-Орчард в Годалминге (Суррей), использовавшегося с IX по начало XIII веков н.э. Мы получили геномные данные от 78 человек и установили радиоуглеродные даты для 98 человек из этого кладбища. Популяционно-генетический анализ помещает жителей Приорат-Орчард в генетический континуум раннесредневековых популяций из региона Северного моря. Моделирование происхождения показывает, что эта сельская община несла значительную долю скандинавского/викингского происхождения наряду с устойчивым саксонским компонентом и меньшим французским вкладом. Однако, разделение индивидов по датам, до и после 1066 г. н.э., не выявляет четкого разрыва в масштабах всего генома на протяжении периода нормандского завоевания, что указывает на демографическую преемственность в ходе этого важнейшего политического и социального перехода. Эта закономерность согласуется с историческими и археологическими данными, указывающими на то, что многие из наиболее заметных преобразований после завоевания произошли преимущественно среди элиты. Наши результаты дают первое геномное представление о сообществах, живших во время нормандского завоевания, и указывают на то, что в сельской местности южной Англии наблюдались устойчивые миграционные связи с другими районами, расположенными у Северного моря, а не резкое замещение населения.

[kardes]

Новое обновление древних палеоднк образцов в гарвардской базе данных  Аллена
Ресурс древней ДНК Аллена (AADR): тщательно отобранный сборник древних геномов человека.
Ресурс древней ДНК Аллена (AADR) стремится предоставить общедоступный, единообразно составленный набор данных, максимально полезный для ученых, проводящих анализ истории популяций и естественного отбора. Набор данных состоит из тысяч древних и современных индивидов, генотипированных по 1,23 миллионам позиций в геноме
Генотипы в AADR не идеально совпадают с генотипами из соответствующих опубликованных статей. Для упрощения совместного анализа наборов данных мы использовали файлы bam или fastq; обрезали концы последовательностей для уменьшения ошибок, связанных с повреждением древней ДНК, способом, который в значительной степени единообразно используется во всех наборах данных и может немного отличаться от способа, используемого в отдельных публикациях; и определяли генотипы заново, выбирая случайную последовательность для покрытия каждой позиции.
Исследователям, желающим использовать эту компиляцию, следует предоставить две ссылки. Первая ссылка должна вести на страницу Dataverse и указывать конкретную версию AADR, используемую в качестве основы для анализа (например, версия 9, релиз от 16 сентября 2024 г., как в примере ниже). Вторая ссылка должна вести на рукопись, описывающую AADR.
Мы стремимся обновлять и улучшать этот ресурс каждые несколько месяцев, чтобы сделать выпуски максимально полезными для сообщества. Мы полагаемся на отзывы пользователей для улучшения AADR, поэтому, пожалуйста, пишите совместно Свапана Маллика (swapan_mallick@hms.harvard.edu) и Дэвида Райха (reich@genetics.med.harvard.edu), если вы обнаружите ошибки или другие проблемы

[Mikl1984]

Akbari вышел в бумаге, добавились ybp и регионы для 10K  образцов
Можете смотреть соседей https://genarchivist.net/showthread.php?tid=2424&pid=74763#pid74763

[mikhail a.]

Reconstructing their genomes confirms the historically attested genealogy of the two medieval emperors Otto I (“the Great”) and Heinrich II (“Saint Henry”)

The Medieval Ottonian dynasty had a lasting impact on European history. We obtained ancient genomic DNA from the purported remains of Otto I (912-973) and Heinrich (Henry) II (973-1024), the first and last emperors of this dynasty, preserved in the cathedrals of Magdeburg and Bamberg, respectively. Historical records attest that they were related as a great-uncle and a grandnephew via the paternal line. Whole-genome sequencing confirms such a relationship between the two individuals, as we identify a third-degree genetic relationship based on shared DNA segments and infer matching Y haplogroups. This genetic relatedness effectively identifies the remains of the two emperors. The authentication yields a valuable resource for refining and calibrating bio-archaeological methods. Because historical records provide the precise lifespans and dates of death of these individuals, their remains can serve as a “ground-truth” for methods such as radiocarbon dating and age-at-death estimates. They can provide calibration data to improve our understanding of the radiocarbon reservoir effects of Medieval elites. As the Ottonian lineage was closely linked to the mating networks of elites across Europe, the genomes of the two emperors are valuable resources for identifying other potential elite burials.

Средневековая Оттоновская династия оказала длительное влияние на европейскую историю. Мы получили древнюю геномную ДНК из предполагаемых останков Отто I (912-973) и Генриха II (973-1024), первого и последнего императоров этой династии, хранящихся в соборах Магдебурга и Бамберга соответственно. Исторические записи свидетельствуют о том, что они были связаны родственными узами как двоюродный дед и внучатый племянник по отцовской линии. Полногеномное секвенирование подтверждает такое родство между двумя людьми, поскольку мы выявляем генетическое родство третьей степени на основе общих сегментов ДНК и предполагаем совпадение Y-гаплогрупп. Это генетическое родство эффективно идентифицирует останки двух императоров. Аутентификация представляет собой ценный ресурс для совершенствования и калибровки биоархеологических методов. Поскольку исторические записи содержат точные данные о продолжительности жизни и датах смерти этих людей, их останки могут служить «эталонными данными» для таких методов, как радиоуглеродное датирование и оценка возраста смерти. Они могут предоставить калибровочные данные для улучшения нашего понимания влияния радиоуглеродного резервуара на средневековую элиту. Поскольку Оттоновская линия была тесно связана с брачными сетями элиты по всей Европе, геномы двух императоров являются ценным ресурсом для идентификации других потенциальных захоронений представителей элиты.

[kardes]

Akbari вышел в бумаге, добавились ybp и регионы для 10K  образцов
Можете смотреть соседей https://genarchivist.net/showthread.php?tid=2424&pid=74763#pid74763

Спасибо, а кто нибудь проверял насколько соответствуют выложенные в этой таблице результаты  с ранее опубликованными образцами(если таковые имелись)?
I21225.TW   Russia_Meotian   R-BY190002   U5b1b1a   492560   1200343   0.4103   
Pannonia_Avar_Slavic   Poland_MBA_Trzciniec_Brodzica_(n=2)   Sweden_Gotland_Viking:kvi001.SG__AD_925__Cov_62.19%

Код: [Выделить]

Akbari2026:I21225.TW,0.132035,0.128972,0.078441,0.086241,0.043085,0.034582,0.013161,0.011307,0.000614,-0.028976,-0.004709,-0.008542,0.016353,0.022983,-0.008958,-0.011668,-0.014081,0.005574,0.004274,0.004627,0.008735,0.003586,0.009737,-0.00976,0.002634 Akbari2026:I21225.TW,0.130897,0.126941,0.078818,0.088179,0.037238,0.03514,0.011751,0.011769,0.001841,-0.034807,-0.00747,-0.01079,0.017245,0.026424,-0.010586,-0.011403,-0.01369,0.008108,0.003771,0.003001,0.00836,0.002226,0.008504,-0.00482,0.002874 0.02319078 R-M207>M173>M420>M459>CTS5437>M515>M198>M417>PF6162>Z283>Z282>Z280>CTS1211>YP343>FGC2575>YP340>FTA67554>FGC2555>FT64565>BY190002

[rozenblatt]

Статьи нет, но данные вроде как выложены:

https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA014217


Title:
Ancient Genomic profile of Li Keyong, Leader of the Shatuo Turks
Release date:
2026-04-17
Description:
The Shatuo Turks played a pivotal role in late Tang and Five Dynasties China. However, similar to other Turkic groups, the genetic history and population origins of the Shatuo remain poorly understood. Here, we present ancient genomic data from Li Keyong, the Shatuo leader who founded the Later Tang dynasty, offering a unique opportunity to investigate the genetic composition and ancestral sources of this influential group.
 

Тюрки-шатуо сыграли ключевую роль в истории Китая в период поздней династии Тан и Пяти династий. Однако, как и в случае с другими тюркскими группами, генетическая история и происхождение населения шатуо до сих пор остаются малоизученными. В данной работе мы представляем древние геномные данные Ли Кэюна, вождя шатуо, основателя династии Поздней Тан, что дает уникальную возможность изучить генетический состав и родовые истоки этой влиятельной группы.
 

Переведено с помощью DeepL.com (бесплатная версия)

[Mikl1984]

В текущей версии Y дерева 2026.04.12 уже выложили 2300 образцов Akbari и добавили возраста
Теперь самый древний R1b - 13176 до н.э.

We have currently processed the Y-DNA of about 2,300 of the roughly 5,500 male individuals in Akbari et al. 2026. As a reminder, some samples from past studies were re-sequenced as a part of this study and thus required reviewing once more.
All processed samples have been added to Discover, although a small number completed during the active Discover update may not yet be visible there. All 2,300 processed males have already been incorporated into the haplotree, so any newly identified novel branches or splits created by ancient samples processed this week can already be seen there and will appear on Discover in the next update.

Discover Update + Oldest Known R1b!
While we are still waiting on the full archaeological contexts for the Akbari et al. 2026 aDNA samples, Y-DNA Discover now shows their mean dates, which already gives us useful clues about their contexts and how close they may have lived to their branch’s MRCA.

One sample is particularly striking: I5410, with a mean date of 13,176 BCE. Our team has determined that he belongs to R-L761, which makes him the oldest known R1b sample to date. The paper lists him as coming from “East” West Eurasia, a region the authors define as including modern-day Romania, Moldova, Ukraine, Belarus, Russia, and Kazakhstan.

On the mtDNA side, he belongs to K1, making him the oldest known K1 individual and the second-oldest known K sample overall. Even more interestingly, he appears to represent a true K1* lineage, with no private variants of his own. In the next update, dates will be added to the paper’s 10,000 ancient samples for mtDNA.

Check out the new samples' dates on Discover:
https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-L761/ancient

[Farroukh]

Тюрки-шатуо

В русском языке они именуются шато (изначально - "чёль", т. е. "степняки")