Древние геномы человека из Ладакха свидетельствуют о смешении тибетских, южноазиатских и центральноазиатских кровей за последние три тысячелетия - Препринт, Нирадж Рай, Бхавна Ахлават, .... Таши Лдава Тсангспа, Маанаса Рагхаван.

Абстракт
Трансгималайский регион Ладакх занимает стратегическое положение на перекрестке Южной Азии, Тибетского плато и Центральной Азии, а археологические данные указывают на долгосрочный культурный обмен между этими регионами. Однако генетическая история человечества в Ладакхе остается в значительной степени неизученной.
Мы получили палеогеномные данные от семи человек, найденных в двух местах в Западном Ладакхе — пещере Старой Леди Паучихи и Хану, — шесть из которых датируются 531–585 годами назад, а один — XIX веком н.э. Более древние индивиды
имеют существенное генетическое сходство с тибетскими группами,
но также содержат значительный вклад от двух дополнительных источников: ранее не наблюдавшейся линии, связанной с современными популяциями Северной Индии и Пакистана, и линии, связанной с Центральной Азией/Восточной степью, с событиями смешения, произошедшими примерно 2000–2300 лет назад. Напротив, более поздний индивид попадает в ранее описанный древний гималайский генетический градиент, имеющий предков, связанных с древними тибетскими и степными источниками. Анализ стабильных изотопов предполагает, что эти индивиды были местными жителями Ладакха и вели агроскотоводческий образ жизни. Наше исследование показывает, что центральная роль Ладакха в евразийских экономических и социокультурных сетях формировалась благодаря динамичному и устойчивому генному потоку, связывающему высокогорные гималайские группы как с низменной Южной Азией, так и с Внутренней Азией.

Митохондриальная гаплогруппа (hg) C4a1, обнаруженна у самого старого индивидуума, секвенированного в этом исследовании (LD-34), и у LD-25, . Hg U7a3b, обнаруженны у следующих по возрасту особей LD-01 и LD-36, и hg U5a1a у L D-TT, Гаплогруппы H2a1a и M52a1b, обнаруженны у двух особей из пещеры Митохондриальный hg M65a, присутствующий в LD38, . Наконец, hgs F2g, T1a и M9a1b, наблюдаются уHANU-1, HANU-2 и HANU-3, соответственно.
Химачал-Прадеш: «У человека из Санглунга была обнаружена митохондриальная гаплогруппа U4a, ранее зарегистрированная у современных жителей Западной и Южной Азии (19–21), в то время как его гаплогруппа Y-хромосомы, D (D-M174), ранее была зарегистрирована у древних и современных жителей Тибета, Японии, Китая, Таиланда и Андаманских островов
Это контрастирует с двумя другими древними людьми из Ташиганга и Киббера, чьи митохондриальные гаплогруппы (B4a4 и F1b1c соответственно) и гаплогруппа Y-хромосомы Индивид Киббер (D-M174), также обнаруженный у индивида Санглунг, ранее был описан у древних и современных индивидов из Восточной Азии (3, 8, 26–28). Как митохондриальная ДНК (мтДНК), так и гаплогруппы Y-хромосомы, обнаруженные у современных индивидов HIM-A (митохондриальные гаплогруппы: G1a, G2a1, G2a2, F1g и M13a2; гаплогруппы Y-хромосомы: CT и O2a2b1a1a), ранее также были описаны у современных и древних индивидов из Восточной Азии, включая Тибетское плато (2, 3, 26, 29, 30). Один из индивидов HIM-A имел гаплогруппу Y-хромосомы N1c1a, ранее описанную у североевропейских, сибирских и центральноазиатских популяций.
.В соответствии с результатами анализа главных компонентов, у двух жителей Чоскара были обнаружены митохондриальные гаплогруппы U7a и M52, которые были зарегистрированы у современных жителей Западной и Южной Азии (19–21). Из двух современных индивидов, у HIM-B были обнаружены гаплогруппы мтДНК (U7a3b) и Y-хромосомы (J2b), ранее описанные в группах из Европы и Западной, Центральной и Южной Азии (19, 20, 32–35), тогда как индивидууму с большей примесью, связанной с равнинной Южной Азией, HIM-C, были присвоены митохондриальные гаплогруппы M9a1a1c1b1a, которые наблюдались в Восточной Азии и Тибете.
Что касается нетибетского источника, то индивиды, относящиеся к афанасьевской культуре, отобранные в степном регионе современной России и датированные примерно 4000–5000 лет назад, последовательно давали значимые модели для всех трех древних северных гималайцев.
Примесь тибетского происхождения из Лаги и Афанасьево была датирована с помощью DATES (36) примерно 2700–3800 лет до н.э. у индивидов из Санглунга и Киббера (незначимый результат для индивида из Ташиганга), что примерно на 2000 лет старше древних северных гималайских индивидов в этом исследовании (таблица S9). В совокупности результаты D-статистики и qpAdm указывают на существенный уровень нетибетского генетического происхождения у трех самых древних северных гималайских индивидов, помимо того, что основным источником происхождения является тибетский источник. Наши результаты показывают, что северные Гималаи с течением времени подвергались значительному генному потоку от групп с предками, связанными с Тибетским плато и степью.
Кашмирская долина: «Митохондриальные гаплогруппы были определены для неолитических, мегалитических и средневековых образцов при четырех пороговых значениях качества консенсусного определения по Шмутци (Q10, Q20, Q30 и Q50). Мы смогли получить согласованные митохондриальные гаплогруппы при четырех значениях качества. Для неолитического образца BR3 была определена гаплогруппа мтДНК M65a + @16311 с качеством гаплорепирования 0,945, а для мегалитического образца BR7 предполагаемая гаплогруппа была U2b2 с показателем качества 0,85. Предполагаемая митохондриальная гаплогруппа для средневекового образца Med1 составила M30 + 16234 (оценка 0,9479), а для образца Med2 — W4. Хотя мы также получили гаплогруппу (R8a1) другого неолитического образца BR2 (Burzahom2) при пороговом значении качества по Шмутци Q10".