Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[kardes]

Новый денисовский геном проливает свет на заселение Азии и Океании

Стефан Пейрень1, Дийендо Массилани1,2, Янив Свиель1, Арев П. Зюмер1, Альба Боссомс Меса1, Майкл Джеймс Бойл1,2, Леонардо Н.М. Яссы1, Чезаре де Филиппо1, Бенс Виола3, Елена Эссель1, Сара Нагель1, Джулия Рихтер1, Антье Вейман1, Барбара Шеллбах1, Хьюго Зеберг1,4, Иоганн Висаги1, Максим Б. Козликин5, Михаэль В. Шунков5, Анатолий П. Деревянко5, Кей Прюфер1, Бенджамин М. Петер1, Маттиас Мейер1, Сванте Паабо1, Джанет Келсо1

1- Институт эволюционной антропологии Макса Планка, Лейпциг, Германия · 2 - Текущий адрес: Кафедра генетики, Йельская медицинская школа, Нью-Хейвен, Коннектикут, США · 3 - Кафедра антропологии, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада · 4 - Кафедра физиологии и фармакологии, Каролинский институт, Стокгольм, Швеция · 5 - Институт археологии и этнографии, Сибирское отделение РАН, Новосибирск, Россия

Хотя широко признано, что современные люди возникли в Африке, время их первоначального прибытия и выживания в различных регионах мира остаётся неопределённым. Археологические данные свидетельствуют о многократном расселении современных людей из Африки, причём некоторые ископаемые находки подтверждают присутствие ранних современных людей в Китае 100 тысяч лет назад (тыс. лет назад) и в Юго-Восточной Азии 70 тысяч лет назад. Однако геномные данные свидетельствуют о том, что люди, живущие сегодня, происходят в основном от одного быстрого расселения после 50 тысяч лет назад, поскольку все неафриканцы несут неандертальскую родословную от общего события смешения. Генетический вклад от более ранних миграций, если таковой имелся, был минимальным (<1%), но сохраняется неопределённость относительно взаимоотношений и путей миграции предковых популяций по всей Евразии и Океании. Изучение взаимодействий между ранними современными людьми и денисовцами, архаичными людьми, которые жили в Азии до современных людей, может пролить свет на это расселение(я). Предыдущие исследования показали, что предки современных азиатов и океанийцев встречались и смешивались с несколькими генетически различными популяциями денисовцев. Однако наличие только одного высококачественного генома денисовца ограничило нашу способность охарактеризовать разнообразие предков денисовцев у современных людей и реконструировать историю взаимодействий.  Мы сообщаем о втором высококачественном геноме денисовца, реконструированном из моляра, найденного в Денисовой пещере и датируемого примерно 200 тыс. лет назад. Мы определили, что этот человек принадлежал к ранней популяции денисовцев, которая отделилась примерно 220 тыс. лет назад от более поздних денисовцев из этой пещеры.  Используя этот новый геном денисовца, мы переоцениваем распределение различных компонентов предков денисовцев у современных людей. Географическое распределение этих компонентов сегодня дает подсказки о том, где жили денисовцы и какими путями современные люди колонизировали Азию и Океанию. Более того, сравнение интрогрессированных сегментов ДНК денисовцев в разных популяциях и оценка времени интрогрессии проливают свет на количество и сроки этих миграций. Эти результаты открывают новый взгляд на историю раннего расселения современных людей.

[пенелопа]

На западе Европы нашли кроманьонца с вероятными предками с Русской равнины
Часть его генома похожа на людей из Сунгиря

https://nplus1.ru/news/2025/10/02/gravettian-populations
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.26.678744v1

[kardes]

Разнообразие митохондриальной ДНК у северо-восточных иберов в железном веке
Аннотация
Иберийская культура возникла вдоль средиземноморского побережья Пиренейского полуострова между VIII и VI веками до нашей эры, достигнув расцвета в V-III веках до нашей эры вплоть до римского завоевания. Иберы занимались металлургией, сельским хозяйством и скотоводством, а также активно участвовали в средиземноморских коммерческих торговых сетях. Несмотря на то, что кремация была преобладающей погребальной практикой, достижения в древних методах ДНК позволили восстановить митохондриальную ДНК (мтДНК) у все большего числа иберов. В данной работе мы проанализировали останки 31 новорожденного, успешно получив профили мтДНК для 21 человека (20 иберов и 1 позднего римлянина). Эти данные были объединены с 41 ранее опубликованным профилем мтДНК от неродственных иберов из разных племен северо-востока Пиренейского полуострова. Для контекстуализации иберийских гаплогрупп были собраны дополнительные доисторические данные. Мы исследовали разнообразие материнской линии между племенами, временные сдвиги в составе гаплогрупп и признаки дальних миграций женщин. Наши результаты выявили тонкие различия в частотах гаплогрупп мтДНК между группами, хотя генетическая дифференциация не была статистически значимой. Митохондриальное разнообразие оставалось относительно высоким во всех племенах, что согласуется с патрилокальными системами спаривания и миграцией женщин на небольшие расстояния, что могло предотвратить сильную матрилинейную дифференциацию между племенами. Было отмечено преобладание гаплогрупп H, J, K, HV0 и U, большинство из которых уже присутствовали на Пиренейском полуострове до железного века. Разнообразие гаплогрупп оставалось стабильным с течением времени, без популяционной дифференциации, что предполагает материнскую генетическую преемственность со времен бронзового века. Однако присутствие некоторых гаплогрупп указывало на случайный поток генов, опосредованный женщинами, из Северной Африки, Ближнего Востока и Центральной Европы. В целом, это исследование представляет собой наиболее полную на сегодняшний день оценку материнской родословной иберов железного века, основанную на методе NGS, раскрывая генетический ландшафт, сформированный локальной преемственностью, а также некоторой женской мобильностью на дальние расстояния, связанной с коммерческой торговлей и культурным взаимодействием.

[Allan]

Царское погребение с колесницей из северной  Индии, без Синташтинского компонента.
New Niraj Rai video: repeating same stuff about Sinauli Royal Burial from 1700BC. No Sintashta ancestry (aqua blue component). It has WSHG ancestry (green component  https://youtube.com/watch?v=1X22lBiKtLM&t=1150s . Also he says if RV was written around 1000 or 1200 or 1500BC it cannot come from outside

P.S. в Синташте и в Срубной есть аутлаеры  со смешанным компонентом Центрально-Азиатским и Гонурским(БМАК) вот от таких мигрантов там и появились Колесницы.

[kardes]

Древние митогеномы из неолитических, мегалитических и средневековых захоронений свидетельствуют о сложной генетической истории долины Кашмира, Индия.
Абстракт Опубликовано:09 октября 2025 г.
Южная Азия богата культурным и генетическим разнообразием, однако оно практически не представлено в бурно развивающейся области археогенетики. Неолитический памятник Бурзахом имеет высокую культурную и археологическую ценность и является одним из самых ранних поселений человека в долине Кашмира с многочисленными свидетельствами миграции и культурной ассимиляции. В нашем текущем исследовании мы впервые реконструировали полные митогеномы неолитических, мегалитических и средневековых людей из археологического памятника Бурзахом в Кашмире. Наши результаты свидетельствуют о том, что неолитический и мегалитический периоды характеризовались преимущественно локальным генетическим влиянием на материнский генофонд, с некоторыми свидетельствами генетического контакта с железным веком долины Сват. В то же время средневековые популяции демонстрировали явные признаки генетических контактов с историческим населением долины Сват и центральноазиатским населением бронзового века. Интересно, что байесовский эволюционный анализ предполагает родство одного из средневековых образцов со средневековым образцом из озера Роопкунд; этот вывод станет более убедительным при наличии большего количества образцов. Подводя итог, мы предполагаем, что генетика неолитического, мегалитического и средневекового Кашмира хорошо согласуется с археологическими свидетельствами культурных контактов с долиной Сват и Центральной Азией.
Митохондриальные гаплогруппы были определены для неолитических, мегалитических и средневековых образцов при четырёх пороговых значениях качества, выбранных Шмуци (Q10, Q20, Q30 и Q50).  Мы проанализировали 12 образцов, начиная с неолитического, раннего исторического и средневекового периодов, мы смогли успешно реконструировать полные митогеномы 4 из 12 образцов (один неолитического периода, один мегалитического и два средневековых индивидуума).  Нам удалось получить согласованные митохондриальные гаплогруппы при четырёх значениях качества. Для неолитического образца BR3 была назначена гаплогруппа мтДНК M65a + @16311 с качеством гаплорепа 0,945, а для мегалитического образца BR7 – предполагаемая гаплогруппа U2b2 с оценкой качества 0,85. Для средневекового образца Med1 предполагаемые митохондриальные гаплогруппы составили M30 + 16234 (оценка 0,9479), а для образца Med2 – W4. Хотя мы также получили гаплогруппу (R8a1) другого неолитического образца BR2 (Burzahom2) на уровне качества Шмуци Q10, её оценка гаплогруппы оказалась слишком низкой (0,5385).

[kardes]

Генетический и изотопный анализ средневековых скелетов с кладбища Святого Петра, Берлин/Кёльн, Германия
Абстракт    25 августа 2025 г.
Средневековый рынок Берлина, ядро ​​и отправная точка того, что в конечном итоге стало столицей Германии, был зеркалом другого средневекового поселения под названием Кёльн (лат. colonia) на противоположном берегу реки Шпрее. В Кёльне кладбище Святого Петра использовалось примерно с 1150 по 1717 год. В этом исследовании мы изучили людей из самых ранних захоронений этого кладбища на предмет их географического происхождения, используя генетический анализ костей и зубов, а также изотопный анализ зубной эмали. Генетический анализ 96 человек был проведен по 16 аутосомным STR, а также по маркеру амелогенину для определения пола. Мы идентифицировали 54 неродственных мужчины, которые были типированы по 27 STR Y-хромосомы и отнесены к 12 различным Y-гаплогруппам. Распределение Y-гаплогруппы в округе Св. Петра показало высокое сходство с населением современной Германии с высоким содержанием как R1a (31,5%), так и R1b (44,4%), а также I1 (11,1%) и I2a (7,4%). Географическое предсказание происхождения с использованием анализа AMOVA выявило высокое генетическое сходство между популяциями округа Св. Петра и современным немецким населением. Значительные различия были обнаружены для соседних западно- и восточноевропейских популяций. Типирование митохондриальной ДНК для всех 96 человек с использованием однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) кодирующих регионов показало типичное европейское распределение с гаплогруппами H (46,9%), U (17,7%), T (12,5%), J (7,3%) и K (8,3%). Дальнейшее типирование 48 человек было проведено путем секвенирования полного контрольного региона митохондриальной ДНК, выявив лишь следовые количества славянских гаплогрупп. Анализ изотопов стронция и кислорода в 66 самых ранних захоронениях показал, что большинство людей были родом из региона Берлин-Бранденбург и прилегающих регионов, а признаки миграции наблюдались лишь у нескольких человек.

[rozenblatt]

Вышли "ТРУДЫ VII (XXIII) ВСЕРОССИЙСКОГО АРХЕОЛОГИЧЕСКОГО СЪЕЗДА"

В третьем томе есть некоторые палеогенетические работы. Том доступен по ссылке: https://vas.sfu-kras.ru/uploads/Trudy_VII_XXIII_VAS_Tom_III_e6e99f6589.pdf

Некоторые интересные работы:

стр. 368
М. В. Леонова, К. В. Жур, Е. Б. Прохорчук, Н. Г. Свиркина, М. В. Добровольская, А. С. Быданов, В. Д. Кузнецов, А. Н. Ворошилов, Т. А. Ильина, С. В. Язиков

О НАСЕЛЕНИИ СЕВЕРНОГО ПРИЧЕРНОМОРЬЯ В ЭЛЛИНИСТИЧЕСКОЕ – РИМСКОЕ ВРЕМЯ ПО ДАННЫМ ПОЛНОГЕНОМНОГО АНАЛИЗА

Аннотация. Палеогенетика позволяет изучить генетические особенности древнего населения Северного Причерноморья. Крупные античные центры активно взаимодействовали как с метрополиями, так и с местным варварским населением. Анализ древней ДНК позволяет выявить взаимосвязь генетических характеристик, определить структуру населения и глубже изучить процессы межкультурного взаимодействия того времени

стр 370
А. Д. Манахов, Е. В. Рождественских, Э. Д. Айтуганова, С. С. Кунижева, А. Н. Ворошилов, Н. Г. Свиркина, С. Н. Остапенко, В. Д. Кузнецов, Е. И. Рогаев9

ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ПОГРЕБЕННЫХ ИЗ ДВУХ СКЛЕПОВ АНТИЧНОЙ ЭПОХИ ВОСТОЧНОГО НЕКРОПОЛЯ ФАНАГОРИИ

Аннотация. В рамках данной работы впервые для столицы Азиатского Боспора проведен палеогенетический анализ образцов из склепов 247 (раскопки 2015 г.) и 191 (раскопки 2013 г.) античной эпохи Фанагории. Были определены гаплогруппы мтДНК и Y-хромосомы исследованных образцов, популяционный анализа методом главных компонент, а также анализ генетического родства между индивидами.

Ключевые слова: древняя ДНК, Фанагория, некрополь, античная эпоха, склеп

В этом исследование был обнаружен аутлаер - одна из женщие оказалась по генетике похожей на современную мордву.

стр 373
А. В. Недолужко, Е. С. Булыгина, Н. В. Слободова, Д. С. Петрова, Д. С. Коробов, Ф. С. Шарко

ПЕРВЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПОЛНОГЕНОМНОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ДНК НАСЕЛЕНИЯ СЕВЕРНОГО КАВКАЗА ЭПОХИ РАННЕГО ЖЕЛЕЗНОГО ВЕКА

Аннотация. В докладе представлены результаты полногеномного анализа носителей среднесарматской, кобанской и аланской культур, а также представителей оседлого населения сарматского времени Северного Кавказа. Полученные генетические характеристики рассматриваются на широком фоне опубликованных образцов полногеномного анализа индивидов I тыс. до н. э. – I тыс. н. э. с территории региона и прилегающих областей.

Ключевые слова: Северный Кавказ, аланская культура, кобанская культура, палеогенетика

[kardes]

Древние геномы из Восточного Казахстана раскрывают динамическое генетическое наследие охотников-собирателей Внутренней Евразии. 15 октября 2025 г.
Абстракт
Из-за ограниченной доступности древних геномов генетическая история доисторических охотников-собирателей Внутренней Азии остается неполной, особенно для Восточного Казахстана, где Евразийская степь встречается с горными лесами Внутренней Азии. В данной работе мы представляем данные по всему геному двух охотников-собирателей раннего неолита (EN) и 19 скотоводов среднего-позднего бронзового века (MLBA) из стоянки Кокен в районе Верхнего Иртыша на востоке Казахстана. Мы обнаружили, что два представителя EN различались по своим генетическим профилям, но при этом являлись родственниками второй степени родства. Они были генетически наиболее схожи с последующими неолитическими представителями в районе Иртыша, в то время как современные им охотники-собиратели из регионов Тобола и Ишима и Верхней Оби имели другие генетические профили, вероятно, обусловленные речной географией. Индивиды племени кокен (MLBA) были генетически схожи с другими степными скотоводами (MLBA), в то время как генетические изменения свидетельствуют о двух различных траекториях смешения с местными популяциями охотников-собирателей. Эти результаты проливают свет на динамическую структуру популяций охотников-собирателей Внутренней Азии и их генетическое наследие в последующих популяциях скотоводов.
Мы получили данные по всему геному 21 древнего человека с археологического памятника Кокен ( рис. 2 и данные S1), включая 2 человека EN (5477–5222 гг. до н. э.) и 19 человек MLBA (1875–1407 гг. до н. э.)
Мы обнаружили, что два представителя EN Koken были родственниками второй степени родства, вероятно, дядя-племянник или единокровный брат (но вряд ли пара дедушка-внук или двойной кузен), на основании их попарного коэффициента несовпадения генотипов  В целом, Koken_EN1 демонстрирует избыточное генетическое сродство с восточными азиатами, тогда как Koken_EN2 ближе к людям с ANE-родословной.Аналогичным образом, Koken_EN1 и Koken_EN2 не проходят тест на кладальность qpWave). Учитывая их родство второй степени, это подразумевает семейную связь между людьми с разными генетическими профилями. Koken_EN1 и Koken_EN2 представляют собой подходящий прокси для моделирования основного источника смешения друг друга с использованием qpAdm ( 3 ). Koken_EN1 адекватно представлен смесью между Koken_EN2 и особью APS irk030 ( P  = 0,847, 75,7% вклада от Koken_EN2). И наоборот, Koken_EN2 аналогичным образом представлен смесью Koken_EN1 и Sosnoviy_HG, 6000-летнего охотника-собирателя с стоянки острова Сосновый близ Новосибирска.

[Arame]

Про денисовца одно непонятно.
По аутгсомам они как бы родня неандертальцов. Более близки к ним.

Но по игрекам и мито неандертальцы более близки к людям.

Как это понять. В статье не нашел обяснения.

[Georg]

Про денисовца одно непонятно.
По аутгсомам они как бы родня неандертальцов. Более близки к ним.

Но по игрекам и мито неандертальцы более близки к людям.

Как это понять. В статье не нашел обяснения.

Не найду статью, их немало было, но периодическая интрогрессия с африканской ветвью помимо пары процентов аутосом дала неандертальцам предсапиенсные Y и мито

[Yurgan]

Про денисовца одно непонятно.
По аутгсомам они как бы родня неандертальцов. Более близки к ним.

Но по игрекам и мито неандертальцы более близки к людям.

Как это понять. В статье не нашел обяснения.

Если когда-нибудь появятся результаты какого-то сапиенса сапиенса возрастом 200 тысяч лет, по аутосомам он тоже будет  ближе к неандертальцам и денисовцам, чем к современным людям.

[kardes]

ПОГРЕБАЛЬНАЯ ПЕЩЕРА: IRON II. ОТБОР ДРЕВНИХ ОБРАЗЦОВ ДНК И АНАЛИЗ ОДНОРОДИТЕЛЬСКИХ МАРКЕРОВ
В этом кратком отчете представлена ​​основная информация о двух людях из погребальной пещеры Iron II в Кириаф-Иариме. Генетически это один мужчина (I14918) и одна женщина (I14919). Наш анализ был сосредоточен на патрилинейных (гаплогруппа Y) и матрилинейных (гаплогруппы мтДНК) маркерах. После сравнения с другими опубликованными материалами гаплогруппы, по-видимому, имеют широкое «локальное» географическое распространение и, возможно, довольно древнее происхождение. Y гаплогруппаJ2a1a1a2b2a1b1~   , вероятно, возникла на Кавказе или в Анатолии, возможно, еще в конце верхнего палеолита. мтДНК гаплогруппа T1a9 могла присутствовать на Ближнем Востоке в PPN и H87. Возможно, их корни находятся на Аравийском полуострове. Более того, можно с осторожностью отметить, что их предковые, кладальные и субгаплогруппы продолжали существовать, главным образом на Ближнем Востоке и в Средиземноморье, на протяжении многих тысячелетий, с географически близкими примерами на таких памятниках, как Айн-Газаль в PPNB; энеолитический Пкиин; и средне-позднебронзовые Мегиддо и Алалах; эти гаплогруппы сохраняются и по сей день. Как отмечалось выше, в данном отчёте не рассматривался сложный и обширный набор аутосомных данных, полученных от этих людей; этот анализ будет представлен в последующей публикации. Высокое качество данных также позволяет предположить, что некраниальные остеологический материал других людей, упомянутых в главе 27, может дать ценные палеогеномные данные. Дальнейшие исследования этих образцов могут быть целесообразными, несмотря на общую низкую сохранность ДНК в скелетных материалах древнего Израиля.

[Arame]

Про денисовца одно непонятно.
По аутгсомам они как бы родня неандертальцов. Более близки к ним.

Но по игрекам и мито неандертальцы более близки к людям.

Как это понять. В статье не нашел обяснения.

Не найду статью, их немало было, но периодическая интрогрессия с африканской ветвью помимо пары процентов аутосом дала неандертальцам предсапиенсные Y и мито

Речь об этой статье

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.10.20.683404v1

Там неандертало-денисовцы отделяются от людей 800.000 лет назад по аутосомам.

А по игрекам другая картина.

[Srkz]

Там неандертало-денисовцы отделяются от людей 800.000 лет назад по аутосомам.
А по игрекам другая картина.

А как в других статьях это считают? У меня почти ничего не сохранено на эту тему, но вот открыл старую статью по сунгирцам, там расхождение с одними неандертальцами современным людям насчитали 545 тысяч лет назад, это уже ближе к картине по игрекам-мито. В идеале надо бы взять наиболее старые образцы современных людей, и наиболее молодые неандертальцев с денисовцами. Это будет одна эпоха, вот и сравнить их в одних условиях. Раз уж геномов сапиенсов эпохи расчётного расхождения у нас нет.

[zastrug]

Если когда-нибудь появятся результаты какого-то сапиенса сапиенса возрастом 200 тысяч лет, по аутосомам он тоже будет  ближе к неандертальцам и денисовцам, чем к современным людям.

С чего бы? С каких пор существа разных видов( Homo sapiens sapiens и Homo neanderthalensis с Homo denisovensis) ближе друг к другу чем существа одного вида?