Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[telegraaf]

На сайте ENA появилась ссылка куда выложат геномы из исследования палеогенетики Восточноевропейской равнины:

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1086800

Study Title: Genetic history of the ancient population of the Russian Plain
Center Name: Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences

ENA-FIRST-PUBLIC: 2024-05-11
ENA-LAST-UPDATE: 2024-05-11

Но пока там пусто.

Если это то, о чём я думаю, то там больше 200 образцов полногеномных...

Каковы шансы, что эти образцы попадут на YFull?

[kardes]

Филогенетический взгляд на генетическое наследие венгероязычных сообществ Карпатского бассейна
Опубликовано:20 мая 2024 г.
Данное исследование посвящено изучению однородительских генетических линий венгероязычных меньшинств, проживающих в сельских деревнях Бараньи (Хорватия) и региона Зобор (Словакия). Мы стремились идентифицировать наследственные линии путем изучения генетических маркеров, распределенных по всему митогеному и на Y-хромосоме. Это позволило нам выявить различия в региональных генетических структурах внутри этих сообществ. Интегрируя наши недавно полученные генетические данные от 168 участников с ранее существовавшими наборами данных евразийской и древней ДНК, наша цель состояла в том, чтобы обогатить понимание траекторий генетической истории популяций Карпатского бассейна. Наши результаты показывают, что, хотя популяционный анализ может быть недостаточно надежным для выявления мелкомасштабных однородительских генетических паттернов при имеющихся размерах выборки, филогенетический анализ хорошо охарактеризованных данных коротких тандемных повторов Y-хромосомы (STR) и полных последовательностей митогенома позволил это сделать. раскрыть многочисленные связи с обширными регионами и эпохами. Хотя преобладающие части как отцовской, так и материнской ДНК совпадают с восточно-центральноевропейским спектром, более редкие субгаплогруппы и линии выявили [url=https://www.nature.com/articles/s41598-024-61978-4/figures/4]древние связи [/url]как с доисторическими, так и с историческими популяциями, охватывающими Европу и Восточную Евразию. Это исследование расширяет обширную область филогенетики, предлагая критический взгляд на генетическую конституцию и наследие сообществ в Восточной и Центральной Европе.(данные доступны)
-семплы  mt-    Y- :
[img1    img2   [img3    img4    [img5    img6    [img7    img8    [img9    img0
В этом исследовании мы стремились выяснить филогенетические отношения материнских и отцовских линий в сельских венгероязычных популяциях хорватской Бараньи и словацкого региона Зобор. Мы также стремились сопоставить эти результаты с результатами других евразийских популяций и результатами анализа ДНК, уделяя особое внимание древним венграм.Таким образом, среди этих двух групп можно обнаружить больше гаплогрупп восточно-евразийского происхождения (C-M216, N-VL29, R1a-M198*, R1a-Z93), чем в материнских линиях (U4a2, Y1a1, D4b2b), причем общие частоты 4,9% и 3,5% соответственно. Однако в обоих пулах отсутствуют заметные восточные типы, описанные ранее у Секеев (отцовские Q, J и материнские A, B, C). Гаплотипы ближневосточного или кавказского происхождения были обнаружены как в материнском, так и в отцовском пуле в большем количестве, чем восточноевразийские гаплогруппы (16,4% и 27,5%)
пара интересных образцов.
DV058   17685   208,23   U3b3b1   0.8946   Caucasus   C-M216   Asia (present-day China, Mongolia) якобы кавказская мама
ZB072   25642   269,19   U4b1a4   0.9933   East Eurasia   мито как Марии Шварновны

[Daemon2017]

Bea Szeifert, Balázs Gyuris, Kristóf Jakab, Balázs Gusztáv Mende, Péter Langó, Attila Türk, Vitalij Sinika, Dániel Giedl, Péter Major, Norbert Berta, Anna Szécsényi-Nagy:
Analysis of genetic connections between the medieval communities of the Dniester Valley and the Carpathian Basin.

Введение

Долина Днестра и Карпатский бассейн являются географически отдаленными регионами Восточно-Центральной Европы. Ранняя история хунганцев 9-10 веков, однако, связывает их, поскольку их последнее поселение находилось в долинах Днестра и Днепра (так называемый Этелкёз) на пути миграции из от Урала (от распространения кушнаренковской культуры) до Карпатского бассейна. Археологические находки флубботального горизонта могут быть отнесены к ранним венграм северного Причерноморья, а также указывают на связи со средневековыми культурами Волго-Уральского региона.

Здесь мы представляем новый полногеномный набор данных из бунаев в Эвикёзе (9-11 гг. н.э.) и с кладбищ, представляющих первые несколько поколений после завоевания Карпатского бассейна (10 в. н.э.). Исследованные могильники вблизи Днепра имели славянскую материальную культуру 9-11 вв. н. э.). В данном случае предполагалось собрать как можно более ранние образцы, поскольку до конца века умерших кремировали (рис. 1).

Мы также исследовали стоянку Пати Маломи-дюло (земрии C и D) из северо-центральной Венгрии (10 CAD). Мы взяли образцы со всех могил на кладбище. На данный момент это наибольшее количество исследованных образцов (42 и 13) из одно средневековое (период венгерского завоевания) кладбище Карпатского бассейна на всем геномном уровне

Полученные результаты

Группа Этелкяз демонстрирует смешанный генетический состав с сигналами из Центральной Азии и Урала, но
Также наблюдается европейский генетический состав. К сожалению, образцы Печенега не подходят для полногеномных исследований из-за плохого содержания ДНК. Подробная радиокартионная хронология помогает нам распутать наблюдаемую тщетность.

Сообщество мунганских завоевателей также неоднородно, но кажется, что их первое поколение (на основании археологических и радиоуглеродных данных) несет в себе большую долю элементов, связывающих их с населением Уральского региона, а также с населением Этелкдз.

Славянская группа гораздо более однородна, ее генетический состав аналогичен немногочисленным Завоевателям 10 века (рис. 2-3). группа показывает связь как с регионом Этелкёз, так и с Карпатским бассейном.
в случае с Paty-Malomi-d06 на кладбище D были обнаружены только люди со значительным геномным сходством с популяцией Лина, люди на кладбище C имели в основном европейский состав геномной ДНК. Наш анализ не указывает на кровное родство или небольшую численность населения на кладбище C. Таким образом, сообщество, использующее это захоронение, могло быть относительно обширным, члены группы могут быть связаны с лицами из нескольких метиевских кладбищ Карпатского бассейна на основе анализа родства ( anciBO, KIN, BREADR) Участок Паты-Маоми-d015 также использовался семьями, мы выявили несколько близких и дальних родственников в обеих частях захоронения, но что интересно, мы не находим даже отдаленной связи между кладбищем C и D Вероятно, потому, что кладбище Д являлось местом захоронения небольшой тесной общины (рис. 4).

[Ильгиз]

Группа Этелкяз демонстрирует смешанный генетический состав с сигналами из Центральной Азии и Урала, но
Также наблюдается европейский генетический состав. К сожалению, образцы Печенега не подходят для полногеномных исследований из-за плохого содержания ДНК. Подробная радиокартионная хронология помогает нам распутать наблюдаемую тщетность.

Что-то подозрительно что печенеги оказались неподходящими для анализа, того же периода что и тн "'этелькозцы". Реально ли материалы по ним были негодными, или тестировали и оказались генетически такими же как этелькозцы и портили картинку!?

[Daemon2017]

Что-то подозрительно что печенеги оказались неподходящими для анализа, того же периода что и тн "'этелькозцы". Реально ли материалы по ним были негодными, или тестировали и оказались генетически такими же как этелькозцы и портили картинку!?

Всяко может быть. Но, вроде бы, на Восточную часть страны венгры не жалеют денег:
https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#8/47.132/17.924
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=1TYJrkLXUap0Ip-8EIeTH-uzN4V8&ll=47.26866255450575%2C19.514812643438518&z=8
https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=&searchfor=&ybp=500000,0

[Murzalar]

Очень интересно.

[пенелопа]

дДНК с хорватского острова Хвар. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594056v1
https://nplus1.ru/news/2024/05/17/hvar

[rozenblatt]

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB74730

Bronze Age in Eurasia has been characterized by a period of human migrations, development of pastoralism, and development of metallurgy, among other processes. We generated genome-wide SNP data for 9 individuals associated with the Seima-Turbino transcultural phenomenon. We also generated whole-genome sequencing data for 5 individuals from the site Bolshoy Oleni Ostrov in Russia, as well as genome-wide SNP data for 2 new individuals.

Бронзовый век в Евразии характеризуется периодом миграций людей, развитием скотоводства и металлургии, а также другими процессами. Мы получили геномные SNP-данные для 9 человек, связанных с транскультурным феноменом Сейма-Турбино. Мы также получили данные полногеномного секвенирования для 5 человек из стоянки Большой Олений Остров в России, а также полногеномные SNP-данные для 2 новых людей.

Я так понимаю это геномы из статьи: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.01.560195v1.full

[G-Man]

Разнообразие в сейминско-турбинском могильнике Ростовка (Омская область):

ROT002   N1a1a1a1a L392   1938-1700 calBC

ROT003   R1a1a1 M417   4150-3800 BP, stratigraphic context

ROT004   Q1b M346   2202-1983 calBC

ROT006   R1b1a1a M73   4150-3800 BP, stratigraphic context

ROT011   C2a L1373   2054-1174 calBC

ROT015   C2a1a4 F9992   2133-1919 calBC

ROT016   R1a1a1b Z645   2137-1919 calBC

ROT017   Q1b1 L53   4150-3800 BP, stratigraphic context


Свежий препринт https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.01.560195v1

Bronze Age Northern Eurasian Genetics in the Context of Development of Metallurgy and Siberian Ancestry

The genetic profiles of nine ST-associated individuals vary widely ranging between ancestries maximized in individuals from the Eastern Siberian Late Neolithic/BA, and those of the Western Steppe Middle Late BA. The genetic heterogeneity observed is consistent with the current understanding of the ST metallurgical network as a transcultural phenomenon.

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB74730

Отдельно выложены Y-БАМы: ROT003.Y, ROT006.Y, ...  (все бы так делали)


Быстро посмотрел пару образцов:

ROT002   N-L1026  CTS27+

ROT016   R1a  Z2123+

[G-Man]

ROT004   pre-Q-L933  (есть и плюсы, и минусы на этом уровне — разбивает уровень)

ROT017   pre-Q-BZ2211   (в FTDNA этот уровень разбит)

[rozenblatt]

https://www.nature.com/articles/s41598-024-61052-z

    Article
    Open access
    Published: 28 May 2024

Bioarchaeology aids the cultural understanding of six characters in search of their agency (Tarquinia, ninth–seventh century BC, central Italy)

    G. Bagnasco, M. Marzullo, C. Cattaneo, L. Biehler-Gomez, D. Mazzarelli, V. Ricciardi, W. Müller, A. Coppa, R. McLaughlin, L. Motta, O. Prato, F. Schmidt, F. Gaveriaux, G. B. Marras, M. A. Millet, R. Madgwick, R. Ballantyne, C.A. Makarewicz, A. Trentacoste, P. Reimer, V. Mattiangeli, D. G. Bradley, C. Malone, C. Esposito, …S. Stoddart

Abstract

Etruria contained one of the great early urban civilisations in the Italian peninsula during the first millennium BC, much studied from a cultural, humanities-based, perspective, but relatively little with scientific data, and rarely in combination. We have addressed the unusual location of twenty inhumations found in the sacred heart of the Etruscan city of Tarquinia, focusing on six of these as illustrative, contrasting with the typical contemporary cremations found in cemeteries on the edge of the city. The cultural evidence suggests that the six skeletons were also distinctive in their ritualization and memorialisation. Focusing on the six, as a representative sample, the scientific evidence of osteoarchaeology, isotopic compositions, and ancient DNA has established that these appear to show mobility, diversity and violence through an integrated bioarchaeological approach. The combination of multiple lines of evidence makes major strides towards a deeper understanding of the role of these extraordinary individuals in the life of the early city of Etruria.

Этрурия была одной из великих ранних городских цивилизаций на Итальянском полуострове в первом тысячелетии до нашей эры, которая много изучалась с точки зрения культуры, гуманитарных наук, но относительно мало с помощью научных данных, и редко в сочетании. Мы рассмотрели необычное расположение двадцати ингумаций, найденных в священном сердце этрусского города Тарквиния, сосредоточившись на шести из них в качестве иллюстрации, контрастирующей с типичными современными кремациями, найденными на кладбищах на окраине города. Культурные свидетельства указывают на то, что эти шесть скелетов также отличались по своей ритуализации и мемориализации. Сосредоточившись на этих шести скелетах как на репрезентативной выборке, научные данные остеоархеологии, изотопного состава и древней ДНК позволили установить, что они свидетельствуют о мобильности, разнообразии и насилии с помощью комплексного биоархеологического подхода. Сочетание нескольких линий доказательств делает значительные шаги к более глубокому пониманию роли этих необычных людей в жизни раннего города Этрурии.

Переведено с помощью DeepL.com (бесплатная версия)

Код: [Выделить]

Individual Genetic Sex Endo. DNA Genomic
Coverage (X) Final no. aligned reads Mito. Hg Mito. contam. + MD Mito. contam. -  MD Y  Hg X-chr contam.
Individual 8 F 58% 1.36 67,441,527 HV+16311 0.0098 0.0088 - -
Individual 10 M 18% 0.86 43,720,002 U5b2b3 0.0102 0.0114 J-M12 (J2b) 0.028
Individual 11 F 19% 0.96 49,833,896 H3 0.0123 0.0123 - -
Individual 12 F 3% - - - - - - -
Individual 14 F 51% 1.85 88,304,305 T2 0.008 0.0098 - -
Individual 19 M 41% 1.7 83,252,084 T2b 0.0073 0.0095 J-M241 (J2b2a) 0.011
 Индивид 11(890–770  г. до н.э.) из Тарквинии кластеризуется с популяциями из Скандинавии, Балтийского моря и североатлантических регионов Европы, имея генетическое родство с популяциями из более северных регионов Европы, чем было ранее продемонстрировано у любого италийца железного века. Другие таркинские индивиды кластеризуются с основной группой италийских индивидов железного века, в том же регионе, что и современная Италия и центральное Средиземноморье.

Переведено с помощью DeepL.com (бесплатная версия)

Карта генетического сходства индивидуума 11 с современными популяциями Европы: (сделана ph2ter на сайте genarchivist)

[kardes]

Древние геномы раскрывают аварско-венгерские трансформации, произошедшие в 9-10 веках нашей эры в Карпатском бассейне
29.05.2024
Новый анализ средневековой трансформации западновенгерских популяций на основе IBD сегментов.

Регион Карпатского бассейна в конце 9 века н.э. В этом исследовании представлен генетический анализ 296 древних образцов, в том числе 103 геномов, секвенированных ПГ-методом, из современной Западной Венгрии. Используя сети обмена сегментами идентичности по происхождению (IBD), это исследование дает подробное представление о структуре и динамике населения региона, охватывающего период с 5 по 11 века нашей эры, с определенными микрорегиональными фокусами. Наши результаты подчеркивают обширные процессы гомогенизации и реорганизации, разрывы между группами иммигрантов гуннов, аварцев и периода завоевания, а также распространение и интеграцию предков, связанных с венгерскими завоевателями. Это исследование является одной из новаторских попыток применить анализ IBD к древней ДНК, предлагая детальное понимание динамики населения между 8 и 11 веками нашей эры в Карпатском бассейне.

[Arame]

Новые дднк из среднебронзовой Армении.
Похожи на предыдущих.
Имеют степной Мито U5a1
Игреков вроде нету

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X24002293

Highlights
•
“Dragon stones” are prehistoric basalt stelae carved with animal imagery.

•
“Dragon stones” are known from prehistoric Southern Caucasus region.

•
A “dragon stone” from the site Lchashen, Armenia, reveals unique archaeological context.

•
By combining methods of archaeology and genetics it is possible to reconstruct events in prehistory.

[Daemon2017]

Древние геномы раскрывают аварско-венгерские трансформации, произошедшие в 9-10 веках нашей эры в Карпатском бассейне

Карпатский бассейн был в основном домом для временных групп и государств (например, свебов, готов, лангобардов, гепидов и т. д.) с различным этническим и культурным происхождением между падением Римской империи в Паннонии (433 г. н. э.) и приходом аваров в Паннонию. 568 г. н. э., когда их элита северо-восточно-евразийского происхождения (Csáky et al., 2020a; Gnecchi-Ruscone et al., 2022; Maróti et al., 2022) вместе с различными восточноевропейскими группами поселилась в регионе (Pohl, 2018). Согласно письменным и археологическим источникам, население Аварского каганата было чрезвычайно разнообразным в культурном отношении (Сёке, 2021, 2014). 20-летний конфликт с быстро расширяющейся Каролингской империей привел к распаду Аварского каганата к 811 году нашей эры, который распался на более мелкие региональные единицы. Бывшие паннонские провинции, то есть Задунайский край (соответствует территории нынешней Западной Венгрии) и Дравско-Савское междуречье, вошли в состав Каролингской империи, а Дунайско-Тисское междуречье и Затисинские регионы (последние два далее именуются (тогда как Великая Венгерская равнина, сокращенно ГХП) оставалась под контролем кагана. Бывшие территории каганата были оккупированы моравами на северо-западе и хорватами на юго-западе, оба под контролем императора Каролингов. За этим расширением Каролингской империи последовало ее культурное влияние и стратегическая интеграция в соответствующих регионах в 9 веке нашей эры. Это включало создание небольших изолированных округов в качестве административных единиц и целенаправленные усилия по христианизации вновь приобретенных территорий (Szőke, 2021).

А вот это хорошечно - как в работе Вязова по славянам

Рисунок 5. Модели IBD на стоянках Задунайского региона в V-XI веках и соответствующие им модели ROH. Визуализируются только связи между 10 и 1400 см, чтобы подчеркнуть связи на уровне популяции, а не связи 1-2-й степени.


Рисунок 2. Распределение европейских генетических групп. а) PCA-представление классификации на основе кластера f4 лиц, имеющих только европейское происхождение. Дальнейшие тесты (раздел 3.2 «Дополнительная информация») показали, что эти группы представляют собой участки региональной генетической линии, где группы 1 и 2 представляют собой две крайности, а группа 3 — генетическую линию между ними. б) Хронологическое и географическое распространение генетических групп/клиний. До процесса гомогенизации в 10 веке нашей эры можно было наблюдать явные различия между двумя макрорегионами.

Странно, что где-то у них
european group 1
european group 2
european group 3.1
european group 3.2
а где-то
european group 1
european group 2
european cline 3.1
european cline 3.2
Но похоже, что это просто опечатка.

Плюс не вполне ясно, с кем какая группа отождествляется. Есть видео с этими же картинками https://www.youtube.com/watch?v=R6USDcY8Bhc и картинкой-подложкой, где отмечены
Keleti Europa - Восточная Европа
Észak - Северная
Nyugat - Западная
Déli - Южная
Közel-Kelet - Средний Восток
Похоже, что в Венгрии в V веке, не считая средневосточников, жили только западные и южные европейцы

[MCB]

3.1/2 они определяют как клинальные группы между "1" и "2", причем "1" и близкие к ним 3.1 тождественны грекам и автохтонной греко-иллирийской клине из Olalde 2023, а 2 и близкие к ним 3.2 связаны с германскими миграциями.

Важно, мне кажется, отметить, что авары (pre-CEE = pre-Hungarian Conquest Easterners) составляли большой процент населения Задунавья (18.5%, это в первую очередь исторический центр средневековой Паннонии Блатноград-Мозабург на Малом Балатоне) и эти авары были уже смешаны с европейским населением, но, согласно IBD, их недавние европейские предки были не местные (не балкано-иллирийцы и не германцы). То есть напрашивается гипотеза, что на пути к Балатону, авары смешались со славянами, но избегали браков с местными паннонцами.

Древние венгры (post-CEE) были связаны по IBD с Uyelgi21. Связь с аварами по IBD была, наоборот, очень слабой и в первом приближении объяснялась славянским смешением у ранних венгерских элит.