АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 470054 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 311
  • Рейтинг +85/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4; жжм (отец бабушки)-J1-L816
  • мтДНК: V7b1
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2670 : 02 Август 2022, 17:19:27 »
Новая статья в журнале "Гентика"                                                                                                                                                                                                                                                                                               
                МЕТОДОЛОГИИ ВЫДЕЛЕНИЯ ДРЕВНЕЙ ДНК ИЗ КОСТНОЙ ТКАНИ ДЛЯ ГЕНОМНОГО АНАЛИЗА: ПОДХОДЫ И ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

АНДРЕЕВА Т. В.*1,2,3, МАЛЯРЧУК А. Б.1, СОШКИНА А. Д.1, ДУДКО Н. А.1,3, ПЛОТНИКОВА М. Ю.3, РОГАЕВ Е. И.*3,4,5
1 Центр генетики и генетических технологий, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, Россия
2 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, Россия
3 Центр генетики и наук о жизни, Университет “Сириус”, Сочи, Россия
4 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, Россия
5 Медицинская школа Чан Массачусетского университета, департамент психиатрии, Шрусбери, США
Тип: статья в журнале - научная статья Язык: русский
Том: 58Номер: 9 Год: 2022 Страницы: 979-998 Поступила в редакцию: 01.04.2022Принята к печати: 29.04.2022
     УДК: 57.088
ЖУРНАЛ:
    
ГЕНЕТИКА
Учредители: Российская академия наук
ISSN: 0016-6758
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА:
    
ДРЕВНЯЯ ДНК, ПАЛЕОГЕНЕТИКА, КОСТНЫЕ ОСТАНКИ, МАСШТАБНОЕ ПАРАЛЛЕЛЬНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ
АННОТАЦИЯ:
    
Появление и развитие методов масштабного параллельного секвенирования открыло новые перспективы в области изучения древних, в том числе вымерших организмов. Многочисленные костные останки, представленные в археологических и музейных коллекциях, зачастую являются единственными источниками информации о древних видах и популяциях. В обзоре обсуждаются особенности костной ткани человека и связанные с ними преимущества и недостатки использования костного материала как источника ДНК для проведения геномного анализа древних людей. Представлены новые методологические подходы к выделению ДНК из древних костных останков человека и ее подготовке к масштабному параллельному секвенированию, а также перспективы и направления дальнейших исследований в новой междисциплинарной области – палеогеномике. https://www.elibrary.ru/item.asp?id=49211818


Оффлайн raia

  • Сообщений: 122
  • Страна: ru
  • Рейтинг +224/-3
  • Y-ДНК: e
  • мтДНК: Т2b4
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2671 : 02 Август 2022, 17:41:14 »
Новая статья в журнале "Гентика"                                                                                                                                                                                                                                                                                               
                МЕТОДОЛОГИИ ВЫДЕЛЕНИЯ ДРЕВНЕЙ ДНК ИЗ КОСТНОЙ ТКАНИ ДЛЯ ГЕНОМНОГО АНАЛИЗА: ПОДХОДЫ И ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
Похоже  на ликбез для ШКИДа, но между строк читается: "дайте нам больше денег".
https://forum.molgen.org/index.php/topic,8069.msg550709.html#new

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 513
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2672 : 02 Август 2022, 20:57:38 »
Геном неандертальца впервые прочитали в России
https://nplus1.ru/news/2022/08/02/neanderthal

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1314
  • Страна: ru
  • Рейтинг +90/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2673 : 03 Август 2022, 11:08:50 »
Геном неандертальца впервые прочитали в России
https://nplus1.ru/news/2022/08/02/neanderthal

Надо митодрево редактировать с учётом митогаплогрупп неандертальцев...

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 972
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1230/-11
  • Y-ДНК: G2a1
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2674 : 22 Август 2022, 18:09:25 »
дДНК древней женщины бронзового века из Улуг-депе (БМАК, Туркменистан)
Цивилизация Окса (или Бактрио-Маргианский археологический комплекс, БМАК) была основной археологической культурой бронзового века на юге Центральной Азии. Ранее палеогенетические анализы проводились в основном на образцах из восточной части БМАК. Население, связанное с BMAC, происходит от местных энеолитических популяций, с некоторыми вбросами степного или южноазиатского происхождения. Здесь мы представляем новые полногеномные данные для индивида PRJEB51133 из Улуг-депе (БМАК,Туркменистан), одного из основных участков BMAC, расположенного на юго-западной окраине BMAC. Мы показываем, что образец генетически принадлежит к кластеру BMAC и подтверждаем, что современные индоираноязычные популяции из Центральной Азии ведут свое происхождение от популяций BMAC.
 Этот район отличается высоким генетическим, языковым и этнологическим разнообразием. Сегодня в Центральной Азии проживает несколько этнических групп, принадлежащих к двум лингвистическим семьям: индоиранской, состоящей из таджиков и ягноби, традиционно ведущих оседлый земледелий, и тюркско-монгольской, включающей узбеков, туркмен, каракалпаков, казахов и кыргызов, традиционно ведущих кочевой образ жизни.Генетический анализ также помог понять происхождение и историю этих популяций. Индоиранские носители имеют наибольшую близость к современному западно-евразийскому населению, в то время как тюрко-монголы в основном связаны с восточными евразийцами (Северная Азия). Однако из этого общего вывода выделяются туркмены: несмотря на то, что они говорят на тюрко-монгольском языке, они больше связаны с индоиранским населением, что свидетельствует о недавних изменениях как в их языке, так и в образе жизни ( Guarino-Vignon et al., 2022). Во-вторых,  индоиранская группа возникла в результате первого доисторического смешения западно- и восточно-евразийских групп ( Палстра, Хейер и Аустерлиц, 2015 ). Затем, около 2,3 тыс. лет назад, тюрко-монгольская группа возникла в результате второго смешения этих протоиндоиранцев с восточными евразийцами.
На юге (современный южный Узбекистан, Таджикистан, Туркменистан, южный Кыргызстан, северный Афганистан и северо-восточный Иран) агропастбищные общины существуют с 6000 г. до н.э. (Д.Р. Харрис, Госден и Чарльз, 1996 ) и уже в восьмом тысячелетии до н.э. в Северо-Восточном Иране ( Harris 2011 ; Roustaei, Mashkour, and Tengberg 2015 ; David R). Эти группы генетически сходны с неолитическими иранскими сообществами ( Brushaki et al., 2016 ; Lazaridis et al., 2016).), что может свидетельствовать о том, что земледельческий образ жизни был приобретен в результате расширения популяций земледельцев или что предки местных охотников-собирателей были связаны с обширным населением, обнаруженным в Иране и на Кавказе ( Shinde et al . ., 2019 ). Генетические данные, полученные из нескольких археологических памятников, показывают сильную генетическую преемственность между неолитом и началом BMAC с лишь ограниченным генетическим вкладом других групп. Улуг-депе является одним из крупнейших протогородских участков БМАК (13 га) и расположен в зоне формирования БМАК и внутри домов обнаружено до 100 захоронений эпохи бронзы
Из 15 образцов только для женщины ULG75 выявлена митохондриальная гаплогруппа ULG75 представляет собой HV + 3 197 + 12 358 + 16 311 и такой гаплотип HV + 16 311 обнаружен у двух женщин из Центральной Европы.

Полногеномный анализ древней ДНК ULG75 из Улуг-депе,  показывают, что ULG75 принадлежит к генетическому кластеру BMAC, представленному людьми из Гонур-депе, Джаркутана, Бустана и Саппали-тепе и особи BMAC в значительной степени произошли от местных энеолитических популяций, подобных тем, которые были обнаружены в Геоксюре. Эта генетическая преемственность соответствует длительному заселению нескольких поселений БМАК и особенно Улуг-депе. Ограниченный поток генов с южноазиатскими популяциями также был обнаружен у таджиков, но не у ягнобцев, что позволяет предположить, что он произошел в основном после раскола между этими двумя индоираноязычными группами, но вливания периферии Инда обнаружены в нескольких группах BMAC, таких как Бустан, и геном ULG75 может быть смоделирован с учетом того, что до 24% его предков происходят от периферии Инда.


Оффлайн kardes

  • Сообщений: 972
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1230/-11
  • Y-ДНК: G2a1
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2675 : 23 Август 2022, 10:26:09 »
Генетический взгляд на транскультурный феномен сейма-Турбино и распространение уральских языков
Айнаш Чайлдебаева, Фабиан Фрике, Сергей Кузьминых, Вольфганг Хаак:
“Транскультурный” феномен Сейма-Турбино (ST) связан с памятниками бронзового века по всей Евразии, датируемыми периодом времени между 22-17 веками до нашей эры. Предметы ST встречаются по всему евразийскому континенту, простираясь от Финляндии до Монголии, а культурный комплекс характеризуется металлическими предметами, которые имеют уникальную боковую часть в форме лепестка. Происхождение феномена ST не было определено. Однако, основываясь на присутствии металлов, таких как олово и медь, в объектах ST, были выдвинуты гипотезы о горах Алтая и Саян. Никаких поселений, связанных с СТ, не известно, и единственной отличительной чертой культуры является наличие высококачественных металлических предметов. Предполагается, что распространение уральского протоязыка произошло через сеть ST, что предполагает время распада протоуральского.

Здесь мы представляем геномные данные девяти особей, восьми мужчин и одной женщины, из связанного со станцией ST участка Ростовка, расположенного на реке Омь, в 15 км от Омска, Россия, и раскопанного в 1966-1969 годах. Тщательно продуманные артефакты, найденные на этом месте, сделали его известным среди археологов и научного сообщества в целом. Большинство могил, найденных на могильнике Ростовка, содержат бронзовые предметы, а также каменные формы для отливки бронзовых предметов, каменные наконечники копий и оружие. Основываясь на данных SNP всего генома, мы обнаружили, что особи ростовки сильно различаются по своему генетическому профилю, варьируясь от предков, максимизированных у северных сибиряков, до местных особей, ассоциированных с Синташтой, что отражает географическое распространение феномена ST. Присутствие Y-гаплогруппы N-L392 в выборке дополнительно подтверждает связь между ST и распространением уральских языков. Это первое исследование, в котором представлены генетические данные для лиц, связанных с транскультурным феноменом ST, и его потенциальная связь с распространением уральских языков по евразийской лесостепи.
https://cifu13.univie.ac.at/programm...omena/#c892351

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2676 : 23 Август 2022, 11:30:56 »
Основываясь на данных SNP всего генома, мы обнаружили, что особи ростовки сильно различаются по своему генетическому профилю, варьируясь от предков, максимизированных у северных сибиряков, до местных особей, ассоциированных с Синташтой, что отражает географическое распространение феномена ST. Присутствие Y-гаплогруппы N-L392 в выборке дополнительно подтверждает связь между ST и распространением уральских языков. Это первое исследование, в котором представлены генетические данные для лиц, связанных с транскультурным феноменом ST, и его потенциальная связь с распространением уральских языков по евразийской лесостепи.
Интересно, но судя по тому, что нагуглилось, на базе ростовкинских геномов как-то сложно уверенно делать выводы о взаимосвязи ST с распространением уральских языков.

Цитировать
1) хронологически памятник относят к концу XIV века до н.э., а появление Сейсминско-турбинской культуры определено выше первой третью XVII века до н.э.; 2) культурная привязка этого памятника относительна, некрополь находился на стыке трёх культур — кротовской (с большим сомнением соотносимой с протоуграми), самусьской (протокеты) и степной (скорее всего петровской — ираноязычной, возможно андроновской).

Поздняя датировка памятника и отсутствие других известных крупных могильников Сейминско-турбинцев на территории Западной Сибири позволяет сделать предположение, что Ростовкинский могильник появился на излёте существования культуры
Памятник поздний, смешанный, кто из них тру-СТ, непонятно (может, и вообще никто). Найти в южной Сибири N-L392 вполне естественно. Да и вообще, раз Сейминско-турбинский феномен называют "транскультурным", там и ожидается найти людей разного происхождения.

Оффлайн Deus

  • Сообщений: 295
  • Страна: ua
  • Рейтинг +49/-6
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2677 : 23 Август 2022, 14:55:42 »
Основываясь на данных SNP всего генома, мы обнаружили, что особи ростовки сильно различаются по своему генетическому профилю, варьируясь от предков, максимизированных у северных сибиряков, до местных особей, ассоциированных с Синташтой, что отражает географическое распространение феномена ST. Присутствие Y-гаплогруппы N-L392 в выборке дополнительно подтверждает связь между ST и распространением уральских языков. Это первое исследование, в котором представлены генетические данные для лиц, связанных с транскультурным феноменом ST, и его потенциальная связь с распространением уральских языков по евразийской лесостепи.
Интересно, но судя по тому, что нагуглилось, на базе ростовкинских геномов как-то сложно уверенно делать выводы о взаимосвязи ST с распространением уральских языков.

Цитировать
1) хронологически памятник относят к концу XIV века до н.э., а появление Сейсминско-турбинской культуры определено выше первой третью XVII века до н.э.; 2) культурная привязка этого памятника относительна, некрополь находился на стыке трёх культур — кротовской (с большим сомнением соотносимой с протоуграми), самусьской (протокеты) и степной (скорее всего петровской — ираноязычной, возможно андроновской).

Поздняя датировка памятника и отсутствие других известных крупных могильников Сейминско-турбинцев на территории Западной Сибири позволяет сделать предположение, что Ростовкинский могильник появился на излёте существования культуры
Памятник поздний, смешанный, кто из них тру-СТ, непонятно (может, и вообще никто). Найти в южной Сибири N-L392 вполне естественно. Да и вообще, раз Сейминско-турбинский феномен называют "транскультурным", там и ожидается найти людей разного происхождения.
Откуда там еще взяться нганасано подобной популяции?Только в рамках СТфеномена,до них там жили андроновцы и остатки западных охотников-сибиряков.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8255
  • Страна: gt
  • Рейтинг +825/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2678 : 23 Август 2022, 15:28:31 »
Генетический взгляд на транскультурный феномен сейма-Турбино и распространение уральских языков
Айнаш Чайлдебаева, Фабиан Фрике, Сергей Кузьминых, Вольфганг Хаак:
“Транскультурный” феномен Сейма-Турбино (ST) связан с памятниками бронзового века по всей Евразии, датируемыми периодом времени между 22-17 веками до нашей эры. Предметы ST встречаются по всему евразийскому континенту, простираясь от Финляндии до Монголии, а культурный комплекс характеризуется металлическими предметами, которые имеют уникальную боковую часть в форме лепестка. Происхождение феномена ST не было определено. Однако, основываясь на присутствии металлов, таких как олово и медь, в объектах ST, были выдвинуты гипотезы о горах Алтая и Саян. Никаких поселений, связанных с СТ, не известно, и единственной отличительной чертой культуры является наличие высококачественных металлических предметов. Предполагается, что распространение уральского протоязыка произошло через сеть ST, что предполагает время распада протоуральского.

Здесь мы представляем геномные данные девяти особей, восьми мужчин и одной женщины, из связанного со станцией ST участка Ростовка, расположенного на реке Омь, в 15 км от Омска, Россия, и раскопанного в 1966-1969 годах. Тщательно продуманные артефакты, найденные на этом месте, сделали его известным среди археологов и научного сообщества в целом. Большинство могил, найденных на могильнике Ростовка, содержат бронзовые предметы, а также каменные формы для отливки бронзовых предметов, каменные наконечники копий и оружие. Основываясь на данных SNP всего генома, мы обнаружили, что особи ростовки сильно различаются по своему генетическому профилю, варьируясь от предков, максимизированных у северных сибиряков, до местных особей, ассоциированных с Синташтой, что отражает географическое распространение феномена ST. Присутствие Y-гаплогруппы N-L392 в выборке дополнительно подтверждает связь между ST и распространением уральских языков. Это первое исследование, в котором представлены генетические данные для лиц, связанных с транскультурным феноменом ST, и его потенциальная связь с распространением уральских языков по евразийской лесостепи.
https://cifu13.univie.ac.at/programm...omena/#c892351

Ссылка не работает

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2679 : 23 Август 2022, 15:54:16 »
Откуда там еще взяться нганасано подобной популяции?Только в рамках СТфеномена,до них там жили андроновцы и остатки западных охотников-сибиряков.
В окрестностях Омска на излёте эпохи СТ? Может, появились и в рамках СТ феномена, только в строгом смысле это ничего не говорит о его начинателях или об их языке. Да и кто знает, что именно имелось в виду под "предков, максимизированных у северных сибиряков", вдруг это ненцы, кеты или ханты, а не нганасаны.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8255
  • Страна: gt
  • Рейтинг +825/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2682 : 30 Август 2022, 18:12:56 »
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(22)01355-0


Genomes from a medieval mass burial show Ashkenazi-associated hereditary diseases pre-date the 12th century

Selina Brace 11
Yoan Diekmann 11
Thomas Booth 11
Ruairidh Macleod 11
Adrian Timpson
Will Stephen
Giles Emery
Sophie Cabot
Mark G. Thomas 9, 10
Ian Barnes 12

Open Access

Published:August 30, 2022

DOI:https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.08.036

Highlights


Medieval English human remains are source for earliest Jewish genomes

Population continuity between 12th century and modern Ashkenazi Jews

Four alleles associated with genetic disorders in Ashkenazi Jews observed

Founder event elevating Jewish genetic disorder frequencies predates 12th century

Summary

We report genome sequence data from six individuals excavated from the base of a medieval well at a site in Norwich, UK. A revised radiocarbon analysis of the assemblage is consistent with these individuals being part of a historically attested episode of antisemitic violence on 6 February 1190 CE. We find that four of these individuals were closely related and all six have strong genetic affinities with modern Ashkenazi Jews. We identify four alleles associated with genetic disease in Ashkenazi Jewish populations and infer variation in pigmentation traits, including the presence of red hair. Simulations indicate that Ashkenazi-associated genetic disease alleles were already at appreciable frequencies, centuries earlier than previously hypothesized. These findings provide new insights into a significant historical crime, into Ashkenazi population history, and into the origins of genetic diseases associated with modern Jewish populations.

Основные моменты

-
Средневековые английские человеческие останки являются источником для самых ранних еврейских геномов
-
Популяционная преемственность между 12-м веком и современными ашкеназскими евреями
-
Четыре аллеля, связанные с генетическими нарушениями у евреев-ашкенази, наблюдаются
-
Событие-основатель, повышающее частоту генетических расстройств у евреев, произошло до 12-го века

Резюме

Мы сообщаем данные о последовательности генома шести человек, раскопанных из основания средневекового колодца на участке в Норвиче, Великобритания. Пересмотренный радиоуглеродный анализ этой коллекции соответствует тому, что эти люди были частью исторически засвидетельствованного эпизода антисемитского насилия 6 февраля 1190 г. н.э.. Мы обнаружили, что четыре из этих людей были близкими родственниками, и все шесть имеют сильное генетическое родство с современными евреями-ашкенази. Мы выявили четыре аллеля, связанные с генетическими заболеваниями в популяциях евреев-ашкенази, и сделали вывод о вариациях признаков пигментации, включая наличие рыжих волос. Моделирование показывает, что аллели генетических заболеваний, ассоциированных с ашкеназами, уже встречались с заметной частотой, причем на несколько столетий раньше, чем предполагалось ранее. Эти результаты дают новое представление о значительном историческом преступлении, об истории ашкеназского населения и о происхождении генетических заболеваний, связанных с современными еврейскими популяциями.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Mitochondrial haplogroup Y chromosome haplogroup
SB604 J1c5c1 J1a2a1a2d2b2a2b
SB605 H5c2 NA
SB606 H5c2 NA
SB671 H5c2 NA
SB676 H3w E1b1b1b2a1b1a
SB696 U6a1b1b T1a1a

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 568
  • Страна: ru
  • Рейтинг +239/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2683 : 30 Август 2022, 20:05:49 »
Интересно, https://www.yfull.com/tree/E-PF1952/ lдаже не V-13.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6169
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2420/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2684 : 02 Сентябрь 2022, 06:15:45 »
Среди жителей Памира нашли древних таримцев. https://nplus1.dev/news/2022/09/01/descendants-of-tarim-mummies

Источник. The genetic echo of the Tarim mummies in modern Central Asians. https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msac179/6675590?searchresult=1
« Последнее редактирование: 02 Сентябрь 2022, 06:25:51 от пенелопа »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.