https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abo4435Ancient herpes simplex 1 genomes reveal recent viral structure in Eurasia
Meriam Guellil, Lucy van Dorp, Sarah A. Inskip, Jenna M. Dittmar, Lehti Saag, Kristiina Tambets, Ruoyun Hui, Alice Rose, Eugenia D’Atanasio, Aivar Kriiska, Liivi Varul, A. M. H. C. Koekkelkoren, Rimma D. Goldina, Craig Cessford, Anu Solnik, Mait Metspalu, Johannes Krause, Alexander Herbig, John E. Robb, Charlotte J. Houldcroft and Christiana L. Scheib
Science Advances
27 Jul 2022
Vol 8, Issue 30
DOI: 10.1126/sciadv.abo4435
Abstract
Human herpes simplex virus 1 (HSV-1), a life-long infection spread by oral contact, infects a majority of adults globally. Phylogeographic clustering of sampled diversity into European, pan-Eurasian, and African groups has suggested the virus codiverged with human migrations out of Africa, although a much younger origin has also been proposed. We present three full ancient European HSV-1 genomes and one partial genome, dating from the 3rd to 17th century CE, sequenced to up to 9.5× with paired human genomes up to 10.16×. Considering a dataset of modern and ancient genomes, we apply phylogenetic methods to estimate the age of sampled modern Eurasian HSV-1 diversity to 4.68 (3.87 to 5.65) ka. Extrapolation of estimated rates to a global dataset points to the age of extant sampled HSV-1 as 5.29 (4.60 to 6.12) ka, suggesting HSV-1 lineage replacement coinciding with the late Neolithic period and following Bronze Age migrations.
Аннотация
Вирус простого герпеса человека 1 (HSV-1), пожизненная инфекция, распространяющаяся при оральном контакте, заражает большинство взрослых людей во всем мире. Филогеографическая кластеризация отобранных образцов на европейские, пан-евразийские и африканские группы позволила предположить, что вирус кодивергировал во время миграции людей из Африки, хотя было предложено и гораздо более молодое происхождение. Мы представляем три полных древних европейских генома HSV-1 и один частичный геном, датируемый с 3 по 17 век н.э., секвенированный до 9,5× с парными геномами человека до 10,16×. Рассматривая набор данных современных и древних геномов, мы применили филогенетические методы для оценки возраста выборочного современного евразийского разнообразия HSV-1 до 4,68 (3,87 - 5,65) ка лет. Экстраполяция расчетных показателей на глобальный набор данных указывает на возраст современного HSV-1 5,29 (4,60-6,12) тыс. лет назад, предполагая, что замена линии HSV-1 совпадает с периодом позднего неолита и последующими миграциями бронзового века.
Переведено с помощью
www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)
Sample ID Site Morphological age estimate Chronological dating Morphological sex estimate Genetic sex estimate Mitochondrial haplogroup Y chromosome haplogroup
JDS005 Hospital of St. John Young adult (17–25) 1350–1450 CE* Male XY T1a1 J1a2
EDI111 Barrington A, Edix Hill Adult (35–45) 500–575 CE; 1520 ± 27 BP Female XX H1b N/A
BRO001 Nevolino Adult 253–530 CE; 1680 ± 35 BP N/A XY U4a1d R1bRIJ001 Alphen aan den Rijn Adult 1600–1700 CE* Male XY H I2d-CTS2146
Brodovsky, Nevolino, Russia
The Brodovsky burial site is located in the village of Borody in Perm Krai of Russia. On the
old riverbank of Shakva several barrows and ground burials have been found(83).
Archaeological excavations have been carried out there repeatedly since 1898(83, 84). By the
burial customs and grave goods, the Brodovsky burial site is related to the Nevolino culture,
which existed in Prikamaye from 4th to 9th centuries CE(84, 85). Unfortunately, the analysed
tooth comes from a burial, which can no longer be more precisely localised.
Бродовский, Неволино, Россия
Бродовский могильник расположен в деревне Бороды Пермского края России. На старом берегу реки Шаква было обнаружено несколько курганов и грунтовых захоронений(83).
Археологические раскопки здесь проводились неоднократно с 1898 года(83, 84). По погребальным обычаям и могильному инвентарю Бродовский могильник относится к Неволинской культуре, существовавшей в Прикамае с IV по IX вв. н.э.(84, 85). К сожалению, проанализированный зуб происходит из погребения, которое уже не может быть более точно локализовано.
Переведено с помощью
www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)