АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 560383 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 351
  • Страна: cs
  • Рейтинг +285/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2580 : 05 Декабрь 2021, 22:03:05 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427

Оффлайн Beladi

  • Сообщений: 24
  • Страна: ge
  • Рейтинг +7/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2581 : 06 Декабрь 2021, 15:57:25 »
Цвет глаз и волос Сапалли Тепе, Арени, Киммерийца, Саразм и Шулавери Шому.


В чем разница между двумя вариантами предикции - P и AUC? Какой точнее и на какой следует ориентироваться?

P - сама пигментация. AUC loss - повреждение, чем выше AUC loss тем больше вероятность ошибки.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5839
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3897/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2582 : 06 Декабрь 2021, 16:14:19 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 351
  • Страна: cs
  • Рейтинг +285/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2583 : 06 Декабрь 2021, 17:21:16 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.
В ytfull у этого образца почему то страна не указана.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5839
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3897/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2584 : 06 Декабрь 2021, 18:15:00 »
Подскажите, что это за образец ?
Возраст ? Место находки ?
Или этих данных нет там ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN214427
Это современный образец с ЮЗ Болгарии. Опубликован в этой статье.
В ytfull у этого образца почему то страна не указана.
Чтоб найти его происхождение, мне пришлось перелопатить вручную сопроводительные материалы к указанной статье. Автоматом такую информацию не получить с генбанка

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1529
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2023/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2585 : 17 Декабрь 2021, 06:28:15 »
https://www.mdpi.com/2079-7737/10/12/1324/htm

Genomic Analysis of 18th-Century Kazakh Individuals and Their Oral Microbiome

Anna E. White, Toni de-Dios, Pablo Carrión, Gian Luca Bonora, Laia Llovera, Elisabetta Cilli, Esther Lizano, Maral K. Khabdulina, Daniyar T. Tleugabulov, Iñigo Olalde, Tomàs Marquès-Bonet, François Balloux, Davide Pettener, Lucy van Dorp, Donata Luiselli and Carles Lalueza-Fox

Received: 30 November 2021 / Revised: 10 December 2021 / Accepted: 12 December 2021 / Published: 14 December 2021

Simple Summary

Paleogenomic research has enhanced our understanding of past human populations and migrations. Moreover, ancient DNA can also provide information on the interactions between humans and their associated pathogens. Periodontitis, currently suffered by millions of people worldwide, is a gum infection that is caused by pathogenic oral bacteria, widely referred to as the “red complex”, which can lead to tooth loss and has been linked to an increased risk of oesophageal cancer. In this study we combine human population genetics with genomic analysis of the oral microbiome of 18th-century people from the Kazakh Khanate in Kazakhstan to gain insight into their health status and explore bacterial coadaptation to recent dietary changes.

Abstract

The Asian Central Steppe, consisting of current-day Kazakhstan and Russia, has acted as a highway for major migrations throughout history. Therefore, describing the genetic composition of past populations in Central Asia holds value to understanding human mobility in this pivotal region. In this study, we analyse paleogenomic data generated from five humans from Kuygenzhar, Kazakhstan. These individuals date to the early to mid-18th century, shortly after the Kazakh Khanate was founded, a union of nomadic tribes of Mongol Golden Horde and Turkic origins. Genomic analysis identifies that these individuals are admixed with varying proportions of East Asian ancestry, indicating a recent admixture event from East Asia. The high amounts of DNA from the anaerobic Gram-negative bacteria Tannerella forsythia, a periodontal pathogen, recovered from their teeth suggest they may have suffered from periodontitis disease. Genomic analysis of this bacterium identified recently evolved virulence and glycosylation genes including the presence of antibiotic resistance genes predating the antibiotic era. This study provides an integrated analysis of individuals with a diet mostly based on meat (mainly horse and lamb), milk, and dairy products and their oral microbiome.

Геномный анализ казахских людей 18 века и их микробиома полости рта

Анна Э. Уайт, Тони де Диос, Пабло Каррион, Джан Лука Бонора, Лайя Льовера, Элизабетта Чилли, Эстер Лизано, Марал К. Хабдулина, Данияр Т. Тлеугабулов, Иньиго Олальде, Томаш Маркез-Боне, Франсуа Баллу, Давиде Петтенер, Люси ван Дорп, Доната Луиселли и Карлес Лалуэза-Фокс

Получено: 30 ноября 2021 г. / Пересмотрено: 10 декабря 2021 г. / Принято: 12 декабря 2021 г. / Опубликовано: 14 декабря 2021 г.

Простое резюме

Палеогеномные исследования расширили наше понимание прошлых человеческих популяций и миграций. Более того, древняя ДНК может также предоставить информацию о взаимодействии между людьми и связанными с ними патогенами. Пародонтит, которым в настоящее время страдают миллионы людей во всем мире, - это инфекция десен, вызываемая патогенными бактериями полости рта, широко известными как "красный комплекс", которая может привести к потере зубов и связана с повышенным риском развития рака пищевода. В данном исследовании мы объединили популяционную генетику человека с геномным анализом микробиома полости рта людей 18 века из Казахского ханства в Казахстане, чтобы получить представление о состоянии их здоровья и изучить бактериальную коадаптацию к недавним изменениям в питании.

Аннотация

Центральная степь Азии, включающая территорию современного Казахстана и России, на протяжении всей истории человечества служила магистралью для крупных миграций. Поэтому описание генетического состава прошлых популяций в Центральной Азии имеет значение для понимания мобильности человека в этом важнейшем регионе. В этом исследовании мы анализируем палеогеномные данные, полученные от пяти человек из Куйгенжара, Казахстан. Эти люди относятся к началу-середине 18 века, вскоре после основания Казахского ханства, союза кочевых племен монгольской Золотой Орды и тюркского происхождения. Геномный анализ показал, что эти люди имеют примесь восточноазиатских предков в различных пропорциях, что указывает на недавнее событие примеси из Восточной Азии. Большое количество ДНК анаэробной грамотрицательной бактерии Tannerella forsythia, возбудителя пародонтита, обнаруженной в их зубах, позволяет предположить, что они могли страдать от пародонтита. Геномный анализ этой бактерии выявил недавно эволюционировавшие гены вирулентности и гликозилирования, включая присутствие генов устойчивости к антибиотикам, появившихся еще в эпоху антибиотиков. Данное исследование представляет собой комплексный анализ людей с диетой, основанной преимущественно на мясе (в основном конина и баранина), молоке и молочных продуктах, и их микробиома полости рта.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Гаплогруппы мтДНК различались у всех четырех человек, хотя все наблюдаемые гаплогруппы можно считать обычными в выборочных популяциях современного Казахстана [77] (Таблица S4). Эти гаплогруппы позволяют предположить, что местный материнский состав предков этих людей сохранился в современном Иране и Восточной Азии [77]. Для трех мужчин с достаточным количеством данных были определены две различные гаплогруппы Y-хромосомы (Таблица S4). Индивид B2_B5 имел гаплотип G1b-L830, который наиболее распространен у современных казахов - в основном в племени Аргын - и, вероятно, происходит из региона современного Ирана, где наблюдается наибольшее разнообразие [78]. Их самый последний общий генеалогический предок, по оценкам, жил 600 лет назад [78]. B2_B6 и B2_B7, наоборот, были отнесены к гаплогруппе C2, причем первый из них имеет достаточное покрытие для отнесения к линии C2a1a3-M504. Этот гаплотип часто встречается у современных монголов и восточных казахов и является одной из основополагающих отцовских линий монголоязычных популяций [79,80]. Таким образом, однородительские маркеры указывают на определенное разнообразие в происхождении куйгенжарцев.
Анализ родства выявил родство первой степени между индивидами B2_B6 и B2_B7 (Рисунок S4). Оба считаются генетически мужчинами с митохондриальными гаплогруппами U5a1a1h и T2b2, соответственно; поэтому можно определить, что это родство отца и сына. Однако мы не можем знать, кто из них отец, а кто сын, поскольку оба они взрослые мужчины в возрасте около 25-35 лет.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +930/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2586 : 17 Декабрь 2021, 07:01:13 »
Рахмет!!!

Оффлайн Murzalar

  • Ырыу-мурзалар . Оран-хандал(наковальня)Тамга- лук со стрелой. Дерево -черемуха. Птица-Лебедь.
  • Сообщений: 5109
  • Страна: ru
  • Рейтинг +393/-36
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2587 : 17 Декабрь 2021, 16:33:41 »
Другие народы не посмотреть?

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 951
  • Страна: am
  • Рейтинг +385/-1
  • J1-Z1842
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2588 : 02 Февраль 2022, 13:31:43 »
Дднк из Юго востока Турции. Вблизи Дийарбекира.
Неолитчики. Но J2 и один C2 видимо ошибка.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.31.478487v1

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 644
  • Страна: ru
  • Рейтинг +593/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2589 : 07 Февраль 2022, 07:48:57 »
Древняя ДНК с берегов Балатона 

Interdisciplinary analyses of Bronze Age communities from Western Hungary reveal complex population histories   (препринт)

In this study we report 20 ancient shotgun genomes from present-day Western Hungary (3530 - 1620 cal BCE), mainly from previously understudied Baden, Somogyvar-Vinkovci, Kisapostag, and Encrusted Pottery archaeological cultures. Besides analysing archaeological, anthropological and genetic data, 14C and strontium isotope measurements complemented reconstructing the dynamics of the communities discovered at the site Balatonkeresztur.
Our results indicate the appearance of an outstandingly high Mesolithic hunter-gatherer ancestry in the largest proportion (up to ~46%) among Kisapostag associated individuals, despite this component being thought to be highly diluted by the Early Bronze Age. We show that hunter-gatherer ancestry was likely derived from a previously unrecognised source in Eastern Europe that contributed mostly to prehistoric populations in Central Europe and the Baltic region.
We revealed a patrilocal residence system and local female exogamy for this Kisapostag population that was also the genetic basis of the succeeding community of the Encrusted Pottery culture, represented by a mass grave that likely resulted from an epidemic.
We also created a bioinformatic pipeline dedicated for archaeogenetic data processing. By developing and applying analytical methods for analysing genetic variants we found carriers of aneuploidy and inheritable genetic diseases.
Furthermore, based on genetic and anthropological data, we present here the first female facial reconstruction from the Bronze Age Carpathian Basin






Образец S9 из культуры Шомодьвар-Винковцы относится к R1a-CTS3402.  Вроде это древнейший Z280 из обнаруженных

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11196
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2765/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2590 : 07 Февраль 2022, 13:35:28 »
Ого сколько I2b1

Оффлайн Павлов Сергей

  • Сообщений: 127
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2591 : 09 Февраль 2022, 23:16:08 »
Дднк из Юго востока Турции. Вблизи Дийарбекира.
Неолитчики. Но J2 и один C2 видимо ошибка.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.31.478487v1
А как увидеть гаплогруппы?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1529
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2023/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2592 : 18 Февраль 2022, 07:16:52 »
Мне сегодня попалась такая статья:

https://www.rostov.kp.ru/daily/27365/4547280/

Ростовские ученые установили личности погребенных в средневековых саркофагах
В некрополе покоились княжеские особы - дочь и супруга Ивана III и племянница Василия III

Читайте на WWW.ROSTOV.KP.RU: https://www.rostov.kp.ru/daily/27365/4547280/

Но ссылок на само исследование нет. Кто-нибудь знает что либо подробнее?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1529
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2023/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2593 : 18 Февраль 2022, 07:38:50 »
Так, нашёл статью получше:

https://naukatv.ru/news/nazvany_imena_russkikh_knyazhon_pogrebennykh_v_anonimnykh_mogilakh_moskovskogo_kremlya

Итоги исследования опубликованы в научном журнале «Генетика» (том 58, № 2).

Сайт журнала тут: http://www.vigg.ru/genetika/

Но доступа к сайту у меня нет. Кто-нибудь может прочитать что там написано?

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4009
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1509/-6
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2594 : 18 Февраль 2022, 07:58:21 »
РИНЦ хочет 345 рублей

Цитировать
все три скелета, включая останки великой княгини Софьи Палеолог, относятся к одной митогруппе – HV0

Можно поклянчить у авторов подробности: КОРНИЕНКО ИГОРЬ ВАЛЕРИЕВИЧ , ikornienko (собака) yandex.ru

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.