Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[rozenblatt]

У Дэвида Райха более 10 000 неопубликованных образцов древней ДНК: https://youtu.be/QoGmPJJS3X8?t=1854

[Kambic]

У Дэвида Райха более 10 000 неопубликованных образцов древней ДНК: https://youtu.be/QoGmPJJS3X8?t=1854

Вроде год назад говорили про 15k.

Разные слухи ходят Райх идёт на рекорд в 15000 палеоднк
https://sun9-47.userapi.com/c857232/v857232076/108c0e/8hpJc7fCBxI.jpg
https://sun9-47.userapi.com/c857232/v857232076/108c05/EFt-dKckAaI.jpg

[Laszcz]

А он делится собирается? Или у него своя гипотеза исторических событий куда эти 10-15 палеоДНК не вписываются?

[Srkz]

А он делится собирается? Или у него своя гипотеза исторических событий куда эти 10-15 палеоДНК не вписываются?

Так он постепенно делится. Но видимо, лаборатория успевает гораздо быстрее обрабатывать саму дДНК, чем выходят соответствующие статьи. Вот и накапливается.

[Laszcz]

.й куда эти 10-15 палеоДНК не вписываются?

вероятно в ветхий завет.

Или в степную)

[пенелопа]

Что-то много неопубликованных... может и другие лаборатории так  у меня вот ощущение, что по теме викингов протестировано дДНК больше, чем в статье. Просто остальные совсем-совсем не викингами оказались. Ни с какой стороны. Хотя кто-то исторически и археологически атрибутирован.

[Yaroslav]

Это рептилоиды, точно. Просто, власти скрывают

[Murzalar]

А мне дюже интересно что там за викинги с востока Швеции. Как мы z141-

[G-Man]

Pre-publication data release of high quality shotgun sequencing data from 216 ancient individuals

Median coverage: 4.9x
High coverage genomes (17-36x): 50

While the data for 212 of these 216 individuals are not previously published, the shotgun sequencing was in every case performed on ancient DNA data libraries for which there has been previously published in-solution enrichment data on 1.24 million SNPs. Many of these libraries were generated as collaboration with other ancient DNA laboratories including Ron Pinhasi (University of Vienna, Austria), Wolfgang Haak and Johannes Krause (Max Planck Institute, Germany), Lars Fehren-Schmitz (University of California, Santa Cruz, USA), and Bastien Llamas (University of Adelaide, Australia).

We are releasing the raw data including the bams as a resource to the community. However, please observe the Fort Lauderdale principles (here), which entitle the data producers to make the first presentation and publish the first genome-wide analysis of the data. The data can be used freely for studies of individual genes or other individual features of the genome, prior to any publication of a manuscript which we hope to have ready within the next year. If you plan to use some of these data in a publication, please cite the paper(s) in which the sequenced libraries were originally published (as specified in the metadata (here), along with this website as a reference for the shotgun sequence data (https://reich.hms.harvard.edu/ancient-genome-diversity-project).

Data pointers:
Complete bams may be downloaded via globus. Please email Michelle Lee, Swapan 'Shop' Mallick, David Reich to request instructions.


Reich Lab предоставляет доступ (по запросу, как я понял) к улучшенным сиквенсам ранее опубликованных образцов

список образцов

Проверил на себе открытость базы для простых смертных — написал одному из указанных контактов (выбор пал на Swapan 'Shop' Mallick), и через некоторое время на почту была прислана инструкция по скачке этих файлов через систему globus.org

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png


Качество сиквенса синташтинца


Неплохо для 4000-летнего мужчины


Терминальный снип Y874+
https://wmpics.pics/di-BIJS.png (12 прочтений)

[falcon16]

Genome-wide analysis of nearly all the victims of a 6200 year old massacre - https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247332#pone-0247332-g004
https://anthrogenica.com/showthread.php?23279-Genome-wide-analysis-of-nearly-all-the-victims-of-a-6200-year-old-massacre
Снипы  https://anthrogenica.com/showthread.php?23279-Genome-wide-analysis-of-nearly-all-the-victims-of-a-6200-year-old-massacre&p=757581&viewfull=1#post757581

Код: [Выделить]

I10045 H13b1+200 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10046 N1a1a1a3,N1a1a1a3 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10047 U2+152C+3173A+3394C+4562G+6827C+7364G+8134C+8776A+9761T+10187C+15061G+15776G+16092C+16179T+16274A G2a2a1a(xG2a2a1a2)
I10048 U5b2c G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10049 U2+152C+3173A+3394C+4562G+6827C+7364G+8134C+8776A+9761T+13708A+15061G+15776G+16179T+16274A G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10050 T2b n./a (female)
I10052 U5b1d1 n./a (female)
I10053 H5b G2a2a1a2(xG2a2a1a2a)
I10054 H+16093C,H+16093C G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10055 K1a1 n./a (female)
I10056 K1a3a n./a (female)
I10057 H7 n./a (female)
I10058 K1b1b1 G2a2b2a1a(xG2a2b2a1a1c1a)
I10061 H5 G2a2b2a1(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2a,G2a2b2a1a1a4,G2a2b2a1a1b,G2a2b2a1a1c1a,G2a2b2a1a1c2)
I10062 HV+16311C+13356C I2a1a(xI2a1a2)
I10063 H C1a2(xC1a2a1)
I10064 J1 n./a (female)
I10065 H42 n./a (female)
I10067 H4a1 n./a (female)
I10068 T1a2 G2a2b2a1a1a(xG2a2b2a1a1a1,G2a2b2a1a1a2,G2a2b2a1a1a4)
I10069 T2f n./a (female)
I10070 K1a3a,K1a3a n./a (female)
I10071 H26 n./a (female)
I10072 N1a1a1+152T+11884A I2a1a(xI2a1a2)
I10074 K1a3a n./a (female)
I10271 T2b23 I2a2
I10272 T2b+16311 n./a (female)
I10273 N1a1a1a2 n./a (female)
I10274 ..,T2b+150 C(xC1a1a1a,C1b3,C2)
I10275 T2b n./a (female)
I10291 T2b23 n./a (female)
I10292 .. n/a (<50000 SNPs)
I10293 H4a1 n./a (female)
I10294 H+16093C,H+16093C G2a2b2a1a1c(xG2a2b2a1a1c1,G2a2b2a1a1c2)
I10295 T2b n/a (<50000 SNPs)
I10297 X2b,X2b n./a (female)
I10299 K1a4a1 n./a (female)
I10303 N1a1a1+152T+189G+338T+10143A+10707G+11884A n./a (female)
Mario Novak. 2021   (Potočani, Croatia  6200 y.a)


[Semargl]

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png

Какое богатство... Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

[G-Man]

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png

Какое богатство... Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Да, доступ ко всему датасету. Без всяких условий

[Шад]

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png

Какое богатство... Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Есть основания надеяться на появление всего этого на YFull?
Это будет централизовано или активистам гаплогрупп нужно проявить активность и получить ссылки?

[Semargl]

Успешно скачал один из БАМов (I1053 Sintashta), который весит 80 ГБ. И это не самый тяжелый файл в их коллекции https://wmpics.pics/di-1ZMQ.png

Какое богатство... Получается 1 запрос и разрешение на все файлы датасета? Какое-то соглашение подписывалось?

Есть основания надеяться на появление всего этого на YFull?
Это будет централизовано или активистам гаплогрупп нужно проявить активность и получить ссылки?

Сложно сказать. Запрос я отправил. Но так как данные еще не опубликованы, а на дереве они будут видны публично, то есть шанс что откажут. Есть весьма интересные выборки современников по европейским странам, но доступ через тот же глобус, и просить бесполезно. Пытались. К примеру:
https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001001440/files 100 греков
https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001003812/files 20 хорватов
и т.д.

[Таусо]

Гарвардские образцы начали появляться на дереве YFull:

https://www.yfull.com/samples-from-paper/499/