Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Deus]

Там у британских бикеров вроде бы нашли северо африкансую примесь ,неужели пикты(по одной из версий пришли из северной африки) http://eprints.hud.ac.uk/id/eprint/34890/

[rozenblatt]

https://www.jstage.jst.go.jp/article/ase/advpub/0/advpub_190415/_article/-char/en

Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan

HIDEAKI KANZAWA-KIRIYAMA, TIMOTHY A. JINAM, YOSUKE KAWAI, TAKEHIRO SATO, KAZUYOSHI HOSOMICHI, ATSUSHI TAJIMA, NOBORU ADACHI, HIROFUMI MATSUMURA, KIRILL KRYUKOV, NARUYA SAITOU, KEN-ICHI SHINODA

JOURNALS FREE ACCESS Advance online publication

Article ID: 190415
DOI https://doi.org/10.1537/ase.190415

Abstract

The Funadomari Jomon people were hunter-gatherers living on Rebun Island, Hokkaido, Japan c. 3500–3800 years ago. In this study, we determined the high-depth and low-depth nuclear genome sequences from a Funadomari Jomon female (F23) and male (F5), respectively. We genotyped the nuclear DNA of F23 and determined the human leukocyte antigen (HLA) class-I genotypes and the phenotypic traits. Moreover, a pathogenic mutation in the CPT1A gene was identified in both F23 and F5. The mutation provides metabolic advantages for consumption of a high-fat diet, and its allele frequency is more than 70% in Arctic populations, but is absent elsewhere. This variant may be related to the lifestyle of the Funadomari Jomon people, who fished and hunted land and marine animals. We observed high homozygosity by descent (HBD) in F23, but HBD tracts longer than 10 cM were very limited, suggesting that the population size of Northern Jomon populations were small. Our analysis suggested that population size of the Jomon people started to decrease c. 50000 years ago. The phylogenetic relationship among F23, modern/ancient Eurasians, and Native Americans showed a deep divergence of F23 in East Eurasia, probably before the split of the ancestor of Native Americans from East Eurasians, but after the split of 40000-year-old Tianyuan, indicating that the Northern Jomon people were genetically isolated from continental East Eurasians for a long period. Intriguingly, we found that modern Japanese as well as Ulchi, Korean, aboriginal Taiwanese, and Philippine populations were genetically closer to F23 than to Han Chinese. Moreover, the Y chromosome of F5 belonged to haplogroup D1b2b, which is rare in modern Japanese populations. These findings provided insights into the history and reconstructions of the ancient human population structures in East Eurasia, and the F23 genome data can be considered as the Jomon Reference Genome for future studies.

Люди культуры Фунадомари Дзёмон были охотниками-собирателями, жившими на острове Ребун, Хоккайдо, Япония примерно 3500–3800 лет назад. В этом исследовании мы определили последовательности ядерных геномов высокого и низкого покрытия дзёмонки (F23) и дзёмонца (F5) соответственно. Мы генотипировали ядерную ДНК F23 и определили генотипы человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) класса I и фенотипические признаки. Более того, патогенная мутация в гене CPT1A была идентифицирована как в F23, так и в F5. Мутация обеспечивает метаболические преимущества при употреблении пищи с высоким содержанием жиров, а частота ее аллелей составляет более 70% в арктических популяциях, но отсутствует в других местах. Этот вариант может быть связан с образом жизни дзёмонцев, которые ловили рыбу и охотились на наземных и морских животных. Мы наблюдали высокую гомозиготность по происхождению (HBD) в F23, но участки HBD длиннее 10 сМ были очень ограниченными, что позволяет предположить, что численность популяции северных дзёмонцев была небольшой. Наш анализ показал, что численность дзёмонцев начала уменьшаться примерно 50000 лет назад. Филогенетические связи между F23, современными / древними евразийцами и коренными американцами показали давнее отделение F23 в Восточной Евразии, вероятно, до отделения предков коренных американцев от восточных евразийцев, но после отделения 40000-летнего человека из Тяньюаня, что указывает на то, что северные дзёмонцы были генетически изолированы от континентальных восточных евразийцев в течение длительного периода. Интересно, что мы обнаружили, что современные японцы, а также ульчи, корейцы, коренные жители Тайваня и филиппинцы генетически ближе к F23, чем к ханьцам(китайцам). Более того, Y-хромосома F5 принадлежала гаплогруппе D1b2b, которая редко встречается в современной японской популяции. Эти данные позволили получить представление об истории и реконструкции древних человеческих популяционных структур в Восточной Евразии, и данные генома F23 можно рассматривать как эталонный геном дзёмонцев для будущих исследований.

FASTQ: ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA008/DRA008031/

мтДНК у обоих N9b1, Y-ДНК у F5 - D1b2b

[rozenblatt]

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/656181v1

Mitochondrial Genome Diversity in the Central Siberian Plateau with Particular Reference to Prehistory of Northernmost Eurasia

Stanislav V Dryomov, Azhar M Nazhmidenova, Elena B Starikovskaya, Sofia A Shalaurova, Nadin V Rohland, Swapan Mallick, Rebecca Bernardos, Anatoly P Derevianko, David E. Reich, Rem I Sukernik

doi: https://doi.org/10.1101/656181

Abstract

The Central Siberian Plateau was last geographic area in Eurasia to become habitable by modern humans after the Last Glacial Maximum (LGM). Through comprehensive mitochondrial DNA genomes retained in indigenous Siberian populations, the Ket, Tofalar, and Todzhi - we explored genetic links between the Yenisei-Sayan region and Northeast Eurasia over the last 10,000 years. Accordingly, we generated 218 new complete mtDNA sequences and placed them into compound phylogenies along with 7 newly obtained and 70 published ancient mt genomes. Our findings reflect the origins and expansion history of mtDNA lineages that evolved in South-Central Siberia, as well as multiple phases of connections between this region and distant parts of Eurasia. Our result illustrates the importance of jointly sampling modern and prehistoric specimens to fully measure the past genetic diversity and to reconstruct the process of peopling of the high latitudes of the Siberian subcontinent.

Среднесибирское плоскогорье было последним географическим регионом в Евразии, которое стало пригодным для жизни современных людей после последнего ледникового максимума (LGM). Благодаря комплексным геномам митохондриальной ДНК, сохранившимся в коренных сибирских популяциях, кетах, тофаларах и тоджинцах, мы исследовали генетические связи между Енисейско-Саянским регионом и Северо-Восточной Евразией за последние 10000 лет. Соответственно, мы секвенировали 218 новых полных последовательностей мтДНК и создали филогенетические деревья вместе с 7 вновь полученными и 70 опубликованными древними геномами мтДНК. Наши результаты отражают происхождение и историю распространения линий мтДНК, которые развивались в Южной и Центральной Сибири, а также многочисленные фазы связей между этим регионом и отдаленными частями Евразии. Наш результат иллюстрирует важность совместной выборки современных и доисторических образцов для полного измерения прошлого генетического разнообразия и реконструкции процесса заселения высоких широт сибирского субконтинента.

7 древних образцов:
 
•I0991  (Korchugan1-3,  Novosibirsk,  Korchugan  1;  5206-4805  calBCE (6060±50 BP, Poz-83427)), мтДНК -  Z1b
•I0992  (Korchugan1-7,  Novosibirsk,  Korchugan  1;  5002-4730  calBCE (5990±50 BP, Poz-83428)), мтДНК - U4a
•I0998 (Khuzhir-2, Irkutsk, Olkhon Island, Lake Baikal, Khuzhir; 2835-2472 calBCE (4040±35 BP, Poz-83426)), мтДНК - Z1a1
•I1000 (Obkhoy-7,Irkutsk, Kachugskiy, Obkhoy; 2871-2497 calBCE (4100±40 BP, Poz-83436)), мтДНК - C4
•I2068 (230/3, Kurgan 2, Sayan Mountain, Minusinskaya Intermountain Basin, Tepsei III; 420-565 calCE (1560±30 BP, Poz-83507)), мтДНК - U5a1d2
•I2072 (230/13, Altai foothills, Solontcy-5; 3959-3715 calBCE (5050±40 BP, Poz-83497)), мтДНК - C4
•I2074 (230/18, Burial 1,Vas'kovo 4, Intermountain basin between spurs of Altai and Sayan Mountains; 5602-5376 calBCE (6520±40 BP, Poz-83514)).  мтДНК - U4a

[evgivanov]

Есть уже какие нибудь подробности?

https://yadi.sk/i/mm41BA9GTJv-Bw

[Ильгиз]

а субклады какие известно?

[Шад]

а субклады какие известно?

Пока нет.

[kirroid]

Q, полагаю, будет Y2200 

[Шад]

Q, полагаю, будет Y2200 

Учитывая аутосомы - вряд ли:)

[rozenblatt]

http://генофонд.рф/?page_id=31433

Сто лет популяционной генетики человека отметили конференцией в Москве

11.06.2019

Международная конференция «Столетие популяционной генетики человека» («Centenary of Human Population Genetics») состоялась в Москве с 29 по 31 мая. Основными ее организаторами стали лаборатория геномной географии Института общей генетики РАН и лаборатория популяционной генетики человека Медико-генетического научного центра. В конференции приняли участие специалисты из 19 стран.

[rozenblatt]

Пара английских мегалитчиков:

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/03014460.2019.1623912

Christiana L. Scheib ORCID Icon, Ruoyun Hui, Eugenia D’Atanasio, Anthony Wilder Wohns, Sarah A. Inskip, Alice Rose, Craig Cessford ORCID Icon, Tamsin C. O’Connell, John E. Robb, Christopher Evans, Ricky Patten & Toomas Kivisild

Received 27 Feb 2019, Accepted 20 May 2019, Accepted author version posted online: 11 Jun 2019

https://doi.org/10.1080/03014460.2019.1623912

Abstract

In the fourth millennium BCE a cultural phenomenon of monumental burial structures spread along the Atlantic façade. Megalithic burials have been targeted for aDNA analyses, but a gap remains in East Anglia where Neolithic structures were generally earthen or timber. An early Neolithic (3762 – 3648 cal. BCE) burial monument at the site of Trumpington Meadows, Cambridgeshire, U.K. contained the partially articulated remains of at least three individuals. To determine whether this monument fits a pattern present in megalithic burials regarding sex bias, kinship, diet, and relationship to modern populations, teeth and ribs were analysed for DNA and carbon and nitrogen isotopic values respectively. Whole ancient genomes were sequenced from two individuals to a mean genomic coverage of 1.6 and 1.2X and genotypes imputed. Results show that they were brothers from a small population genetically and isotopically similar to previously published British Neolithic individuals, with a level of genome-wide homozygosity consistent with a small island population sourced from continental Europe, but bearing no signs of recent inbreeding. The first Neolithic whole genomes from a monumental burial in East Anglia confirm that this region was connected with the larger pattern of Neolithic megaliths in the British Isles and the Atlantic façade.

The mitochondrial (K1a + 195) (Table S4) and Y chromosome (I2d-Y3709 or I2a2a) (Table S5) haplotypes were identical indicating both a maternal and paternal relationship.

[Andvari]

Похоже изучат 400 образцов ККК
https://www.deutschlandfunk.de/palaeogenetik-das-raetsel-der-glockenbecher-kulturen.1148.de.html?dram%3Aarticle_id=451716&fbclid=IwAR3RNR8omJwV7dQTdO_UtBN4jLKEnjMQ4IuVDeylwDmy2a9RbQ3_VAbK-Ak

[rozenblatt]

Похоже изучат 400 образцов ККК
https://www.deutschlandfunk.de/palaeogenetik-das-raetsel-der-glockenbecher-kulturen.1148.de.html?dram%3Aarticle_id=451716&fbclid=IwAR3RNR8omJwV7dQTdO_UtBN4jLKEnjMQ4IuVDeylwDmy2a9RbQ3_VAbK-Ak

Я не владею немецким, но судя по онлайн переводчикам, там написано что уже исследовали 400 образцов ККК. Судя по всему имеется в виду вот эта работа: https://www.nature.com/articles/nature25738

[Tambio]

Я не владею немецким, но судя по онлайн переводчикам, там написано что уже исследовали 400 образцов ККК. Судя по всему имеется в виду вот эта работа: https://www.nature.com/articles/nature25738

Почему бы не дать сразу ссылку на доступный текст этого исследования?.

[Farroukh]

ссылку на доступный текст

Увы, ссылка не открывается...

[пенелопа]

ссылку на доступный текст

Увы, ссылка не открывается...

Сейчас открывается...