Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Grigoriev]

Добрый день!

Я хотел бы поговорить о тестировании мито-ДНК.
Нам всем известно, что в данном случае речь идет о наследственности, передаваемой от матери к дочке и т.д. С точки (общепринятой) зрения молекулярной (ДНК) генеалогии наследственность по женской линии не имеет особой ценности, по сравнению с Y-хромосомой. Естественно, возникает вопрос.. А для чего тогда вообще исследовать свою мтДНК, тратить деньги на тест???
Поэтому я хотел бы узнать все прелести и особенности данного вида тестирования. Хотелось бы познакомиться с практической значимостью митоДНК. Не зря же ведь о митоДНК столько написано (популярно) Брайаном Сайксом и Стивеном Оппенгеймером... Да и исследования начались значительно раньше...

[Grigoriev]

Valery:
хмм.. не знаю. Иногда можно нарыть что-то интересное. Проблема скорее в том что не всегда это что-то находится. Зачастую линии оказываются вполне стандартные, "банальные", то есть широко распространенные. Но порой наоборот - совсем уникальные, такие, что найдя точное соответствие, можно с большой вероятностью предположить схождение линий в историческое время. Такие случаи обычно очень интерсны.
Наконец, есть и научный аспект молгенеалогии мтднк. Это касается истории заселения тех областей света, которые не интересны академической науке. Например, США или русская Сибирь. Изучение линий сибирских русских мало поможет вопросу изучения происхождения нашей нации, но зато поможет прояснить многие моменты истории колонизации Сибири. Самый интерсный вопрос здесь - из каких областей европейской России происходят русские сибиряки. По моим наблюдениям, среди редких линий самый большой % совпадений имеется с поморскими линиями, что вполне соответствует историческим записям. Колонизаторами-первопроходцами были прежде всего поморы, а также жители Поволжья, которое в начальную эпоху тоже было новгородской колонией. Сходится ли большая часть "исконно сибирских" линий к этим двум областям - пока открытый вопрос прежде всего из-за скудности и неопубликованности выборок сибирских русских. Здесь немалую помощь науке окажет частное тестирование, если оно будет более массовым.
Могу поделиться и собственным опытом. У меня нет сибирских корней, по кр мере с этой стороны точно, но почему-то все совпадения по ГВС которые я знаю, только с поморами и русскими Сибири. Вот и гадай Будет время и возможность - соберу несколько таких образцов и отсеквенирую полностью молекулы, тогда можно будет говорить с большей уверенностью одна ли это линия (а не параллельное развитие одинаковых мутаций) и возможно даже будет ясен ее возраст.


Grigoriev:
Иногда возникает вопрос.. На Российском книжном рынке имеется несколько книг по популяционной генетике (к примеру, представлены Сайкс и Оппенгеймер).. Почему именно о мтДНК написаны такие подробные книги?? Или про Y на отечественном рынке книги просто не представлены?


Centurion:
Вероятно потому, что митохондрДНК стали изучать в геногеографическом плане значительно раньше, чем Игрик (читай в книжке Сайкса)
Еще к вопросу о заселении Сибири... это ведь совсем недавнее, по меркам истории событие, и поэтому не плохо должно быть отражено в хрониках.


Valery:
хроники порой скупы когда речь о генофонде


Grigoriev:
Valery, а в чем это отражается??


Valery:
они не охватывают большинства предковых линий.
->Centurion: угу! еще в далеком 80м году Дуг Уоллис и его ученик Тед Шур впервые разрезали рестриктазами американские образцы мтднк. Практически вслепую, тогда еще не было ПЦР, Андерсон и Сэнгер тогда еще не отсеквенировали всю молекулу, и поэтому про реальное местонахождение точек разреза не знали ничего. Вот тогда Уоллис и Шур разделили американские образцы по длине фрагментов на четыре вида и назвали их первыми четырьмя буквами алфавита: A B C D.
Так началось изучение митохондриальной днк человека
Шур кстати приезжал в позапрошлом году в Россию и на Украину где открыл новый центр по медгенетике.


Clavis:
Кстати, по первичному заселению Сибири русскими (до Столыпина) митохондриальные данные хорошо согласуются с наработками историко-генеалогических обществ Урала. Схема такая: до Ермака восточным форпостом русской колонизации была Пермь Великая - провинция Новгородской республики с центром Чердынь, примерно территория нынешней Пермской области (теперь - края). Приток населения шел с Северной Двины, Сухоны, Мезени (поморы). После Ермака население Перми начинает расселяться по территории нынешних Свердловской, Курганской, Тюменской областей и далее на восток - до Тихого океана.
Война со шведами и территориальные уступки Швеции по Столбовскому миру 1617 привели к миграции на Урал населения завоеванных или пострадавших от войны территорий. Естественно, далее их потомки также приняли участие в колонизации Сибири.
Конечно, я не упомянул еще массу других потоков: сосланные на поселение (кстати, их роль в общем населении Сибири гораздо скромнее, чем обычно полагают), миграция староверов, служивых людей (которые, впрочем, чаще были из местных), обрусение коренных народов, выселение в Сибирь мятежных поляков...

Valery:
Михаил, а увеличился ли приток населения ко времени когда вся земля от Перми до Печоры перешла в руки московских князей? По идее должен быть рост населения и за счет миграции из более центральных областей, ведь в документах описаны случаи переселения служилых людей на север по указу из Москвы. Или же общая доля притока этого времени невелика и фактически северяне - потомки самой только первой волны русских поселенцев?
Плотность населения конечно мала в тех местах. Но если учесть что там была важная начальная точка колонизации Сибири, то все тонкости интересны.
Кстати, забегая вперед, задам Вам вопрос - а когда первые русские пришли в Югру? Я имею в виду мирные, то есть крестьяне, Семен Курбский не в счет . Это были переселенцы с Урала или с Печоры? 18 - 19? До советского времени там вообще жили неаборигены? Я читал пару статей по этнографии русских Оби но там довольно скудно говорилось о заселении, скорее всего речь шла о выходцах из Екатеринбурга и Тюмени.
Чтобы как-то упорядочить эту кучу вопросов, наверное надо мне поискать хоть какую-то литературу по численности старожилов Пермского края, Вятки и Урала.
1) какой ареал выбрать для начала? Допустим, к востоку от Пинеги, к северу от Камы, к западу от Оби.
2) есть ли какая-то статистика на сегодняшний день? Хотя бы оценки? Хоть 500 тысяч старожилов наберется?

[Grigoriev]

Grigoriev:
Напомните, пожалуйста, какие соновные мтДНК гаплогруппы чаще всего встречаются в Центральной России, Урале, Сибири, Дальнем Востоке.
Спасибо.


Valery:
Михаил, спасибо за линки. Никогда еще не читал так подробно про Мангазею! По Перми - вообще не видел ничего.
->Grigoriev: Слушай Денис, по русским я давал уже. И между прочим более подробной компиляции опубликованного вообще нигде больше нет в инете! Смотри соотв тред.
По не-русским - какие популяции интересуют?


Grigoriev:
Валерий, привет!
Пока интересуют русские популяции.
Хм, работа совсем "съела" мою память... Помню обсуждали разделы по мтДНК, еще кое что, а вот детального "расклада" не помню... Надо поискать. Спасибо.

[Grigoriev]

Valery:

Что касается исконности и пришлости женских линий... Ну, считается что все J и T1 - пришлые, а U4, U5, U8 (включая K), H и pre-V (включая V) - исконные. Неполный список, мягко говоря. Скорее всего пришлые (неолитические) также U1, U3 (U2 под вопросом), (pre-HV)1, (pre-HV)2, еще несколько подсемейств гаплогрупп HV и H. T5 и M1 средиземноморские. Неизвестно время появления U7, R1 и R2 на русском севере. Это очень редкие линии которые на порядок чаще встречаются в Иране и на западе Индии. (pre-HV)1, (pre-HV)2 могли попасть иначе и в другое время чем "классические" J и T1 неолита. Еще в Вост европе есть Z1 и D5a, они связаны с уральской миграцией последних тысячелетий (возможно D5 пересекла Каменный пояс по полярному пути, а Z1 обошла его с юга). Но это все типа "исконные" линии существовавшие в восточной европе до пришествия туда славян. Остальные - "чужие". Это североафриканская U6 (бывает в вост европе у венгров), все L (связанные в основном с работорговлей, найдены и у русских), а также все восточноазиатские (кроме Z1 и D5a), наконец цыганоспецифическая M5a (у одного русского). "Чужие" указывают на относительно недавнюю примесь по этой линии.


Russians C

Kaluga, Malyarchuk 2004, N=71
Ryazan-Kursk-Kostroma, Orekhov 1999, N=101
Orel, Malyarchuk 2002, N=76
Tula, Malyarchuk 2004, N=73

(pre-HV)1 0,31
(Pre-V)1 0,31
H 47,35
HV 1,25
J 5,92
J1b1 1,25
L1b 0,31
L3b 0,31
M8C 0,93
M8Z1 0,31
MD5a 0,31
N1a 0,31
N1b 0,62
N1I 0,31
N1I1 1,25
N2W 1,25
N9b-Y1 0,31
pre-V 1,87
R2 0,31
T 0,31
T1a 3,43
T2 0,31
T2-T5 0,31
T2b 6,23
T2c 0,93
U1 0,31
U1a 0,62
U2e 0,93
U3a 1,56
U4 5,3
U5a 6,23
U5b 2,49
U8b1 0,31
U8K 3,74
V 1,25
X2 0,93




Russians N

Oshevensk , Belyaeva 2000, N=76
Pomors, Tonks 2006, N=81
Vladimir, Malyarchuk 2004, N=71
Yaroslavl, Malyarchuk 2004, N=42

(Pre-V)2 0,37
H 44,44
HV 1,85
J 3,33
J1b 0,37
J1b1 0,74
J2b 0,74
M1 0,37
M1a1 0,37
M8C 0,37
M8Z1 0,37
MD4d 0,37
N1a 0,74
N1b 0,74
N1I 0,37
N1I1 1,48
N2W 1,48
pre-V 1,48
R 0,37
T 0,74
T1a 5,19
T2 2,22
T2b 3,33
T2c 1,48
U 1,11
U2e 0,74
U3a 0,37
U4 4,81
U5a 5,56
U5b 2,22
U7 0,37
U7a 0,74
U8a 0,74
U8K 7,41
UNKNOWN 1,11
X 1,11
X2 0,37



Russians W

Pskov, Malyarchuk 2004, N=68

H 42,65
J 8,82
J1b1 2,94
M12G2a 1,47
N2W 2,94
R1 1,47
T1a 2,94
T2 1,47
T2b 1,47
U2e 2,94
U4 2,94
U5a 17,65
U5b 2,94
U8a 1,47
V 5,88



Russians S

Don Cossaks, Richards 2000, N=25
Saratov, Malyarchuk 2002, N=61
Stavropol, Malyarchuk 2002, N=62

H 37,84
HV 2,03
J 4,73
J1b1 1,35
M12G2a1a 0,68
M9a2 0,68
N1I 2,03
N1I1 1,35
N2W 3,38
pre-V 6,76
R 0,68
T1a 1,35
T1b 0,68
T2 2,7
T2b 6,08
T2c 1,35
U1a 0,68
U2e 2,7
U3a 0,68
U4 3,38
U5a 7,43
U5b 2,7
U7a 0,68
U8K 4,05
X 0,68
X2 3,38



Russians X

Bashkiria, Belyaeva 2000, N=83
Forensic, Kornienko 2004, N=86
Magadan, Malyarchuk 1999, N=50

(pre-HV)1 0,46
H 35,16
HV 1,83
J 2,28
J1b1 0,91
J1c 1,37
M 1,83
M12G2a1a 0,46
M5a 0,46
M8C 0,46
M8C4a2 0,46
M8Z1 1,83
MD4 0,91
MD4a 0,46
N1a 0,91
N1I 0,91
N1I1 1,37
N2W 1,37
N9b-Y1 0,46
pre-V 3,2
R9F2a 0,46
T 1,83
T1a 1,83
T2 1,37
T2-T5 0,46
T2b 4,57
T2c 0,91
U 6,85
U1a 0,46
U2e 0,46
U3a 0,46
U4 3,2
U5a 5,94
U5b 2,74
U8a 0,46
U8K 2,74
UNKNOWN 6,39
V 0,46
X 0,91
X2 0,46



А вот отдельно частоты в судебной выборке
Forensic, Kornienko 2004, N=86. Это именно "паспортная" русская выборка, отобранная без какого-либо опроса пробандов. Т.е. уже во втором поколении предки могли быть не русскими.

H 37,21
J1b1 1,16
J1c 2,33
M12G2a1a 1,16
M8C4a2 1,16
M8Z1 3,49
MD4 2,33
MD4a 1,16
N1a 1,16
N2W 2,33
N9b-Y1 1,16
pre-V 5,81
R9F2a 1,16
T 2,33
T1a 1,16
T2 2,33
T2b 6,98
T2c 1,16
U1a 1,16
U3a 1,16
U4 5,81
U5a 5,81
U5b 2,33
U8a 1,16
U8K 4,65
UNKNOWN 1,16
V 1,16



Все остальные популяции (русские по кр мере во втором поколении, т.е. имеющие русских родителей) N=940

(pre-HV)1 0,21
(Pre-V)1 0,11
(Pre-V)2 0,11
H 42,77
HV 1,7
J 4,89
J1b 0,11
J1b1 1,17
J1c 0,11
J2b 0,21
L1b 0,11
L3b 0,11
M 0,43
M1 0,11
M12G2a 0,11
M12G2a1a 0,11
M1a1 0,11
M5a 0,11
M8C 0,53
M8Z1 0,32
M9a2 0,11
MD4d 0,11
MD5a 0,11
N1a 0,43
N1b 0,43
N1I 0,74
N1I1 1,38
N2W 1,7
N9b-Y1 0,11
pre-V 2,34
R 0,21
R1 0,11
R2 0,11
T 0,53
T1a 3,4
T1b 0,11
T2 1,38
T2-T5 0,21
T2b 4,57
T2c 1,06
U 1,91
U1 0,11
U1a 0,32
U2e 1,28
U3a 0,74
U4 4,15
U5a 7,02
U5b 2,55
U7 0,11
U7a 0,32
U8a 0,32
U8b1 0,11
U8K 4,26
UNKNOWN 1,7
V 0,85
X 0,64
X2 1,06


литература

Belyaeva 2000
O. BELYAEVA et al.
Mitochondrial DNA Variations in Russian and Belorussian Populations
Human Biology v. 75, no. 5, pp. 647–660. 2003

Orekhov 1999
V. Orechov et al.
Mitochondrial DNA sequence diversity in Russians
FEBS Letters 445 197-201 1999

Richards 2000
M. Richards et al.
Tracing European Founder Lineages in the Near Eastern mtDNA Pool
American Journal of Human Genetics 67:1251–1276 2000

Malyarchuk 2004
BORIS MALYARCHUK et al.
Differentiation of Mitochondrial DNA and Y Chromosomes in Russian Populations
Human Biology December 2004, v. 76, no. 6, pp. 877–900. 2004

Malyarchuk 1999
the same as
Malyarchuk 2001
Boris Malyarchuk et al.
Mitochondrial DNA variability in Russians and Ukrainians:
Implication to the origin of the Eastern Slavs
65:63-78 2001

Tonks 2006
Tonks, S., Winney, B.J. and Evseeva, I.
Comparison of sex-linked and autosomal markers in
Orkney and other North European populations
Sequences were submitted to the NCBI database and publically available
AY959339:AY959798

Malyarchuk 2002
B. A. Malyarchuk et al.
Mitochondrial DNA variability in Poles and Russians
Ann. Hum. Genet. 66:261-283 2002

Malyarchuk 2002
B. Malyarchuk et al.
Mitochondrial DNA Variation in Russian Populationsof Stavropol Krai,
Orel and Saratov Oblasts
Russian Journal of Genetics (Genetika)
Vol. 38, No. 11, pp. 1298–1303. 2002

[Grigoriev]

Centurion:
ПАЛЕОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ОСТАНКОВ НОСИТЕЛЕЙ ПАЗЫРЫКСКОЙ КУЛЬТУРЫ IV-II вв. до н.э
HV _____ 067-356
С ______ 129-223-298-327
U5 _____ 192-256-270-304
С ______ 129-223-327
D ______ 223-239-319-362
С ______ 129-223-298-327
H ______ CRS
H ______ CRS
H ______ 261
H ______ CRS


Grigoriev:
В Википедии есть карта миграции по mtDNA, с центром в Северном Полюсе:

А вот расшифровка к названиям гаплогрупп (региональная связь):
African: L, L1, L2, L3, L3
Near Eastern: J, N
Southern European: J, K
General European: H, V
Northern European: T, U, X
Asian: A, B, C, D, E, F, G (note: M is composed of C, D, E, and G)
Native American: A, B, C, D, and sometimes X


Clavis:
Как бы вы прокомментировали эту загадочную таблицу?



Valery:
там недостает результатов так как делали только пдрф, много образцов без гаплогрупп. Добавьте к тому малые N, значит погрешность может оказаться существенной. К то же что такое расстояние? Оно имеет значение для сравнения популяций, но еще лучше было бы выделить компоненты и посмотреть на тренды. Довольно часто это помогает увидеть то что не видно по расстояниям самим по себе и наоборот иногда это может сгладить какие-то огрехи этих расстояний.

[Grigoriev]

Grigoriev:
Валерий, скажи пожалуйста, а какие мт-гаплогруппы распространены на территории Восточной Сибири, Забайкалья, Дальнего Востока? Есть ли такая информация у тебя?
Вполне вероятно, что моя мт-ДНК занесена в Забайкалье из Центральной России (старообрядцы, переселение в Сибирь и Забайкалье), но чего в жизни не бывает, а вдруг корни местные??


Valery:
у бурят примерно так:
- очень много D (ака MD), как D4 нескольких подгрупп так и D5. D4 - универсальная восточноазиатская гаплогруппа, как H в Европе.
- очень много С (ака M8C), а именно C4 и реже C5
- много G (aka M12G) в основном G2, редко G3
- немного A,
- немного B4 и B5,
- немного M10,
- немного Z (aka M8Z), включая Z1
- немного N9, а именно N9a, Y1
- немного R9, в основном это F1b, но иногда и R9b
- эпизодически M7, M8a

- западных примерно 15%, это:
H, HV*, J, T2, U5, U8K, U2, эпизодически - W (ака N2W), X, T1, U4, U7, U8a, N1a, I (ака N1I). Из Европы могли попасть H и U5, остальные скорее всего прямо с Бл /Ср Востока.

[zastrug]

Valery, а есть каккие-нибудь данные по Украине?

[Valery]

есть у А.Пшеничнова (700+) и В.Гусар (250). Обе выборки не опубликованы. Еще 18 магаданских украинцев Малярчука. Всё.

[zastrug]

Спасибо, будем ждать

[kapustin]

Новое  дерево митохондриальных гаплогрупп опять не выделило мою гаплогруппу
V но с отсутствием мутации 16298  и HVSI 16114 16173, притом, что базе данных FtDNA несколько человек - может это V9a, у которой отсутствует мутация 16298 

Кроме того, хотелось бы знать определилось ли место происхождения гаплогруппы V - ранее называлась Франция, ноБалановские и Малярчук в качестве возможного места называли Украину

[Valery]

Франция - это родина V. А Борис Малярчук и Олег Балановский скорее всего имеют в виду более обширную pre-V. Она для востока Европы характернее.

[kapustin]

Ну в книге Балановских ясно сказано, что так как на Украине высокая частота pre-V, достаточно высокое разнообразие и частота V- то Украина может претендовать наряду с Францией на звание родины V (как видете они эти две гаплогруппы четко разделяют в своей книге). Более того, там они V называют "русской гаплогруппой".

[Valery]

переспрошу у них. Я в украинские данные уже несколько лет не глядел, наверное склероз.

[Аббат Бузони]

Ранне-средневековое место погребения в Ergolding (Бавария, Германия)
был archaeologically, исследованный в период 1997-2002 баварским государственным департаментом Памятников и Достопримечательности, Германия. Археологическое исследование показано больше чем 440 могил (9). Анализ ДНК был выполнен на остатках 6 мужчин раннего взрослого возраста найден в центральной могиле, номер 244. Мужчины от серьезных 244
(отмеченный 244A к 244F), были похоронены вместе в сингл деревянная палата похорон. Люди найдены в западном часть палаты (244A, 244B, и 244C) лгала прямо на спине были похоронены тело телом, и все 3 мужчины с мечами, копьями, щитами, и шпорами, как в большой степени бронированный установленные воины (9). Историческая ценность экспонатов найденный в серьезных 244 делает это место одним из самых богатых Баварские участки похорон с последнего-Merowig периода (9). серьезные 244 даты к периоду приблизительно 670 нашей эры.

Интересно. Вот тебе и G2a - реликты, с мечами, шпорами.

[Centurion]

Это видимо местная знать.