Big Y Matching - продукт еще очень сырой. Важные новые снипы (типа YP237) они не показывают, но показывают ненадежные результаты для всякого сброда из Geno2.
Лучше такие вещи смотреть на YFull. Заходите в группы, выбираете Ra1, затем Y-Browser и забиваете конкретные позиции.
И тогда хорошо видно, что у Владимира PF5508 получил значения (1A 43T), PF6069 получил (9C) . А теперь смотрим на определение снипов:
Known SNPs at this position: PF5508 (T->A)
Known SNPs at this position: PF6069 (C->G)
Т.е. практически у всех Ra1 эти снипы положительные либо не определяются, а у Владимира они отрицательные. Поэтому Big Y Matching показывает отличие по этим снипам, но говорит, что они отрицательные. Чтобы понять, что там на самом деле Вам, Владимир, наверно в YSEQ надо обращаться.
У Давыдова - (60A, 26T) и (22C, 53G), у Терешко - (54A, 22T) и (26C, 54G). Т.е. эти снипы можно считать ненадежными и пока не рассматривать. Но почему у Владимира такие красивые значения получились - это интересно.