YP417

[Sergey Piskunov]

С YSEQ написали, что тест на Y28870 отрицательный. Предложили заменить на FT413731. В Yfull его найти не смог.

Но ведь у вас WGS+ ? Зачем вам эти тесты одиночных снипов сейчас ?
YFull все распределит как надо и сам все покажет, что там есть и чего нет.

Да, WGS+. Я сам не понимаю, они мне предложили уточнить Y28870, я его купил. Потом написали, что он отрицательный и предложили посмотреть FT413731. Дождусь результатов Yfull.

[Sergey Piskunov]

Quick results summary:
FT413731 T-

[AleksG]

С YSEQ написали, что тест на Y28870 отрицательный. Предложили заменить на FT413731. В Yfull его найти не смог.

YFull добавил вас. Посмотрите там в личном кабинете в разделе Novel SNPs сколько у вас снипов в статусе best и acceptable?

[Sergey Piskunov]

С YSEQ написали, что тест на Y28870 отрицательный. Предложили заменить на FT413731. В Yfull его найти не смог.

YFull добавил вас. Посмотрите там в личном кабинете в разделе Novel SNPs сколько у вас снипов в статусе best и acceptable?

Наилучшее качество (14)
3102130  Y460853 приватный      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
3333849   Y459311 приватный      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
3598788   Y385480 приватный 1         Гомология >95% (низкий уровень доверия)
5760485   Y460581 приватный      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
5815598   Y458444 приватный 1      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
6623721   Y459989 приватный 1      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
8834965   A35987 приватный              Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1 (положительные:1)
8844584   A35988 приватный              Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1(положительные:1)
8977919   A35989 приватный              Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1(положительные:1)
13954258 Y459332 приватный      Гомология >95% (низкий уровень доверия)
14533815 A35990 приватный          Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1 (положительные:1)
15303959 PH3052 приватный      Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1 (положительные:0)
18990750 FTC77454 приватный 1   Гомология >95% (низкий уровень доверия)   
20746865 A35991 приватный            Проверено секвенированием по "Сангеру" | Протестировано в Yseq: 1 (положительные:1)
Приемлемое качество (0)   
Неоднозначное качество (1)
7265116 YFS18066472 приватный
Плохое качество (0)
Одно прочтение! (7)
2839038   YFS18066439 приватный
2972049   YFS18066440 приватный
7050534   YFS18066470 приватный
8226835   YFS18066474 приватный
9121813   YFS18066478 приватный
10207278 YFS18066506 приватный
13318137 YFS18066570 приватный 1

[AleksG]

То есть, если убрать гомологенные, то в расчет возраста пойдет 6 снипов всего. Это примерно 900-1000 лет.
По идее должна быть новая ветвь. Надо ждать пересчета дерева.

[Mieczy]

Всем добрый день! Несколько месяцев назад (я смотрел архив древа 11.02 за февраль 2023) в субкладе R-Y317051 было 9 снипов.
Зашел сейчас в древо и увидел, что из этого субклада появился новый. В новом 7 снипов и в общем субкладе уже 11 снипов.
Понимаю почему могло бы уменьшиться количество общих снипов, но почему оно увеличилось? Это стали известны приватные снипы?

Было в v.11.02:
Субклад BY119841:
BY119841 * BY149058 * BY65844 * BY82313 * FTB91772/Y317051 * BY58711 * CTS1372 * BY137106 * BY145973


Стало в v.11.04:
Субклад BY119841:
BY119841 * BY149058 * BY65844 * BY82313 * FTB91772/Y317051 * BY58711(H) * CTS1372 * BY137106 * BY145973 * FTB85105new

Новый субклад R-Y439252:
[/b]SK1652new * Y439252new * FGC62188new * MF625773new * BY145066new * BY62429new * BY106336new

[Lesla]

Понимаю почему могло бы уменьшиться количество общих снипов, но почему оно увеличилось?

Возможно уточнилось положение снипа, который раньше был в неуверенном состоянии (плохо прочитан у каких-то образцов).

[Mieczy]

Всем привет!
Сделал WGS троюродному деду (общий предок - мой 3прадед (МММЖМ)). На YFull (YF131218) предварительно его субклад определился как R-FT206787*.
Вторая предковая ветвь в YP418

Самое раннее документальное упоминание связано с деревней Гоголиха Марасинской волости Спасского уезда Казанской губении.

[Semargl]

Всем привет!
Сделал WGS троюродному деду (общий предок - мой 3прадед (МММЖМ)). На YFull (YF131218) предварительно его субклад определился как R-FT206787*.
Вторая предковая ветвь в YP418

Самое раннее документальное упоминание связано с деревней Гоголиха Марасинской волости Спасского уезда Казанской губении.

Похоже что у вашего троюродного деда будет общая ветвь с автором поста выше на этой же странице. 

[Mieczy]

Всем привет!
Сделал WGS троюродному деду (общий предок - мой 3прадед (МММЖМ)). На YFull (YF131218) предварительно его субклад определился как R-FT206787*.
Вторая предковая ветвь в YP418

Самое раннее документальное упоминание связано с деревней Гоголиха Марасинской волости Спасского уезда Казанской губении.

Похоже что у вашего троюродного деда будет общая ветвь с автором поста выше на этой же странице. 

С Сергеем (YF119321) согласно YSEQ у нас 45 общих SNP и 7 различий в STR из 319 (самый близкий по STR YF100756 с 5 различий из 261). Но по STR не закончена еще ручная верификация.
Если выделится в отдельную ветку хорошо, а то висим непонятно почему в корне ввосьмером.

[Виталий77]

Всем привет!
Сделал WGS троюродному деду (общий предок - мой 3прадед (МММЖМ)). На YFull (YF131218) предварительно его субклад определился как R-FT206787*.
Вторая предковая ветвь в YP418

Самое раннее документальное упоминание связано с деревней Гоголиха Марасинской волости Спасского уезда Казанской губении.

Похоже что у вашего троюродного деда будет общая ветвь с автором поста выше на этой же странице. 

С Сергеем (YF119321) согласно YSEQ у нас 45 общих SNP и 7 различий в STR из 319 (самый близкий по STR YF100756 с 5 различий из 261). Но по STR не закончена еще ручная верификация.
Если выделится в отдельную ветку хорошо, а то висим непонятно почему в корне ввосьмером.

В Live версии вы уже давно в отдельной ветви
https://www.yfull.com/live/tree/R-FT206787/

[Mieczy]

Всем привет!
Сделал WGS троюродному деду (общий предок - мой 3прадед (МММЖМ)). На YFull (YF131218) предварительно его субклад определился как R-FT206787*.
Вторая предковая ветвь в YP418

Самое раннее документальное упоминание связано с деревней Гоголиха Марасинской волости Спасского уезда Казанской губении.

Похоже что у вашего троюродного деда будет общая ветвь с автором поста выше на этой же странице. 

С Сергеем (YF119321) согласно YSEQ у нас 45 общих SNP и 7 различий в STR из 319 (самый близкий по STR YF100756 с 5 различий из 261). Но по STR не закончена еще ручная верификация.
Если выделится в отдельную ветку хорошо, а то висим непонятно почему в корне ввосьмером.

В Live версии вы уже давно в отдельной ветви
https://www.yfull.com/live/tree/R-FT206787/

А какой может быть примерный TMRCA у ветки с 4 снипами?

SNPs определяющие субклад R-PH3052   
PH3052, A35988, Y460853(H), FT116286       

[Val_Metov]

Если совсем грубо, то берете tmrca основной ветки и минусуете количество общих snp в новой ветке * 144,5. Это не точный расчет но примерно показывает. Еще учитывая сколько у них между собой приватных снипов.

[Jeifxz]

Всем привет! Сделал полный геном в YSEQ выдало  R-YP417 > R-YP418 > R-BY167079
Может кому-то будет интересно, сегодня загрузил тест на YFULL, жду когда добавится, по мимо меня там еще 2 человека: 1 из Могилевской области и 1 из Тульской области, возможно, создастся еще один субклад, а может все 3 будут из разных )