АвторТема: 17 локусов  (Прочитано 17592 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8737
  • Страна: gt
  • Рейтинг +748/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: 17 локусов
« Ответ #60 : 17 Октябрь 2009, 15:40:06 »
Мое мнение - надо 100-150 локусов.
Мое 200-250. Кто больше? ))
Чем больше, тем лучше, но 67 явно недостаточно. Недостаточно даже если к 67 FTDNA прибавить 20
SMGF. Но все же лучше, чем 67.

150 возможно уже будет хорошо.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #61 : 17 Октябрь 2009, 19:20:23 »
Сами понимаете, всё зависит от возрастов субкладов гаплогруппы, которую пытаемся разобрать по стр-маркерам.

Для субкладов возрастом 6-8 тысяч лет, уверен (на собственном опыте), можно использовать 67 маркеров для выявления перемещений  до даты 2000 лет назад.

Чтобы расчленить на ветки (племена) гаплотипы возрасм менее 2500 лет надо добавить ещё 20 маркеров. Итого около 80-90.

Чтобы отследить генеалогические линии на протяжении последних 500 лет ещё 20 добавим. Итого 100-110.

Ну, я чтобы отследить генеалогию на протяжении последних 200 лет штук 15 ещё.

Итого, чтобы отследить генеалогию современника необходимы 120 маркеров.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: 17 локусов
« Ответ #62 : 17 Октябрь 2009, 19:22:15 »
Цитировать
Итого, чтобы отследить генеалогию современника необходимы 120 маркеров.
Для всего этого важно еще иметь базу таких гаплотипов... с кем сравнивать если 120-ти маркерных будет 2-3 штуки  :)

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #63 : 17 Октябрь 2009, 19:28:39 »
Смотря как работать. Если под целью понимать научное решение - это то же что искать ключи там где их нет. Если просто кому-то хочется чего-то строить - да пожалуйста, кто мешает? Но позвольте называть вещи своими именами.
Абсолютно согласен. Для разделения гаплогрупп, возрастом 10 000 лет и более 17 маркеров годятся. Чтобы разделить ветви (и гаплогруппы) моложе  5000 лет на 17-ти маркерах, гарантирую, не у одного нынеживущего человека способностей не хватит.
В этом месте непонятно. Ув. эксперты только что убедили меня, что строить деревья на 17 маркерах бессмысленно (можно, только, если кому-то просто хочется чего-то строить). И по ответу - ув. Mougley  - с этим "абсолютно согласен". Но сам же построил чудесное генофондовское дерево. То есть как бы уже можно... На мой взгляд тут некое противоречие, поясните, пожалуйста.
И ещё - это дерево в Мурке - получается, как единственный вариант, или выбрано из множества оптимальных деревьев, как приходится делать в ТНТ?
Ну и третий вопрос. Я взял кусочек G2b из дерева Mouglley (10 гаплотипов + 2 соседних на всякий пожарный) и сравнил его с аналогичным в Филипе/Меге, Нетворке и ТНТ. (К сожалению, не получается вставить сюда Jpg-изображения, а спецсайта у меня нет). Получается, что Муркино дерево даёт зеркальное отображение деревьев в этих трёх программах. То есть, скажем Енгалычевы-Жемковы в Мурке - на оконечных веточках, а в остальных  трёх прогах - в корне. В чём тут дело?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: 17 локусов
« Ответ #64 : 17 Октябрь 2009, 19:40:30 »
Цитировать
Я взял кусочек G2b
Может все же J2b а не G2b это разные гаплогруппы.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #65 : 17 Октябрь 2009, 19:49:10 »
Цитировать
И ещё - это дерево в Мурке - получается, как единственный вариант, или выбрано из множества оптимальных деревьев, как приходится делать в ТНТ?

В Мурке тоже получается множество деревьев, как и в ТНТ. В Нетворке, между прочим, тоже, если использовать MP.


Цитировать
Но сам же построил чудесное генофондовское дерево. То есть как бы уже можно... На мой взгляд тут некое противоречие, поясните, пожалуйста.

Если "чудесное" понимать в плане технического совершенства и умения работать с любыми данными (чего у ув. Mougley не отнять) - тогда никакого противоречия. Если же речь идет об "истинности" дерева (что вероятно Вы и имели в виду) - тогда действительно есть противоречие.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #66 : 17 Октябрь 2009, 19:50:39 »
Цитировать
Ну и третий вопрос. Я взял кусочек G2b из дерева Mouglley (10 гаплотипов + 2 соседних на всякий пожарный) и сравнил его с аналогичным в Филипе/Меге, Нетворке и ТНТ. (К сожалению, не получается вставить сюда Jpg-изображения, а спецсайта у меня нет). Получается, что Муркино дерево даёт зеркальное отображение деревьев в этих трёх программах. То есть, скажем Енгалычевы-Жемковы в Мурке - на оконечных веточках, а в остальных  трёх прогах - в корне. В чём тут дело?

возможно, это случайность

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: 17 локусов
« Ответ #67 : 17 Октябрь 2009, 19:55:00 »
Цитировать
К сожалению, не получается вставить сюда Jpg-изображения, а спецсайта у меня нет
Ссылка на спецсайт - http://imageshack.us/

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #68 : 17 Октябрь 2009, 19:55:46 »
В этом месте непонятно. Ув. эксперты только что убедили меня, что строить деревья на 17 маркерах бессмысленно (можно, только, если кому-то просто хочется чего-то строить). И по ответу - ув. Mougley  - с этим "абсолютно согласен". Но сам же построил чудесное генофондовское дерево. То есть как бы уже можно... На мой взгляд тут некое противоречие, поясните, пожалуйста.
Это - не чудеса.
Это - страсти господние.

Это дерево показывает, что по 17-ти маркерам невозможно выделить гааплоипы гаплогрупп старше 10 000 лет.
Молодые гаплогруппы - пожалуйста.

Да, что я говорю!
Там из молодых только N1.
Да и то разделить N1b и N1c по 17-ти маркерам я ни за какие бабки не возьмусь.
А это ведь 8000-9000 лет.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #69 : 17 Октябрь 2009, 19:58:43 »
И ещё - это дерево в Мурке - получается, как единственный вариант, или выбрано из множества оптимальных деревьев, как приходится делать в ТНТ?
Выбрано и множества вариантов по показателю наименьшего количества наименее вероятных ветвей (не волнуйтесь, таких разнообрзных , как в ТНТ, в Мурке не было - разница не существенная).

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #70 : 17 Октябрь 2009, 20:01:44 »
Если "чудесное" понимать в плане технического совершенства и умения работать с любыми данными (чего у ув. Mougley не отнять) - тогда никакого противоречия. Если же речь идет об "истинности" дерева (что вероятно Вы и имели в виду) - тогда действительно есть противоречие.
Чудо - Ваша разработка, которая может обработать такие дикие массивы.
А истинности из 17-ти маркеров вытчнуть пока не получается.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: 17 локусов
« Ответ #71 : 17 Октябрь 2009, 20:24:13 »
Цитировать
Я взял кусочек G2b
Может все же J2b а не G2b это разные гаплогруппы.
Извиняюсь, J2b.
Спасибо за ссылку на спецсайт. В нём 4 моих картинки: J2b-genofond в Мурке, Филипе/Меге, Нетворке и ТНТ.
Барахоев-Орехов (клад I) приделаны на всякий случай, так как в Мурке - они корневые дл J2b, и от Барахоева идёт ниточка ко всем J2b. Енгалычевы-Жемковы сидят на концах веточек. Во всех остальных 3-х прогах - в ядре субклада Енгалычевы-Жемковы. А "пришельцы" из I сидят на самых далёких веточках.
Прим: кусочек Мурки взят из дерева Mouglley ПринтСкрином.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #72 : 17 Октябрь 2009, 21:43:35 »
Если для выбора используется математика, неужели нет программы, которая сама способна сделать наилучший выбор?


Полно. Но когда приходится выбирать лучшее решение из множества запредельно скверных, математика - небольшая подмога.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 17 локусов
« Ответ #73 : 19 Октябрь 2009, 03:37:56 »
Цитировать
67-ми будет мало для нормальной филогении.
Думаю 60-70 будет достаточно. Если нет задачи "выводить дерева вплоть до поколения".

Вопрос: сколько маркеров необходимо рассматривать если стоит задача "выводить дерева вплоть до поколения"?  :o

Ответ: считая минимальной дискретой 1 мутацию, и условно принимая в качестве средней скорости мутаций 0.0021 [мутация / маркер * поколение],
имеем
1 [поколение] / 1 [мутация] / 0.0021 [мутация / маркер * поколение] = 476 маркеров.

Если использовать только самые быстромутирующие локусы, то можно сократить их количество раз в 5.

:)

Даёшь быструю сотню!!!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100