АвторТема: 17 локусов  (Прочитано 17584 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #30 : 11 Сентябрь 2009, 08:11:17 »
Валерий,
Взглянем на дело несколько под другим углом.
В принципе, можно заниматься топологией и расчетами только по одному маркеру. Я не оговорился. Именно по одному.
Понятно, что одношаговая мутация будет означать 15000 лет разницы с огромным ±. Понятно, что совершенно разные на обозримом интервале этногруппы могут демонстрировать одинаковые значение.
Но ключевое понятие здесь: степень детализации.
Может 6 маркеров не достаточно для формального описания работы гаплогруппного предиктора.
Скорее всего и 17 маркеров уже подгребают кучей несколько субкладов. Так ведь может и предиктор по 67 маркерам будет допускать двойственность толкований?

Что касается математики, то математическим языком и математическими понятиями оперирую я. Вы же пытаетесь придать значимость именно генетической терминологии. Что изменяется, если вместо гомоплазии я использую интуитивно понятное определение степени детализации? Ничего. Так же как и замена термина локус, на общепринятые и равнозначные среди ДНК-генеалогов маркеры. Не маркёры (по Балановским), а именно маркеры (по-русски).

Я не касаюсь вопроса выделения и обработки ДНК. Абстрагируюсь. Не по сирости своей и убогости. И не только из-за недостака времени. На данном этапе - это лишнее. Вот когда возникнет нужда просчитать инструментальную ошибку - тогда и вникнем. :)

Ещё. Создается впечатление. что Вы не слышали о числовом анализе. О его парадигме. Поясню простым примером. Есть табличные интегралы. Для того, чтобы подогнать имеющийся интеграл к табличному, иногда требуется недюженные усилия. Существуют интегралы без формального решения. В то же время запросто данный интеграл просчитывается на тридцатидолларовом калькуляторе. Разлагается всё в ряды с заданным уровнем дискретизации и просчитывается.

Создание модели невозможно без статистической обработки реальных данных. Хотя бы для того, чтобы подтвердить, или опровергнуть концепцию модели.
А вот обработанные данные - вовсе не требуют последующего создания какой-либо модели.
Имеем примат экспериментального метода.

Далее. Заметил вопиющие неправильности в ходе Ваших рассуждений. Например о том, что на больших дистанциях нужно больше маркеров, а на меньших - меньше. Как уже восклицал, - с точностью до наоборот.

Расстояние между двумя городами можно измерить с помощью автомобильного спидометра. При этом совершенно не принимая в расчет, скажем коээфициент сцепления покрытия. (Это я опять плюю в сторону, прости господи, возвратных мутаций.) Конечно, лучше было бы измерить все сантиметровой линейкой. А штангельциркулем - так еще лучше. Молчу о микрометре и электронном микроскопе. Неплохо было бы добавить фенологические выкладки (это при использовании спидометра): ведь как же, изменение температуры, или влажности, или направления ветра влияет на передвижение авто. А если пользоваться тем же микрометром, то неплохо принять в расчет фазы Луны. Приливы бывают не только на море-океане, но и изменяют (пусть совсем немного) форму земной коры.
Понятно, что чем больше маркеров, тем лучше. Разве кто с этим спорит? Но если на десятках тысяч лет, вполне можно обойтись их малым числом, то для какой-то вразумительной интерпретации на генеалогических дистанциях маломаркерными гаплотипами просто не обойтись.
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 08:35:20 от Mich Glitch »

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #31 : 11 Сентябрь 2009, 11:00:36 »
Но ключевое понятие здесь: степень детализации.

Михаил, мы говорим не только на разных языках но и про совершенно разные вещи. Действительно, с математической точки зрения все равно сколько признаков использовать - теория на все одна. Но возможна ситуация (и нередко) когда топология выведенная по 5 признакам будет радикально отличаться от таковой на 35. Так отличаться что с практической точки зрения ее нельзя назвать приближением второй.


Цитировать
Вы же пытаетесь придать значимость именно генетической терминологии. Что изменяется, если вместо гомоплазии я использую интуитивно понятное определение степени детализации? Ничего.

Михаил, в некоторых случаях общенаучных понятий и методов недостаточно, и люди изобретают специализированные. В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она. В ней выработано абсолютно точное понятие гомоплазии, простое, и крайне удобное. Я до сих пор не понимаю какова связь между ней и "степенью детализации"? Не говоря уже о том что последнее так же требует уточнения.


Теоретическую часть Вашего поста я пока не осмыслил, в том числе не понял причем тут численный анализ. Если будет время, пожалуйста разъясните мысль подробнее, я торможу. Наткнулся на вот это:

Цитировать
Далее. Заметил вопиющие неправильности в ходе Ваших рассуждений. Например о том, что на больших дистанциях нужно больше маркеров, а на меньших - меньше. Как уже восклицал, - с точностью до наоборот.

Ключевое слово - деревья. Я не знаю для какой цели Вы пользуете маркеры. Я - для построения деревьев. И я могу обосновать почему для моей цели надо их много, за исключением редких и искусственных случаев заведомого (априорного) родства в ближайших поколениях. Но прежде чем это делать, я хочу убедиться что Вы говорили про то же самое. Так, если в двух словах - ключевое слово опять гомоплазия.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #32 : 11 Сентябрь 2009, 15:55:53 »
Михаил, мы говорим не только на разных языках но и про совершенно разные вещи. Действительно, с математической точки зрения все равно сколько признаков использовать - теория на все одна. Но возможна ситуация (и нередко) когда топология выведенная по 5 признакам будет радикально отличаться от таковой на 35. Так отличаться что с практической точки зрения ее нельзя назвать приближением второй.
Вещь совершенно простая, как Вы говорите интуитивно понятная. Достаточно сопоставить построение по одному и двум маркерам (для простоты) и одномерное и двумерное пространства.

Цитировать
Вы же пытаетесь придать значимость именно генетической терминологии. Что изменяется, если вместо гомоплазии я использую интуитивно понятное определение степени детализации? Ничего.

Михаил, в некоторых случаях общенаучных понятий и методов недостаточно, и люди изобретают специализированные. В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она. В ней выработано абсолютно точное понятие гомоплазии, простое, и крайне удобное. Я до сих пор не понимаю какова связь между ней и "степенью детализации"? Не говоря уже о том что последнее так же требует уточнения.
Да, пожалуйста, дам Ваш пример по гомоплазии применительно к количеству маркеров.
Берём мы и работаем по одному антропологическому признаку. Скажем, цвету кожи. При удачном подборе выборки и имея набор исходных величин, можно просчитать растояния до общего предка. При этом существует масса вариантов эволюционных направлений и TMRCA. Далее, разницы (если судить этно категориями) между, положим немцами и русскими мы не выявим.
Добавляем маркер разреза глаз. Картина изменяется. Более высокая степень детализации даёт более точную картину. Что до общих предков и направлений эволюции, то опять имеем множество решений на заданном интервале (скажем, произвольно взятому интервалу в 100 тысяч лет).

Теперь о комплексных методах. Если мы кроме антропологических признаков возьмём и другие (лингвистические, скажем), то можно получить гораздо более впечатляющий результат. Так как один только антропологический метод имеет вполне понятные ограничения.

Всё вышесказанное не об антропологии и лингвистике, а о гомоплазии и степени детализации.

В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она.
Речь идёт всего навсего о частном случае использования топологии.
Скажите, чем принципиально отличается поиск общего предка от транспортного перемещения из стандартной задачи, даваемой при начале изучения теории графов?
Ничем.
Всё то же самое - из пункта А в пункт Б вышел пешеход. Можно абстрагироваться и от пунктов и от имени-отчества пешехода. А можно напирать на то, что фамилия его имеет определяющее значение.


Ключевое слово - деревья. Я не знаю для какой цели Вы пользуете маркеры. Я - для построения деревьев.
Я не знаю для какой цели Вы строите деревья. Я - для поиска общего предка и направления путей развития родственных связей. (На больших дистанциях можно говорить о замене родственных связей на эволюцию.)
Таким образом для меня деревья не круги на воде, которыми я любуюсь самими по себе, а вполне прикладной инструмент.

И я могу обосновать почему для моей цели надо их много, за исключением редких и искусственных случаев заведомого (априорного) родства в ближайших поколениях.
Разве кто-то спорит, что чем больше маркеров - тем лучше? Ну, кто? Где?


Теперь главный вопрос. По главному заблуждению.
Т.е. Вы не согласны с тем, что на больших дистанциях можно работать по меньшему количеству маркеров?
И наоборот, для сохранения заданной величины относительной точности, работа на более коротких интервалах требует рассмотрения большего количества маркеров?

« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 19:58:24 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #33 : 11 Сентябрь 2009, 16:13:57 »
Хочу просто напомнить с чего начался весь перепляс.
Валерий сказал, что 17 маркеров недостаточно для разделения многих из ныне существующих субкладов. (Справедливо.)

На что Клесов заметил, что когда появится более детальные и молодые ветви, возможно и большего количества маркеров не хватит. (Справедливо!)

Затем АК попрекнули, что он и по 6 и по 12 маркерам вовсю считал. (Вот это совершенно зря. Время такое было. Все так считали.)

На что Анатолий ответил, что и по 6 маркерам можно работать. Важно просто оценивать степень достоверности получаемых результатов. (Совершенно справедливо!!!)

Так в чем спор? Ведь ни одно из высказываний, ни одного из оппонентов, не противоречит другому.

Мы просто толкуем про разную степень детализации.

:)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #34 : 11 Сентябрь 2009, 16:28:30 »
Глубокоуважаемый Михаил,

Спор с АК начался из-за проблем с филогенетическим древом, реконструированном на основании 17-маркерных гаплотипов. Выяснилось, что эти "ветви" этого древа не соответствуют снип-разметке гаплогруппы I.

Все же Вы с Валерием о разных вещах толкуете. Одно дело - детализация (тут все понятно), другое дело - гомоплазия. Напомню Вам известное определение гомоплазии: гомоплазия - однотипная изменчивость признаков и свойств у организмов различных таксономических групп при параллельных, но независимых эволюционных процессах. То есть тут идет речь о возможных параллелизмах, когда (в применении к Y-STR анализу на мельчайшем, близком к генеалогическому уровню филоанализу) в параллельных ветвях могут возникать сходные признаки ( в нашем случае - одинаковое число аллелей в локусных маркерах), при этом их генеалогическое родство по патрилинейной или если угодно -игрек-хромосомной линии - намного глубже.
Прошу прощения, если несколько сумбурно выразил, свою мысль. Но думаю, что смысл сообщения в целом понятен.
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 16:45:40 от Vadim Verenich »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #35 : 16 Октябрь 2009, 19:45:37 »
экспериментировать не имеет смысла, дело в качестве самих данных. 17 локусов - это немногим лучше чем классификация людей по форме ушной раковины или даже ушных сережек :)
Приходится верить. Но это значит, что мои однофамильцы останутся без своего дерева? И без расчёта времён? Что же тогда положительного в проекте, ведь в нём уже более 800 участников, которые надеялись, наверное, что они участвуют в серьёзном и полезном деле. А получат, как кто-то недавно выразился, "от мертвого осла уши"...

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Программа TNT.
« Ответ #36 : 16 Октябрь 2009, 19:52:26 »
Цитировать
которые надеялись, наверное, что они участвуют в серьёзном и полезном деле.
Дело в том, что на данный момент даже типирование участников не закончено, о каких результатах, интерпретациях и статьях речь идет? Еще даже не сниповали. Может сначала дождемся окончания. И посмотрим на статью - результат исследования, а потом будем сетовать.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Программа TNT.
« Ответ #37 : 16 Октябрь 2009, 19:56:55 »
Цитировать
А получат, как кто-то недавно выразился, "от мертвого осла уши".
Почему же так сурово? Прикинуть степень родства можно и попарными сравнениями. Полученный результат будет иметь довольно большой доверительный интервал, но "однофамильность" его значительно сужает, правда обратно пропорционально распространённости фамилий. По-моему этот вопрос неоднократно обсуждался в проекте. Разве это "от мёртвого осла уши"?
 
Просто речь о том, что на 17 маркерах филогения мало что добавит к таким примитивным вычислениям. Поэтому тем, кто хочет болеее чётко определиться, стоит сделать более подробное исследование.
 
Ну, и ещё можно вспомнить  известную поговорку о бесплатном сыре. Однако "мышеловка" в данном случае - не гибель надежд, а просто предназначена для возбуждения непраздного интереса к своему происхождению.
 
Ну и учёным от этого есть своя польза.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #38 : 16 Октябрь 2009, 21:51:12 »
Но это значит, что мои однофамильцы останутся без своего дерева? И без расчёта времён? Что же тогда положительного в проекте, ведь в нём уже более 800 участников, которые надеялись, наверное, что они участвуют в серьёзном и полезном деле. А получат, как кто-то недавно выразился, "от мертвого осла уши"...
Не понял, а это, что не дерево?
« Последнее редактирование: 16 Октябрь 2009, 22:08:04 от mouglley »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Программа TNT.
« Ответ #39 : 16 Октябрь 2009, 22:33:02 »
Тоже вариант. Найти своих на дереве mouglley и перерисовать.
У меня другая проблема. Откликнулось чел.15 моих однофамильцев, а анализ прислал один я.
А проект я считаю полезным, хотя результаты, мягко говоря, не соответствуют декларированым целям.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #40 : 16 Октябрь 2009, 22:54:26 »
Да, кстати, теперь там и возраста появились.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Программа TNT.
« Ответ #41 : 16 Октябрь 2009, 23:11:46 »
Да, кстати, теперь там и возраста появились.
Получается возраст R1a1, представленных в проекте Генофонда 13 тыс.лет?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #42 : 16 Октябрь 2009, 23:23:13 »
Вы использовали ро-статистику для вычисления возраста?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #43 : 16 Октябрь 2009, 23:31:36 »
А Вы думали, по 17-ти маркерам всё по-честному будет?

Тут полное дерево по всем гаплогруппам.
Тут  тот ещё музей.
Тут представители галогрупп, разошедшихся 30 000 лет назад имеют одинаковый гаплотип.

Забудьте о 17-ти маркерах, как о страшном сне, иначе  Вас в том же сне придёт, что славяне - ближайшие родичи австралийских аборигенов.
Точность, приблизительно, такая же.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #44 : 16 Октябрь 2009, 23:32:20 »
Именно Ро.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100