АвторТема: 17 локусов  (Прочитано 17585 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн aklyosov

  • Сообщений: 117
  • Рейтинг +11/-8
Как Вы строите ветви без снипов на 17 маркерах?  :o Ни мне, ни Валерию этого не удалось. Разделение, соответствующее реальному древу SNP-субкладов группы I утудалось сделать только wertnerу, и то на 67 маркерах. Причем пришлось задать значения снипов и укоренять через модальный гаплотип J*. Но, впрочем, куда нам, полуграмотным.

Дорогой VV,

Первое - Вы взяли неверный тон в разговоре со мной (это я о последующих сообщениях), поэтому я воздержусь от ответов. Второе - Вы сами видите, что ветви строю, поэтому вопрос Ваш риторический. Третье - про "полуграмотных" - в этом ничего страшного нет. Все мы в чем-то полуграмотны, в чем-то вовсе неграмотны.  И советую не комплексовать по этому поводу. Вы полуграмотны в химической кинетике (а в ней - основы расчетов), я полуграмотен в мтДНК, поэтому без комплексования задаю вопросы знающим людям.

Не только 17-маркерные гаплотипы дают много инфррмации, но и 6-маркерные. Просто надо знать и понимать, что от тех и других ожидать. Великие географические открытия делались и без GPS.

Я не знаю,  что Вы там извлекаете из моих работ "при вдумчивом прочтении", но советую мне не приписывать то, что Вы там "извлекаете". Это пусть остается при Вас.

И - самое главное. Вот когда придете к ЗНАЧИМЫМ выводам на основе анализа гаплотипов, тогда и поговорим. А уж будет это гаплотипы 67-маркерные, или 37-, или 25-, или 12-, или 6-маркерные, это дело второстепенное. Если понимать суть вопроса, это не имеет особого значения. Просто при понижении числа маркеров в гаплотипах возрастает погрешность и уменьшается разрешение. Но суть остается.

Надеюсь, Вы это понимаете.     
 

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #16 : 10 Сентябрь 2009, 20:57:09 »
Кстати, совершенно неудивительно, что удаленность от корня значительна. Расчеты величины ро - среднего количества накопленных мутаций на каждый гаплотип - показывают, что в среднем на каждый гаплотип выборки по "мутационному" пути от "базового" гаплотипа накопилось 14-15 мутаций (из 17!).

Угу, кстати да. Мощный аргумент.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #17 : 10 Сентябрь 2009, 20:58:11 »
Цитировать
В филогении - нет, не могут. Я неоднократно показывал примеры с цифрами и расчетами почему это так.
Расскажи это всем ученым кто занимается построением сетей в Нетворке по 12 и даже по 8 и 9 локусным гаплотипам.

17-ти локусная панель достаточно сбалансирована. Не нужно ее так хаять. Лучше что-то, чем ничего.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #18 : 10 Сентябрь 2009, 21:04:16 »
Цитировать
В филогении - нет, не могут. Я неоднократно показывал примеры с цифрами и расчетами почему это так.
Расскажи это всем ученым кто занимается построением сетей в Нетворке по 12 и даже по 8 и 9 локусным гаплотипам.

17-ти локусная панель достаточно сбалансирована. Не нужно ее так хаять. Лучше что-то, чем ничего.
Согласен. Надо работать с тем что есть.
Или же просто ставить более приземленные цели (мой случай).

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #19 : 10 Сентябрь 2009, 21:04:32 »
Цитировать
В филогении - нет, не могут. Я неоднократно показывал примеры с цифрами и расчетами почему это так.
Расскажи это всем ученым кто занимается построением сетей в Нетворке по 12 и даже по 8 и 9 локусным гаплотипам.


Говорю и не стесняюсь. Или ты всерьез думаешь, что кто-то в эти сети верит?

ЗЫ. правильный ответ такой:

1) полные медианные сети действительно содержат все возможные пути эволюции, но они так велики что даже по 6 локусам в статью не влезут

2) неполные сети используют просто для кластеризации, о чем мы говорили здесь выше. Такие сети не являются в строгом смысле слова филогенетическими так как обычно не содержат оптимальных деревьев.



Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #20 : 10 Сентябрь 2009, 21:09:19 »
Надо работать с тем что есть.
Или же просто ставить более приземленные цели (мой случай).

Смотря как работать. Если под целью понимать научное решение - это то же что искать ключи там где их нет. Если просто кому-то хочется чего-то строить - да пожалуйста, кто мешает? Но позвольте называть вещи своими именами.


Или же просто ставить более приземленные цели (мой случай).

Михаил, есть разница. Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов. И там не будет такой уж гомоплазии какая набегает за тысячелетия. В том оно и дело. Есть тыща способов утилизации У-файлеровых данных, от предсказания гаплогрупп до истории популяций и возрастов первопредков (любимая фишка АК). Но не филогения.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #21 : 10 Сентябрь 2009, 21:21:27 »
Цитировать
Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов. И там не будет такой уж гомоплазии какая набегает за тысячелетия.
С этим согласен. Смотря для каких целей.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #22 : 10 Сентябрь 2009, 21:25:21 »
Надо работать с тем что есть.
Или же просто ставить более приземленные цели (мой случай).

Смотря как работать. Если под целью понимать научное решение - это то же что искать ключи там где их нет. Если просто кому-то хочется чего-то строить - да пожалуйста, кто мешает? Но позвольте называть вещи своими именами.
Речь идёт о степени безаппеляционности.
А работать можно, соглашусь с АК, и по 6 маркерам.
Только количество используемых возможно и может быть должно возрастать в разы.
:)

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #23 : 10 Сентябрь 2009, 21:25:39 »
Рома, в этом топике речь идет именно о доисторических рекнострукциях.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #24 : 10 Сентябрь 2009, 21:32:20 »
Михаил, есть разница. Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов.
А вот тут категорически не согласен.
На 10 поколениях (вообще-то мой потолок - 30 :) ) 17 маркеров не годятся. Если исходить из относительной точности, то учитывая краткость дистанции, нужно 25-37, а еще лучше (оно, правда, везде лучше  ::) ) 67 маркеров.
Тенденция такова: чем дальше дистанция, тем на меньшем количестве маркеров можно производить гадания.
Повторю, согласен с АК, если мы толкуем про 50000 лет, то можно поупражняться и на 6 маркерах. Также как и на глубинах в лет 20000 пойдут 17 маркеров.
А вот для 10 поколений я вообще предпочитаю мультисниппанельные УПСы. Да, где ж их взять?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #25 : 10 Сентябрь 2009, 21:34:39 »
Михаил, есть разница. Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов.
А вот тут категорически не согласен.

с чем не согласны? с тем что на историческом времени гомоплазия меньше? Серьезно?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #26 : 10 Сентябрь 2009, 21:43:22 »
Михаил, есть разница. Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов.
А вот тут категорически не согласен.

с чем не согласны? с тем что на историческом времени гомоплазия меньше? Серьезно?
Валерий.
Во-первых, не раз повторял и повторю: я использую концепт черного ящика. Абстрагируясь от внутренней кухни, можно лучше понять ход процессов.
Во-вторых, если мы скажем 50000 ± 2000 лет (предположим, что это точность, вытекающая из использования 6 маркеров) - то это нормально. И 20000 ± 800 лет (допустим, такова точность при использовании 17 маркеров) - это (принимая в расет относительную погрешность) тоже допустимо.
Если же границы рассматриваемого мною интервала ограничены 1000 лет, то относительная погрешность должна быть где-то (по максимуму) ± 100 лет.
Такую точность дадут только многомаркерные гаплотипы.

Серьёзно. ©

:)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #27 : 10 Сентябрь 2009, 21:46:07 »
Смотря как работать. Если под целью понимать научное решение - это то же что искать ключи там где их нет. Если просто кому-то хочется чего-то строить - да пожалуйста, кто мешает? Но позвольте называть вещи своими именами.
Абсолютно согласен. Для разделения гаплогрупп, возрастом 10 000 лет и более 17 маркеров годятся. Чтобы разделить ветви (и гаплогруппы) моложе  5000 лет на 17-ти маркерах, гарантирую, не у одного нынеживущего человека способностей не хватит.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #28 : 10 Сентябрь 2009, 21:55:57 »
Михаил, есть разница. Если у Вас 10 поколений то вполне хватит 17 локусов.
А вот тут категорически не согласен.

с чем не согласны? с тем что на историческом времени гомоплазия меньше? Серьезно?
Валерий.
Во-первых, не раз повторял и повторю: я использую концепт черного ящика. Абстрагируясь от внутренней кухни, можно лучше понять ход процессов.
Во-вторых, если мы скажем 50000 ± 2000 лет (предположим, что это точность, вытекающая из использования 6 маркеров) - то это нормально. И 20000 ± 800 лет (допустим, такова точность при использовании 17 маркеров) - это (принимая в расет относительную погрешность) тоже допустимо.
Если же границы рассматриваемого мною интервала ограничены 1000 лет, то относительная погрешность должна быть где-то (по максимуму) ± 100 лет.
Такую точность дадут только многомаркерные гаплотипы.

Серьёзно. ©

:)


Михаил, мы про разные вещи. Вы - про то как отловить близких родственников. Я - про типирование заведомо родственных индивидов по 17 локусам.

Интуитивно понятие гомоплазии не такое уж сложное. Пусть есть несколько популяций в одном регионе. С различиями в пигментации. Скажем, казахи относительно светлые, узбеки темнее, а туркмены еще темнее. Используя только признак пигментации, можно неплохо сгруппировать популяции по взаимной близости. Результат будет недалек от истины, наверное потому что пигментация так или иначе связана с величиной южноазиатской примеси в семействе среднеазиатских групп. Тюрки Средней Азии, исторически будучи родственниками, не так уж и давно разделились и смешались с аборигенами, и учитывая близость времени их расхождения, можно надеяться на правильную кластеризацию групп даже по очень бедному набору признаков. Не суть важно, с чем связано расхождение - с внутренней дифференциацией или примесью, важно что история еще не успела тотально смешать карты.

Теперь пробуем кластеризовать негров, австралийцев, тамилов, русских и казахов, опять полагаясь в основном на пигментацию. Думаю, продолжать не надо.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #29 : 10 Сентябрь 2009, 22:00:30 »
Для разделения гаплогрупп, возрастом 10 000 лет и более 17 маркеров годятся.

Именно для разделения. Это то же что кластеризация. Большие кластера правильны, но относительное положение ветвей кривое. А АК упорно молчит и не хочет называть вещи своими именами.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100