АвторТема: 17 локусов  (Прочитано 18143 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
17 локусов
« : 28 Апрель 2009, 02:22:06 »
Для демонстрации недостаточности 17 локусов для надежной СТР-филогении я использовал следующие фичи Мурки:

1) построение набора субоптимальных (по стоимости) деревьев
2) частоты партиций исходных гаплотипов, соответствующих каждому ребру
3) вычисление расстояний Робинсона-Фоулдса между построенными деревьями

В аттаче см RDF-элайнмент по 30 исходным гаплотипам N проекта "Однофамильцы или Родственники", принадлежность их к N предсказана ув. Mougley. Число различающихся гаплотипов 29, признаков 17. Для анализа была использована дискретная метрика соответствующая шаговой модели мутаций, равновесная (все веса =10), то есть такая что в ней например dist(10,11) = 10, dist(10,12)=20. Было проведено 4 эксперимента, каждый из которых состоял из случайного перевзвешивания признаков 50 раз, каждый раз с выполнением MJ-эвристики и MP обработки получившейся сети с учетом исходных весов; далее из 50 сетей извлекалось от 40 до 50% наиболее оптимальных по штейнеровской длине. Такие наиболее оптимальные наборы сетей были объединены и из них извлечено некоторое множество штейнеровских деревьев, объединение которых совпадает с объединением всех возможных штейнеровских деревьев. Был достигнута (суб)оптимальная стоимость дерева 660. Принципиальной разницы между результатами 4х экспериментов не обнаружилось, ниже приведены результаты одного из них.

Построено 12 штейнеровских деревьев (в других экспериментах - соотв. 12, 14 и 17), со средним расстоянием Р-Ф между ними 0.41+-0.19 что значительно превышает экспериментально выверенный порог средних расстояний в 0.15-0.2, за которым достоверная реконструкция истории мутаций STR невозможна. (PS при вычислении учитывались и смежные с листьями партиции так как допускались терминалы степени более 1, средняя степень терминалов оказалась 1.46).

Все 12 деревьев имели уникальные топологии. Средняя частота партиций в деревьях составила 0.85+-0.02, в то время как все реконструкции по STR, проанализированные автором, показывали значение >=0.95 всякий раз когда оказывались надежны и по другим признакам. Степень "типичности" партиций гаплотипов в дереве (то есть встречаемость их в других деревьях той же степени оптимальности) имеет большое значение при рассмотрении топологий; значительное число редких партиций в дереве свидетельствует о случайности его топологии, и в случае когда это характерно для всех оптимальных деревьев, можно говорить об отсутствии явного филогенетического "сигнала" в исходных данных. Ниже приведен пример одного из построенных деревьев, каждое ребро снабжено отметкой [mppart=...] частоты соответствующей партиции среди всех изученных MP-деревьев. В качестве корня выбран гаплотип минимизирующий дисперсию расстояний до всех засвидетельствованных гаплотипов (терминалов).




Ни одно из построенных деревьев не демонстрирует близкого родства однофамильцев, та же ситуация сохраняется и в деревьях полученных в других 3 экспериментах. В действительности следует ожидать обратного, учитывая небольшое расстояние между некоторыми из пар образцов.

Вывод: Парсимонистские филогении, основанные на 17 и менее локусах У-хромосомы, случайны и ненадежны. В действительности минимальное количество локусов, необходимое для построения надежных филогений, значительно выше, так как аналогичные результаты можно получить и для распространенных коммерческих наборов У-25 и У-37. Вопрос о надежности У-67 в настоящее время открыт, например метод, использованный выше, нередко приводит к построению надежной У-67 филогении.
« Последнее редактирование: 28 Апрель 2009, 04:19:12 от Valery »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #1 : 28 Апрель 2009, 09:44:31 »
Небольшое уточнение:
Отборка поверхностная - гаплотипы были отобраны нанесением всех гаплотипов Генофонда с 16 маркерами на готовое дерево, построенное нетворком по базовым 225 гаплотипам N.
Те базовые 225 гаплотипов - уменьшенные до 16 маркеров гаплотипы, которые уже заняли своё прочное место на дереве 67-маркерных N.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #2 : 28 Апрель 2009, 11:00:08 »
Добрый день! Так я просто списал фамилии участников определенных Вами как N и подставил их гаплотипы из проекта. N=30.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37032
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 17 локусов
« Ответ #3 : 28 Апрель 2009, 20:11:09 »
Valery, у меня общие вопросы по использованию Мурки.

В отличии от общегаплогруппных построений, меня интересуют относительно неглубокие деревья, пляшущие от исходного (т.е. анализируемого) гаплотипа.

Делаю я обычно так.
Беру 67-маркерный гаплотип (в крайнем случае 37-маркерный, но очень редко).
На Ysearch выдергиваю гаплотипы не меньшей длины и с генетической дистанцией не более 6. Все подряд, даже разногаплогруппные!
В результате нескольких последовательных построений (причесывание, или дистилляция) выделяю "свою" ветку.

Теперь собственно два вопроса:

1. Отличаются ли результаты (речь идет в основном только о топологии), полученные с помощью метода, гроссо-модо описанного в соседней ветке, от результатов, полученных с помощью Мурки?

2. Возможно ли с помощью Мурки выделять родственные гаплотипы в один проход?

Мне работа Ваша очень нравится. Но в силу своей ленности и недостатка времени хотелось бы получить какие-то весомые обоснования для перехода на новую платформу.
Может так статься, что для генеалогических нужд пока сойдет и дедовский метод с ограниченным набором дополнительных функций.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10714
  • Страна: tt
  • Рейтинг +2314/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: 17 локусов
« Ответ #4 : 28 Апрель 2009, 20:32:05 »
Cчастливый вы человек, у меня ближайший совпаденец с дистанцией 19 на 67 маркерах.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #5 : 28 Апрель 2009, 20:56:44 »
В отличии от общегаплогруппных построений, меня интересуют относительно неглубокие деревья, пляшущие от исходного (т.е. анализируемого) гаплотипа.

это тоже филогения, никакой принципиальной разницы нет


1. Отличаются ли результаты (речь идет в основном только о топологии), полученные с помощью метода, гроссо-модо описанного в соседней ветке, от результатов, полученных с помощью Мурки?

в смысле - "только о топологии"? Большинство филогенетических программ строит кучу различных топологий, поэтому даже результаты работы одной программы вообще говоря не однозначны. Тем более результаты работы разных программ.


2. Возможно ли с помощью Мурки выделять родственные гаплотипы в один проход?

В смысле - в один проход? Мурка пакетная программа и все делает в один проход. Эксперимент описанный выше включал несколько проходов только с целью проверить выводы.

Другой вопрос - а зачем отделять родственные гаплотипы филогенетическим софтом? Обычно простое вычисление расстояний надежно выявляет родственников. Более того, "умная" филогения может исказить ситуацию, если гаплотипы слишком короткие. Например, эксперимент описанный выше, можно описать одной фразой: запускайте программы несколько раз на этой выборке, и результат не будет повторяться. Но простым сравнением расстояний можно примерно определить порядок родства гаплотипов. И не нужна здесь никакая филогения.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37032
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 17 локусов
« Ответ #6 : 28 Апрель 2009, 20:59:53 »
Cчастливый вы человек, у меня ближайший совпаденец с дистанцией 19 на 67 маркерах.
Cчастливый вы человек, у меня ближайший совпаденец с дистанцией 25 на 67 маркерах.
:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37032
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 17 локусов
« Ответ #7 : 28 Апрель 2009, 21:05:51 »
Другой вопрос - а зачем отделять родственные гаплотипы филогенетическим софтом? Обычно простое вычисление расстояний надежно выявляет родственников.
Не всегда.
Я всегда использую генетическую разницу не более 6.
Скажем с генетической разницей даже в 4, есть свои и чужие.
:)

Более того, "умная" филогения может исказить ситуацию, если гаплотипы слишком короткие.
Я в преамбуле к вопросам написал, что использую только 67-маркерные гаплотипы. Ну. иногда при полной голодухе 37-маркерные.
По принципу, лучше, уж, никак вместо как-нибудь::)

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #8 : 28 Апрель 2009, 21:13:00 »
Я в преамбуле к вопросам написал, что использую только 67-маркерные гаплотипы.

Да, на 67 что-то умное сделать можно. Из простых методов годятся и Нейбор и Фитч (но не используйте их на 25 и 37!).

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37032
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 17 локусов
« Ответ #9 : 28 Апрель 2009, 21:32:28 »
Я в преамбуле к вопросам написал, что использую только 67-маркерные гаплотипы.

Да, на 67 что-то умное сделать можно. Из простых методов годятся и Нейбор и Фитч (но не используйте их на 25 и 37!).
Спасибо за посказку!
Собственно, кроме Нейба и  Фич я изредка использовал только Китш.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #10 : 28 Апрель 2009, 22:47:42 »
Добрый день! Так я просто списал фамилии участников определенных Вами как N и подставил их гаплотипы из проекта. N=30.
Именно это я и поясняю:
Про свои, а не про Вши ошибки.
У Вас отработано, как всегда, на высоте.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #11 : 28 Апрель 2009, 23:17:51 »
Добрый день! Так я просто списал фамилии участников определенных Вами как N и подставил их гаплотипы из проекта. N=30.
Именно это я и поясняю:
Про свои, а не про Вши ошибки.


Не понимаю, ув. Mouglley, Вы хотите сказать что некоторые из списка могут быть не N и я попросту облажался? :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 17 локусов
« Ответ #12 : 29 Апрель 2009, 08:46:40 »
Через предиктор не прогонял, поэтому за качество списка не ручаюсь, но дерево, построенное Вашей Муркой, вроде бы всех расположило близко друг к другу.
« Последнее редактирование: 29 Апрель 2009, 08:48:14 от mouglley »

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5580
  • Страна: 00
  • Рейтинг +540/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: 17 локусов
« Ответ #13 : 29 Апрель 2009, 10:51:35 »
Через предиктор не прогонял, поэтому за качество списка не ручаюсь, но дерево, построенное Вашей Муркой, вроде бы всех расположило близко друг к другу.

А, теперь понял. 17 маркеров оказалось достаточно чтобы отделить N от прочих (Ваш результат) но устойчивая внутренняя структура выборки не выявилась (мой результат).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10417
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Обсуждение статьи С.Каржавина
« Ответ #14 : 03 Сентябрь 2009, 21:36:23 »
Как Вы строите ветви без снипов на 17 маркерах?  :o Ни мне, ни Валерию этого не удалось. Разделение, соответствующее реальному древу SNP-субкладов группы I утудалось сделать только wertnerу, и то на 67 маркерах. Причем пришлось задать значения снипов и укоренять через модальный гаплотип J*. Но, впрочем, куда нам, полуграмотным.

Кстати, все-таки хочу поздравить с предстоящей публикацией в журнале. Хотите верьте, хотите - нет, но это от всей души. Появляется возможность проверки метода на высшем уровне. Это всегда хорошо, когда о методе узнает как можно больше людей. Все-таки у Human Genetics формат совсем иной, нежели у Вестника ДНКГ.

Я не буду повторятся в этом топике (чтобы избежать дабл-поста), но мои замечания касаемо возможности построения достоверных филогенетических построения по 17 маркерами приведены здесь.
« Последнее редактирование: 03 Сентябрь 2009, 22:57:51 от Vadim Verenich »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100