АвторТема: Этногенез народов Урал-Поволжского региона по результатам аутосомных тестов  (Прочитано 13575 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
ну так сегменты то главнее чем эти ваши аутосомные калькуляторы. Разве не так здесь говорили ?
Единичный сегмент 25 сМ - отображает примерно 0,35% генома, очень мало. Я давно хочу сочинить калькулятор на базе именно сегментов, но тут нужен большой объем работы. Да и непонятно, набрана ли уже достаточная база.

Оффлайн Uruzaner

  • Сообщений: 158
  • Страна: 00
  • Рейтинг +25/-1
  • Y-ДНК: I1a2a1(M253+, DF29+, Z58+, Z59+, Z140+, E564+)
ну так сегменты то главнее чем эти ваши аутосомные калькуляторы. Разве не так здесь говорили ?
Единичный сегмент 25 сМ - отображает примерно 0,35% генома, очень мало. Я давно хочу сочинить калькулятор на базе именно сегментов, но тут нужен большой объем работы. Да и непонятно, набрана ли уже достаточная база.

Мне больше интересно почему у всех четверых в одном и том же месте.

Опять же, получается инструменты FTDNA верить вообще нельзя никак?

Оффлайн Наиль

  • Сообщений: 1681
  • Страна: ru
  • Рейтинг +18/-5
ну так сегменты то главнее чем эти ваши аутосомные калькуляторы. Разве не так здесь говорили ?
Единичный сегмент 25 сМ - отображает примерно 0,35% генома, очень мало. Я давно хочу сочинить калькулятор на базе именно сегментов, но тут нужен большой объем работы. Да и непонятно, набрана ли уже достаточная база.
А что будет представлять собой этот калькулятор, если не секрет?
И каков будет принцип его работы?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
А что будет представлять собой этот калькулятор, если не секрет?
И каков будет принцип его работы?
Пока сложно сказать, поскольку еще почти ничего не сделано. Понятно только, что мелких сегментов между восточноевропейцами огромное количество.
Мне больше интересно почему у всех четверых в одном и том же месте.

Опять же, получается инструменты FTDNA верить вообще нельзя никак?
Какие инструменты имеются в виду? Одинаковый сегмент у всех - действительно. подозрительно.

Оффлайн Наиль

  • Сообщений: 1681
  • Страна: ru
  • Рейтинг +18/-5
 И всё-таки, наверное, какие-то мысли у вас по новому калькулятору уже есть.
Было бы интересно их узнать, пусть даже они носят предварительный характер.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
И всё-таки, наверное, какие-то мысли у вас по новому калькулятору уже есть.
Было бы интересно их узнать, пусть даже они носят предварительный характер.
Нужно как-то отслеживать не настолько древнее влияние, как возникшие в каменном веке предковые компоненты. По наличию и соотношению сегментов разной длины можно делать прикидки, с какими народами общие предки жили раньше, с какими позже. И насколько велика разделяемая популяционная история. Но это так, общие соображения.
Инструменты со схожим функционалом уже есть, возможно, окажется проще их освоить.

Оффлайн Uruzaner

  • Сообщений: 158
  • Страна: 00
  • Рейтинг +25/-1
  • Y-ДНК: I1a2a1(M253+, DF29+, Z58+, Z59+, Z140+, E564+)

Какие инструменты имеются в виду? Одинаковый сегмент у всех - действительно. подозрительно.

Тот который указывает в каком поколении примерно родство.

Оффлайн Наиль

  • Сообщений: 1681
  • Страна: ru
  • Рейтинг +18/-5
И всё-таки, наверное, какие-то мысли у вас по новому калькулятору уже есть.
Было бы интересно их узнать, пусть даже они носят предварительный характер.
Нужно как-то отслеживать не настолько древнее влияние, как возникшие в каменном веке предковые компоненты. По наличию и соотношению сегментов разной длины можно делать прикидки, с какими народами общие предки жили раньше, с какими позже. И насколько велика разделяемая популяционная история.
Если получится делать прикидки "с какими народами общие предки жили раньше, с какими позже", было бы очень хорошо. Многие бы вопросы прояснились.
Желаю вам удачи! И побыстрее создать новый калькулятор!

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Легко сказать=)
Я так понимаю, для создания данного калькулятора нужно определить "паттерны" участков генома, четко идентифицирующих представителей одной популяции и отделяющих их от других групп. Понятно, что некоторые "регионы" этих "паттернов" могут оказаться общими у совершенно никак не связанных между собой популяций, в силу чистой случайности, но вряд ли процент шума будет сильно высок, по крайней мере настолько, чтобы заметно повлиять на результат, да и с ростом выборок можно будет отсеивать подобные артефакты. Вероятно, для разных "регионов" будет разная вероятность принадлежности к "генетической подписи" популяции, например: у 10 йоруба может быть 6 участков, общих для всех и 2 общих только для 4 из них - с бОльшим размером выборок увеличится и стабильность "карт сегментов", но, имхо, тут важны не столько размеры отдельных сегментов и их общая длина, а именно "паттерны", т.е. характерное расположение общих сегментов (оптимальный размер которых, видимо, будет определяться эксперементальным путем) в геноме для представителей определенной группы - ведь для близких популяций будет много общих сегментов, однако должны быть и характерные замены в определенных регионах генома для конкретных популяций, если они, конечно, являются таковыми, так, если у американца, преимущественно, скадинавского происхождения, с соответствующим фенотипом, в определенных регионах генома будут присутствовать вставки участков, характерные для геномов тех же йоруба, то это может свидетельствовать об адмиксе, причем вероятность адмикса будет тем выше, чем больше участков будет приходиться на регион генома, где чаще всего встречаются участки характерные именно для йоруба, т.е. так, отчасти, можно отфильтровать случайное сходство - это все касается выявления, насколько это возможно, незначительных следов адмикса. Что же до определения времени для события адмикса, то здесь, вероятно, нужно смотреть на процент общих сегментов от всего генома: 50% - одно поколение назад, 25% - 2 и т.д. на какой глубине можно будет фиксировать след единичной примеси (= один предок) - сложно сказать, думаю 4, максимум 5, поколений назад, при обширной выборке и откалиброванных иструментах?
это, имхо, уйма работы=) хотя, подозреваю, что-то подобное предлагает Поляко:
- advanced users of third party ancestry tools can request a more detailed analysis of a specific issue, such as confirming minor Sub-Saharan or Ashkenazi admixture.
но что сей сервис из себя представляет я не знаю, надо бы дождаться отзывов)
ну и в утилите countries of ancestry от 23ия такое есть.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
FenriR, первоначально у меня тоже мысли шли в этом направлении. Хотелось бы, конечно, нарисовать картинку наподобие Ancestry Composition 23andMe с отнесением участков хромосом к разным популяциям, только более надежно и детально для восточноевропейцев. Вспоминаются анализы X-хромосомы от Поляко. На мой взгляд, результаты пока не очень.
Думаю, для этого метода действительно очень велики требования к выборке. Как можно их снизить? Во-первых, отказаться от анализа отдельных участков генома, и перейти к его протяженности в целом. Во-вторых, использовать мелкие сегменты, которых много. В-третьих, если это не поможет, то перейти к сравнению групп людей между собой.
Сколько мелких сегментов разделяют средний литовец и средний русский? А русский с финном? Татарин с башкиром, селькуп с коми,  разные группы русских между собой? Как соотносятся при этом более короткие и более длинные сегменты? По логике, более высокая доля мелких сегментов, должна соответствовать более давнему разделению. При этом паттерн зависит от популяционной истории обеих сравниваемых групп. Для каждой группы нужно вычислять свой поправочный коэффициент, для этого надо сравнить большое количество групп между собой. Потом можно будет применить эти коэффициенты уже для сравнения индивидуума с группами.
Вот в этом направлении хочется покопать. Пока непонятно, выйдет ли из этого что-то полезное. Сейчас нет возможности глубоко погружаться в вопрос. Немного экспериментировал во время новогодних выходных, и мое недавнее моделирование времени жизни одиночных сегментов тоже можно отнести к этой теме.

Оффлайн Наиль

  • Сообщений: 1681
  • Страна: ru
  • Рейтинг +18/-5
Вот в этом направлении хочется покопать. Пока непонятно, выйдет ли из этого что-то полезное. Сейчас нет возможности глубоко погружаться в вопрос. Немного экспериментировал во время новогодних выходных, и мое недавнее моделирование времени жизни одиночных сегментов тоже можно отнести к этой теме.
В пользе ваших экспериментов даже не сомневайтесь - она огромна!
Вопрос только в том сможете ли вы довести начатое до конца и так всё отладить, что действительно будут получаться какие-то серьёзные результаты?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Продублирую здесь ссылку, поскольку она вдвойне связана с этой темой.

Оффлайн ТараканАвтор темы

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2155
  • Страна: ru
  • Рейтинг +264/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Продублирую здесь ссылку, поскольку она вдвойне связана с этой темой.

Не могу сказать, что прямо все осмыслил... вопросов только прибавилось :) Но, видимо, для прояснения картины нужно больше татар из Республики Мордовия-Пензенской области-Нижегородской области, казанских татар из других районов и, не плохо бы, 3-4 результата из касимовских татар. Ну и побольше коммерческих результатов по мари, чувашам и удмуртам для большей наглядности. Или данная выборка уже достаточна и новые результаты мало что могут прояснит?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Или данная выборка уже достаточна и новые результаты мало что могут прояснит?
Сложно сказать. В том и своеобразие подхода, что он дает "качественный" анализ, но не "количественный". И какие-то вещи ему увидеть легко (то же родство с марийцами и чувашами), а к другим он слеп. Как я писал, он хорош в качестве дополнения к классическому Admixture-анализу.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.