Цыгане и гаплогруппа E1b1b1a

[Овод]

АнТюр, и тут вы неправы. Базовый гаплотип мог мутировать в остальные множеством способов. Именно для того, чтобы найти наиболее вероятный базовый гаплотип и стоит строить дерево (для начала - сеть). И уже потом укоренять её для нахождения наиболее вероятных гаплотипов ветвей. Возможно, они таки окажутся эквивалентны Вашим "предковым". Но это нужно ДОКАЗАТЬ.
 
Впрочем - Вы можете считать по-своему. Но тогда ответьте на вопрос: Когда жил общий предок всех исследованных цыган-бояшей, а также - каков возраст трёх Ваших якобы предковых гаплотипов?

[АнТюр]

АнТюр, и тут вы неправы. Базовый гаплотип мог мутировать в остальные множеством способов. Именно для того, чтобы найти наиболее вероятный базовый гаплотип и стоит строить дерево (для начала - сеть). И уже потом укоренять её для нахождения наиболее вероятного базового гаплотипа.
 
Впрочем - Вы можете считать по-своему. Но тогда ответьте на вопрос: Когда жил общий предок всех исследованных цыган-бояшей, а также - каков возраст трёх Ваших якобы предковых гаплотипов?

Мы здесь говорим не о теории нахождения базовых гаплотипов, а о КОНКРЕТНОЙ выборке ДНК-данных. счтате, что для нее тоже седует строить дерево? Постройте.

Моя интерпретация сводится к следующему.
Цыгане-бояши носители линии E1b1b1a3 имеют трех прародителей. Их гаплотипы представлены в выборке с частотам 7, 6 и 3. Крайне малое число гаплотипов, которые мгут восходить к гаплотипам прародителей, говорит о том, что они (прародители) жили 100-150 лет назад. Скорее всего, они пришли в Хорватию с группой переселившихся туда румынских цыган, предков бояшей. Считается, что это переселение произошло во второй половине 19 века.

[Овод]

Ваша схема рассуждений понятна. При всём уважении - высосана из пальца: расчётов нет, связи между гаплотипами не установлены, цифры взяты с потолка.
 
Эдак любой набор гаплотипов можно подогнать под удобную Вам теорию. Что и сделано.

[АнТюр]

Ваша схема рассуждений понятна. При всём уважении - высосана из пальца: расчётов нет, связи между гаплотипами не установлены, цифры взяты с потолка.
 
Эдак любой набор гаплотипов можно подогнать под удобную Вам теорию. Что и сделано.

Да я не против такой оценки. Другую интерпретацию этих данных дал ув. Sergey Lutak. Может она Вам больше понравится. Если и она Вас не устроит, то можите дать свою интерпретацию этих данных. Только и делов.

Конечно, было бы хорошо, если бы Вы показали нам (или только мне) на примере тех КОНКРЕТНЫХ данных, которые мы обсуждаем, КАК следует их обрабатывать (строить дерово гаплотипов и по нему формальными методами выявлять базовый гаплотип, а также расчитывать количество мутаций) и интерпретиовать полученные результаты. Честное слово, мне интересно на это посмотреть. 

[Овод]

Гипотез (то биш интерпретаций) не измышляю (с). Тем более - не стал бы вторгаться с ними в ведомство уважаемого Сергея, выводы которого понимаю и им доверяю, ибо основаны они на РАСЧЁТЕ.
 
Что же касается КОНКРЕТНЫХ примеров построения деревьев, и расчёта по ним времени жизни предков - на этом форуме их предостаточно. Рекомендую работу уважаемого Вадима Веренича по ирландским кланам.
 
Поймите, уважаемый АнТюр, я не утверждаю, что Ваши теории неправильны - они неубедительны. Так что убеждать нужно не мне Вас, а Вам - меня и остальных. Я то как раз никой теории не выдвигал. На этом и покончим затянувшийся спор.

[Sergey Lutak]

... Можно предположить, что наличие у цыган Bayash линии E1b1b1a3 свидетельствует о пребывании их предков в Египте. 
.. мы все же сделаем «мягкое» предположение. У цыган Bayash, имеется генетический маркер, который может свидетельствовать о пребывании их предков в Египте.

По имеющейся в нашем распоряжении выборке гаплотипов вывод о пребывании цыган-бояшей в Египте сделать невозможно, т.к. линия E1b1b1a3 влилась в цыганское общество не ранее XII века. В это время (между X и XIV веками) цыгане были на пути из Персии на Балканы.
И на пути этом находится область с значительной долей E1b1b1a3 (Анатолия).

На мой взгляд (это просто предположение), наиболее логично считать район Стамбула - источником линии E1b1b1a3 у бояшей 
по следущим причинам:
1. На пути из Персии на Балканы наибольшая концентрация E1b1b1a3 наблюдается у стамбульких турок - 5,71%
2. В районе Стамбула цыгане появляются на рубеже XIII-XIV веков.
3. Судя по выборке гаплотипов, линия E1b1b1a3 у бояшей появилась не ранее XII века, т.е в любом веке после.

[АнТюр]

Поймите, уважаемый АнТюр, я не утверждаю, что Ваши теории неправильны - они неубедительны. Так что убеждать нужно не мне Вас, а Вам - меня и остальных. Я то как раз никой теории не выдвигал. На этом и покончим затянувшийся спор.

Ну, что Вы? Если я поймаю себя на мысли, что хочу кого-то убедить в своей правоте, то тут же набью сам себе морду.

Мне нет надобность убеждать в чем-то, наример, Вас.  Более того, я никода не спорю. Просто высказываю свое мнение. Этого для меня и достаточно.

[АнТюр]

... Можно предположить, что наличие у цыган Bayash линии E1b1b1a3 свидетельствует о пребывании их предков в Египте. 
.. мы все же сделаем «мягкое» предположение. У цыган Bayash, имеется генетический маркер, который может свидетельствовать о пребывании их предков в Египте.

По имеющейся в нашем распоряжении выборке гаплотипов вывод о пребывании цыган-бояшей в Египте сделать невозможно, т.к. линия E1b1b1a3 влилась в цыганское общество не ранее XII века. В это время (между X и XIV веками) цыгане были на пути из Персии на Балканы.
И на пути этом находится область с значительной долей E1b1b1a3 (Анатолия).

На мой взгляд (это просто предположение), наиболее логично считать район Стамбула - источником линии E1b1b1a3 у бояшей 
по следущим причинам:
1. На пути из Персии на Балканы наибольшая концентрация E1b1b1a3 наблюдается у стамбульких турок - 5,71%
2. В районе Стамбула цыгане появляются на рубеже XIII-XIV веков.
3. Судя по выборке гаплотипов, линия E1b1b1a3 у бояшей появилась не ранее XII века.

Мое предположение Вы назвали выводом и тут же сделали свое предположение. А что, в 14 веке цыгане не могли погостить в Египте?

С заключением по пункту 3 - "не ранее XII века", согласен. Даже если предположить, что все гаплотипы линии E1b1b1a3 восходят к одному прародителю, то "не ранее XII века". Но этот вопрос нужно оставить на будущее, когда появятся соответствующие данные.

Против пункта 1 возражений нет. Такое возможно.

А вот пункт 2 ..... Этот вопрос можно и нужно решать генохронологическим датированием индийской линии цыган. Данных для этого достаточно. Свою версию опубликую в октябре. 


P.S. Кстати, у Вас кажется ошибка в расчете.

Наибольшие частоты имеет гаплотип

14 17,18 14 31 24 10 11 12 14 10 12 20 15 15 22 12  6+12 = 18 экземпляров.

Ради интереса, пересчитайте свою дату. Она попадет в 14 век.

[Sergey Lutak]

...
P.S. Кстати, у Вас кажется ошибка в расчете.

Наибольшие частоты имеет гаплотип

14 17,18 14 31 24 10 11 12 14 10 12 20 15 15 22 12  6+12 = 18 экземпляров.

Ради интереса, пересчитайте свою дату. Она попадет в 14 век.

Ошибки в расчётах вполне могут быть. Ведь мы все люди и периодически ошибаемся.
Правда мне не понятна ваша фраза "Наибольшие частоты имеет гаплотип ..."
Базовый гаплотип - это не наиболее часто встречающийся гаплотип в популяции. Базовый гаплотип вычисляют.

[Овод]

Правда мне не понятна ваша фраза "Наибольшие частоты имеет гаплотип ..."
Базовый гаплотип - это не наиболее часто встречающийся гаплотип в популяции. Базовый гаплотип вычисляют.

Базовым могут быть и тот и другой (методов много). Ваш, Сергей в данном случае мне нравится больше. Поскольку "наиболее часто встречающийся" практически двухмодален, следовательно - неопределенн.

[АнТюр]

...
P.S. Кстати, у Вас кажется ошибка в расчете.

Наибольшие частоты имеет гаплотип

14 17,18 14 31 24 10 11 12 14 10 12 20 15 15 22 12  6+12 = 18 экземпляров.

Ради интереса, пересчитайте свою дату. Она попадет в 14 век.

Ошибки в расчётах вполне могут быть. Ведь мы все люди и периодически ошибаемся.
Правда мне не понятна ваша фраза "Наибольшие частоты имеет гаплотип ..."
Базовый гаплотип - это не наиболее часто встречающийся гаплотип в популяции. Базовый гаплотип вычисляют.

Я не об этом. В публикации, про которую мы говорим, в соответствующей таблице показано, что гаплотип 14 17,18 14 31 24 10 11 12 14 10 12 20 15 15 22 12  представлен 18 экземплярами (в одной группе - 6, в другой - 12). А в той выборке, которую привели Вы он представлен только 6 экземплярами. Так быть не может. Вы ошиблись. Из этого следует, что Вы ошиблись и при идентификации базового гаплотипа, на основе которого выполнили генохронологическое датирование. Его частота - 7.  Отсюда неверная реконструкция истории цыган.

[I2a1a]

Cогласен с Сергеем - из одной гомогенной выборки нельзя извлечь несколько базовых гаплотипов - это нонсенс. Если выборка мультимодальна, то надо брать за базовый либо главную моду, либо усреднять данные по всей выборке для получения базового.
 
Затем - строить дерево. И только после этого можно судить - распадается ли выборка на подгруппы (ветви) или нет.
 
Еще раз повторю - несколько исходно базовых гаплотипов в одной выборке - чушь.

В выборке может быть сколько угодно базовых гаплотипов. Это обычная ситуация. Подгруппы выборки  - это и есть подгруппы базовых гаплотипов.

Те данные, которые привел ув. Sergey Lutak легко читаются без вяких деревьев. Там две сухих палки по 7 и 6 гаплотипов и сучек (3 гаплотипа).

Ув. Анатолий, Вы когда-нибудь слышали про реальное биологическое явление, которое называется гомоплазией?


PS.Базовый (или модальный) гаплотип -это гипотетическая реконструкция гаплотипа предка данной популяции. Он может определятся разными способами (как стат.математическими, так и прикладными филогенетическими способами), однако в любом случае - это всего лишь гипотеза, оценивать которую можно только с той или иной степень достоверностью совпадения этого гипотетического конструкта с гаплотипом предка в истинном мутационном древе данной выборки (поэтому базовый гаплотип одной конкретной выборки всегда один). Наблюдаемая при построении филогенетического древа популяции картина может быть сильна искажена кумулятивным воздействием целого комплекса популяционных эфектов, а также гомоплазией. По этому вопросу на обеих форумах уйма информации, так что не поленитесь с ней познакомиться.

[АнТюр]

PS.Базовый (или модальный) гаплотип -это гипотетическая реконструкция гаплотипа предка данной популяции. Он может определятся разными способами (как стат.математическими, так и прикладными филогенетическими способами), однако в любом случае - это всего лишь гипотеза, оценивать которую можно только с той или иной степень достоверностью совпадения этого гипотетического конструкта с гаплотипом предка в истинном мутационном древе данной выборки (поэтому базовый гаплотип одной конкретной выборки всегда один). Наблюдаемая при построении филогенетического древа популяции картина может быть сильна искажена кумулятивным воздействием целого комплекса популяционных эфектов, а также гомоплазией. По этому вопросу на обеих форумах уйма информации, так что не поленитесь с ней познакомиться.

Ув. Вадим! В конкретной выборке может быть сколько угодно базовых гаплотипов. Но если Вы сделали допущение, того, что вся выборка восходит к единому прародителю то, из этого, конечно, автоматически следует и допущение, что базовый гаплотип в ней свего один.
Поэтому я и говорю. Первый этап генохронологического датирования это обоснование заключения "данная конкретная выборка восходит к единому прародителю".

При датиовании цыган по конкретной выборки Sergey Lutak это заключение сделал в неявном виде. Мое заключение - выборка восходит к 3 прародителям. Их гаплотипы проявились в ней с частотами 7, 6 и 3. Считать ее восходящей всего к одному прародителю есть нарушение принципов генохронологического датирования. Но можно и мягче. Каждый раз, когда делается заключение "Выборка восходит к одному прародителю" должно даваться соответствующее обоснование. Я утвержаю, что дать такое обоснования для рассмтриваемой выборки не представляется возможным.

Вы признанный специалист по строительству деревьев (сам видел). Вот и постройте по ней соответствующее дерево, восходящее своем стволом всего к одному прародителю.

[Овод]

Я думаю, спор тут бесполезен. Сергей, Вадим и я понимаем, о чём речь и выдвигаем аргументы. Но уважаемый АнТюр в аргументах не нуждается, поскольку "никого не хочет убедить, а лишь высказывает свою точку зрения", повторяя её как поп молитву.

То что базовый гаплотип выборки есть условно-предполагаемый гаплотип предка ВСЕЙ выборки, а значит - может быть только единственным, он  якобы не в состоянии понять. И толкует нам о предполагаемых базовых гаплотипах её ветвей, опять же не понимая, что для того, чтобы вырастить  ветви надо сначала посадить дерево.
 
Печально, так как очевидно, что человек он мыслящий, и мог бы расширить свою "точку зрения" до горизонта. Было бы желание.

[АнТюр]

Печально, так как очевидно, что человек он мыслящий, и мог бы расширить свою "точку зрения" до горизонта. Было бы желание.

Ув. Овод! Не печальтесь. Мне не нужно идти до горизонта. Что там "до горизонта" я и так вижу. Моя цели - уйти за горизонт.