АвторТема: Новый калькулятор ВБОП с возможностью построения филодерева на сайте SEMARGL.ME  (Прочитано 15099 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ещё раз спасибо!!!

:)

В ловких руках эта штука будет посильнее Фауста Гёте фаустпатрона.    :o

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5020
  • Страна: 00
  • Рейтинг +668/-0
  • Y-ДНК: R-YP418
  • мтДНК: J1c2c
Вот здорово! Орден бы какой-никакой  :D

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2155
  • Страна: ru
  • Рейтинг +264/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Ну и пару слов за тех у кого особо близкородственных гаплоипов нет и возможна гомоплазия. Эксперимент, так сказать. Проставил, соответственно, 0.0021 и 32. Взяты только 67 маркерные тесты - для подветвей Z280 использовал близких совпаденцев из базы Семаргла (у кого проверены или нет - не проверял): старокарпатцы, волго-карпатцы и вятич. В общем общий предок для меня и 256915, 148223, 191700, 158675, N17933, 140958, 279653 жил 1884 года назад. Для восточной ветви отобрал 67 маркерных представителей с отнесенными в группе "R1a и субклады" к Y57 (209438, 164707, B1139, 172849, 259937, 278326, 275621, 221090, 84103). Общий кластер, как и в предыдущем случае, я ни с кем не образовал, но наиболее близки мне 172849, 259937, 275621 с "предком" жившим 2729 лет назад. Интересно, что турок (209438) от всех остальных очень далек - 5332 года до общего предка.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Сразу несколько предложений по усовершенствованию.  :)

а) Хорошо бы было ввести опцию анализа гаплотипа. То есть, вводится всего 1 гаплотип, а для него уже автоматически ищутся приближенцы и строится дерево.

б) Хорошо бы также было иметь предупреждения о наличии среди сравниваемых гаплотипах конфликтах в палиндромах. А то так надо всю группу просматривать. Смотреть, нет ли проблемных значений. Потом вводить исключения. Если же исключения ввести сразу, то отсекается пласт информации.
При наличии же опции, если конфликтов нет, то и волноваться нечего.
При нужде же окошки помечаются и в голове держатся необходимые оговорки.

в) Про исчисление в поколениях уже сказал выше. Можно их (поколенные расчёты) делать уже и сейчас. Да, вот только масштабная шкала и вообще масштаб картинку делают не очень красивой.

г) Самая, по моему, оригинальная фишечка, которая могла бы выделить этот инструмент среди всех прочих - наличие возможности использовать реперный гаплотип.
Поясню подробнее.
Скажем, используем мы опцию исчисления ВБОПов в поколениях для одного заданного гаплотипа.
Внизу же появляется оконце для введения реперного гаплотипа и другое оконце для введения реального ВБОПа.
На основании этих данных, т.е., таким образом, чтобы именно это количество поколений, именно для этих двух гаплотипов, было отражено на схеме, - изменяется скорость мутаций.
Понятное дело, что линейная экстраполяция - это наипростейшая экстраполяция, годящаяся для ограниченного количество случаев. Но лучше что-то, чем ничего. А при большом массиве близких приближенцев - вообще будет работать на ура!

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Открывай пейпал счет
будут вместо плюсов кидать баксы )) будет справедливо

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ещё.
Сейчас в качестве разделителя используется запятая.
Если взять столбец из таблички Эксел - утилита не работает.
Надо добавлять запятые вручную.
Не велика беда, но всё же.    ::)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Еще бы ужать деревце на выходе, а то оно всего из 20-ти гаплотипов. Или перевернуть его как здесь
http://wiki.molgen.org/doku.php?id=ru:y:prj:%D0%B0%D0%B1%D0%B1%D0%B0%D1%82_%D0%B1%D1%83%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B8:i1

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
При попытке построить дерево с включением в перечень любого вот из этих двух китов - вместо дерева выходит ошибка:
Error 500

киты:
121192,192971

Баг? Или где-то в данных этих китов что-то не так? Что в них не так не нашел  :(

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2155
  • Страна: ru
  • Рейтинг +264/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
При попытке построить дерево с включением в перечень любого вот из этих двух китов - вместо дерева выходит ошибка:
Error 500

киты:
121192,192971

Баг? Или где-то в данных этих китов что-то не так? Что в них не так не нашел  :(

А количество маркеров при постройке дерева у всех гаплотипов одинаковое?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
При попытке построить дерево с включением в перечень любого вот из этих двух китов - вместо дерева выходит ошибка:
Error 500

киты:
121192,192971

Баг? Или где-то в данных этих китов что-то не так? Что в них не так не нашел  :(
Я знаю эту проблему. Решу в ближайшее время. Причина - умлауты в названии китов. Тоже самое будет и с кириллическими именами.
« Последнее редактирование: 01 Февраль 2014, 00:03:21 от Semargl »

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Также много ошибок возникло при попытке построить дерево из двух или одного!) гаплотипа. Обертку для перехвата этой ошибки скоро напишу.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Однозначно плюсую! Это то, чего так долго ждали! Надеюсь, в будущем возможны будут деревья с большим чем 20 числом гаплотипов.
Но есть пара НО.
Цитировать
Гаплотипы, имеющие нулевое или отсутствующее значение маркера из стандартной панели будут пропущены в расчете.
У всех E1b1b1 DYS425=0. Для нашей гаплогруппы расчёт невозможен в принципе.  :(
Цитировать
В поле KITs вводить номера китов, разделенных запятой. Одной строкой.
Можно ли предусмотреть возможность ввода гаплотипов, которых нет в базе Семаргла, вставляя их также, как и в предиктор Урасина?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Однозначно плюсую! Это то, чего так долго ждали! Надеюсь, в будущем возможны будут деревья с большим чем 20 числом гаплотипов.
Но есть пара НО.
Цитировать
Гаплотипы, имеющие нулевое или отсутствующее значение маркера из стандартной панели будут пропущены в расчете.
У всех E1b1b1 DYS425=0. Для нашей гаплогруппы расчёт невозможен в принципе.  :(
Цитировать
В поле KITs вводить номера китов, разделенных запятой. Одной строкой.
Можно ли предусмотреть возможность ввода гаплотипов, которых нет в базе Семаргла, вставляя их также, как и в предиктор Урасина?

Аналогичная делеция есть в некоторых субкладах гаплогруппы Q...
Может предусмотреть выключение делеций по конкретным локусам?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Если есть опция, когда нет нужды вставлять поколенный интервал в годах, а можно использовать непосредственно поколения, то можно было бы заняться самостоятельной калибровкой (поиском среднегаплотипной скорости мутаций) по документальным родословиям для 111-маркерных гаплотипов.
Что-то мне подсказывает, что если в качестве поколенного интервала указать "1", то получим результат именно в поколениях ;)

Это понятно (см. вот тут).
Но сразу возникают проблемы презентации результатов (см. вот тут):

в) Про исчисление в поколениях уже сказал выше. Можно их (поколенные расчёты) делать уже и сейчас. Да, вот только масштабная шкала и вообще масштаб картинку делают не очень красивой.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.